辽东地界有座无名高山，山下傍水处有个张家屯，屯里有个张大善人。此人四十出头，家道殷实，为人乐善好施，修桥补路之事从不吝啬，唯独一件憾事——成亲二十载，膝下无儿无女。妻子王氏四处求神拜佛，不知吃了多少香灰符水，总不见效。
这年盛夏，张大善人进城收账归来，半路忽逢暴雨。只见黑云压顶，电闪雷鸣，豆大的雨点砸得人睁不开眼。他慌不择路，瞥见山腰处有个洞穴，便牵马躲了进去。
洞中幽深，隐隐有腥风传来。张大善人心头打鼓，但外头雨势更猛，只好硬着头皮往里走。忽见深处有两盏绿灯笼似的亮光，近看竟是条黑蟒，水桶粗细，盘踞在地，腹部鼓胀，似是怀了崽。
那黑蟒见人来也不攻击，反将头颅伏低，眼中竟似有哀求之意。张大善人素来心善，见这蟒蛇受苦，便道：“你若通灵性，我便帮你一帮。”
黑蟒竟真点了点头。
张大善人壮着胆子上前，见蟒蛇产道受阻，幼崽卡在其中。他挽起袖子，小心翼翼伸手相助，费了九牛二虎之力，终于接生出三条小蟒。那母蟒缓过气来，以头触地，似在叩谢，随后携二子蜿蜒离去，唯独留下一条最小的——通体黝黑，唯独尾巴光秃，竟是无尾之蟒。
张大善人心想：这无尾蟒难以生存，我既救人救到底，便将它带回家吧。于是脱下外衫将小蟒裹了，冒雨归家。
王氏见丈夫抱回条黑蟒，吓得魂飞魄散。张大善人解释道：“此蟒天生残缺，母蟒弃之，也是一条性命。”遂将小蟒养在后院柴房，每日喂以鸡蛋肉糜。那秃尾蟒极通人性，白日从不现身，只在夜间活动，与家中所养黑狗竟成了玩伴，常盘踞狗背之上，形影不离。
转年开春，王氏竟真怀上了。张大善人大喜，更觉这秃尾蟒是送子祥瑞，待它愈加亲厚，常私下与之说话。那蟒似能听懂人言，常以点头摇头相应。
秋日果熟，王氏诞下男婴，取名宝儿。宝儿自小与秃尾蟒亲近，常爬其背上嬉戏。那蟒极有灵性，任宝儿揪扯鳞片也不恼怒，反以头轻触婴孩，状极亲昵。
如是三年，秃尾蟒已长至丈余。这日家中来了个游方道士，自称龙虎山张天师门下，路过张家屯，见院中有妖气盘旋。
道士被请入宅中，茶过三巡，忽道：“善人家中可是养了异类？”
张大善人心中一惊，只得实言相告。
道士掐指一算，变色道：“此非寻常蟒类，乃是黑蛟后裔。蛟五百年化为龙，此蛟虽先天不足，然已通灵性。龙有逆鳞，触之必怒；蛟有秃尾，见之必灾。善人若留它，恐招祸患。”
张大善人犹豫道：“它自小由我养大，极是温顺，从不伤人。”
道士摇头：“非其本性问题。蛟乃天地异数，不在五行中，跳出三界外。它存在本身即会扰动地气，招致灾厄。况且...”道士压低声量，“我观天象，三日后有雷劫降至本处，怕是冲它而来。雷公电母行事，岂会顾忌凡人？”
当夜，张大善人辗转难眠。王氏劝道：“宁可信其有，不可信其无。那道士说得在理，万一雷劫下来，殃及宝儿如何是好？”
次日，张大善人忍痛对秃尾蛟道：“非我容不下你，实是天命难违。你且去深山躲避，待雷劫过后再回来。”言毕，取来雄黄酒，洒在蛟身周围。那秃尾蛟似知主人心意，悲鸣数声，终是不愿违逆，蜿蜒离去，三步一回头，眼中含泪。
谁知三日过去，万里无云。张大善人后悔不迭，派人上山寻找，却不见蛟踪。
半月后，宝儿突发怪病，浑身滚烫，医药无效。张大善人正焦急时，忽闻院中犬吠大作。出门一看，竟是秃尾蛟归来，口中衔一株紫色灵芝。
那蛟将灵芝置于门前，叩首三下，转身离去。张大善人忙取灵芝煎水喂服，宝儿果然退烧。夫妇二人对蛟感激不已，却又疑惑它为何不肯回家。
又过月余，屯中开始怪事频发。
先是东头李家的鸡窝夜夜被袭，鸡尸干瘪，似被吸尽精血。接着西头王家的耕牛无故暴毙，脖子上有两个细孔。屯里人议论纷纷，都说是妖物作祟。
这日那游方道士去而复返，手持罗盘，直指后山：“妖气愈盛，必是那秃尾蛟所为！它如今吸食牲畜精血，下一步便要害人了！”
张大善人辩解道：“道长明鉴，我那蛟儿前日还衔灵药救我孩儿...”
