清扫掉焦山之敌后，夏大根率军继续溯水而上，主力战舰分两路前去攻打上附近的镇江和上游的真州，他则率轻护船前去夺取扬州。昨晚的战损让夏大根明白了一个道理——弹药再贵也不如战舰贵。为此他不再强调节省弹药，也不再强调兵贵神速，而是下令务求谨慎，如敌人势大也可暂时退却。他还特别强调，在经过湖河汊口和长满芦苇的浅滩岸边之时，应派人前去侦察搜索，地形复杂的可以用火炮清理。为了防止弹药不足，他已派了快船回流求，请黄大根速速派船只运来弹药。
如此小心谨慎之下，舰队的行军速度自然慢了下来，但也化解了不少危机。被打残的元军水师已成惊弓之鸟，早就远远逃遁，但仍有不少悍勇之徒仍然驾了纵火船甚至爆破船，埋伏在隐蔽河湖汊地带，试图伏击霹雳军的战舰。这些偷袭的船只多数在远处便被击沉或被引爆，少数冲近的也被霹雳军的梭镖鱼型快船拦截。三日之后，霹雳军战舰对真州和镇江进行了炮击，而夏大根也完成了对扬州城的攻城准备。焦山距三地并不远，如果全速前进战舰当日之内便可赶到，之所以三日后才动手，是因为霹雳军给了真州和镇江守军三日投降之限，而在扬州城则是等侯李庭芝和姜才的淮东军到来。
自东晋衣冠南渡以来，扬州便愈发繁荣，有“扬一益二”之说，隋唐以来更成为天下首屈一指的大城，世人用“烟花扬州”来形容其兴盛。霹雳军崛起之后崇庆府繁荣日盛，人口增长甚快，在霹雳军十五年初已近五十万人，颇有盛唐时气象，却仍比不过扬州城。蒙元大军自汉入江后，扬州居民大批渡江南逃，还有不少人逃到霹雳军治下的流求、济州、琼州等地。眼下的扬州城虽然人口已不到十万人，但从巍峨高大城楼和长达数十里的城墙，便可看出其昔日的繁华。鉴于兵力不足，也因为不想麾下水兵伤亡过多，夏大根派人联系了宋淮东制置使李庭芝及其副将姜才，提议一南一北共攻扬州城。
此刻的李庭芝已身患重病，躺在床上的他一口否决了联手攻城的提议。虽然临安政权面临的局势危如累卵，但李庭芝仍不同意与霹雳军联手。表面的原因是元军势大，不可妄动。元军渡江之后，朝廷要求各地军马到临安勤王，李庭芝对此积极响应，并率数万人马南下，后被阻于扬州城北方的扬子桥。数场大战之后，李庭芝部已是人困马乏，被元军钳制得动弹不得。不久前张世杰进攻焦山时，也曾约定大江南北的宋军联手，结果南边宋军爽约未至，李庭芝遣姜才率万余精锐参战，却被阿术打得大败。在李庭芝看来，夏大根麾下的水军虽强，但人数不多又不擅陆战。要知道扬州城高墙厚，又有二万余守军，还可以动员数万民壮守城。
除了对元军心生畏惧之外，李庭芝不愿出兵的真正原因还有两个。第一个是他瞧不起霹雳军，在他眼中霹雳军不过是混杂着西南夷的民间武装而已，堂堂朝廷官军怎么能充当配角他宁愿看到霹雳军在扬州城下碰到头破血流。否则在元军面前屡战败的朝廷大军还有何颜面戎马征战一生的自己真还不如一个夏大根这个黄口小儿另一个则是他深知临安朝廷对霹雳军的态度，怕与霹雳军联手被人攻讦，怕有损名节。实际上，早在几年前霹雳军总参谋长曾勇便派人联系过他与姜才，提议共同抗蒙，却被其一口回绝了，原因也是一样。姜才对霹雳军心有好感，无奈李庭芝不松口，他也无可奈何，只得请信使转告夏大根其苦衷。
