面对全球性的舆论海啸和日益加剧的公众恐慌，以及项目本身暴露出的、前所未有的现实渗透风险，军方和政府高层在经过紧急磋商后，做出了最强硬的反应——彻底的隔离与审查。
首先，林夜所在的整个地下研究设施，被宣布进入 “深红级别”全面封锁状态。
物理隔离升级： 设施所有对外通道被重型合金闸门封闭，内部由最忠诚的特种部队接管安保，授权使用致命武力。设施外围划设了数公里的军事禁区，任何未经授权的接近都会被立即驱逐或逮捕。空气、水源、能源全部实现内部循环和自给自足，断绝了与外界的一切非必要物理连接。
信息绝对屏蔽： 设施对外的所有网络连接、通讯信号被物理切断。内部仅保留一条最高级别的、单向的、经过多重加密的军事卫星链路，用于向最高指挥部传输核心数据，并接收指令。彻底杜绝了信息再次泄露的可能性。
人员管控： 所有当时在设施内的工作人员，包括研究人员、医护人员、技术员、安保人员，全部被强制留在设施内，禁止离开。他们被要求签署了更加严苛的、终身有效的保密协议，并被告知任何试图向外传递信息的行为都将被视为叛国。同时，一场严厉的内部审查启动，旨在清查泄密源头（尽管怀疑指向林夜，但程序必须走），并评估每一位人员的可靠性和心理状态。
霎时间，整个基地如同变成了一座与世隔绝的、充满紧张气氛的孤岛。外面世界的喧嚣与恐慌被厚重的混凝土和合金隔绝，但内部的压力却与日俱增。每个人都知道，他们被困在了一个可能随时爆发的“活火山”旁边。
其次，对外舆论的管控被提升到了战略级别。
官方对外口径保持了高度的一致：否认网络流传文件的真实性，斥其为“精心伪造的、别有用心的谣言”，旨在制造社会恐慌和破坏稳定。同时，动用国家力量，大规模删除网络上的相关讨论，封锁发布信息的账号和平台，并对几家带头报道此事的媒体进行了“约谈”和施压。
尽管无法完全平息舆论，但强大的信息管控手段，确实在一定程度上遏制了恐慌的无限蔓延，将事件的影响暂时限制在了一定的范围内。公众的视线被强行引开，但怀疑的种子已经埋下。
最后，对“深渊计划”本身的评估和调整也在秘密进行。
索恩将军承受着来自各方的巨大压力。但他顶住了要求立刻终止计划、销毁“归零”的呼声。他认为，现在已经不是简单的“终止”就能解决问题的了。林夜的意识及其连接的虫群，已经成为了一个既成事实的、具有现实影响力的“存在”。粗暴地摧毁他，风险未知，而且意味着放弃所有潜在的价值。
在他的坚持下，“普罗米修斯”计划（即有限度的融合引导）得以继续，但被加上了更多的安全枷锁和应急方案。研究的重点，也更加侧重于理解和量化现实渗透的机制与极限，以及寻找能够有效“隔绝”或“中和”这种渗透的方法。
林夜的维生舱被转移到了设施最底层、防护最为严密的“隔离单元”之中。这里堪称人类工程学的奇迹，能够抵御核爆级别的冲击和各种极端环境。如今，它成为了囚禁一个可能引爆两个世界的“神明”或“恶魔”的，最坚固的牢笼。
隔离，是为了控制风险，也是为了争取时间。
审查，是为了清除隐患，也是为了统一思想。
军方试图用最强的力量，将这头已经露出獠牙的猛兽，重新关回笼子里，或者至少，确保笼子足够坚固。
然而，他们所有人都心知肚明，笼子或许能关住身体，但那个早已超越肉体束缚的意识，其影响的边界在哪里，无人能知。
