虽然元军在正面战场上取得了极大的优势，但日军却也不甘心任人宰割。
在不断接到己方城池陷落的消息后，北条时宗也知道事情不妙了，于是便急忙从全国各大名中抽调了十余万人马前往九州岛，准备借助那里崎岖的地形来挡住蒙古人前进的脚步。
不得不说，自古以来，倭人的战斗意识和战斗精神一直都要比高丽人强上许多。在面对着悍勇无比的元军时，深藏于倭人内心深处的凶残也被激发了出来，他们抱着宁可自损一千，也要杀敌八百的态度，与东征元军展开了激烈的白刃战。
在日军这种不要命的打法之下，哪怕元军的战斗力再强，武器装备再领先，也遭受了不小的损失。
与此同时，由于日军的拼死抵抗，再加上元军本就不太擅长山地作战，所以经过了多日苦战后，元军依然未能存进一步，这也让他们在出发前制定的“以战养战”计划彻底破灭，大军不得不开始消耗随船携带的物资补给。
十一月二十六日，由于后勤补给的不足，元军主帅忻都下令最后再发起一次全面总攻，如果能够突破日军的防御线就继续打下去，如果不能突破，则准备撤回海上，补给之后再行征讨。
不过忻都没考虑到的是，人一旦有了退路，往往就会失了锐气，但凡碰到了一点挫折就会萌生退缩的想法。
果然，在这最后一次的进攻中，东征元军不仅没能突破日军的阵地，反而连副帅刘复亨都身受箭伤，不得不退回了船上进行休整。
看见元军撤退，岸上的倭人也松了一口气，连日来的苦战让他们的损失极为巨大，很多队伍都是成建制地倒在了元军的箭雨之下，他们也接近于强弩之末。
此时的元日双方，算是各有苦衷，都暂时没有了继续交战的想法，甚至一些日军将领还提出要与元军讲和。
可正当他们将这个提议摆到桌面上来商量的时候，老天爷突然发威了。
就在东征元军撤退到船上进行休整的当夜，一股猛烈的台风突然袭来，竟将东征军的战船刮翻了二百多艘。
忻都无奈，只好率领剩下的人马匆忙撤回朝鲜，第一次征日战争就此宣告失败。
面对着突然起来的胜利，所有的倭人都感到不可思议，纷纷以为是乞求天神庇佑起到了效果，于是便将这股台风奉为“神风”，后来在二战时期，日本有名的“神风突击队”就是因此缘故才起的这个名，目的就是希望能够再次得到“神风”的庇护。
在第一次征讨日本失败后，忽必烈仔细听取了战报，最终得出了‘只是时运不济’的结论，但同时也意识到，水战确实是元军的短板，于是便下定决心先训练一支强大的水师后再发兵征讨。
但此时对于南宋的作战已经到了最关键的时刻，忽必烈遂将这个念头暂且搁置，准备先将陆地上的事情解决。
而就在元军撤退之后，日本人也没闲着，他们清醒的认识到元军此次作战失利跟自己没啥太大关系，完全是因为不熟悉地形，再加上老天爷帮了忙，所以才能保住一条狗命。
他们认为，元军在进行短暂休整过后，肯定会再次袭来，于是便趁着元军撤退的这段时间抓紧时间进行战备训练，不仅积极组织武士们学习元军的战略战术，同时还征调了数十万民夫，在元军有可能登陆的地方建造了无数的碉堡和防御设施。
但他们没想到的是，这一等，就等了整整七年。
至元十八年（1281年），在平定了南宋和西北之乱后，忽必烈终于能够腾出手来对付这些让他十分讨厌的倭人了。
为了一举拿下这个岛国，忽必烈做了充足的准备。
他先是命令忻都和洪茶丘二人率领四万蒙、汉、高丽联军，编为东路军，乘坐战船九百艘，从朝鲜出发，经由对马海峡进攻壹歧岛；而后又任命范文虎为帅，阿塔海、李庭为副帅，率领十万汉军，编为江南军，乘坐战船三千五百艘自庆元（今浙江宁波）、定海（今浙江舟山）出发，目的地是平户岛。
