朝廷开始紧锣密鼓的准备起来，兵马未动粮草先行，首先就是各种物资的调拨，得益于朝廷对于道路的整修和这两年与蒙古人的互市，大明有了大量的牲畜可供拖曳物资，朝廷雇佣了大量的车马行为朝廷转运物资，将大军所需的粮秣、辎重和药品等物资转运到天津登船，然后先运往朝鲜囤积起来，准备向倭国发运。
同时王直也向朝廷汇报了越后等地的气候、水文、航路等情况，越后在冬季多有豪雪，夏季则晴天较多并时有焚风发生，冬季少有晴天，气候寒冷，且少有台风影响，而夏天晴天日数较多。根据这种气候特点，朱载坖命令兵部、工部相对应的准备大军的被装等物。
朝廷正在紧锣密鼓的准备东征的事情的时候，张四维也在积极和索南加措商量，经过张四维和索南加措的商量，朝廷承认格鲁派以及格鲁派活佛在青藏和蒙古的领袖地位，并且给予支持，作为回报，格鲁派和索南加措要配合朝廷加强对于青藏和蒙古的控制。
对于阴图不轨的土司、头人、台吉等青藏的贵族，格鲁派要号召信众配合朝廷，予以打击，朝廷赐予格鲁派活佛朵儿只唱的称号，尊其为上师，朱载坖从内承运库每年拨银钱五万，作为皇室对于格鲁派的布施和支持，加强格鲁派在青藏和蒙古地区的传播，而格鲁派的活佛转世，也需要得到朝廷的认可，才能够获赐印信和朵儿只唱的称号。
具体到土默特部的事情上来说，索南加措要帮助朝廷确认不他失礼的正统性，为不他失礼背书，打击黄台吉的势力，同时在蒙古诸部宣扬佛法，教化百姓，避免大明和蒙古的直接冲突。
朝廷也会资助格鲁派在青藏等地传教、兴建寺院等活动，双方达成了协议之后，张四维以密疏具奏朱载坖，朱载坖正式下旨礼部，为索南加措铸造活佛金印，授予他朵儿只唱的称号。
消息传回土默特部，本就身体不好的俺答遭到重创，再度发病，卧床不起，俺答很清楚，大明如此大张旗鼓的给索南加措授予尊号，赐予金印，只能说明一个问题，就是大明已经和索南加措达成了交易，一旦俺答去世，大明不但有三镇官军可以直接干涉土默特部，还可以利用索南加措来分化瓦解蒙古人，这会使得蒙古面临的局势更加困难。
而俺答的大病更是使得土默特部人心浮动，黄台吉、三娘子、把汉那吉各方势力都紧密的关注着俺答的病情，而大明也趁机开始搅动风云，在朱载坖的上谕和宣大总督郑洛的指示下，大明增开大同、山西沿边的贡市，同时严查宣府镇的走私情况，郑洛还借口张家口附近有麻匪，暂停了张家口的贡市，这使得黄台吉的部落和黄台吉极为不满。
很多沿边的部落都认为是黄台吉对大明的不友善态度导致了大明对黄台吉部采取中断贡市的态度，虽然黄台吉部可以到山西、大同的贡市去和大明交易物资，但是一来是路途遥远，来回折腾很不方便，二来是在大同这边主持贡市的事把汉那吉，他能给黄台吉好脸色那才是怪事了，黄台吉和把汉那吉之间的矛盾是越来越深，而这正是大明所乐见的。
除了土默特部之外，土蛮部和兀良哈部也向大明遣使，请求比宣大开市，在大宁、辽东等处增开马市，他们愿意向大明臣服，朱载坖没有第一时间就回复他们的奏疏，只是命令礼部安置土蛮和兀良哈部使臣，同时召集廷议，向蓟辽的总督、提督等文武官员询问土蛮和兀良哈部的情况，征求他们的意见。
对于兀良哈部和土蛮部的求贡，朝廷的大体的意见还是同意的，因为蓟辽这两年相对比较安宁，兀良哈和土蛮也算是被大明打服了，不过蓟辽总督谭纶对于图们汗有些疑虑，据官军的尖哨还有蓟辽沿边的蒙古部落向大明提供的情报来看，这个图们汗其志不小，为了重振正统大汗日益衰落的权威，图们汗选任左右翼五万户首领担任“执政”，制定大法，宣示大政，试图重新统一蒙古诸部。
所以谭纶对于他的求贡表示心怀疑虑，谭纶不太相信图们汗的诚意，而且图们汗和兀良哈只想通贡，不想求封，这也是很多大将不同意的原因，像马芳、戚继光、李成梁等大将都不同意允许和图们汗、兀良哈部通贡，图们汗其实并不是不想求封，而是他求封的要求大明是绝不可能答应的，他想要谋求取得与俺答同等待遇，这显然是不可能的，俺答毕竟是多年求封，而且自从封贡之后，一向恭顺，而且土默特部的实力远远强于土蛮部，你图们汗多大的脸，想要要求和俺答一个待遇，这点直接被朱载坖断然拒绝了。
而对于兀良哈部，反对的声音就更大的，尤其是边镇的武将们，他们坚决不同意兀良哈部的通贡，他们认为兀良哈狡诈，不守信用，降而复叛，不能信任，在成祖朝就和大明作对，大将们还拿出了成祖当年的上谕，当时成祖谴责兀良哈三卫道：“'昔兀良哈之众数为鞑靼抄掠，不能安处，乃相率归附，誓守臣节，我太祖高皇帝矜厥困穷，设福余、朵颜、泰宁三卫，授尔等官职，律各领其众，臣属既久，后竟叛去。及朕即位，复遣使来朝，朕略其过，加意抚绥，数年以来生聚蕃息，朝廷于尔可为厚矣。比者尔为本雅失里所胁，掠我边卒，又遣苦列儿给云马市，实行窥伺。狡诈如此，罪奚可容？”
提督蓟辽军务戚继光、玄菟侯李成梁、大宁镇总兵时陈等人和宣大总督谭纶交章上疏，认为北虏狡诈，不能轻信，尤其是对于兀良哈三卫，一旦他们休养生息之后，大宁镇就会再次遭受袭扰。