话说大明成化年间，北直隶真定府有个少年才子，姓白名珩，表字玉卿。生得面如冠玉，才思敏捷，十八岁上便中了举人。只是父母早亡，家道中落，唯靠祖传的几亩薄田度日。这白生虽贫，却志存高远，每日在城南破庙中苦读，以待春闱。
这年隆冬，天降大雪。白生正在庙中呵冻磨墨，忽闻门外呻吟声。开门看时，见一老翁倒卧雪中，面唇青紫。白生忙将老人扶入，褪下自己棉袍裹住老者，又煮了姜汤喂服。老者苏醒后不言不语，只从怀中取出个油布包递来，便气绝身亡。
白生启包观看，竟是部《周易参同契》，书页间密密麻麻批注着炼丹之法。最奇处，书中夹着张羊皮图，绘着山川形胜，某处标着朱红小字“丹霞洞天”。白生葬了老者，将书册贴身收藏，依旧苦读。
转眼元宵将至，同窗邀白生往城中观灯。行至鼓楼大街，忽见一顶彩绣软轿经过，轿帘微掀，露出张芙蓉秀面。那小姐见白生望来，羞怯掩帘，却落下一方鲛绡帕子。白生拾起看时，帕角绣着“沈”字，异香扑鼻。
次日，白生循帕上暗纹寻至城西沈府。却见府门挂白，哀声阵阵。一问方知，昨日沈家小姐踏青坠崖身亡！白生惊疑不定，忽有管家认出帕子，泣道：“此是我家芸娘之物，相公何处拾得？”引白生入灵堂，见棺中女子面色如生，眉间一点朱砂痣，果是昨日轿中人。
白生恻然，焚香祭拜。忽见女子右手紧握，指缝露出纸角。趁无人时轻轻掰开，竟是血书“假死”二字！正惊骇间，闻屏风后脚步声急，忙将纸团吞下。
当夜三更，白生再探沈府。潜至后园，果见黑影抬棺出后门。跟至乱葬岗，见人掘坑欲埋棺时，忽闻弓弦响动，数支羽箭射倒抬棺人！林间跃出蒙面客，劈开棺盖拖出小姐。白生急智，掷出火折子高呼：“官兵拿贼！”蒙面客一惊，弃人遁去。
白生背起小姐狂奔，觉颈后温热，伸手摸得满掌鲜血——小姐后心插着支小箭！逃回破庙救治，拔箭时带出枚银铃。小姐苏醒泣诉：“家父沈炼官至御史，因查户部亏空案获罪。那日假死原为脱身，不想遭灭口...”言罢昏厥。
白生当钗请医，老郎中诊脉后变色：“中的是苗疆蛊箭，须得金蚕蛊粉解毒。”又道：“城西鬼市或可有售，然凶险非常。”白生夜探鬼市，用祖传玉佩换得蛊粉。归途却遇巡夜衙役，见其形迹可疑，锁拿回衙。
堂上知府惊堂木拍案：“大胆白珩，怎有宫禁流失的东海珠？”白生愕然——原是换蛊粉时，那苗人塞还的玉佩竟被调包！正百口莫辩，后堂转出师爷低语：“大人，此案牵涉...”知府色变，竟将白生打入死牢。
暗牢之中，白生忽闻隔壁叩壁声。有苍声吟道：“蚌病成珠，玉碎连城。”白生心中一动，续道：“珠履三千客，丹霞一寸心。”隔壁大笑：“果然是老鬼传人！”原来隔壁关着前朝太医，正是赠书老翁师弟。老人从壁缝递来药丸：“此丹可假死三日，或可搏命。”
次日知府升堂，却报囚犯暴毙。验尸作作收贿，报个“痨病猝死”。白生被弃尸荒山，夜半雨淋苏醒。忽见火光点点，闻人语：“仔细搜寻，活要见人死要见尸！”忙滚入乱草丛中。
追兵过后，白生蹒跚至山神庙。却见芸娘已在神龛后等候：“那日恩公被捕，妾求太医旧部相助...”二人正说话，忽闻佛柜有声。开启见密道，走出个癞头和尚，合十道：“贫僧候二位多时了。”
和尚引二人入地道，行至深处豁然开朗。竟是处隐秘山庄，匾题“避秦别业”。庄中男女皆作古衣冠，拜见芸娘口称“郡主”。原来沈炼实为建文帝玄孙，化名隐居，图谋复国。芸娘真名朱璇，身系前朝龙脉。
