皇太极率军包围南汉山城，以部分蒙汉八旗围困城池，再以岳托、豪格和三顺王阻击可能到来的高丽援军。
三顺王强大的火器同满八旗精锐铁骑配合默契，屡败高丽援军。围城清军伐木列栅，把南汉山城围得铁桶一般，连一只苍蝇都飞不出去。
困守孤城的仁祖和世子粮草断绝，高丽人不得不杀马充饥。
崇德二年正月，高丽援军从全罗道、忠清道赶来，同清军展开了血战。这一场战役是清军入朝以来打得最惨列的一场战役，高丽人以火器兵和弓箭手进攻配合步骑进攻。清军将领扬古利、达兰、僧锡、鄂海，特穆尔，弼雅达、阿纽、都敏等人阵亡，三顺王的火器军也遭到了不小的损失，可是高丽人最终未能挽回败局，被清军击溃。
获胜的清军趁机追杀高丽人，把整个半岛南部都洗劫了一番，掳到人口三十余万人，但是金银财宝、粮食牲口却极少，因为早被郑芝龙洗劫过一番了，清军只能捡一点郑家军漏下的东西，数量不多，缴获少之又少。
“得黄金一千两，白银三万两，珠宝三箱，粮食六千石，牲口八千头……”岳托手里拿着清单，向皇太极禀报南下清军劫掠所得。
皇太极眉头拧成一团：这个什么国家啊，也穷得太不像话了吧？前几年岳托和多尔衮入宣大劫掠，宣大已经是够穷了，而且大明还早就处心积虑做了准备，仅仅大同一带劫得的金银财宝就比朝鲜整个国家都要多得多。
“皇上，高丽确实太穷了。”岳托念完清单，低声补充了一句。
皇太极笑了：“掳得三十万人口，便是最大收获！这些人带回辽东，全部充为阿哈。只要有人，还怕什么东西造不出来？有了人，就有粮食，有武器，有火药。”
被困汉南山城的仁祖见到援军被击败，被迫派人出城求和。
数日之后，仁祖率全城军民投降。
至此，朝鲜彻底沦为大清藩国。
崇德二年二月，大获全胜的皇太极带着十二万清军班师回朝，带回了俘虏三十万人，劫掠的金银财宝、牛马猪等牲口，浩浩荡荡离开朝鲜返回盛京。
不过同真实历史上相比，大明的危机减少了不少，高丽水师被全灭，所有船场都被摧毁，清军已经无力攻击皮岛。另外最重要的一点是，王妃、王子、群臣家眷都被接去了耽罗岛。
尽管知道朝鲜王妃、王子和群臣家眷都被人接到了耽罗岛，可是大清已无水师可用，无法登陆远离陆地，海面又不会结冰的耽罗岛。多尔衮等人提议，要让仁祖交出人来，但是皇太极又不敢把仁祖威迫太紧了，只能提出让世子去盛京为质，并令仁祖交出坚决抗清的尹集、吴达济和洪翼汉三人，把这三人押往盛京处死。同时，皇太极还把坚决反清的金尚贤和主张议和的崔鸣吉都给押到盛京关押。
由于次子李淏未落入后金手里，这时候大明其实还有机会，当宣布仁祖交给满清的国印作废，令赐国印给李淏，以耽罗岛当成朝鲜的反清基地。事实上朝鲜虽然被迫投降，但是军民的心还是在大明这边，只要崇祯敢于废仁祖，立李淏，高丽人自己都不会认同仁祖为正统，只会认大明皇帝册封的李淏。
紫禁城，朝堂上正为了是否废除仁祖国主，废世子，立李淏为国主一事争论不休。
次辅钱士升道：“陛下，朝鲜国主已经投降建奴，背叛我大明，把我大明赐予的国印都交给了建奴！陛下当昭告天下，宣称原有的朝鲜国印作废，新赐国印给次子李淏。”