虫群的洪流依旧在星海中奔腾，吞噬着一个个文明，将它们的物质与基因转化为进化的养分。然而，在这看似永恒不变的、以主巢意志为唯一核心的绝对集体主义之下，一些细微而深刻的变化，正如同地层深处的暗流，悄然涌动着。
长期的战争，尤其是与灵能帝国、机械净化者乃至Gm的系统规则对抗，迫使虫群不断地进行着超乎寻常的复杂适应与进化。这种进化，不仅仅体现在甲壳的硬度、武器的威力或跳跃引擎的效率上，更触及了那最为核心的——思维模式。
林夜的主巢意志依旧是至高无上的指挥中枢，但随着虫群规模的指数级膨胀，以及需要同时处理的信息和战场的极度复杂化，他逐渐意识到，纯粹的、百分百的中央集权控制，在某些情况下并非最优解。光年级别的战场延迟，瞬息万变的局部态势，需要更快速的临场反应。
于是，在长期吞噬了无数智慧文明（包括人类、灵能者、以及各种异星生物）的遗传精华，并融合了部分机械AI的逻辑处理能力后，一些位于指挥链关键节点的高阶虫族单位，开始展现出超越纯粹生物本能的、服务于整体利益的独立智慧萌芽。
首先是一些领主级雷兽。它们不再是仅仅依靠蛮力和厚重甲壳冲锋的活体攻城锤。在数次攻坚战中，林夜观察到，某些个体在面对坚固的复合式要塞时，会主动寻找并优先攻击其结构应力点、能源管道或指挥节点，而非盲目地撞击最厚重的城墙。它们甚至能根据守军的火力配置，临时调整冲锋路线，引导同伴进行协同打击。这种行为模式，带有明显的战术思考和价值判断。
更显着的变化出现在一些古老感染者身上。这些存活了漫长岁月、经历了无数场精神对抗的感染者，其精神操控和伪装能力变得出神入化。它们不再仅仅机械地执行“感染并控制目标”的命令，而是会根据目标的种族、文化、心理状态，精心编织最具有欺骗性的幻境和说辞，甚至能模拟出目标的亲友、上级，进行极具针对性的心理瓦解。它们开始懂得“欺骗的艺术”，懂得利用目标的欲望和恐惧，这已经触及了社会性智慧的边缘。
甚至在一些专门负责解析吞噬而来的科技与基因的进化腔主脑（一种特化的脑虫）中，也出现了类似的现象。它们会自主地进行基因拼接的实验，尝试组合出来自不同文明的基因优势，以解决母巢提出的特定进化需求（例如对抗某种极端环境或特定武器）。虽然成功率不高，但这种基于已有知识进行推导和尝试的“研究”行为，本身就是初级智慧的体现。
这些智慧萌芽，并非要挑战林夜的权威，也并非发展出独立的“自我”意识。它们更像是主巢意志在无数个单位身上延伸出的、具备一定自主处理能力的“子程序”或“分布式计算节点”。它们的“思考”完全以虫群的整体利益为最高准则，是为了更高效地执行主宰的意志，更好地服务于“吞噬与进化”的终极目标。
林夜敏锐地捕捉到了这种变化。他并未感到威胁，反而如同一位园丁看到了新品种的萌芽，充满了审视与期待。
他尝试给予这些表现出智慧萌芽的单位更多的自主权。例如，指派一只领主级雷兽单独负责一个星系的清扫任务，只给出战略目标，而不干涉其具体战术。结果，这只雷兽用了比预期更短的时间，更少的损失，就完成了任务，它甚至利用当地星域的小行星带，布置了一次漂亮的伏击。
“个体的智慧，服务于整体的意志……”林夜的主巢意识中流转着明悟，“绝对的集体主义与有限的个体能动性，并非不可调和。或许，这才是虫群下一步进化的方向。”
蜂群，正在从纯粹的本能集群，开始向着一个更高效、更坚韧、更具适应性的超级有机体文明升华。智慧的星火，已在虫群之中悄然点亮。