在朱载坖的同意之下，大明对于地方提前进行大计，由都察院和户部在内阁的领导下对于大明各地方官府进行大计，在张居正的举荐下，朱载坖下诏以吏部右侍郎王篆、原巡抚四川右副都御史曾省吾主持大计，同时升曾省吾为右都御史。
在张居正的领导之下，对于地方官府的大计在隆庆十三年年末拉开了帷幕，这也使得整个朝廷感受到了这位新上任首辅的手腕，之前李春芳担任首辅，相对温和，即便是遇事也多有寰转的余地，而张居正上任之后，首先就是整顿漕运，随后就是对地方官府展开大计。
在张居正的奏请之下，这次的大计主要针对地方官府的财政收支情况进行监察，朝廷首先要掌握地方官府的基本支出，还有地方官府加耗的情况，才能够针对性的进行财政计划。
同时朱载坖还召见了张居正还有一众有关财政的重臣，还有左都御史海瑞，重点讨论了协济问题，协济原本也是地方留存钱粮的重要用途之一，按照朝廷的定例，留存钱粮的用途就是一为供给本地官吏俸禄、师生廪及振济孤老、款待过境使客的口粮之用；二为供给境内卫所军饷之用；再者便是灾荒之年作为救灾赈济之用。其他用途则每年编造预算一次。扣除掉本地留存的余额用来补本省内或邻境之不足。剩下的盈余则入本地仓库，以备赈灾之用。
因为地方有贫富之分，所以之前在征收本色的时代，由于大量的本色转运不便，所以朝廷为了减少损耗，都是由相邻的省份进行协济的，现在要进行折色，朱载坖认为就应当由户部进行统一的规划，同时在进行预算的时候，就要考虑到各地的贫富差异，对于北方，朝廷要多补贴，支持北方进行大规模的水利建设和仓储建设，而东南本身就相对富庶，为了防止东南的地方官府为了减少起运而编列大量的工程，户部、工部在审核的时候要予以严厉控制，不准滥兴工程，浪费民力。
朱载坖说道：“朕惟水旱不时，缓急无所恃，命思义令天下立预备仓，以防水旱。思义首邦 计以农桑积贮为急，凡所兴设，是为当今之要务也。”
朱载坖认为现在最重要的事情就是建立各种仓储设施，把从荒政建立起来，其次就是各种水利设施和道路的兴建，其他事情，都可以向后放一放，还最重要的一地就是在确定加耗的时候，一定要有利于百姓，严格限制加耗的征敛，要在现有基础上予以减少，减轻百姓的负担。
对于大计中发现的有贪墨行为的官员，要立即指名参劾，严惩不怠，在张居正的领导下，开始对于全国各布政使司、府州县予以大计，同时参劾一些苛待百姓，中饱私囊的官员。
而到了隆庆十四年，天下最关心的一件事情就是漕运的改革问题，按照朱载坖在隆庆十三年发布的诏书，隆庆十四年是第一年实行河海兼运的年份，今年运河漕粮二百万石，海运漕粮六百万石，不过今年还要起运隆庆十三年的秋粮，这也是一笔不小的钱粮，所以朱载坖专门下诏给总督漕运劳堪和巡视漕运右都御史卫尉寺卿张学颜，要求他们务必要严密组织，保证东南的起运秋粮和漕粮安全抵达京师。
但是千算万算，还是出事了，隆庆四年三月，总督漕运劳堪急报，从东南发出的漕船在淮安天妃闸、山东临清失事，损失船只800艘,溺人千余,失米石，巡视漕运右都御史兼卫尉寺卿张学颜奏报，漕船在在黄河北桃源、宿迁一带遇风,撞沉漕船50余只,撞伤船只200余艘,多名运军被淹死，失米石余,并席竹、松板、行李、什物全行漂没，官军死伤过百。
朱载坖得到奏报之后，当即召见阁部重臣，漕船在运河出事，并不稀奇，每年都会有大量的漕船在运河上因为各种各样的事情出事，朱载坖之前也收到过这样的奏报，甚至说每年都要收到不少这样的奏疏，但是像今年这样，漕船大规模的出事，损失漕粮如此之多的情况，还是闻所未闻的。
朱载坖当然很清楚，这不是天灾，而是人祸，朱载坖将这些奏疏给阁部重臣们看过之后问道：“诸位怎么看此事啊？”
首辅张居正说道：“陛下，这是有人蓄意对抗朝廷，必须严惩！”
对于漕运出现这么严重的事故，总督漕运劳堪在请罪之外，也初步调查了本案，他认为虽然从表面上看起来此次漕船倾覆，是由于是本地水文情况复杂，运军又由于朝廷的改革命令而心神不宁，从而导致漕船倾覆，损失漕粮达二十余万石，但是劳堪也在奏疏中坦陈，此案个中缘由，尚且晦暗不明，不能排除有人蓄意破坏。
朱载坖将这些奏疏放下之后说道：“不急，先看看再说，朕倒是要看看，他们想玩些什么花样来。”
很快漕船倾覆，漕粮大量损失的消息就传遍了整个朝廷，科道御史们纷纷上疏，弹劾总督漕运劳堪和巡视漕运张学颜，甚至将获烧到了首辅张居正身上来了，很多人认为，之前漕运虽然有所损耗，但是从未发生如此大的损失，这都是由于张居正轻易变更祖制所导致的，现在运军人心惶惶，漕粮大量损失，对于朝廷的财政影响极大，必须要立刻做出反应，严惩涉事官吏，保证朝廷的漕粮和秋粮如数解运。
而原漕运总督，现总督河道工部尚书潘季驯则是上疏分析了此事，他就认为此案定有蹊跷，他多年总督漕运，在运河上漕船倾覆，损失漕粮确实是非常常见的事情，但是多者不过万余石，像这样一次就损失漕粮二十余万石的事情，还从未发生过，何况运河经过潘季驯的治理之后，已经没有之前那么危险了，还发生这样的事情，是不能理解的。