台湾海峡的晨雾尚未散尽，郑成功的舰队已悄然逼近台湾西南海域。了望手站在“大明号”的桅杆上，借着微光看清远处海平面上的荷兰巡逻舰，当即吹响号角：“发现红夷战船！三艘，正向我舰队驶来！”
郑成功立在船头，手持单筒望远镜，目光如炬：“传令，第一梯队按计划佯攻基隆，第二梯队主力转向，避开红夷巡逻舰，直扑鹿耳门！各舰熄灭火把，旗语联络，不得暴露行踪！”
军令如流水般传至各舰，两百艘战船悄然调整航向，如一群蛰伏的猛虎，朝着鹿耳门方向潜行。而此时，负责佯攻的五十艘战船则鼓帆北上，故意暴露行踪，朝着基隆港的方向驶去——这是郑成功“佯攻北线，主攻南线”战术的第一步，要将荷兰人的注意力牢牢吸引在北部。
不出所料，荷兰巡逻舰发现北上的明军战船后，立刻鸣炮示警，同时向热兰遮城的揆一报告：“明舰五十艘，进犯基隆港！”揆一闻讯，当即下令调派八艘主力战船驰援基隆，只留下四艘战船驻守大员港，防备南线——他始终认为，鹿耳门水浅礁多，大型战船无法通行，明军绝不可能从这里登陆。
待荷兰主力战船北上后，郑成功的主力舰队已抵达鹿耳门外海。此时恰逢涨潮，原本浅涩的航道水位骤升，足以容纳明军战船通行。郑成功看着水面上漂浮的浮标（那是提前潜入的间谍标记的安全航道），断然下令：“全军出击，冲过鹿耳门，登陆台湾！”
就在明军舰队准备驶入鹿耳门时，留守大员港的四艘荷兰战船终于察觉异常，调转船头，朝着鹿耳门方向驶来，试图拦截明军。十二艘荷兰战船（含后续赶来的增援）成一字长蛇阵排开，舰首的加农炮黑洞洞的炮口对准明军舰队，一场惨烈的台海海战，骤然爆发。
“红毛夷船坚炮利，不可与其正面硬拼！”郑成功高声下令，“火船队出击，冲撞红夷战船；主炮手瞄准红夷旗舰，集中轰击！”
早已准备好的二十艘火船率先冲出明军阵型，船身裹满浸油的麻布，船头绑着锋利的铁钩。火船兵皆是敢死之士，迎着荷兰战船的炮火，奋力划桨，朝着荷兰舰队的阵型冲去。荷兰战船的加农炮轰鸣，炮弹落在火船周围，激起数丈高的水花，数艘火船被直接击沉，船上火兵落入海中，转瞬便被汹涌的海水吞没。但余下的火船仍悍不畏死，一头撞向荷兰战船的船身，铁钩牢牢勾住船舷，火兵点燃麻布后，纵身跃入海中。
“快灭火！快灭火！”荷兰士兵惊慌失措地呼喊着，用木桶提水扑向船身的火焰，却根本抵挡不住浸油麻布的火势。数艘荷兰战船瞬间被大火包裹，甲板上的士兵惨叫着跳海，火势还蔓延到相邻的战船，荷兰舰队的阵型瞬间大乱。
趁此机会，郑成功下令明军战船全力开火。改良后的舰载红衣大炮齐声轰鸣，开花弹如雨点般落在荷兰战船上。荷兰旗舰“赫克托号”的舰首被数枚炮弹击中，甲板被炸出数个大洞，桅杆轰然倒塌，压死压伤数十名士兵。明军炮手调整角度，又一枚炮弹精准击中“赫克托号”的弹药舱，剧烈的爆炸声中，战船断为两截，沉入海中，舰上的荷兰舰长与数百名士兵无一生还。
余下的荷兰战船见旗舰沉没，军心大乱，纷纷调转船头逃窜。明军战船紧追不舍，火炮不断轰击，又击沉两艘荷兰战船，其余战船则狼狈逃往南洋方向，再也不敢回头。这场台海海战，从清晨打到正午，明军以击沉荷兰战船三艘、击溃九艘的战绩，彻底掌控了台湾海峡的制海权。
