忠烈祠的公祭大典，在三名“通敌”大员血溅祠外的肃杀氛围中，最终还是“顺利”完成了。崇祯皇帝带着百官，完成了祭拜英烈的仪式，也用最直接、最残酷的方式，再次向所有人宣示了他的威权。
典礼结束，返回紫禁城的路上，崇祯坐在御辇之中，并未立刻返回暖阁，心中却在思索着另一件事。他想起了之前为了充实董琦的“甲子营”，曾下令从京师大狱中，挑选罪行较轻、尚有勇力的囚犯，赦免其罪，编入军中。据说，这些亡命之徒在后来的固关血战中，表现竟异常悍勇，立下了不少功劳。
“京师大狱……” 他心中一动，“那里关押着形形色色的人犯，或许……是该去亲自看一看了。” 这个念头一旦升起，便挥之不去。他当即下令，临时改变行程，前往京师大狱巡视！
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京师大狱，位于刑部衙门附近，常年关押着从各地解送来的重刑犯、以及一些在京犯罪的官民。这里是京城最阴暗、最污秽的角落之一，常年弥漫着一股潮湿、腐臭、令人作呕的气味。
当崇祯皇帝的御驾，在厂卫和少量京营士兵的护卫下，突然出现在大狱门前时，整个监狱的官吏、狱卒们都惊呆了！他们做梦也没想到，九五之尊的天子，竟然会亲临这等腌臢之地！一时间，上下慌乱，连忙跪地迎接。
崇祯并未理会这些人的惶恐，在刑部一名闻讯赶来的侍郎和监狱主官的“陪同”下，径直走入了阴暗的牢区。他皱着眉头，忍受着扑面而来的恶臭，目光扫过一间间肮脏的牢房，看着里面那些或麻木、或绝望、或带着仇恨目光的囚犯。
就在他巡视到一处关押老弱病囚的区域时，一间牢房里，一个须发皆白、身着破烂囚服、看起来却依稀有几分书卷气的老者，突然激动地扑到牢门前，朝着崇祯的方向拼命磕头，老泪纵横地哭喊道：“陛下！陛下！草民冤枉啊！草民乃是前朝万历年间的举人，只因得罪了地方豪强，便被诬陷入狱，已在此暗无天日之地，苦捱了五年了啊！求陛下明察！求陛下为草民伸冤啊！”
他的哭喊声凄厉而真切，充满了绝望。
崇祯停下脚步，看向那老者，又转向旁边陪同的刑部侍郎，沉声问道：“此人是何案情？为何喊冤？可曾复核？”
那刑部侍郎脸上闪过一丝慌乱，与旁边的监狱主官对视一眼，才支支吾吾地回道：“回……回陛下，此……此人乃是因……涉及一桩地方上的谋逆大案，证据确凿……早已定谳……恐……恐是其年老昏聩，胡言乱语……” 他的言辞闪烁，眼神躲闪，显然是在敷衍。
崇祯何等敏锐？立刻察觉到了其中的不对劲！一个“谋逆大案”的犯人，竟还能活五年？而且看起来并非凶悍之徒？这其中必有蹊跷！他心中疑窦顿生。
他没有当场发作，只是深深地看了那刑部侍郎一眼，随即不动声色地对身旁的方正化（内厂提督）使了个眼色，用极低的声音吩咐道：“查！给朕暗中查查此案的卷宗！还有……这整个京师大狱！看看里面到底藏了多少猫腻！”
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巡查草草结束，崇祯返回皇宫。那老者凄厉的哭喊和刑部官员闪烁的言辞，始终在他脑中挥之不去。他立刻召集了王承恩、曹化淳、方正化，将自己的怀疑告知三人，并严令：“东厂、西厂、内行厂！三厂联动！给朕彻查京师大狱及刑部相关案卷！朕要知道，这里面到底有多少冤假错案！有多少官吏徇私枉法！”
厂卫的效率是惊人的。仅仅过了两天，一份份令人触目惊心的调查结果，便摆在了崇祯的御案之上！
调查结果显示，京师大狱之中，确实存在着大量的问题！其中最令人发指的，便是由刑部内部两名掌管囚犯档案和调拨的官员——主事王方和郎中李可安——长期操控的“调换犯人”的黑色交易！
他们利用职权，收受巨额贿赂，将那些本该被处决或长期监禁的、有钱有势的罪犯，与一些罪行较轻、甚至是被诬陷入狱的、无权无势的囚犯进行“调包”！让真正的罪犯得以用替死鬼的方式逍遥法外，或是大幅减刑！而那些无辜的替罪羊，则要么枉死在法场之上，要么便在这暗无天日的牢狱之中，苦熬终生！方才崇祯遇到的那位喊冤老者，极有可能便是这“调换犯人”交易的受害者之一！
更让崇祯感到震怒的是，密报中还提到，就在他下令革职查办原刑部尚书徐石麟之后，这王方、李可安二人，唯恐事情败露、自己受到牵连，竟……竟还试图威胁、拉拢徐石麟！他们找到徐石麟，暗示徐也曾对他们的“交易”有所耳闻甚至默许，要求徐石麟利用其残存的影响力，帮助他们掩盖罪行，否则便要将徐石麟也一同拖下水！
“好！好啊！” 崇祯气得浑身发抖，“烂透了！真是从根子上就烂透了！连掌管国家刑名的刑部，都成了藏污纳垢、官官相护之所！革职查办都堵不住他们的嘴！还敢威胁攀咬！”
他眼中杀机毕露！原本他还想对徐石麟“停职反省”，看看后续情况再做处置。但现在看来，此人……留不得！而王方、李可安这两个胆大包天、草菅人命的酷吏，更是死有余辜！
一场针对刑部内部腐败网络的、更加严厉的清洗风暴，已然在皇帝的震怒之中，悄然酝酿！