这两个岛屿都位于今天的日本长崎县，忽必烈给他们两支队伍定下的要求是在六月份在这里汇合，然后一同进攻日本本土。
但由于元军舰队的供应和人员登载问题出了纰漏，所以在约定出发的时间未能启航，高丽军马于是便先行出发，作为先锋进攻对马岛，谁知却在对马岛被日本胖揍了一顿，十分狼狈的逃了回来。
忻都闻讯勃然大怒，将统军的高丽将领金方庆一顿臭骂，而后亲自带领东路军进攻壹歧岛，并以火炮击杀了日军大将少贰资能，不过东路军的损失也十分巨大，在攻克了壹歧岛后，不得不进行了短暂的休整。
（这个少贰资能，就是前文中挡住了元军进攻的藤原经资的父亲）可由于跟范文虎的江南军约定是在六月份汇合，所以忻都不敢耽搁太长时间，在进行了短暂休整之后，便带着东路军继续进攻，先攻克志贺岛，再进至宗像洋，而后在九州岛的多处进行登陆，希望能赶在江南军到来之前开辟出一块登陆场。
日军则是发挥了武士道精神，拼尽全力与元军死战，将他们死死缠在了九州岛大大小小的山脉里。
但令忻都没想到的是，直到七月下旬，范文虎统帅的江南军方才晃晃悠悠地赶到了目的地，与他们会合。
此时的东路军已经损失惨重，忻都于是对范文虎十分不满，在双方合兵后的第一次作战会议上就公然质问范文虎为什么迟到，并表示要在回朝之后追究江南军延误军机之罪。
要不说忻都此人，情商确实是不太高，他的这番举动可谓是将江南军上下彻底得罪了，两方本就是互相配合作战，谈不上统属关系，再加上范文虎本就是南宋降将，跟元军旧将本就不太熟悉，在听闻了他的这番话后更是心生嫌隙。
不过自己这边确实是没有按照预定的计划前来会合，说起来也不占理，所以面对忻都的指责，范文虎只是面色不太好，嘴上却没有反驳他，而且在忻都要求双方共同行动的时候也表示了赞同。
而就在双方互撕的过程中，高丽将领金方庆却不愿意听他们瞎扯淡，提出了主动进攻的观点，并详细说明了为什么要进攻的理由。
当时的日本国内，由于镰仓幕府对于元军的战斗力十分忌惮，所以在得到了元军登陆的消息后，第一时间便发布了紧急命令，调动全国的精锐部队和大批的物资粮草前往九州岛抵抗元军的入侵，同时还进行了大规模的战争动员，发动全国民众对元军展开进攻。
反观元军，无论是第一次出征日本，还是第二次出征日本，基本都属于一次性消耗，因为他们没有源源不断的后勤保障，而且又不能像在陆地上一样凭借着抢劫来以战养战，所凭借只有出征时随军携带的少量补给；再加上无论是元军还是汉军，所擅长的都是骑兵战或者平原作战，很少有在山地作战的经验，所以在面临着经过“特训”后的日本武士，他们的战斗力很难发挥出来，所以在与日军作战时损失极大。
可这还不是最令他们难受的，由于想要快速征服日本，所以在选拔征日军时，都是优先挑选能征善战之士，各类工匠只携带了极少的一部分，元军的本意是准备在进攻日本时一边战斗一边抓捕俘虏或者平民，让他们充当民夫，给工匠们打打下手就可以了，但却没想到由于日军的防备，他们在抵达九州岛后基本没抓到过几个人。
可没有人，就无法在海岸线边上建设坚固的城堡；没有城堡的庇护，元军的苦战一天后回营休息时，就总是会受到日军的骚扰和偷袭，这让他们不得不在夜幕降临之时，放弃那些在白天拼死血战才夺过来的阵地，回到位于海上的战船才能睡个安稳觉。
但是这样一来，双方就由突袭战变成了消耗战。