海战大捷的消息传至各舰，明军将士欢声雷动。郑成功却未丝毫懈怠，他知道，登陆才是关键——鹿耳门的涨潮时间有限，若不能在退潮前抢占滩头，此前的努力都将白费。
“传令，登陆营即刻登岸！务必在一个时辰内拿下鹿耳门滩头，建立防御阵地！”郑成功的命令斩钉截铁。
登陆营的士兵迅速登上小舢板，划向鹿耳门滩涂。此处果然如间谍所报，水浅礁多，荷兰人只派了百余名士兵驻守，且多是雇佣的土着，战斗力低下。见明军大举登陆，荷兰守军慌忙开火，火铳子弹落在滩涂的礁石上，火星四溅，却未能阻挡明军的脚步。
“杀！”登陆营统领一声大喝，率先跳上滩头，手中的长刀劈倒一名荷兰士兵。士兵们紧随其后，踩着湿滑的礁石，冲向荷兰人的简易炮台。明军的线膛枪发挥了优势，三排轮射之下，荷兰守军纷纷倒地，余下的土着雇佣军见势不妙，扔下武器四散奔逃。
不到半个时辰，明军便攻占了鹿耳门的滩头阵地，拆下荷兰人的火炮，调转炮口，对准内陆方向。郑成功亲自登岸，看着士兵们加固阵地，沉声道：“速派信使联络高山族各部，告知我军已登陆，按约定行事！”
信使快马加鞭，深入台湾内陆。高山族各部早已蓄势待发，得知明军登陆的消息，大头目当即召集数千青壮，手持长刀、弓箭，朝着荷兰人的殖民据点发起进攻。他们熟悉地形，昼伏夜出，袭击荷兰人的运粮队，烧毁其粮仓，切断了热兰遮城与周边据点的联系。荷兰人派出小队镇压，却屡屡被高山族伏击，损兵折将，只能龟缩在热兰遮城内，坐等援军。
而郑成功则率主力部队，从鹿耳门向大员推进，沿途的荷兰小型据点皆不战而降。三日后，明军兵临热兰遮城下，将这座荷兰殖民者的统治核心团团包围。
热兰遮城的城墙由砖石砌成，高达三丈，城墙上架设着三十余门加农炮，火力凶猛。揆一站在城头，看着城外密密麻麻的明军营帐，心中虽有慌乱，却仍强作镇定：“明人虽登陆，然热兰遮城固若金汤，待巴达维亚的援军抵达，必能将其尽数歼灭！”
他下令士兵死守城墙，所有火炮对准明军阵营，一旦明军靠近便开火。郑成功命人架设火炮，轰击热兰遮城，双方展开炮战。明军的火炮虽威力不输荷兰人，但热兰遮城的城墙异常坚固，数轮炮击之下，仅轰塌了一小段城墙，未能打开缺口。而荷兰人的加农炮则造成了明军不小的伤亡，短短半日，便有千余名士兵伤亡。
“停止强攻！”郑成功见伤亡过大，当即下令，“命士兵挖掘壕沟，逼近城墙；同时封锁港口，切断红夷的外援！”
明军士兵立刻行动起来，在热兰遮城外挖掘数道壕沟，以壕沟为掩护，步步逼近城防。而水师则封锁了大员港，任何试图靠近的荷兰船只，都被明军火炮击退。数日后，荷兰从巴达维亚派来的援军抵达台湾海域，见港口被明军封锁，且明军水师严阵以待，援军将领不敢贸然进攻，一番试探后，击沉两艘明军运输船，便仓皇退回南洋。
揆一得知援军撤退的消息，脸色煞白。他站在城头，望着城外的明军壕沟已逼近城墙不足百丈，城内的粮草与淡水也日渐减少，心中第一次生出了恐惧——他知道，热兰遮城的坚守，或许撑不了太久了。
而郑成功则站在营帐外，望着热兰遮城的方向，目光坚定。他知道，这场围城战才刚刚开始，但收复台湾的目标，已近在眼前。台湾的百姓，早已盼望着大明王师的到来，而他，绝不会让百姓失望。