道士冷笑：“畜类终究是畜类，野性难驯。它救小公子是报恩，害牲畜是本性。善人若再姑息，恐酿大祸！”
屯民们群情激愤，聚在张家门前，要求除妖。张大善人百口莫辩，只得应允带路上山。
众人循迹至后山一洞穴，果见秃尾蛟盘踞其中，体型较前更大，额上竟凸起两个小包，似角非角。见众人来，它抬头示好，却露出嘴边血迹——洞角正有只被吸干的山鸡。
道士大喝：“妖孽现行，还敢狡辩！”言毕掷出符箓。那蛟被符击中，痛楚翻滚，竟开口人言：“父亲救我！我未曾害人！”
这一声“父亲”叫得张大善人心如刀绞，但见蛟嘴染血，证据确凿，只得偏过头去。道士与众屯民刀剑齐下，那蛟却不反抗，只望着张大善人，眼中垂泪。
混乱中，一道士弟子挥刀斩下，竟将秃尾蛟本就短小的尾尖彻底削去！蛟痛极长啸，声如龙吟，震得山石滚落。它深深看了张大善人一眼，突然腾空而起，带起一阵腥风黑云，朝东南方向飞去。
当夜，雷电交加，暴雨倾盆。一道天雷直劈后山，将那蛟穴夷为平地。
张大善人自此郁郁寡欢，常对东南方向发呆。每年清明，他都会备雄黄酒洒于庭院——那蛟最厌此物，若尚在世，必不会近前，以免惊扰家人。而宝儿长大后，每逢天阴欲雨，便言脊背发痒，似有鳞片刮擦之感。
十年后的一个夏日，宝儿与伙伴在河边嬉水，忽遇上游山洪暴发，几个孩子被急流卷走。正当危难之际，黑云骤聚，一条无尾黑蛟自云中探首，将孩子们一一托上岸边，唯独宝儿被浪卷走，不知所踪。
张大善人闻讯赶来，沿河哭寻三日，终在下游浅滩发现宝儿。孩子昏迷不醒，手中紧握一片黑色鳞甲，额头上多了两个红点，似朱砂所绘。
宝儿苏醒后，言说梦中有一无尾黑龙，托他传话：“告父亲，儿已成仙，司东南雨事，不敢忘养育之恩。然人蛟殊途，不便再见。唯愿父亲保重，儿虽在千里之外，亦当庇护张家血脉。”
此后每逢旱年，张家屯人便求张大善人设坛祈雨。只要他朝东南方洒三杯雄黄酒，不多时必有甘霖降临。而东南沿海一带，常有秃尾黑龙现身的传说，渔民称之为“秃尾老李”，将其视为海神供奉。
张大善人晚年常抱孙儿于膝上，讲述这段往事。每至结尾，便望向东南天际，喃喃自语：“也不知那孩子，如今过得可好...”
天际忽有闷雷滚过，似作回应。