朱载坖对于朝堂上的这些声音保持了沉默，这就更使得朝廷上下对于此事议论纷纷，再加上此次所损失的漕粮以二十万石计，损失确实是十分巨大的，别说朱载坖，就是户部尚书鄢懋卿、总督仓场户部尚书王国光等人也断然不能接受，纷纷上疏要求严究此案，务必要将幕后真凶缉拿。
而朱载坖则是召见了锦衣亲军都指挥使陆绎和提督东厂冯保，询问他们对于此案的看法，两个厂卫头目自然也是认为此案中定有猫腻，但是就连陆绎也不得不承认即便是厂卫，要想查察此案，也是非常之麻烦的，对于厂卫来说，漕帮这样的组织本来应该是厂卫重点的监控对象，但是实际上，厂卫对于漕帮的了解并不多。
陆绎说道：“陛下，以臣之经验，此案中必有猫腻，但是要详加查察的话，恐怕耗费不少功夫。”
朱载坖也问道：“这漕帮是何来历，连厂卫也轻易不能查实？”
陆绎只能报之以苦笑，其实漕帮就是脱胎于这些漕运卫所的，由于最开始大明实行的是兑运制，也就是有地方的所谓粮长负责征收漕粮，然后交给运军运输，而这些所谓的粮长，都是地方豪强，他们对于运军是百般欺凌，之前就有官员上疏陈述过此事。
在官府的记载中，这些粮长对于运军们百般欺凌：“嘉、湖、苏、松粮数独甲江南，纳户率皆豪右，甚且亲识大姓贿投门下，应兑粮米，颗粒不行进仓，大书告示，逼军私兑，稍不如意，任凭军官停船守候，屡谒门墙，经月不兑。有司明知，而 不敢问。夫民既恃势以凌军，军安得不挟众以虐民，是鼓噪之衅，宁独启自运官，实亦不肖有司畏徇强御，破坏漕规，激使然耳。”
运军们也团结起来，对抗这些粮长，也就形成了漕帮的雏形，这些运军中敢于带领士卒们和这些粮长对抗的，也就成为了后来漕帮中的所谓好老。
其实漕帮就是脱胎于漕运卫所之中的，所以漕帮的组织等很有军队的特点，组织严密，内部纪律严格，管理也相对严格，在加上厂卫之前也对于漕帮关注的不多，现在猛地要查，确实是比较困难的。
不过对于漕运的情况，厂卫还是有所了解的，漕帮基本上都是本卫子弟所组成的，所以厂卫探子也确实不容易打入其中，从漕运卫所的角度来看，一卫需要派兑多个府州县的漕粮，在卫所里面则衍生出漕帮派兑多个州县水次漕粮。从州县的角度来看，一府由多个漕运卫所兑运漕粮，一县也可以由多个帮兑运漕粮。
漕帮和漕运，就是互相依存的关系，现在朱载坖要减少漕运数量，对于这些漕帮来说当然是极为不利的，更不要说朱载坖还准备将这些运军打散编入各水师之中，这等于变相要解散漕帮，他们当然是不会答应的，所以从作案的动机和作案的能力上来说，漕帮确实是很有可能的。
朱载坖在召见了厂卫头目之后，然后召见了刑部尚书洪朝选，询问他对于此案的看法，洪朝选也认为此案和漕帮脱不了干系，但是同时也不得不承认，要查察此案，难度是很大的，至少劳堪和张学颜洪朝选是不看好的，洪朝选认为劳堪狠辣有余，细致不足，张学颜则是惟张居正马首是瞻，不能做到公正处理此事，他们两人处理此案，恐怕不能使得朝廷上下心服口服。
朱载坖当然知道洪朝选和张居正关系不佳，之前两人因为辽王案就结怨，现在虽然张居正担任首辅，但是洪朝选也不是什么软柿子，一向不怎么把张居正当回事，朱载坖也直接问道：“那以大司寇之见，当遣何人查察此案呢？”
洪朝选向朱载坖推荐了南京户部左侍郎王宗沐，因为他长期在有关漕运的部门任职，熟悉漕运的相关情况，而且办事稳重，也接触过漕帮，洪朝选认为他能够比较公正的处理这个问题。
朱载坖记下来了之后再次召见首辅张居正，朱载坖说道：“大司寇向朕推荐南户部左侍郎王宗沐查察此案。首揆怎么看此事？”
张居正一听是洪朝选举荐的人，心中一下子就警惕起来了，他一向不希望洪朝选，认为他和他的福建老乡李默一样过于清高，看不清形势，当然张居正也清楚，这也是朱载坖的帝王心术，现在处理此案的劳堪和张学颜都是张居正举荐的人，当然也要派遣一些不是张居正派系的官员去处理此案才行，否则万一他们联手糊弄朱载坖这个皇帝怎么办？
所以对于朱载坖准备派王宗沐赴淮安查察本案，张居正也是同意，同时张居正也向朱载坖举荐工部尚书总督河道潘季驯查察本案，对于张居正的举荐朱载坖也予以接受。
对于台谏的上疏，朱载坖一律留中不发，随后下达诏书，升南户部左侍郎王宗沐为南刑部尚书，与工部尚书总督河道潘季驯、锦衣中卫指挥佥事刘守有、内官少监陈矩一道，以钦差查察本案。
朱载坖同时再次下达命令，以今年漕渠事故频发，漕粮损失严重为由，直接暂停了今年的运河运输，命令东海水师和北洋水师一道，雇佣地方海船，协助朝廷转运漕粮和秋粮。
朱载坖的诏令下达之后，满朝一片哗然，原本大家都很清楚，这些运河上发生的事故，是反对河海兼运的这些势力制造出来的，借以给朝廷施加压力的，没想到朱载坖直接下令暂停河运，这不是更加刺激这些人吗？
很多官员都向朱载坖上疏，认为不宜过于激进，毕竟事缓则圆嘛。但是这些奏疏都被朱载坖留中不发了，同时总督仓场户部尚书王国光向朱载坖上疏，请求对于水次仓和沿运河的仓库予以清查，查察其中的情弊。
在张居正的支持下，朱载坖同意了王国光的上疏，遣王国光为钦差，持节赐天子剑在亲军诸卫的护送下清查各水次仓。