假币大案的尘埃落定，如同一场凛冽的秋霜，虽肃杀了些许枝叶，却也使帝国的根基更为清晰地暴露出来。天启皇帝朱由校在震怒与痛心之余，对沈惊鸿那“立规制，明职守，方能持久”的论断，有了锥心刺骨的理解。若非那新设的“宝钞辨验司”以其专业与铁证，死死咬住线索，仅凭以往三法司互相推诿、厂卫侧重刑讯的模式，恐怕难以如此迅捷、精准地斩断成国公府那盘根错节的势力。
此案如同一面高悬的明镜，照出了大明现行中枢机构的沉疴积弊：部院之间权责交错，如工部、户部、内府在工程物料管理上纠缠不清；诸多新兴要务无主官之衙，如格物之学、路矿之政、万邦商贾往来；更有那决策与执行链条的冗长低效，遇事则议而不决，决而不行。帝国的新币、铁路、火器、海贸，正如同奔涌的洪流，冲击着陈旧而笨拙的行政堤坝。
沈惊鸿深知，技术之革新终有极限，若上层建筑不能随之演进，一切成果终将被僵化的体制所吞噬。是时候，为这运行了二百余年的大明躯体，进行一次刮骨疗毒般的再造了。他汲取了来自未来视野中那“职能清晰、权责对等、系统协作”的智慧精髓，结合大明现状，开始伏案起草那份名为《定鼎新章以理万机疏》的宏大纲领。
此后的数月，沈惊鸿几乎将自己隔绝于值房与文牍之中。他调阅了自洪武至万历所有关于官制改革的奏议，细析六部、都察院、通政司、大理寺等衙门的实际运作与权责边界，更与徐光启、张文昇等志同道合的实干派官员反复推演。他的目标，并非全盘推倒重来，而是在旧有骨架之上，进行“功能重整与肌体再生”，旨在构建一个“权责相宜、术业专攻、运转协调、监督有力”的新中枢。
这份奏疏的撰写，堪称呕心沥血。既要确保新体系的先进与前瞻，又须虑及大明的政治传统、官僚群体的承受之限，以及皇帝那至高无上的权柄。他将未来政府的部门理念，巧妙地融入符合明代认知的命名与职能描述之中，力求做到“师其意而不泥其迹”。
终于，在一个天高云淡的秋日，这份承载着沈惊鸿无数心血与期望的万言奏疏，被郑重呈至天启皇帝御前。
朱由校展开奏疏，立刻被其中磅礴的气魄与缜密的思虑所吸引。开篇并未急于列陈条框，而是痛陈当下朝局“政出多门、事权不一、遇事推诿、效率低下”之四大痼疾，并以假币案、漕运改革、军械制造中的实例为证，直言此乃束缚帝国腾飞之最大枷锁。
继而，奏疏提出了“归并职能、填补空白、强化核心、理顺关系”的十六字革新方针。紧接着，便是那石破天惊的具体构架：
一、确立“内阁—诸部院”两级决策执行之体。 明确内阁为最高决策与协调之所，专注于国之大政、方略规划与跨部事务调和。其下，则对原有六部及其他机构进行大刀阔斧的整合与新设，形成 “十二部、三院、两司” 的新中枢格局。
二、改组与新建各部院如下（核心部分）：
1. 吏部：保留，职能强化。统掌文官铨选、考功、勋绩，为“文官人事总枢”。
2. 财政部（原户部核心职能）：职能专注“国家度支、税赋、仓廪、钱法”，成为真正的 “国家财赋总管” 。将其原有的部分工程、户籍管理职能剥离。
3. 礼部：保留，但职能拆分。主要执掌“礼仪、祭祀、朝贡、藩属往来”。将其教育与科举管理职能大部划出。
4. 兵部：保留，职能聚焦于“军事行政、武官选授、舆图、驿传、马政”，与即将成立的“国防部” 形成军政、军令之协调。
5. 刑部：保留，职能优化。专司“国家律法修订、复核天下刑名重案”，与都察院、大理寺权责进一步厘清。
6. 工部：大规模拆分重组。保留 “重大官营工程营造、官办工坊管理” ，将其水利、交通、城建等职能剥离。
7. 新设“国防部”：整合原五军都督府部分职能（如作战规划、训练）及兵部部分职能，作为 “军事建设与方略指挥之核心” ，直接对皇帝与内阁负责，与兵部形成“令”与“政”之配合制衡。沈惊鸿于奏疏中力陈其必要性，并建议由深得帝心之宿将出任。
8. 新设“文教部”：整合原礼部所辖之国子监、地方官学体系，以及格物学堂、女子学堂等新兴学府，统一管理 “天下教化、科举革新与各类学堂事务”。