用脚趾头想也能猜到，在对方的国土上打消耗战，那能打赢么？
说句实话，在征日大军的主帅选择上，忽必烈犯了很大的错误。
忻都此人，可谓是有勇无谋，在第一次征日作战之时便能够看出一丝端倪。
至于范文虎，那更是个废物。谁不知道他的光辉事迹？
先不说他在南宋为将之时所做出的种种愚蠢行为，单单就是将双方约定的会合时间无故拖延了一个多月就能看出来，他哪配当主帅？
更重要的是，范文虎此人，胆子特别小！
为将者，兵之胆也！
若是主帅的胆子都特别小，你还能指望他手底下的将士能多勇猛？
果然，在金方庆提出了主动进攻的想法之后，范文虎第一个表示不同意，他认为江南军新到，应该先适应一下环境，先配合东路军作战一段时间，然后再接替他们的作战位置。
忻都哪怕再傻，此时也看出来范文虎就是不想让自己的手下顶在前面，反而是想拿东路军当炮灰，替他们吸引火力。
于是他便怒斥范文虎，并要求他立刻将江南军派到第一线参与作战，不允许他们进行休整。
范文虎虽然没有什么打仗的天赋，但是非常有当律师的天赋，他在说出那番话的时候就做好了与忻都讨价还价的准备，于是在忻都提出让江南军顶上的时候，立刻便与他进行了一番“良好的沟通”。
最终，双方达成协议，两军一起移师至鹰岛（今日本佐贺西北伊万湾，又名九龙山），共同进退。
兵法有云：“一鼓作气，再而衰，三而竭。”
明明能够趁着援军刚到，士气正旺的机会发起强攻，却偏偏要拖延时间，与对方打消耗战，真不知道该说他们傻还是蠢。或许是日本的天照大神不愿意再看见范文虎这俩蠢货，就在他们移舶后不久，鹰岛的上空出现了大团呈羽毛状的云彩，并逐渐增厚为密集的卷层云。
如果是熟悉海上情况的老渔民们或许能够看出来，这是台风即将来临的前兆。
但毫无海上常识的范文虎却并不知道这些漂亮的云彩所代表的含义，他只直到，七月最后一天的夕阳，格外美丽。
八月一日，凶猛的台风突然降临，其威力甚至远甚于第一次征日战争时所遇到的台风，元军的战船被惊涛骇浪不断地卷起抛飞，而后又重重地砸在了海面上，或者与其他船只相撞，化为了无数的碎片，大批的元军将士也沉溺于风波之中，葬身于海底。
看到这里，可能有些人纳闷，范文虎手下的江南军不是很擅长水战么？为什么没提前发现天气的变化？
给大家解释一下，虽然范文虎统帅的江南军有极为丰富的水战经验，但那仅限于在风浪较小的江河之中，而海战与河战，有着天壤之别，先不说风浪的汹涌程度，单单就是所乘坐的战船都没有太多相似之处。
说到这里，就不得不讲一下元军所乘坐的战船了。
由于所面临的环境不同，河船往往都是平底船，船身宽，吃水浅，多桅多帆，能够完美适应江河这种水浅滩多的环境，不容易触礁，而且航行速度还快。
但海船则完全不一样，他们大多是底尖上阔，首位高昂，两侧有很高的护板，吃水程度更深，稳定性更强，而且建造海船所需要的工艺也比建造河船更高。
可由于忽必烈在刚刚平定南宋之后便准备出征日本，所需要的船只数量又极为庞大，所以便给江南和高丽的造船厂都施加了很大的压力，再加上蒙古官员一贯实行的高压政策，使得造船厂的船工们十分反感，所以他们便欺负蒙古人不懂海战，为了应付差事便敷衍了事，给出海作战的元军打造了许多更容易建造的河船，所以在面临台风的时候才会造成如此巨大的损失。
写到这里，我只想借用《荀子》里的一句话。
君者，舟也；庶人者，水也。
水则载舟，水则覆舟。