大变革时代对于民众们来说是影响极大的，尤其是税收制度和户籍制度是立竿见影就能让他们受到影响的。
这将直接影响到国家的稳定。
所以对这两方面的改革，萧如薰不敢懈怠，降低赋税的同时也免除了一批不该存在的苛捐杂税，比如火耗银之类的。
同时严格限制税吏们巧立名目收取多余的税收，着地方检察人员协同收税，中央调查司设立在目前已控制地区的分部全程监管，一旦发现有不法收税的税吏，立刻逮捕。
这是让广大百姓受益的税法改革。
而另外一个改革也是关乎全体百姓的，那就是废除元明以来的“军匠民”的户籍划分制度，废除军户、匠户、医户、站户、盐户、乐户、疍户等等户籍的划分，全部授予民户身份。
贱民制度在古代中国长期存在，蒙元以前主要是说那些娼妓优伶之类的，到了蒙元，户籍制度前所未有的倒退，居然将全国民众划分为很多户种，每一户种世袭罔替只能做同样的事情，脱离户种甚至需要皇帝特批。
明朝继承这样的制度，在此之上还产生了一些产物，比如卫所制就是以军户作为基础的，这种及其反人类而且严重限制社会发展的户籍制度十分可笑，萧如薰一早就开始计划着废除。
而现在更好，因为废除掉这些户籍制度等于施恩于民，前人栽树后人乘凉的道理萧如薰是明白了。
废除这些户籍制度，统一纳入民户，统一管理，将户种改编为职业允许不同职业之间的流转，允许流动，这个政令一经发布就引起了东南三省数地强烈的反响。
因为这里有一大批贱户，包括和朱元璋对抗的张士诚部的后裔，还有和朱棣对抗的建文帝余部的后裔，他们都是地位最低的贱户堕民，为人所看不起，但是萧如薰的命令一下，他们也得到了解放，并且还得到了授田。
他们从贱民摇身一变成为了纳税户口，得到了公平的待遇，对于他们而言，简直和重生一样。
对于其他户口的解放朝廷不敢提出什么疑问，但是对于军户的解放，则让朝臣们感到恐慌，他们不知道萧如薰这样做是为了什么，解放了军户，谁来当兵呢？
于是萧如薰顺势推出了自己新的兵役计划，采用全新的兵役制度取代军户制度，将世代为兵这种事情给终结掉。
这种增加对地方掌控、增加纳税人口提高社会生产力和百姓忠诚度的改革，也只有小政府心有余而力不足。
也就在此时，大清洗愈演愈烈的同时，在朝堂阻力空前衰弱的时刻，萧如薰开始对六部动手，首当其中的是户部，萧如薰下令将户部一分为二，分为财政部和民政部，分割职能。
财政部专管税收和财政，民政部专管户籍和民政，叶向高成为财政部尚书，而民政部尚书职位暂时空缺，交给几个侍郎代为管理，谁也不知道萧如薰属意的民政部尚书是谁。
但是这些改革牵一发而动全身是一定的，萧如薰既然提出了兵役改革，显然是要对很多部门一起动手，和兵役息息相关的就是户籍，户部肯定要被动手，叶向高一点都不疑惑。
不过叶向高原本以为自己会被分管到民政部，结果却成为了财政部尚书，这让他多少有些疑惑。
此外，萧如薰设立了新的部门参谋部，将原兵部尚书刘黄裳调职为参谋部尚书，兵部的军事职能被参谋部继承，兵部剩下的职能就和后勤部门一样了，主管军事后勤及运输，即原先的武库司部分职能，和军事指挥再也没有任何关系。
除此之外，武库司的武器研发职能也被萧如薰分割出去，单独成立军工部，军工部尚书则由徐光启出任，专门负责武器研发和革新。
工部还是一如既往负责天下工程，没有改变，还增添了革新民间用具的职能，工部尚书还是杨一魁，成为此次政治风暴中唯一没有变动的部堂级大佬。
超级肥硕部门兵部武选司和吏部文选司及考功司被一起分割出来，联合在一起成为一个新的直属皇帝的中央组织部，武将官员的任免升迁也都归这个部门管辖，吏部只剩下管理官员名单卷宗和按照组织部的任命下发官员证明的职能。
这个部门不受任何其他部门的约束，只听皇帝的命令，而这个部门的尚书人选居然是皇帝的长兄，楚王萧如兰。
这下子明眼人都看出来了，楚王根本不会成为实权尚书，这个部门的实际首脑就是皇帝萧如薰自己，底下几个侍郎什么的倒是实权，但是也全是萧如薰的心腹。
看来萧如薰为了防止中央组织部成为一个权力过大的部门以至于妨碍到了皇帝的权力，而使用了不可能掌握实权的皇族来出任傀儡尚书，实际上的权力掌握在皇帝手里。
要是猜测的没错，以后这个部门的傀儡尚书人选也都是皇族担任，但是实际上却掌握在皇帝手中。
财权人事权兵权都被皇帝一把抓，朝廷尽在掌控之中，群臣彻底成为皇帝的工具，不复有对抗皇帝的能力。
在此背景之下，中央调查司向皇帝通报了赵世卿案的调查结果。
这是一起由成国公朱应槐牵头，联合数家前明勋贵以及部分前明朝堂官员的政治案件，起因是他们对赵世卿得到皇帝的宠幸感到不满，对赵世卿十分嫉妒，继而发展为了对皇帝不给他们实权的不满。
由此案件上升到了政治的地步，朱应槐决定杀死赵世卿给皇帝敲响警钟，让皇帝搞清楚现状，甚至联合了一批前明军官，准备一旦皇帝不妥协就动手，再次发动政变，杀死皇帝，迎奉前明皇长子朱常洛复辟。
案件终于“水落石出”，“真相大白”。
皇帝萧如薰得知这件事情的真相之后，“龙颜大怒”，极其愤怒的要求将一应参与到此事当中的勋贵官员处死，家中男丁一起处死，女性没入教坊司，家产全部抄没入国库。
对于一些之前没有交代但是现在交代的一切基层参与者，比如原明军当中的军官，一并予以处理，斩草除根。
对于及时反正协助调查的顾大理和蔡国珍予以宽大处理，即本人处死，但家人可以活，废除爵位和官身，贬为庶人，准许留在京城居住，但是不能居住在原住址。
对于惨死的赵世卿予以抚慰，增谥号文忠，加太子太傅衔，赵世卿之子得到朝廷加恩，授予官职和赏赐，其夫人赠予一品诰命，享受国家荣养。
赵家人对皇帝的抚慰感激涕零。
自此，第一次大清洗行动获得阶段性胜利。