佛郎机使节走后，朱载坖和张居正、杨博等人随即商量起来应该怎么办了，对于现在吕宋岛上的情况，大明并非是一无所知，对于佛郎机在吕宋岛上的扩张，缅甸总兵俞咨皋和缅甸水师总兵邓子龙早就上疏陈述国了。
嘉靖四十四年，佛郎机人占领宿务，在吕宋岛上建立起据点，隆庆五年，佛郎机人黎牙实比率远征队占领马尼拉，并将之建设成佛郎机人殖民统治的中心。但是并不意味着佛郎机在吕宋岛上就站稳了，事实上从吕宋岛缅甸的华侨们的讲述来看，吕宋岛上的反抗还是很激烈的，在征服吕宋南部中，遭到了穆斯林势力的强烈抵抗，对吕宋整个群岛的征服并没有完全成功。
而且佛郎机人现在是需要大明予以支持的，吕宋本地生产力低下，土着所生产之物，不仅种类稀少而且产量不高。根本无法满足佛郎机人的需求。在这种形势下，佛郎机人发现，为了维持佛郎机人对粮食、 弹药等物品的开销，佛郎机人唯一可以获得帮助的只有中国商人。
大量的中国商人为吕宋岛上运来了粮食、布匹甚至与铁器、火药等违禁物品，使得佛郎机人可以在吕宋岛上的生存，同时为了在吕宋岛上营建各种城市、炮台等，又需要大量的劳动力和懂营建的人，华侨可以为他们提供这些帮助，朱载坖认为，佛郎机现在还没有能力挑战大明。
但是也不得不防，朱载坖和杨博、霍冀等人商量之后，决定敕令中南总督殷正茂加强戒备，尤其是水师，要出海巡逻，护送华侨的船只到缅甸去，向佛郎机人宣示大明的武力，同时要增加缅甸水师的兵力，在仰光附近的沿海地区新建炮台，严防佛郎机人的突袭。
至于所需的火炮、船只，一部分有朝廷的造船厂、铸炮厂调拨，另一部分拨给银钱，直接从红夷手上去购买，作为应急之用，同时和红夷加强联系，以夷制夷嘛，现在红夷在海上的势力不够强大，还是比较恭顺的。
佛郎机人和红夷之间因为争夺和大明贸易的主导权，经常是明争暗斗，朱载坖决定利用红夷，之前红夷就通过商人向大明传递信息，称：““不敢为寇，欲通贡而已。”
但是朱载坖一向对于这些西夷相对警惕，朝堂上也不愿同他们建立任何的外交关系，但是现在形势不同了，大明夺取缅甸之后，已经算是正式介入了南洋，和这些西夷之间的冲突是在所难免的，朱载坖认为，大明要主动了解这些西夷，他们也不是铁板一块的，朱载坖谕令礼部和沿海地方督抚，一方面要加强海防，御敌于国门之外，另一方面和主动和西夷交往，探听虚实。
同时组建使团，准备和红夷接触，在红夷商人的引导下，前往欧洲去接触他们，只有得知其虚实，才能够想办法应对他们。现在大明君臣对于海关都是极为重视的，因为海关的关税银是大明财政收入的重要部分，已经和盐税等量齐观了，而关税和西夷和很重要的关系，所以必须对了解西夷，现在的朝廷，对于西夷并没有那么反感了，毕竟朝廷的收入还要指望这些西夷。
朱载坖的南京驻跸了几日之后，松江等地就传来了消息，在协理海关事务徐渭的指挥下，官军水师在松江、舟山等地查获了四艘走私船，上面运载的都是倭国的金银、刀剑等物，想要到大明换取生丝等产品，抓获的走私贩子当即被徐渭移交给锦衣亲军，在陆绎等人的严审之下，他们交代了和大明这边接头的商人之后，锦衣亲军迅速行动，在苏州、松江、湖州等地抓捕通倭的商人。
朱载坖再次发布上谕，重申对倭国的贸易禁运，对于敢于通倭者，必置之重典，将这些通倭商贩家产抄没，举家流放哈密，同时对出口商品的税则、种类再次予以重新规定，同时对于东南等地银钱流通不畅的事情予以严厉斥责，要求限期废两改元，从东南做起，朝廷官府不再使用银两，而是使用少府铸造的银钱，无论是征缴赋税还是发放官俸、军饷等，都必须限期改用银钱，以三年为期，废两改元。
朱载坖的诏书无异于在东南平静的池水中投入了一枚巨石，南京的官员们纷纷上疏，认为朝廷推行废两改元过于激进，民间一时之间难以接受，还有上疏认为朝廷官铸的银钱，含银只有九成，有掠夺民财之意。
对于这些言论，朱载坖不为所动，要求南直隶、浙江州府，必须限期废两改元，朱载坖很清楚，大明朝什么缓一缓就是不执行的意思，什么缓一缓到最后就变成了一缓到底，彻底不执行了，所以朱载坖这次一定要将银钱在东南推行下去。
在朱载坖的准备之下，少府从京师运来了价值二百八十万两的银钱，这是少府这几个月的积存，用于在苏松南京扬州杭州湖州等地投放，同时收缴民间杂色银两，统一熔铸之后解运京师铸成银钱投放到市场中。
朱载坖对于东南的这几拳，搞得东南的商人们一时之间有些措手不及，想要反抗吧，大批的锦衣亲军就在东南，敢跳出来就是一个通倭的罪名扣在头上，什么，要证据，锦衣亲军马上给你编出来，保证就算是三法司也翻不了案。
关键是以往这些商人们惯用的手段对于朱载坖不奏效了，买通地方官和衙门小吏，现在的东南的地方官和小吏都不是本地人，和这些商人素无交情，怎么可能把自己的前途搭上去，现在的小吏更是不敢和州县正印对抗，因为小吏要想参加考选，州县正印的考语是很重要的，只有给他一个下等的考绩，最少就要过三次考核之后才能参加吏员的考选，这些小吏现在对于正印官巴结都还来不及，怎么敢和他们作对。