张居正、申时行的密疏都在朱载坖的案头，朱载坖一时有些无法决断，但是此事又无法询问外臣，朱载坖思来想去，决定召见左都御史海瑞，朱载坖直接问道：“现在外间举荐吏部尚书，多以方逢时、王锡爵合宜，海卿以为如何？”
面对朱载坖的这个问题，海瑞没有立即回答，而是问道：“陛下以方逢时、王锡爵为何等样臣子？”
这个问题，朱载坖也要仔细思量一下了，方逢时长于边务，才略明练，处置边事，皆协机宜，颇有当年杨博的风范，假以时日，绝对是军务的一把好手，而王锡爵则是朱载坖准备培养入阁的重臣，两者确实有很大的不同，从锻炼大臣的角度来看，吏部显然更加适合王锡爵。
朱载坖于是结束了海瑞的召对，随后下旨，原吏部左侍郎掌流外铨选院事杨巍升吏部尚书，原顺天巡抚、翰林学士王锡爵升吏部左侍郎掌流外铨选院事，原右副都御史、兵部左侍郎方逢时升右都御史兼通政使，原右副都御史严清加兵部左侍郎衔任三边总制，算是将部院重臣的职务进行了一轮调整。
朱载坖的这个调整是经过精心的考虑的，首先就是吏部尚书杨巍，这是朱载坖经过很慎重的考量的，杨巍是张居正的同科，嘉靖二十六年的进士，现在算是资历深厚了，中进士后先在户部见习，后授常州府武进县任知县。三年任满，考绩最佳，经巡抚连章举荐，内调兵科给事中。然后又担任山西按察副使，右佥都御史巡抚陕西、右副都御史，巡抚山西、兵部右侍郎、吏部左侍郎。
可以说杨巍的资历是很深厚的，地方州县、科道、巡抚、部院全部都担任过，资历上是没有任何说的，同时素厉清操，性长厚，有时望，性格相对温和，能够稳定局面，同时倾向于首辅张居正，也有足够的威望总领吏部。
而调王锡爵担任吏部左侍郎掌流外铨选院，一方面是是锻炼王锡爵的能力，将其放到部院予以考察，另一方面就是将王锡爵放到了入阁的第一队列中来了，同时作为申时行的政治盟友，王锡爵在吏部也能够起到异论相搅的作用，保证吏部在朱载坖的掌握之中，温纯则是朱载坖的放在吏部的眼睛。
而将方逢时调回京师，担任通政使，一方面是对他予以考察重用，另一方面就是加强张居正的权威，通政使的地位是很重要的，不仅作为九卿之一，可以参与廷推等朝廷大政，更重要的主管内外奏疏的进奏，对于张居正来说，这是一个极为重要的职务，方逢时能够担任这个要职的话，对于张居正来说是很重要的。
而严清则是原左都御史赵贞吉所力荐的人，当年严清巡抚四川的时候，因为严惩当地豪强，清丈田亩，得罪了他们，他们通过巡按御史弹劾严清，但是赵贞吉为之辩护，上疏称：“贼起郧、陕，贻害川徼，即有罪，当罪守土臣，不宜专责巡抚。臣深知清约己爱人，省事任怨。今蜀地岁荒民流，方倚清如父母，奈何弃之!任事臣欲为国家利小民，必得罪豪右。论者不察，动以深文求之。顷海瑞既去，若清复罢，是任事之臣皆不免弹击，惟全躯保位为得计矣。”
赵贞吉认为他是和海瑞一样的臣子，而现在陕西三边的重要任务就是发展河套的屯田，储备军粮，加强官军的训练，以为朝廷经略西域和青藏作准备，所以正需要严清这样的臣子前往，所以朱载坖选用了严清为三边总制。
对于朱载坖的这个决定，张居正和申时行都没有表示异议，这一轮两位阁臣的交锋，申时行展现了自己的手腕，绝不是他平日里所表现出来的温润君子作风，而张居正则稳固了自己的地位，虽然申时行依旧在内阁伏低做小，但是张居正已经不敢请示这位状元阁臣了，很多事情都要和申时行商量，已经隐隐超过了次辅潘晟的地位，朱载坖在命令升申时行为文华殿大学士。
同时现在最重要的事情就是增补阁臣，于是内阁再次上奏朱载坖，请求增补阁臣，朱载坖则在看一份特殊的奏疏，是徐阶的密疏，不过徐阶是代人上疏的，为谁呢？原右副都御史吴时来，这位是徐阁老的头号打手，花红双棍级的人物，之前无论是弹劾严嵩、严世蕃还是高拱，他都是冲在最前面的，帮徐阁老咬人。
后来高拱担任首辅，当然不会惯着他，直接在京察中将他黜落，按照大明的规矩，凡是在京察大计中被黜落的官员，除非皇帝特旨，不能起复，所以吴时来一直无法起复，现在高拱已死，吴时来请托徐阶，为他通个关节，徐阶则向朱载坖推荐了吴时来，认为他侃侃不失大臣风范。
而吴时来给朱载坖的奏疏也很奇特，是讨论有关大明蓄奴的事情，朱载坖之前已经严厉打击过一次此事了，但是这种事情是很难禁绝的，现在似乎又开始沉渣泛起了。
吴时来在给朱载坖的奏疏中陈述，法律规定普通百姓之家不允许豢养奴婢。这是因为功臣之家可以得到朝廷赏赐的奴婢，而普通百姓应当自行劳作，所以不得豢养奴婢。有违犯此规定的人都自称是雇佣工人，起初并未涉及到官员之家。官员之家，豢养奴婢，是势所难免的。
因此，应该命令司法部门酌情商议，无论官宦之家还是普通百姓之家，凡是签订契约并支付薪酬、工作有年限的，按照雇佣工人来论处；如果薪酬微薄、按日计算工资的，则按照普通人来论处。如果花钱购买的奴婢年龄在十五岁以下，并且长期恩养，到了十六岁以上并婚配的，则视为子孙来论处。如果恩养时间不长，未曾婚配的，普通百姓之家仍按雇佣工人来论处；官员之家，则按照奴婢的法律来论处。