朱载坖随即问阁臣们认为此事应当如何处理，内阁也认为张居正既然督师南京，此案还与华家的逆案有关联，就应该由张居正将本案一并审理。
朱载坖于是同意了内阁的意见，不过朱载坖仔细翻阅了张居正和严绍庭的奏疏之后，说道：“无锡县这个什么东林学舍，朕看是包庇逆党，扇惑人心，令张居正严令地方州府将其铲除，不准再兴建类似的书院。”
朱载坖对于东林这两个字都比较敏感，干脆先下手为强将其铲除，免生后患，同时朱载坖以上谕的形式向张居正下令，严究此案，绝不姑息。同时朱载坖指令张居正与严绍庭、刘忠一道审理本案。
而在南京的张居正此事也承担着巨大的压力，南京都察院的御史们已经准备弹劾张居正，南京六部的官员们纷纷前来请求张居正对这些士子从轻处理，但是张居正根本不为所动。
严绍庭将华家的罪证以及华察解到南京之后，张居正随即下令审理此案，为了表示公正，南京刑部、南京都察院也派人旁听本案，张居正下令将华察解到督师行辕，亲自问讯。
面对严绍庭从华家起获的金砖、军器等物，华察辩解称，金砖是家中下人采购的，自己并不知情，而且金砖的形制与内廷所用并不一样，不能管算作违制，至于军器，则是为防备倭寇而购买打造了。
张居正对于华察的辩解并不认可，张居正认为，金砖乃是内廷所用，无论形制如何，非敕造不准用，只要使用就是违制，这点毋庸置疑，华察的辩解不能成立。
而华家所拥有的军器数量庞大，也远远超过了防备倭寇所需要的限度，何况现在倭寇已经平息，华家还拥有这么多家丁和武器，其心殊不可问。
华察很清楚，张居正就是要办华家，以报之前华家羞辱之仇，华察再次辩解称，无锡紧邻太湖，湖匪甚多，华府造园之事，传遍鹅湖四周，也招来强盗多次抢劫，华父还差点当了人质，于是，华察便组织家兵守卫。这些军器，都是为了保护华家而准备的。
张阁老表示，好家伙，你还豢养私兵，阴图不轨，反心已经昭然若揭了啊！张居正随即以华察擅用上供之物、私藏违禁军器、豢养私兵阴图谋逆三条大罪上奏朱载坖，请求圣裁。
张居正的奏疏还没有到京师，各路御史弹劾张居正的奏疏就已经到了京师，朱载坖对这些奏疏一律不予理会，全部留中不发，对于其中言辞激烈的，还予以调外任、罚俸的处罚。朱载坖用实际行动表达了自己对于张居正的支持。
等到张居正的奏疏抵达，朱载坖第一时间召集内阁、三法司商议此案怎么处理，按照张居正的审理结果，将华家抄家灭族都是轻的，但是其实在场的诸人都知道，现在的证据实在是有些牵强，刑部尚书黄光昇说道：“陛下，华察擅用上供物罪证确凿，私藏违禁军器和豢养家丁也确有其事，但是以此推定其有谋反之意，尚显不足。”
面对黄光昇的说法，冯天驭和葛守礼也是支持的，确实要以谋反大罪治华家的话，现在的证据还稍显不足，朱载坖对此事则没有那么好的耐心了，朱载坖毫不犹豫的指出，华家挑动士绅，对抗朝廷施政，煽动士子，阻挠锦衣亲军办案，这些事情都是有据可查的，就以现在这些事情，华察包藏祸心已经是铁板钉钉了，还要有什么证据？
朱载坖说道：“刑世轻世重，先朝对于东南，过于宽宥，以至于彼辈不知感恩，朕不得已以重典治之，方能惩前毖后，东南腹心之地，朝廷必须严控。”
在朱载坖的亲自干涉下，三法司会审之后，还是定了华察及华家擅用上供器物、私藏违禁军器和豢养家丁这三条大罪，最终经朱载坖御批，华察念其效劳先朝，着赐死，抄没家产，其子孙发云南边远卫所充军，其所豢养家丁着地方州县会同巡按御史严审，有为非作歹，欺压良善者，即行正法，田产没官。
朱载坖以铁腕处置了华家，使得东南士绅们明白了朱载坖不会对自己手软，朱载坖和嘉靖不一样，嘉靖毕竟地方藩王继位的，为了巩固自己的地位就花费了不少的精力，之后又是大礼议、南倭北虏，嘉靖确实是还没空的出手来收拾东南这帮士绅。
而朱载坖毕竟是正常即位，而且在嘉靖的支持下有了自己的班底，尤其是在军中有自己的力量，使得朱载坖说话硬气了不少面对士绅们朱载坖可以选择直接翻脸。士绅们惯常套路对于朱载坖来说根本不起作用，言官的弹劾他直接留中不发。
朱载坖的上谕抵达南京之后，张居正随即奉上谕赐死华察，没收华家的土地十六万亩，将涉案人犯该充军的充军，该正法的正法。
随后张居正再次下达命令，要求东南州县官府执行上谕，催征欠粮、清退投献田地、清丈田亩，核实税源，这次东南士绅们不敢再把张居正的命令当耳旁风了，而且州县官府也硬气起来了，开始直接向士绅们催督欠粮，要求他们如数缴纳欠粮。
士绅们这次不敢硬顶张居正，要知道张居正虽然处置了华家，可是南京内乱一案还尚未结案，当日大批的士子现在还被关押在南京锦衣卫，要是他们和张阁老硬顶，张阁老找个士子弄份口供，就说你是当日南京内乱案的幕后主使，华家的前车之鉴就在眼前，那可真是要抄家灭族的。
但是要想士绅们这么痛快的将欠粮缴纳了，也是不现实的，虽然他们不敢硬顶张居正，但是拖还是可以的，尽管一些士绅们出于畏惧，缴纳了部分欠粮，但是整体缴纳的数量还远远不足，而且退还投献的田产就更是没有动作了。
东南的豪门再次聚集在一起，商量对策。