第十九学区地下，有一处深埋地下近百米的实验室建筑群。在这里，曾经进行了大量的超能力开发试验。在学园都市还没有建立的时候，超能力开发还不为普通人所接受。所以实验的场所必须深深的埋藏在地下，避免被普通人发现。
后来等到亚雷斯塔·克劳利正式的和日本政府签订了协议后，学园都市破土动工，超能力试验也变得公开起来，而这个地方也就渐渐的被人们遗忘。
直到后来，这里成为大量被遗弃的超能力者处置场所。
超能力开发有失败的风险，而一旦失败，结果将会是不可逆转的。为了掩饰这一切，所有超能力开发失败的人都会以各种各样的理由消失。然后他们的身体则会被保存在这个地下实验室建筑群内成为研究样本。
而借助这些已经成为了植物人的超能力者进行广泛的人体试验，有一个部门在这里开发出了能力体结晶，最后在阴差阳错之下，制造出超越人类想象的思考结晶体-贤者之石。
但是在亚雷斯塔·克劳利的故意掩盖下，这项技术被掩埋进了历史的垃圾堆中，无人知晓。
而这个地下实验室也处于半废弃状态。
不过最近一段时间，这里迎接了一位新的客人。
他就是垣根帝督！这位曾经的学园都市排名第二的超能力者因为遭受了无法恢复的重创，所以被送到了这个地下研究所内。
这些研究员将垣根帝督的身体放入培养槽内，使用营养液维持他的生命活动，然后利用电流刺激来激活他的超能力，让垣根帝督成为了未元物质的产生器。
一开始，这项计划进行的非常顺利，依靠这种间接操控，他们让垣根帝督制造出了大量具有特殊性质的材料。
这些材料对于学园都市的科技开发具有重大的作用。
不过渐渐的，事情出现了变故。原本已经彻底昏迷丧失意识的垣根帝督居然苏醒了过来，发现自己成为了无法行动的瘫痪病人，而且自己的身体还在外面那些研究人员的控制下不停的制造着未元物质，垣根帝督愤怒了。他们这些研究员完全不把垣根帝督当人，而是将他成了一个制造机器。
愤怒，失望，各种情绪五味杂陈，垣根帝督的内心开始向黑暗的深渊滑去，他仇视那个将他打成重伤的女子，他更对学园都市的背叛痛恨不已。自己是为了学园都市，为了理事长亚雷斯塔·克劳利的命令而战斗的。结果却莫名的成为了一名弃子，甚至连最基本的人权都被剥夺了。现在的他只是一个物品罢了。
愤怒的垣根帝督诅咒这这个世界，诅咒着学园都市。
在垣根帝督的恶毒的诅咒中，有一天，事情出现了转机。一个莫名的声音出现在他的耳边，在他的心底喃喃低语。
就从那一天开始，垣根帝督掌握了将未元物质转化为自己身体一部分的方法，他使用这个方法重新修复了自己已经彻底粉碎的肋骨，恢复了自己的四肢，让他重新站了起来。
破关而出的垣根帝督带着仇恨血洗了整个地下研究室，并盗用了学园都市的机械甲虫设计，使用未元物质大批量制造这种机械甲虫来进行复仇！
那些附在机械甲虫身上的滞空回线被成功的带回到这个地下实验室中，随后星野看到的就是一个恐怖的机械虫巢。
经过了这些未元物质的改造，这些机械甲虫似乎拥有了一种另类的生命形态。巨大的机械母虫不停的吞噬周围的物质，然后产出一个个覆盖着金属光芒的虫卵。
仅仅数个小时后，这些虫卵就孵化出了一只新的机械甲虫。
到了现在，整个虫巢里已经有了大约数千只金属甲虫，分别为银色，红色和黄色。似乎这些母虫可以根据对方的能力来生产出具有独特抗性的新型甲虫。
而垣根帝督就坐在一只巨大的母虫身上，眼神冷冽的看着这些返回的机械甲虫说道：“嘿嘿，居然混进来一个奸细，既然来了，就不要走了！”
说完，垣根帝督就两眼发出一股黑芒，很快，在垣根帝督的命令下，大量的机械甲虫将这里围的水泄不通。数组黄色外壳的机械甲虫联动在一起，释放出超高压的闪电，将星野制造的滞空回线彻底摧毁。
感受到自己偷偷布置的滞空回线被摧毁，星野脸色顿时变了变。他刚才没有看错的话，那个人的确是垣根帝督。只不过此时的他怎么看都给人一种不太正常的感觉。现在的垣根帝督就像黑化了一般，令人感到恐怖和扭曲。而且这是时候的垣根帝督，能力大幅进化，居然能够依靠召唤未元物质制造出数量惊人的机械甲虫起来。这在原来是不可想象的！
暗自压下自己心中的疑虑，星野准备先搞定眼前的事情。至于垣根帝督的异状，自己还需要时间来研究。毕竟对方躲在深达百米的地底，在那种地方，就是星野都不敢保证能够全身而退，所以现在不是找垣根帝督麻烦的时候。
将注意力转回了御坂美琴和神裂火织两人，现在两人争得的是不相上下。本来两人在之前的斗嘴中就互相视对方为劲敌。虽然赶走了那个奇怪的机械甲虫，但是这并不代表她们能够和睦相处。相反，她们两个现在谁也说服不了谁！
在御坂美琴的眼中，神裂火织和史提尔就是绑架茵蒂克丝的人贩子。
但是他们却说，他们的所作所为都是为了茵蒂克丝好。在茵蒂克丝的大脑里面存储了十万三千本魔道书，如果不定期清除她的记忆，茵蒂克丝就会因为脑容量爆炸而死亡的。
听到这种人被信息撑死的说法，星野不由得有些好笑的说道：“神裂火织，史提尔，是谁告诉你人类的大脑有储存极限的？你们真的有做过调查吗？你们知道人类的大脑能够储存多少知识吗？”
听到星野的话，两位科学白痴神裂火织和史提尔面面相觑，然后不经大脑的说道：“大概十万三千本书籍？”
“晕倒！”听到两人的答案，星野只好以手掩面，为两人的无知感到好笑。
就连他这个对于人类大脑潜能不太关注的外行人也知道，人类大脑的潜能近乎是无限的，根本就不是区区十万本魔道术能塞爆的。
可是偏偏这些魔法侧的人还真相信了。
不过对于这两位对科学有极度偏见的家伙，只有事实才能胜于雄辩！
星野需要向她们证明，茵蒂克丝的大脑远没有超出极限！只有这样双方的才能消除双方的矛盾。