(1)根据其作用机制分类：
1凝固蛋白质和溶解脂肪类：
如甲醛、酚(石炭酸，甲酚及其衍生物，如来苏儿、克辽林)、醇、酸等。
2溶解蛋白质类：
如氢氧化钠、石灰等。
3氧化蛋白质类：
如高锰酸钾、过氧化氢、漂白粉、氯胺、碘、硅氟氢酸、过氧乙酸等。
4与细胞膜作用的阳离子表面活性剂：
如新洁尔灭、氯已定(洗必泰)等。
5致细胞脱水作用：如甲醛、乙醇等。
6与蛋白质筑基作用：
如重金属盐类(升汞、红汞、硝酸银、蛋白银等)。
7与核酸作用的碱性染料：如甲紫(结晶紫)。
8其他：如戊二醛、环氧乙烷等。
以上各类化学消毒剂虽各有其特点，但有的消毒剂同时具有几种药理作用。
(2)根据其化学性质和不同结构分类：
1酚类：
如石炭酸等，能使菌体蛋白质变性、凝固而呈现杀菌作用。
2醇类：
如70%乙醇等，能使菌体蛋白质凝固和脱水，而且有溶脂的特点，能渗入细菌体内发挥杀菌作用。
3酸类：
如硼酸、盐酸等，能抑制细菌细胞膜的通透性，影响细菌的物质代谢。乳酸可使菌体蛋白质变性和水解。
4碱类：
如氢氧化钠，能水解菌体蛋白质和核蛋白质，使细胞膜和酶活性受阻。
5氧化剂：
如过氧化氢、过氧乙酸等，遇有机物即释放出初生态氧，破坏菌体蛋白质和酶。
6卤素类：
如漂白粉等容易渗入细菌细胞内，对胞质蛋白产生卤化和氧化作用。
7重金属类：
如升汞等，能与菌体蛋白质结合，使蛋白质变性、沉淀而产生杀菌作用。
8表面活性剂：
如新洁尔灭、洗必泰等，能吸附于细胞表面，溶解脂质，改变细胞膜的通透性，使菌体内的酶和代谢中间产物流失。
9染料类：
如甲紫、依沙吖啶等，能改变细菌的氧化还原电位，破坏正常的离子交接机能，抑制酶的活性。
10挥发性烷化剂：
如甲醛等，能与菌体蛋白质和核酸的氨基、羟基、硫基发生烷基化反应，使蛋白质变性或核酸功能改变，呈现杀菌作用。
上述消毒剂各有特点，可按具体情况加以选用。
(3)常用化学消毒剂：
1氢氧化钠(苛性钠、烧碱)：
对细菌和病毒均有强大的杀灭力，常配成1%～2%的热水溶液消毒被污染的圈舍、地面和用具等。
当其中加入5%～10%食盐时，可增强其对炭疽杆菌的杀菌力。
本品对金属物品有腐蚀性，消毒完毕要冲洗干净。
对皮肤和黏膜有刺激性，消毒圈舍时，应驱出动物，隔半天以水冲洗饲槽地面后，方可让动物进舍。
2碳酸钠：其粗制品又称碱。
常配成4%热水溶液洗刷或浸泡衣物、用具、车船和场地等。
外科器械煮沸消毒时在水中加本品1%，可促进黏附在器械表面的污染物溶解，使灭菌效果更为可靠，且可防止器械生锈。
3石灰乳：
取生石灰(氧化钙)1份加水1份制成熟石灰(氢氧化钙，或称消石灰)，然后用水配成10%～20%的混悬液用于消毒。
若熟石灰存放过久，吸收了空气中的二氧化碳，变成碳酸钙，则失去消毒作用。因此在配制石灰乳时，应随配随用，以免失效。
石灰乳有相当强的消毒作用，但不能杀灭细菌的芽胞，它适于粉刷墙壁、圈栏、消毒地面、沟渠和粪尿等。
生石灰1kg加水350 mL化开而成的粉末，也可撒布在阴湿地面、类池周围等处进行消毒。
直接将生石灰粉撒播在干燥地面上，不但无消毒作用，反而会使动物蹄部干燥开裂。
4漂白粉：
又称氯化石灰，其主要成分为次氯酸钙，消毒作用与有效氯含量有关，一般为25%～30%，低于16%时即不适用于消毒。
所以在使用漂白粉前，应测定其有效氯含量。
常用剂型有粉剂、乳剂和澄清液(溶液)。
其5%溶液可杀死一般性病原体，10%～20%溶液可杀死芽胞。
常用浓度1%～20%不等，视消毒对象和药品的质量而定。
一般用于圈舍、地面、水沟、粪便、运输车船、水井等消毒。
对金属及衣服、纺织品有破坏力，使用时应加注意。
漂白粉溶液有轻度的毒性，使用浓溶液时应注意人和动物安全。
各种铵化合物如氯化铵、硫酸铵、硝酸铵、氨等均为含氯剂的促进剂。促进剂能加强化学反应，因此可缩短消毒时间及降低消毒剂的使用浓度。
5氯胺(氯亚明)：为结晶粉末，含有效氯11%以上。
性质稳定，在密闭条件下可长期保存，携带方便，易溶于水。
消毒作用缓慢而持久，可用于饮水消毒(0.0004%)、污染器具和圈舍的消毒(0.5%～5%)等。
6次氯酸钠(Naclo)：
为广谱消毒剂，因易于分解，不易保存，未能广泛应用。
现有国产次氯酸钠消毒液发生器，利用特制的电极电解氯化钠溶液（4%Nacl）制备次氯酸钠，有效氯为1%～5%。
因其成本低、高效、无毒，故有推广价值。
对细菌、真菌、病毒均有较强杀灭作用。
以0.0002%对入孵种蛋浸泡5min消毒有效，对孵化率影响小。
以0.3%浓度50 mL\/m3剂量可用于室内带鸡气雾消毒。
7二氯异氰尿酸钠：
是新型广谱高效安全消毒剂，为白色粉末，易溶于水、性稳定、易保存。
以此药为主要成分的商品消毒剂有“强力消毒灵”、“灭菌净”、“抗毒威”等。
8三氯异氰尿酸钠：
该药的性质和特点与二氯异氰尿酸钠相似，但消毒效果优于前者。类似的消毒剂还有溴氯异氰尿酸钠等。
9二氯海因、溴氯海因、二溴海因：
为广谱高效的卤素类消毒剂，广泛用于动物养殖场和水的消毒。
对细菌、真菌、病毒具有强的杀灭作用，尤其是对病毒的消毒效果好。