李庭芝不同意出兵，夏大根决定独力攻城。从稳妥角度来说，最好是等待舰队陆战团到来，但运输陆战团的船只还需十日以上才能到达，夏大根不想等。其实舰队也可以不打扬州城径直往上游而去，但这意味着兵力的进一步分散。资州号、籍县号等战舰由于受损严重，被迫停靠在北岸，如果主力舰队离开，将不得不留下重兵守护，否则扬州城元军会来抢夺和破坏战舰。夺下扬州城，还可以利用其船厂修理这些受损的战舰。再三思量之下，夏大根决定拿下扬州城。为此他抽调了二千水兵上岸，又将资州号和籍县号的重炮拆下来，运到了扬州城南门外。
夏大根亲率水兵从陆上攻打南门，舰队的十余艘轻护船则从河上对东门发动了攻击。霎时间，扬州城上硝烟弥漫火光闪烁，颇似一场烟花盛典。在资州号和籍县号的数十门重型舰炮的轰击之下，扬州南门的厚重包铁城门轰然倒塌，吊桥粗大的铁链也被打断，重重地砸落在护城河上，省却了霹雳军士兵搭建浮桥的麻烦。城门楼和城墙上的守军士兵也在猛烈的炮火中，仆倒了一地，剩下皆夺路而逃。攻打东门的轻护船只装备了轻型炮和中型炮，其威力比重炮小了不下，但架不住数量多，还有大量的水冷重机枪。火力覆盖之下，元军在东门的死伤甚至还超过南门。几轮火炮之后，扬州城的元军大部分投降了——他们在数月前还是宋军，现在投降霹雳军毫无心理压力。有二千余元军则往西边夺路而逃，他们大多是蒙古汉军，只有少数新附军。
据降兵交待，焦山惨败之后，阿术便带了蒙古骑兵往北而去，又带走了城中三千精锐。临行前他告诉守军坚守，自己去调集援军。扬州城墙高厚也不缺粮食，但焦山一战的消息已让守军胆寒，如今阿术再弃城而走，守军更加人心惶惶。畏于重炮威力，又见城门已破，守军便索性降了。在南渡之前，元军料到霹雳军舰队可能会出动，但判断其方向是在沿海地带，根本没有想到会出现在相对狭窄的内水。阿术更没有料到董文炳所率的十万水军会失败，也没有料到焦山之战败得如此之惨，如此之快。故他在扬州的城防并没有太上心，更没有构筑土木防炮工事。
真州和镇江的元军也在猛烈的舰炮火力下，弃城逃跑了。镇江城的元军往南而逃，真州城的元军则往西而逃。对此霹雳军也无可奈何，毕竟战舰不能上岸，也无兵力追击敌人。同样因为兵力原因，东海舰队也没有上岸接管城池，而是派人让城中百姓组织义军自行管理。这两城之中虽有霹雳军的暗探，但现在还不是表明身份的时候，因为元军还可能反扑进攻。按照计划，夏大根将率东海舰队继续溯水而上，在夺取建康之后，再前往鄂州和岳州，彻底歼灭元军的水师，控制建康至峡州的长江航道，以切断元军经汉水北返的道路。至于建康、扬州至出海口的航道，则由南海舰队前来接管。
此时的南海舰队官兵，在乐全安率领着忙得不亦乐乎。他们兵分三路，第一路在收缴澉浦周围堆积如山的物资和元军遗留的大批船只。董文炳身死，其麾下十万元军四处逃散，南海舰队费了九牛二虎之力，也只抓了一万余俘虏和二万民夫。第二路前去夺取舟山岛，将其作为海军作战的后勤基地和扼守江南富庶之地的前哨。流求运来的弹药和缴获物资及俘虏都将运往这里，再进行转运。第三路则是继续封锁逃到钱塘江的元军战船，并清剿临安周边五百里内海岛上的元军和海盗。