王锡爵走后，朱载坖第一时间召见了内阁和部臣们，朱载坖问道：“对于王锡爵的奏疏，你们怎么看？”
重臣们认为王锡爵的奏疏还是言之有物的，甚至在南京的督师大学士张居正也上疏朱载坖，认为王锡爵的奏疏诚忧国之言也。
但是具体应该怎么办上，内阁还没有具体的措施。而朱载坖也深知此事的重大，朱载坖和马森、王锡爵想得都不太一样，朱载坖认为，既然还要改革，那小改不如大改，而现在整个内体的关键是在内阁，内阁的权力不明晰，导致整个大明的中央官制就处于混乱之中。
内阁没有明确的执掌，导致内阁完全依靠阁臣个人的能力扩张权力，阁部之争迁延日久，所以朱载坖认为，要重新拟定大明中枢各衙门的执掌，还有就是内外朝官，将行政和监察彻底分开，这样的话，才能够解决大明现在的问题。
而这次朱载坖没有选择先召集阁臣们商量此事，而是选择先召集部臣们商量此事，朱载坖首先召见的是吏部尚书杨博和礼部尚书吕调阳，杨博自不必说了，吕调阳虽然是李春芳引荐的，但是朱载坖也遣厂卫查过此公，这位属于在政坛默默无闻的老好人，派系色彩并不是很浓。
朱载坖召见他们二人的原因，就是向他们询问内阁的地位和执掌问题，他们一个是执掌天下礼制的大宗伯，一个是执掌大明铨政的大冢宰。
朱载坖开宗明义的问道：“杨天官、吕宗伯，以我大明祖制，内阁是何等样衙门啊？”
这个问题使得两位重臣一时之间有些不好回答，经过短暂思索之后，礼部尚书吕调阳说道：“陛下，盖内阁之制，追之于宋也，宋置殿阁之职为皇帝近侍，本朝沿袭之，为陛下顾问之臣也。”
杨博也说道：“大宗伯所言甚是，所谓内阁，内者，大内也，阁者，殿阁也。”
对于两位部堂大员的说法，朱载坖并不满意，朱载坖说道：“朕是让两位说内阁是何等样衙门，不是叫二位说文解字来的。”
面对朱载坖的不满，杨博、吕调阳赶紧请罪，朱载坖说道：“卿等直言就是，朕已经屏退外人了，此间仅有二卿与朕，何话不能说得？”
有了朱载坖这句话，杨博这才说道：“陛下既如此说，则老臣放肆言之，所谓内阁者，翰苑之内署也！”
杨博认为，内阁从制度上来说，仅仅是翰林院派驻内廷，作皇帝顾问的一个机构而已。
朱载坖问道：“大宗伯呢？”
吕调阳说道：“陛下，大冢宰所言，不无道理，察内阁之始，不过拣选翰林学士入内顾问也，言之为翰苑之内署，亦不为过。然如今之内阁，早已不是当初的内阁了。内阁之职,同于古相者,以其主票拟也。”
吕调阳毫不讳言的认为，现在内阁和之前的宰相很大程度上已经是相同的了。
朱载坖直接说道：“那以此看，内阁竟不是大明的正式衙门了。”
这还是真是，在大明的各级衙门中，你都找不到内阁这样的一个衙门，所谓内阁的执掌，全部都是编撰在翰林院下的，内阁并无自己的印信， 与诸司的公文往来亦以翰林院的名义，内阁下面也仅有制敕房与诰敕房两个机构，所需要的人员也都是从翰林院调来的。
朱载坖皱眉说道：“名不正则言不顺，如此办事，岂能昭大信于天下？”
朱载坖说得也是实情，大明的内阁，权力有多大，权力范围是什么，一概没有什么明确的说法，内阁权力的大小，就取决两个方面，一是皇帝的态度，如果皇帝本人相对怠政，并且愿意信任内阁，那么内阁的权力就大，若是遇到重八个那样的主，就算是有内阁也不过是个文书机构罢了。
第二就是阁臣们的能力了，阁臣能否控制科道，势压六部，也是内阁权力大小重要因素，要是像成化朝纸糊三阁老那种货色，别说势压群僚，就是泥塑六尚书也不鸟他们啊。但是要是遇到夏言、严嵩这样的主，管你什么科道、六部，全都给本阁老把尾巴夹紧一点，敢唱反调，就收拾你。
但是内阁的权力并没有明文规定，也没有任何制度保障，朱载坖并没有继续和两位尚书多说什么。等到吕调阳、杨博走后，朱载坖下旨给内阁。
朱载坖在上谕中表示：大明祖制，科道乃朕之近侍耳目也。比来法纪荡然，，内外勾结，六科言官与阁部大臣私相交往，习以为常。视祖制何如？视律法何如？朕非刻薄之主，然犯吾法者，惟此剑尔！现晓谕科臣，有不愿六科为官者，上疏直陈，照例以四品外放布政使参议、按察佥事等职，之前种种，朕不再究。自此诏下后，仍有内外勾结者，定斩不饶！
朱载坖的奏疏下达之后，六科的给事中们半晌无言，而在这份奏疏之后，朱载坖立马又下达了第二份上谕。
朱载坖在上谕中说道：国家以六部分理庶务，乃祖制也。六科职在监察，向所谓会揖者，部臣与科臣会商，甚乖政体。部臣乃朝廷之重臣，何得唯唯于六科？自即日起，永不许所谓会揖，六部行政，自有司官、堂官，有所不妥，科臣奏闻，朕自断之，岂得以小臣而乖政体乎？若仍有科臣干涉六部行政，司官、部臣即行上奏，朕必斩其首，悬之都门！
连续的两份上谕，使得六科和六部都大为震惊，这次朱载坖一反常态的支持了六部，这在大明还是很少见的，从仁宣以后，六部的地位就日渐低落，内阁、科道的权力日渐膨胀，这已经是大明的常态了，清流吃香，而真是干活的人，除了被喷就是被喷，反正言官们上班只需要带嘴就行。
但是这次朱载坖旗帜鲜明的支持六部，要求保障六部的行政权力，不允许科道再随意干涉六部的具体行政。