酒过三巡，孙亮借口有事，先回了内宫。孙峻起身说要去厕所，趁机脱掉长袍，换上便于行动的短服，再出来时突然大喝：“有诏书，捉拿诸葛恪！”（《吴录》记载：孙峻提着刀喊出这句话时，孙亮站起来说：“不是我要这么做！不是我要这么做！” 乳母赶紧把孙亮拉回内宫。《吴历》说：孙峻先把孙亮请进内宫，然后才出来喊 “有诏书”，这和《三国志》本传的记载一致。裴松之认为：孙峻要假传诏书，应该像本传和《吴历》说的那样，不会像《吴录》记载的那样让孙亮当场表态。）
诸葛恪吓得赶紧起身，想拔剑反抗，可还没等他拔出剑，孙峻的刀就已经砍了过来。张约从旁边冲过来砍孙峻，只砍伤了孙峻的左手；孙峻反手一刀，就砍断了张约的右臂。皇宫里的侍卫们见状，都纷纷冲上大殿。孙峻大声喊道：“我们要抓的只有诸葛恪，他已经死了，大家都把刀收起来！” 之后让人清理了地上的血迹，竟然又接着设宴喝酒。（《搜神记》记载：诸葛恪被杀时，他的妻子正在家里，对婢女说：“你身上怎么有血腥味？” 婢女说：“没有啊。” 过了一会儿，血腥味更浓了，妻子又问婢女：“你眼神怎么不对劲？” 婢女突然跳起来，头都快碰到房梁，撸起袖子、咬着牙喊道：“诸葛公被孙峻杀了！” 家里大小人这才知道诸葛恪死了，没过多久，官府的士兵就找上门来。《志林》记载：当初孙权病重，召诸葛恪辅政。诸葛恪临走前，大司马吕岱告诫他：“现在天下多难，你以后做每件事都要‘十思而后行’。” 诸葛恪却反驳：“从前季文子做每件事都要想三次才行动，孔子还说‘想两次就够了’，现在您让我想十次，这不是明着说我能力差吗？” 吕岱被说得无话可答，当时人都觉得诸葛恪这话太不妥当。虞喜说：把天下这么重的担子托付给一个人，让大臣行使君主的权力，这本来就很难；要是还不采纳众人的意见、不听取普通人的建议，不虚心接受批评，总觉得自己做得够好，那肯定成不了大事、立不了大功。何况吕岱是国家的老臣，见识深远，用 “十思” 提醒诸葛恪，却被诸葛恪当成是嫌弃自己能力差，这是诸葛恪的疏忽，也是他缺乏机敏和远见的表现。要是他能顺着 “十思” 的意思，多跟人商量国家大事，听到好建议就立刻采纳，接受劝谏时毫不迟疑，哪会落得在大殿上被杀、死在奸臣手里的下场呢？世人只惊叹诸葛恪口才好、反应快，却嘲笑吕岱被反驳得说不出话，没人考虑他最终的安危 —— 这就像只喜欢春天花草的繁盛，却忘了秋天果实的甘甜啊！从前魏国攻打蜀国，蜀国人率军抵抗，军队严阵以待，六军调动频繁，士兵们都穿上铠甲，紧急文书不断传来。费祎当时是蜀军元帅，肩负国家重任，却还跟来敏下棋，一点不显得厌倦。来敏临别时说：“您肯定能打败敌人。” 这是说费祎心里早就有了周密的计划，所以表面上才不慌不忙。可常璩（字长宁）却认为，君子遇到大事应该谨慎，要多谋划才能成功。而且蜀国是个小国，又面临强大的敌人，当时的计划不是防守就是作战，哪能自满、一点不担心呢？费祎这种性格上的宽松随意，不注意细节，最后被投降过来的郭修杀害 —— 这不就是之前的征兆，最终酿成了灾祸吗？之前听说常璩评价费祎，现在又看到诸葛恪反驳吕岱，这两件事本质一样，所以一起记载下来，好让后人引以为戒，永远作为借鉴。）
在这之前，建业一带流传着一首童谣：“诸葛恪，芦苇单衣篾钩落，於何相求成子合。”“成子合” 反过来读，就是 “石子冈”。建业城南有片高地叫石子冈，很多人死后都葬在那里；“钩落” 是装饰皮带的物件，当时人叫 “钩络带”。诸葛恪死后，果然被人用芦苇席裹住身体，用竹篾捆住腰，扔到了石子冈上。（《吴录》记载：诸葛恪死的时候，五十一岁。）
诸葛恪的长子诸葛绰，原本担任骑都尉，之前因为和鲁王孙霸有往来勾结，孙权把他交给诸葛恪，让诸葛恪好好管教。可诸葛恪没手下留情，直接用毒酒杀了他。他的二儿子诸葛竦，任长水校尉；小儿子诸葛建，任步兵校尉。兄弟俩听说父亲被杀，赶紧用车子载着母亲逃跑。