庄主出示半幅珍珠衫：“此乃太祖秘藏，能辟百毒。当年分作两半，另一半应在赠书人手中。”白生忙取羊皮图，日光下竟显隐线，与珍珠衫纹路吻合！庄众大惊：“此是藏宝图，直指洪武秘库！”
忽闻警钟大作，庄丁来报：“官兵围山！”众人急入密道。乱箭射中庄主，临终指石狮：“狮转三圈...”白生力转石狮，地陷露出寒潭。追兵已至，只得与芸娘跃入暗河。
寒流湍急，二人抱柱漂流一日夜，方见天光。出水处竟是西湖三潭印月！爬上岸边，恰逢盐商林夫人进香，怜其落难收留。林府豪奢，老爷常年贩盐在外，唯夫人携幼子居此。
白生帮账房理账，显露出众才学。芸娘绣工精绝，为夫人绣观音像，竟引百蝶环绕。夫人大喜，认作义妹。忽一日来了位葛衣道人，见芸娘面相惊道：“夫人此妹乃凰栖梧桐之格，惜乎阴煞缠身...”夜观天象又谓白生：“公子帝星照命，然荧惑守心，百日内有血光之灾。”
中秋夜，林府大宴。忽有豪客闯席，竟是鬼市所遇苗人！苗人奉上锦盒：“物归原主。”启视竟是当日玉佩。夫人见佩色变，席散独留白生：“此佩从何而来？”白生具实以告，夫人垂泪：“公子可知此佩原有一对？”
原来林夫人竟是白生乳母！当年白父任盐运使，查获晋王私贩海盐。遭陷害抄家时，乳母抱幼主逃出，流落杭州嫁与盐商。遂取来另半玉佩，严丝合扣。又从箱底取出血书，乃白父绝笔：“晋王通倭...”
正悲喜间，仆妇慌报芸娘失踪！唯留纸笺：“欲救郡主，独往雷峰塔。”白生夜赴雷峰，见芸娘被缚塔顶，下立黑衣人数十。为首者掀兜帽，竟是林府师爷！冷笑：“白公子好演技，可惜珍珠衫早露破绽。”
原来晋王得知宝藏线索，布网多年。那鬼市苗人、葛衣道俱是眼线，连乳母相认也在算计中！师爷逼问另半藏宝图，忽闻塔下杀声震天。林夫人率盐帮子弟杀到，火把如龙。
混战中，师爷掳芸娘登舟。白生夺弓射断帆索，大帆坠压贼众。救下芸娘时，见她怀中珍珠衫熠熠生辉——竟刀箭不入！师爷狞笑点燃火药线：“同归于尽罢！”千钧一发，那苗人突然扑倒师爷：“俺苗家欠白公祖上恩情，今日还了！”
爆炸声中，白芸跃入西湖。抱浮木漂至孤山，被樵夫所救。养伤时展玩珍珠衫，日光下显全图：“宝石山腰，蟾影重叠处。”
二人扮作香客寻至宝石山。果见月夜蟾影投于巨岩，重合时岩壁自开。入洞见明珠照路，金玉满堂。最奇处有水晶棺贮女尸，容颜如生，胸佩半幅珍珠衫。棺侧碑文曰：“马皇后侄女明珠郡主，殉葬孝陵密道于此。”
忽闻轰隆巨响，石门坠落。晋王现身：“多谢引路！”原来早伏跟踪之人。贼众尽掠珍宝，欲毁棺取另半珍珠衫。白生扑护棺椁，被刺重伤。血溅珍珠衫，霎时光华大作，石壁显洪武遗诏：“后世子孙，得全珍珠衫者即真主！”
晋王疯抢珍珠衫，地宫忽震，毒泉喷涌。芸娘急取郡主掌中铜镜，反射珠光开秘道。负白生逃出时，山崩地陷，晋党尽埋。
三月后紫禁城，成化帝御览珍珠衫及血书。方知晋王通倭、贪墨诸罪。下旨平反白沈冤案，晋王党羽尽诛。欲封白生翰林学士，却辞不受；赐芸娘郡主封号，亦固辞。
二人归隐西湖，用宝藏之资赈济灾民。某日泛舟，遇葛衣道人歌曰：“珍珠衫里藏乾坤，不过云烟过眼尘。不如钓舟堪寄身，白鸥波底数星辰。”相视而笑，尽抛珍宝入湖。唯留医书丹卷，悬壶济世。
后人常见夫妇采药山中，男子俊朗如玉，女子眉间朱砂灼灼。有求医者，贫不计酬，富不受谢。活人无算，人称“白衣双仙”。
有诗赞云：
珍珠衫卷帝王图，血雨腥风尽作无。
玉镜曾照肝胆裂，冰心终在云水舒。
抛将宝气销剑戟，换得医香满路途。
谁道书生空议论，青囊深处隐兵符。