9. 新设“科技部”：于“格物院”基础上擢升，成为 “格物致用之总汇” ，负责格物学规划、督研、推广与行业标准制定，并与“工业部”协同。
10. 新设“工业部”：整合原工部部分职能、户部部分职能及内府作坊管理权，负责 “矿冶、制造、百工之政令，及新兴之路等事”。此为帝国工业化之引擎。
11. 新设“交通部”：整合原工部都水清吏司（水利交通部分）、兵部车驾清吏司（驿传部分）等职能，统管 “全国之铁路、公路、运河、港口之规划、建设与营运”，终结政出多门之弊。
12. 新设“农政部”：整合原户部部分职能，负责 “劝课农桑、推广新种新法、管理屯田、振兴乡里”，固帝国之本。
13. 新设“商务部”：整合原市舶司、钞关及相关贸易管理职能，执掌 “促进海内外商贾、管理市舶、吸引蕃资、拓展商路”，以应蓬勃之商潮。
14. 新设“勘测部”：负责 “勘测、管理天下田土、山林、川泽、矿藏等自然资源，并定章防治污秽，护育生态”。此部体现了沈惊鸿超越时代的远见。
15. “都察院”：保留并强化其 “风宪之地，监察百司，纠劾官邪” 之权，为独立之监督利剑。
16. “大理寺”：保留，明确为 “天下刑名之最高复审”，强化司法之威。
17. “通政使司”：职能转型，改组为 “舆情汇集与急务协调之所”，负责收集四方民情、灾异、兵事，并初步协调处置，为内阁决策提供耳目。
18. “审计司”：独立设置，直奏御前， “专司稽查国家度支及各级官府账目”，确保财纪如铁。
奏疏还详陈了各部院协作流程、官员选任原则、与地方对接之方，并提出了一个为期三年的渐进过渡之策，以求平稳。
朱由校耗费一日光阴，反复披览。他时而凝神，时而抚掌。这套方案，非但勾勒出一个高效专业的政府蓝图，更难得的是，它深深植根于大明现实，极具可行之机。他窥见沈惊鸿试图通过制度设计，将皇权、阁权、部权、监察权置于更平衡框架内的努力，这非但未削其权，反让他寻得了一条“总揽乾纲”、超脱琐务的可行之路。
“善！大善！此真为朕分忧、为天下立制之宏图也！”朱由校忍不住击节赞叹。他已能想见，在此新制下，自身可更专注于庙堂决断，而将繁琐执行，委于权责分明之专业衙署。
然朱由校亦深知，此疏一出，必在朝堂掀起滔天巨浪。这无异于革除无数官员的既得权位与安适之区。然其心志已决。帝国之未来，必筑于更稳固、高效之制度基石。
翌日，皇帝召内阁全体、六部九卿及重要勋戚，于乾清宫东暖阁举行御前会议，专议《定鼎新章疏》。果不其然，奏疏内容一经公布，如同沸油溅水，顿时炸裂。保守派官员群起而攻，抨其“变乱祖制”、“弃数百年成法”，甚有含沙射影，直指沈惊鸿“其心叵测”，意在揽权。利益受损之衙署官员更是纷纷诉苦，声称本衙职能不可或缺，拆分重组必致政务崩坏。
面对汹汹反对之潮，沈惊鸿从容自若，逐条辩驳。他以假币案中“宝钞辨验司”之专业成效为例，以漕运改革中部门掣肘之痛为证，反复阐述“专业分工、权责清晰”于处理繁剧国事之极端重要。徐光启、张文昇等人亦纷纷出列，从不同维度论证新制之优。
辩论持续三日，声震殿宇。朱由校多数时辰默然静观，冷眼辨察双方机锋。直至反对声浪达至顶峰，一老臣以“祖宗之法不可变”做最后哀鸣时，朱由校终于开金口，其声不高，却带着凛然不容置疑之威：
“祖宗立法，意在治国安邦。然时移世易，若旧法已不堪用，致使政事缠塞，奸宄丛生，朕与诸卿，岂能坐视？沈卿所奏，非为废祖法，实为扬祖德、顺时势、开新局！朕意已决，《定鼎新章》，当逐步推行！”
皇帝一语定鼎，为这场激烈的朝堂论战画上了休止符。
尽管前路依旧阻力重重，但在皇帝坚定不移的支持与沈惊鸿及其盟友的全力推动下，大明历史上规模最宏、最为深刻的一次中枢机构改革，终是拉开了沉重的帷幕。一场围绕着权柄与职能的重新分配，伴随着无数官员的宦海浮沉，在这古老的帝国中枢，缓缓上演。一个崭新的时代，正伴随着这套试图更科学、更高效地驾驭庞大帝国的“大明新章”，悄然降临。而沈惊鸿之名，也必将因此番定鼎新章之业，以另一种更为不朽的方式，铭刻于青史之上。