孙峻立刻派骑督刘承去追，在白都这个地方追上了诸葛竦，当场把他杀了。诸葛建侥幸渡过长江，想往北逃去魏国，可才跑了几十里地，就被追兵抓住了。诸葛恪的外甥、都乡侯张震，还有常侍朱恩等人，也都被灭了三族 —— 家里上上下下，只要沾亲带故的，全没能幸免。
其实早在之前，诸葛竦就多次劝说父亲收敛行事，可诸葛恪根本不听。诸葛竦一直担心家里会遭大祸，整天忧惧不安。等到诸葛恪父子被杀，尸体在街市上放了好多天，临淮人臧均实在看不下去，就上奏疏请求为诸葛恪收尸安葬。
他在奏疏里说：“臣听说，雷电再猛烈，也不会持续一整个早上；大风再狂暴，也很少刮一整天。就算是天地的威严，都不会一直持续；帝王的怒气，也不该发泄到极致、不留余地。臣虽然狂妄愚笨，不懂忌讳，却还是敢冒着杀头的风险，恳请陛下像天地降下云雨滋润万物那样，给诸葛恪一丝宽恕。
回想已故太傅诸葛恪，继承了祖父、父亲流传下来的功业 —— 他的伯叔父辈赶上汉朝灭亡、天下三分，分别在魏、蜀、吴三国任职，都忠心勤勉，让家族事业兴旺。到了诸葛恪这一代，在吴国长大，受朝廷教化培养，成了有名的才俊，侍奉陛下几十年，一开始并没有谋反的心思。先帝还把他当成伊尹、周公那样的重臣，托付国家大事。
可诸葛恪性格本来就刚愎自用，总觉得自己比别人强，不懂得恭敬地守护国家权柄、让国内安定。他三次发动大军出征，劳民伤财，把府库里的财物都耗空了；还独断专行，随便修改国家法令，用刑罚胁迫众人，不管官员百姓，都吓得不敢出声。
侍中、武卫将军（指孙峻）和臣等一起接受先帝的托孤遗诏，眼看诸葛恪越来越奸邪暴虐，怕他早晚要搅乱天下、颠覆国家，才鼓起勇气，凭着上天都能感受到的威严怒气，谋划比神明还周全的计策，用远超荆轲、聂政的智勇，亲手拿着刀在大殿上杀了诸葛恪。这份功劳，比汉朝的朱虚侯刘章、东牟侯刘兴居诛灭吕氏还大。
国家的大祸害一除，全军上下都欢呼雀跃，连日月都仿佛更明亮了，社会也没发生动荡 —— 这实在是宗庙神灵保佑、上天和百姓都认可的好事啊！可现在诸葛恪父子三个人的头，在街市上挂了好多天，围观的人有好几万，骂声此起彼伏。国家的重刑，确实震慑了所有人，不管老人还是小孩，都亲眼看到了这场景。
可人心就是这样：看到事物到了极致，就会生出相反的情绪。当初诸葛恪位高权重，天下没人能和他相比，当了这么多年的辅政大臣，现在却像禽兽一样被诛杀，看久了，心里难免会生出怜悯。何况他已经死了，和泥土混在一起，就算再挖坟砍尸，也没法再伤害他了。
恳请陛下效仿天地的仁厚，怒气别超过十天，让他的同乡、旧部下或者百姓，用普通士兵的衣服给他穿上，再用三寸厚的薄棺把他埋了。从前项羽死后，刘邦还给他安葬的地方；韩信被杀后，也得到了收敛的恩惠 —— 刘邦也因此赢得了贤明的名声。
希望陛下能有三皇那样的仁德，拿出怜悯之心，让国家的恩泽施及这具受刑的尸体，让他得到最后的宽恕。这样既能在天下传扬陛下的美名，又能劝诫世人，岂不是一件大事！从前栾布擅自给彭越收尸，臣其实不赞同他的做法 —— 他没先请示君主，就自作主张抒发私情，最后没被杀，实在是侥幸。现在臣不敢擅自表露心意，只敢亲手写这封奏疏，冒昧地向陛下请求，恳请陛下体察我的苦心。”
孙亮和孙峻看了奏疏，终于同意让诸葛恪的旧部下收敛他的尸体，大家这才去石子冈找到了他的遗体。（《江表传》记载：后来有大臣请求为诸葛恪立碑，刻上他的功绩，博士盛冲认为不该这么做。孙休说：“他夏天出兵，士兵死伤无数，却没立下半点功劳，算不上有能力；受先帝托孤的重任，最后死在小人手里，算不上有智慧。盛冲说得对。” 立碑的事也就搁置了。）