总督漕运兼提督军务巡抚凤阳等处兼管河道，这一长串头衔的背后隐含着巨大权利，虽然比起原先的正一品的五省总督来讲，现在的品级仅为正二品，但陈奇瑜已经非常知足了。
提督五省军务听上去很威风，但那可是个累死人的差事。
每日都要接到雪片般的各地匪情塘报，然后还要从这些情报中分析出何处的流贼为祸最深，其下一步的流窜方向是哪里，应该在哪里调兵堵截，调多少兵力才能打赢，何地能筹措到粮饷等等等等诸多问题。
五省总督没有固定办公场所，哪里大兵聚集，总督就要赶往该地亲自指挥，其实主要是督阵，防止某些总兵大将出工不出力。更要防止杀良冒功，坐视友军被困不去援助，私纵贼寇等黑暗事情的发生。
当然了，就算总督亲临，很多事还是会照样发生，但某些大将不敢明目张胆去做。
五省总督最大的风险还在于剿贼不利，陈奇瑜恰恰是犯了这条大忌才身陷囹圄。
说起来真是冤枉他，老陈剿贼那真是有两把刷子。在任上总共不到一年，把高迎祥、张献忠、李自成等一众匪首撵的到处『乱』窜，要是车厢峡之事自己上点心就好了。
陈奇瑜暗自叹了口气，自己当时太膨胀了。以为已经毕其功于一役，剩下的就是回到京师后，在朝廷重臣们羡慕嫉妒恨的目光中接受皇帝的封赏了，按照如此大功，至少是个兵部尚书，要是皇帝一高兴，入阁也不是不可能，位极人臣可是一辈子的荣耀。
世上没有后悔『药』，在诏狱中待了数月，陈奇瑜对现在的一切感到分外的珍惜。
他有时觉得挺佩服自己的。
虽然蒙皇帝特简出狱成为凤阳巡抚，可要不是自己敏锐的察觉到寿州之战的重要『性』，要不是自己未雨绸缪，将徐州兵事先揽到麾下，要不是自己当机立断，亲率大兵赴援寿州，与卢建斗合力取下这场大胜，那自己无论在凤阳如何折腾，都不会引起皇上的注意，只要被皇上遗忘，那再想升迁就几乎不可能了。
现在终于如愿以偿了，皇上真是慧眼识人啊，哈哈！只要自己在这个重要位置上干出一番业绩来，那重返京师位列殿堂之上也是顺理成章的事了。
淮安是大运河的中段，是黄淮交汇的地方，也是整个漕运的关键，宣德二年朝廷遂在淮安府开府建牙设立了督管运河的总兵府。
后因漕运事务逐渐繁忙，而漕运又广泛牵涉到各省行政、军务，需要做大量的协调工作，不是一个武臣所能办得了的，所以朝廷经常临时派遣侍郎、都御史、少卿等文职官员参与督运。至景泰二年（1451），朝廷认为文官的参与必须常态化，所以奏请皇帝设立了漕运总督，并将原先的漕运总兵府改为总督府。
漕运总督长长的头衔中，提督军务这一条可是相当厉害。这就是说可以和其他各省的总督一样，拥有一定的兵权，并且漕运总督麾下兵马真是不少，名义上总督麾下足有两万余战兵，还有人数多达十二万的运军，就是跑船的这帮漕军。
漕运总督统领颍州兵备道、徐州兵备道、淮扬海防道，中都留守司之凤阳等7个卫，洪塘守御所，南直隶之庐州卫、扬州卫、高邮卫、仪真卫、滁州卫、徐州卫、淮安卫、大河卫、邳州卫、沂州卫、泗州卫、寿州卫、宿州卫，海州中守御所。所以漕运总督人称为帅、大帅、漕帅，他设有军门，有中军，左营、右营、城守营。他所在的淮安城的守卫，不须地方『政府』如山阳县、淮安府的来管，而是由漕运总督署城守营负责，地方官府只是协助而已。有战事还可调动所辖范围内的军队，如扬州营、徐州营等。
总督的权限包括督理钱粮、『操』练兵马、修理城池、抚安军民、禁革『奸』弊等事项。如有战事发生，可以选将调兵，组织备战。对于才能不济或是不听命令的官员，文职五品以下，武职四品以下，都可以参究、拿问乃至以军法从事。至于上书弹劾，致某一下级官员被贬被杀，更是小菜一碟了。
到任总督已经月余，跟随自己参加寿州大战的凤阳卫都已回归原位，郭太的徐州兵在把俘虏押送到淮安后，也回了徐州驻地。郭太此次叙功被朝廷擢升为徐州副总兵，因而对陈奇瑜更是俯首帖耳，两次跟随陈大人都能升官，这样的好事上哪找去。
卢象升带着天雄军和辽东骑兵以及黄得功部向湖广一带挺进，继续追缴张献忠等巨寇。