翰林侍读学士黄道周却站出来反对道：“陛下，万万不可！若我大明立李淏为朝鲜国主，建奴必杀仁祖极世子！朝鲜乃心向我大明，伪清帝皇太极登基，朝鲜遣使怒斥虏酋皇太极，方遭此大难。大明岂可让忠于我大明的藩国国主惨遭建奴毒手？”
“臣附议！”东阁大学士张至发站出来表示赞同黄道周的意见。
礼部尚书贺逢圣也站出来：“臣附议！我大明乃天（朝）（上）国，岂可让忠于我大明的藩主为我大明遭难？若是仁祖因此遭难，从此还有哪个藩国敢心向大明？皆因此事投靠建奴。望陛下三思，不可因小失大啊。”
首辅温体仁站出来，赞同钱士升的奏报：“陛下，仁祖已经降奴，已非我大明藩国国主，大明当废其藩主，立次子李淏为国主！否则朝鲜为建奴所用，后患无穷啊！”
只可惜这时候温体仁这个内阁首辅已经开始失势了，崇祯皇帝对他已经心有不满，而钱士升是温体仁的人。更加上一群朝中文官和言官纷纷上奏，同意黄道周和贺逢圣的提议，所以最终，崇祯皇帝还是没有采纳钱士升正确的意见，未能及时赐予李淏国印，封其为国主，致使大明错过了利用耽罗岛给朝鲜制造反击的机会。
其实崇祯内心也知道，废仁祖和世子，立李淏是最正确的选择，可是他不能做出这个选择，否则会被言官的口水淹死。
就在王承恩准备宣布退朝的时候，御史陈演又站了出来：“陛下，臣有事启奏！”
“准奏。”崇祯道。
陈演伏地磕头道：“陛下，臣请诛杀李国栋！”
“陈爱卿，这是为何？”崇祯大惊。
陈演满脸正气，义正辞严道：“李国栋拥兵自重，不听朝廷号令，又未经兵部擅自出兵，已与谋反无异，论罪当诛三族！”
还是刚刚赶回京城上任的兵部尚书杨嗣昌出来讲话：“陛下，李国栋并未私自出兵，他只是同郑芝龙有生意往来，碰巧路过朝鲜而已。”
陈演道：“生意往来？路过？路过带了数千兵马？不仅擅自出兵，还唆使郑芝龙残害藩国百姓，屠尽藩国水师，烧毁藩国船场，此乃败坏我大明形象，若是我大明军队如此，与建奴何异？”
杨嗣昌道：“李国栋并未带兵马出征，只是带了一百家丁，大明有那条法律不允许武将出门带家丁？至于郑芝龙也是生意路过，而朝鲜水师已经背叛大明，投靠了建奴，实为建奴水师，杀之何罪之有？至于陈御史你说的数千兵马，那是商号伙计，并非官兵。”
一群言官纷纷上奏，说李国栋飞扬跋扈，拥兵自重，残害藩国百姓，纷纷请奏要杀李国栋。
王承恩见杨嗣昌孤掌难鸣，崇祯皇帝快被言官们口水淹没了，于是在边上轻声道：“皇爷，该退朝了。”
“王伴伴，可是这朕怎么退啊？”崇祯无奈的轻声道。
最后还是曹化淳帮崇祯皇帝解了围：“陛下，李国栋有功于大明，斩杀建奴无数，若是次等人才因为这点小事擅自斩杀，那我大明大祸将至啊。”
杨嗣昌奏报道：“陛下，大明同漠北蒙古、土默特蒙古及察哈尔蒙古结盟，击败建奴，皆此人功劳。若是擅杀此人，蒙古必反！望陛下三思。”
上奏的一名言官心中大惊：我收了皇太极的银子，要搞死李国栋，只是没想到还有这层关系。关系到蒙古结盟，崇祯那个昏君肯定不会杀此人了！留着此人，是大清的心腹大患啊。
崇祯本来就不可能因为这件事杀李国栋，因此他趁机退朝。