春日部超市的进口水果区，小新正踮着脚扒着货架，鼻子几乎贴在玻璃柜上。“妈妈！你看那个！”他指着个足球大的棕褐色果子，果皮上布满瘤状凸起，活像放大版的土豆。标签上写着“巨型可可果”，价格贵得让美伢倒吸一口凉气。
“那是做巧克力的原料，不能直接吃。”美伢拽着他的衣领想走，小新却像块口香糖似的粘在原地：“我要把它变成世界上最大的巧克力！比动感超人的头还大！”他抱着货架杆耍赖，裤裆里的大象玩偶随着动作一晃一晃，逗得旁边的导购阿姨直笑。
最后广志掏出私房钱拍了板。“偶尔也要满足孩子的好奇心嘛。”他扛着沉甸甸的可可果往家走，活像背着个小型炮弹，小新跟在后面喊：“可可果超人，前进！”路过公园时，果子不小心撞到秋千架，掉下来滚了三圈，差点砸中正在挖沙子的正南。
把可可果弄进厨房费了九牛二虎之力。广志举着菜刀砍了三刀才劈开果皮，里面涌出黏糊糊的白色果肉，裹着三十多颗乒乓球大的可可豆。“这玩意儿能做巧克力？”广志捏着鼻子后退，果肉的酸臭味混着发酵气息，比他的臭袜子还上头。
小新却兴奋地戴起美伢的围裙，把果肉挖出来装进大碗：“现在要加魔法粉末！”他手忙脚乱地倒了半罐砂糖，又撒了把盐，最后甚至挤了管芥末：“这样就有酸甜苦辣四种味道啦！”美伢想阻止时，他已经端起碗往搅拌机里倒，结果机器“嗡”地一声过载，果肉沫喷得天花板上都是，像结了层发霉的雪花。
广志试图挽救局面，翻出食谱说要发酵可可豆。他把豆子铺在烤盘上，小新趁他转身的功夫，偷偷撒了把广志的咖啡粉：“这样会更提神！”结果豆子烤焦成黑炭，广志用牙签戳了戳，硬得能当弹珠。小新却捡了颗塞给小白：“小白，吃了就能变成黑炭狗哦！”小白闻了闻，夹着尾巴钻进了沙发底。
第二天风间他们来做客，小新献宝似的端出烤焦的可可豆。“这是我的黑暗巧克力原料！”风间推眼镜：“野原新之助，你知道可可果要发酵、晾晒、烘焙多少道工序吗？”正南凑过去闻了闻，当场打了个喷嚏：“好像有点像我爷爷的中药汤。”
阿呆默默掏出个玻璃罐，把焦豆装进去：“可以当弹珠玩。”妮妮则翻出妈妈的化妆品，往可可果肉里加了勺面霜：“书上说可可脂能护肤，我们做可可面膜吧！”说着就往小新脸上抹，结果小新把糊满脸的果肉蹭到风间衣服上，两人追着打起来，撞翻了装可可豆的烤盘，豆子滚得满地都是，像场黑色的冰雹。
美伢把剩下的可可豆泡在水里，想试试能不能煮出可可汁。锅里咕嘟咕嘟冒泡泡时，小新突然扔进三块巧克力：“加速变成巧克力！”结果煮成一锅黑乎乎的糊，尝起来又苦又涩，广志喝了一口，脸皱得像颗脱水的梅子：“比公司楼下的速溶咖啡难喝一百倍。”
最离谱的是小新的“可可果雕塑计划”。他把掏空的可可果壳套在头上，用马克笔在上面画了副墨镜：“我是可可果大盗！”他举着玩具枪追小葵，结果果壳卡在门框上，怎么拽都拽不下来，最后还是广志用花生油才把他“拔”出来，后脑勺沾着的果壳碎屑，像戴了顶棕色的假发。
周末全家去野餐，小新非要带着剩下的半颗可可果壳。到了公园，他把果壳倒扣在草地上当小桌子，摆上饼干和果汁，假装在举办“巧克力派对”。突然一只乌鸦俯冲下来，叼起果壳就飞，小新追着喊：“那是我的巧克力城堡！”结果摔进泥坑，浑身沾满泥巴，活像从可可果里滚出来的巨型豆子。
回家的路上，广志扛着满身泥巴的小新，美伢拎着空空的果壳，小葵在婴儿车里啃着真正的巧克力棒。小新吸着鼻涕说：“虽然没做成巧克力，但可可果超人保护了我们！”广志低头看了看沾在裤腿上的可可果肉，突然觉得这趟折腾也不算亏——至少知道了，不是所有长得像巧克力原料的东西，都能变成巧克力。
晚上小新躺在床上，摸着床头的可可豆弹珠，突然咯咯笑起来。“明天把可可果壳改成动感超人的盔甲！”他对着天花板喊，黑暗中，那颗被小白藏在狗窝的焦可可豆，正反射着微弱的光，像颗等待被发现的黑色宝藏。或许对小新来说，养可可果的乐趣，从来就不是做成巧克力，而是和家人朋友一起，把这颗奇怪的果子，变成了一连串笑到肚子痛的故事呀。