与东国的局势几乎相同的是，此时的京畿诸国同样也不太平。
随着多次改换门庭的枭雄木泽长政败亡之后，京畿诸国并没有因此而稳定下来，反而愈发纷乱。
一手颠覆了足利将军家的根基，并且将室町幕府的权柄牢牢控制在自己手中的管领细川政元在突然遭到暗杀身亡后，他的三个养子细川澄之、细川澄元、细川高国为了争夺京兆细川家的家督之位开始互相攻伐，不仅将京兆细川家两百余年积攒下来的基业和元气全部败光，还将幕府最后一根稻草摇摆在战国之世的狂风暴雨之中。
更为讽刺的是，细川澄之、细川澄元、细川高国三人在相互攻伐了长达三十余年之久，最终没有其中一人得以胜出，更没有一人能继承其养父细川政元的衣钵，笑到最后。
这三人反而是先后以一个失败者的身份黯然下场。取而代之的，反而是曾经差点死于乱军之中的后起之秀——三好长庆。
当时更没有人能料到，三好长庆这个曾经名不见经传的阿波武将不单单能将京兆细川家扫进历史的垃圾堆中，更能在局势异常纷乱，各方势力犬牙交错的京畿诸国之中闯荡出一片新天地来。
对于细川晴元来说，他许可三好长庆除去风头正盛、羽翼渐丰、野心极大的木泽长政本来就是为了进一步巩固京兆细川家在京畿诸国之中的统治，以及维护室町幕府的安定。
然而，在高屋城陷落、木泽一族覆灭后，细川晴元的梦想却并没有得以实现，反而京畿诸国的局势是进一步恶化。同时至还是敲响了京兆细川家的丧钟。
原先三好长庆、三好政长（三好宗三）、木泽长政三人在京畿诸国互相牵制，可随着木泽长政的败亡之后，这样的平衡被完全打破了。三好长庆与三好政长的矛盾也随之愈演愈烈，已经到了根本无法调和的地步。
三好长庆因协助细川晴元免除与石山本愿寺对峙僵持的局面后，迅速提升了在京兆细川家中的地位。当然，他并不会因此而满足。因为，杀父之仇还没有报。
之后，三好长庆就选择直接与三好政长进行了小规模交战，并且对外宣称若是足利将军家和京兆细川家对自己的提议置之不理的话，那么自己就只好与三好政长刀兵相见了。
即便遭到了本愿寺证如的拒绝，依旧无法阻止细川氏纲举兵的决心。于是，细川氏纲一方就在摄津、河内、山城等地先后举兵。
而三好政长的存在就是细川晴元用于防范三好长庆的，若是三好长庆羽翼渐丰，对京兆细川家产生威胁的话，自己还能有三好政长从旁协助、引以为援。
与此同时，足利义晴带着部分奉公众、嫡男足利菊幢丸（足利义藤、足利义辉）为了躲避山城一国的战火，就只好与管领细川晴元一同逃往近江坂本。其中，足利义晴、足利菊幢丸父子二人还打算继续北上逃往朽木谷。
只是，本愿寺证如并不愿再度介入京畿诸国的纷乱，直接拒绝了细川氏纲的邀请。
经此事后，细川晴元已经意识到三好长庆已经不再是初生牛犊了，三好总领家的实力也远超他的想象，根本无法像曾经那样用对付三好元长的办法来对付三好长庆了。
其实，三好长庆从一开始站在细川晴元一方就是带着为三好元长复仇的动机而来，他可不会为了在京兆细川家中谋求一个重臣的位置那么简单。
三好长庆见自己的要求已经‘上达天听’后就决定先给征夷大将军、武家栋梁足利义晴一个面子，暂时与三好政长罢兵言和。
故而，细川晴元始终对三好长庆所提出的要求完全是在装聋作哑，不作任何回复。
乐于见到木泽长政败亡的不单单只有细川晴元和三好长庆，还有细川高国的养子细川氏纲。
细川氏纲趁着木泽长政败亡后不久，就纠集了大量浪人、细川高国一方的残部，以及京畿诸国之中反细川晴元一方的各方势力，就连石山本愿寺方面，他都送去了邀请，打算趁此机会一举击败细川晴元一方。
细川氏纲的目的就是取代细川晴元成为京兆细川家之主。
如此一来，三好长庆的举动完全出乎了足利将军家和京兆细川家的意料。
柴田尾张守见状当即让随从向足利义晴献上太刀一把、黄金一百两、白银三百两、铜钱一千贯、虾夷锦一石、雄鹰一只、蜡烛一百支等诸多礼品。
对于三好长庆来说，自己最大的仇敌就是木泽长政和三好政长二人。后者作为阿波三好家的同族之人却倒戈相向，在三好元长死后更是获得了不少三好元长的遗领，因此更为可恨。
正所谓来得早不如来得巧，越后上杉家的使者柴田尾张守在途经近江坂本之际，就刚好见到了从京都御所狼狈逃来的足利义晴一行。
当然，三好长庆以及其背后的三好总领家也不是轻易的向足利义晴、细川晴元提出这个要求的，也对细川晴元装聋作哑的样子早有准备，但是细川晴元毕竟还是三好长庆名义上的主君，至少表面功夫还是要做一些的。
而三好长庆也意识到自己并不能重蹈亡父三好元长的覆辙，于是趁着停战的这段时间里迅速拉帮结派，以免三好总领家被再度孤立起来。
尤其是足利义晴，为了避免自己再一次因京畿诸国爆发大规模战火后被迫离开御所，只好派使者前去六角家，请时任近江守护六角定赖前去规劝三好长庆不要轻举妄动。
之后，三好长庆还以越水城为自己的新本据。越水城虽然表面上远离山城国，实际上却邻近濑户内海，还能随时得到阿波、淡路、讃岐等国的己方势力支援。
在天文八年夏季，三好长庆就向足利义晴、细川晴元提出三好政长应当归还三好元长的遗领。但是细川晴元也非庸主，他非常清楚利用矛盾来维持制衡各方势力的重要性。
最为重要的是，三好长庆迎娶了丹波国有力国人领主波多野稙通之女，与波多野稙通结为了翁婿关系。而且三好长庆也因此拉拢了众多丹波的国人领主至自己一方，用于牵制细川晴元、三好政长一方有着极为巨大的帮助。