寿州之战俘获的五万余人已经在总督衙门兵丁的监护下，由工部都水司的郎中划分区域，开始对堵塞严重的运河中段进行清淤工作。
五万余人被分为二十队，每队不到三千人，由一百兵丁看守，在工部吏目的指挥下展开作业。
陈奇瑜自知不懂此间事物，所以将此事全权交于了工部郎中董藩。在吩咐下陈奇之督办清淤所需粮食之后，他便带人开始四处巡查走访，力求短时间内对漕运一事有所了解，到时好给皇帝上本，陈说其中利弊，以便使自己在皇帝眼中的良好形象再加几分。
这些俘虏绝大部分是农户出身，都是因田亩绝收才加入流贼队伍，所求无非是能吃顿饱饭，甚至吃不饱也行，总比等在家中饿死要强。但其中也有不少本『性』凶残之辈，『奸』『淫』掳掠的恶事没少干。
陈奇瑜在率部押送俘虏前往淮安的途中，对六万余人进行了一次甄别行动，目的就是为了震慑住他们。
其实按他的本意，这伙流贼直接杀了埋掉肥田就成，活着也是浪费粮食。但崇祯在给他的谕旨中告诫他，此举是为了攻心，给别处流贼留下投诚的想头，陈奇瑜虽然颇不以为然，但还是遵照执行。
他下令把这群俘虏分成数十营，扎好营栅隔离开饿上三天。之后令官军将白面蒸饼摆在营门处，对俘虏们宣告：凡有检举揭发他人罪行者便可以出营领取饭食，朝廷会给他们安排活路，每日还管两顿饭。罪行包括破城之后抢夺百姓家产、杀伤人命、『奸』**女、杀伤官员、官军，对朝廷有愤恨之言者等等，这些人将会被带往矿山挖矿。
大部分饿了三天的流贼们心中早已绝望，以为不知道何时就会被官军屠杀，突然听说可以吃上白生生的面饼，并且还能有活干有饭吃后，几乎所有人都躁动起来。不就是检举或者被检举吗，又不会死人，只不过是干的活不一样而已。
在持刀拿枪的官军严密看管下，流贼们每十人一组出营，来到书吏的桌前，将被检举者的姓名年龄籍贯外号，以及所犯罪行讲清，官军将被检举者喊出后带到一边的营盘看押，检举者则会去另外营盘就食。
经过在数个时辰的忙碌，被检举出来者多达五千余人，其中不乏乡党亲戚之间的相互揭发。
眼睛都已饿绿了的人看到饭食之后，世代相传的亲亲之情都抛在脑后，所有的一切都不如吃上一顿饱饭重要。何况朝廷已经说了，送去挖矿，以赎其罪，既然你确实干过伤天害理的事，就别怪俺把你招出来了。
陈奇瑜背负双手冷冷的看着眼前的一切。这些愚民给朝廷造成了如此大的麻烦，给大明带来了巨大的伤害，多少无辜百姓直接或间接死于他们的手中。车厢峡之役自己的『妇』人之仁，带来的是丢官去职，身陷囹圄，那种耻辱都是拜眼前这些刁民所赐！
当所谓的恶人和好人分别归营后，陈奇瑜转身回了大帐。
五千多被检举出来的流贼，在营栅内或蹲或躺，或几个相熟之人凑在一起闲话，小声议论着要被带往何处。
突然一阵隆隆的脚步声传来，五百名官军弓手列队而来，在流贼们或惊诧或绝望的目光注视下，迅速分开后在营栅外站好，弯弓搭箭后透过栅栏之间的空隙对准营内的流贼。随着一声威严的喝令，弓手们将手中箭只『射』了出去。
在每人『射』了七八轮后，弓手们力竭后停止『射』击，流贼的营内已是遍地的尸体和伤者，五千余人的完好无损的只剩千人左右，这些人边大声嚎叫着边四处躲避，有的想爬上营栅翻出，被一些尚有余力弓手们『射』翻下去。整个营地内血流成河，哀呼惨号声不绝于耳，其他附近营内的流贼们俱是脸『色』青白不已，很多人吓得失声痛哭。
紧接着营门被打开，五百名全身甲具的刀盾手和五百名长枪手列队入场，一刻钟之后，场内再无站着的流贼，刀盾手开始翻检躺倒的流贼，挨个进行补刀，最后弓手进场，将『射』出去的箭只收回。
陈奇瑜命当地县府送来锄头铁锹，在官军的监看下，被挑选出来的流贼们在一片荒地挖了数十个大坑，将死掉的贼人们填埋掉。
多少年过去了，当地人很少敢独自从这片地方走，据说夜里时常有惨叫声发出。
事发当天，一封流贼战俘聚众，妄图抢夺官军兵器暴『乱』，结果被官军奋力弹压，最后杀死流贼数千人，官军无人伤亡的捷报被送往了京城而去。