朱载坖在文华殿和太子批阅这些奏疏，朱载坖问道：“太子怎么看此事？”
朱翊釴的想法倒是令朱载坖有些诧异，朱翊釴认为，兀良哈求贡，可以允许，但是不能允许图们汗求贡，朱翊釴的理由是兀良哈的住牧地离大明的辽东和大宁两镇很近，虽然兀良哈三卫时降时叛，但是只要大明强大，兀良哈是不敢轻举妄动的，而且若是大明将兀良哈部和图们汗的通贡都予以拒绝的话，难免使得兀良哈和土蛮走的更近，本来兀良哈和土蛮就很亲近，这样一来岂不是将兀良哈部推向土蛮吗？
所以朱翊釴认为，不能将兀良哈部和土蛮同时拒绝了，要拉拢兀良哈尔拒绝土蛮，这样的话，可以让兀良哈威大明边镇的藩篱，同时使得兀良哈部不会倒向土蛮，对蒙古人采取分化瓦解的办法。朱翊釴的这个想法是很合朱载坖的胃口的，大明对于蒙古，不仅是要采取军事手段予以征讨，各种政治谋略也要使用，对于蒙古人，不仅要征讨，也要予以分化，各个击破。
朱载坖很清楚，不能一味的使用武力，大明的军队是有限的，现在辽东的土蛮和兀良哈、宣大的土默特部、三边的鄂尔多斯部和瓦剌，对于大明来说，对于其中势力强大对大明不恭顺的要予以征讨，但是对于其他的部落，该怀柔的还是要予以怀柔。
尤其是现在的当口，大明主要是要解决俺答死后土默特的问题，而且西域那边也不消停，瓦剌的和硕特南进西域中部，在西域大肆扩张，甚至准备将手往青海伸，这是朱载坖决不能容许的事情，所以朱载坖认为，现在蓟辽方向不宜大动干戈，以安静为主，镇之以静。
等到朝廷将土默特处理好了之后再说，朱载坖于是再次召集廷议，商量此事，大部分的朝臣都认为，对于图们汗要求和俺答享受一样的待遇，不能允许，而且经谭纶等边镇总督、大将们的上疏，不少臣子们也认为图们汗所图甚大，恐怕有诈，对于图们汗的要求，一概予以拒绝。
而对于兀良哈部，大家的态度就是并不一致了，兵部尚书汪道昆、潞国公马芳、玄菟侯李成梁等人认为，兀良哈素无信义，时降时叛，不能信任，对于兀良哈的要求，应当予以拒绝。
但是内阁首辅李春芳、顾问咨询大臣高拱等人认为，兀良哈和其他的蒙古部落是有区别的，毕竟兀良哈市属夷，是大明的臣属，尽管兀良哈经常背叛大明，但是大明已经进行了征讨，也算是施加了惩罚，若是大明再拒绝通贡，就是将兀良哈往土蛮那边推，变相的增加土蛮的力量，这是不可取的，他们认为，对于兀良哈，可以恢复通贡，但是之前的赏抚要予以全部取消，兀良哈部要向从大明手中获取赏赐，要么是向大明提供情报，尤其是有关女真人和土蛮部的情报，要么就是随同大明官军出征，斩获首级，换取赏赐，除此两种情况之外，不能滥施赏赐。
朱载坖支持了李春芳和高拱的意见，下旨拒绝图们汗的求贡，同时准允兀良哈部通贡，但是严格限制通贡的规模，只允许大宁镇一口通贡，不准其在索要赏抚之类的东西。
朱载坖处理了这些事情，就开始处理北直隶的屯垦问题了，随着北直隶的水利兴修了之后，户科给事中徐贞明之前曾经上疏建议在北方兴修水利,推广种稻。朱载坖对此事很重视，将徐贞明的奏疏转发给顺天巡抚申时行，要求他在北直隶试行，看能否在北方种植水稻。
申时行在永平府种植水稻，取得了成功，但是却被很多官员上疏弹劾，而且朱载坖发现弹劾申时行的还多是北直隶出身的官员，朱载坖一下子警惕起来了，事出反常必有妖，朱载坖一面命令陆绎和冯保密查此事，一面召见了内阁首辅李春芳和东阁大学士潘晟。
朱载坖将这些弹劾申时行的奏疏给两位阁臣们看了之后问道：“这北直隶出身的官吏纷纷上疏弹劾申时行，这可有些奇怪啊！”
这事确实蹊跷的很，按说申时行此举是为了发展北直隶的农业，改善当地的经济条件，使的百姓们能够多收一些粮食，这是善政啊，这弹劾确实是蹊跷的很，所以朱载坖召见了李春芳和潘晟两人，因为他们都是南方人，面对朱载坖的这个问题，两位阁臣们都是苦笑。
李春芳为朱载坖解释了其中的缘由，说白了，就是因当地民众惮于力作，而北方贵势之家担心他们的大量荒闲土地，因修水利之后失去芦苇薪荡之利，还要像江南一样交纳赋税，所以极力反对，坚决不允许在北方兴修水利，推广水稻的种植。
朱载坖明白了其中的意思，说一千道一万，就是为了利益，因为朝廷征收田赋，按照土地的肥瘦，由不同的征收比例，也就是所谓的科则，东南为什么赋税重，就是因为科则重，平摊下来，东南八府的科则是很重的，松江府每亩2斗一升，苏州2斗，常州一斗三升，数倍于北方的科则。
而北方的科则本来就是比南方轻很多，这些被豪强官僚所占的所谓芦苇地的科则更是极少，按照朝廷规定，这种芦苇地上等每亩征银三分或钱三十文，中等征银二分或钱二十文，下等征银一分或钱十文，基本上等于免税，这本来是朝廷为了舒缓民力的善政，但是在实际执行过程中变成了豪强地主巧取豪夺的办法。
他们以各种形式将这些土地弄到手，然后租佃给百姓耕种，向百姓收取地租，往往高达两斗左右，简直是无本的买卖，现在徐贞明和申时行准备在北方兴修水利，推广水稻种植，那岂不是坏了他们的大事，一旦朝廷大面积推广水稻种植，原本的科则肯定会被修改提高，这等于是在从这些地主身上割肉，他们怎么能答应啊！