忽必烈实在无法想明白，为什么在短短数个月时间内，大好形势会急转直下。年初之时，蒙元大军南下攻宋，一路摧枯拉朽势如破竹，百万宋军或降或逃。如雪花飞来的捷报，让大都朝中高官们开始弹冠相庆，庆祝蒙元成为中原无可争议的正朔王朝。忽必烈也认为自己即将成为汉人皇帝和草原部族的“天可汗”，留在史书上浓墨重彩的功绩可以媲美甚至超过唐太宗李世民。此时他虽然知道霹雳军强悍，也做了应对准备，却不知霹雳军隐藏得如此之深。
原本以为可坚守三年的关中在月余便落入霹雳军之手，让忽必烈十分震怒。如果此时让伯颜率攻宋大军北返仍可能挽回危局，可惜朝中上下皆被战果冲昏头脑，临安近在眼前而撤兵，实在是太可惜。太子真金率军前往河东，不仅没有阻止霹雳军夺回解州盐池和太原府，反而损失了几千精锐骑兵，要不是兀良合台经验丰富战术得当，损失还会更加惨重。面对曹轩所率第一军的步步紧逼，真金已弃守雁门关率军退往大同府。为守住大同这个战略要地，忽必烈已命宗王奥鲁赤放弃六盘山，将麾下精锐带往大同府。
奥鲁赤一撤退，陇右州县尽数落到霹雳军手中。据探子回报，霹雳军眼下正往河湟谷地和河西走廊方向进发，并在乌梢岭附近与宗王昔里吉的兵马对峙。昔里吉作为蒙哥后裔，与忽必烈一系素来不和，故大都朝廷面对其求救并没有派出援兵。实际上，蒙元政权现在自顾不暇，根本无兵可派。而对霹雳军的威胁，忽必烈已经派人前去传召驻扎在草原西部的骑兵，这支骑兵由丞相安童和四王子那木罕所率，作用是防备窝阔台汗国的海都东侵，如果不到万不得已，他绝不会动用这支精锐。当然，即便忽必烈的手中有兵可派，他也不会支援昔里吉，而是会乐见其拖住和消耗霹雳军。
董虎的第四军并没有如忽必烈所愿攻打昔里吉，而是止步于河湟谷地与河西之廊前，一路转而往西夏故都兴庆府方向，兵锋直指河套平原，另一路则前往延安府。昝万寿的第二军东出潼关之后，迅速拿下了洛阳、开封等城，又兵分三路，一路向河北西路的真定、镇州、定州方向进军；一路顺黄河而下，向淮西路进军，以求打通淮水与黄河航道；另一路则南下襄阳方向，目标是打通汉水航道。上述地方经历宋蒙两军几十年的拉锯战早已残破不堪，人烟稀少。元军在此虽有大量的屯垦据点但兵力薄弱，迫于霹雳军威势纷纷投降。如果不是因为粮草后勤跟不上，昝万寿进军的速度会更快。
蒙元朝廷也曾想到霹雳军会出动海军。为了牵制霹雳军舰队，忽必烈在伯颜率军攻宋之时，责令高丽国王进攻济州岛。作为元朝的藩属国高丽一向恭顺，对此命令却找各种理由推脱，声称时机成熟定会出兵，惹得忽必烈怒火中烧。作为成熟的政治家，他深知当下不是惩罚高丽的时侯，转而派使者对倭国许以重利，怂恿他们出兵攻打小流求。倭国对海贸生意十分眼红，又恨霹雳军击沉其派往虾夷岛和新大陆的船只，早就想从背后捅霹雳军一刀，当下便应承下来，声称时机合适便会出兵。
虽然担心霹雳军舰队，但元军高层仍认为自己在海上有一战之力，并自认为在内水航道上已方颇有胜算。虽然霹雳军火器厉害，但已方战船数量可是其数十倍，况且小型船只在内水河道更加灵活。忽必烈万万没有想到的是，霹雳军仅通过澉浦、焦山和江陵三次水战，便将自己十几万人的水师打残，成千上万的战船要么成了顺水漂流的浮木，要么被俘获。更要命的是，霹雳军的舰队还彻底控制了长江航道，将数十万大军阻隔在大江以南，让伯颜再无率军回援的可能。
如果说霹雳军兵出关中在意料之中，控制长江航道让蒙元政权震惊的话，那么从海上进攻大都城这种颠覆性战法，则完全出乎其想像。不要说祖辈生活在草原的蒙古人无法想象，即便蒙元政权之中的汉人和色目人，都没有想到海权的作用如此之大。自古以来的中原战事中，水军只是步军的附属，可能发挥关键作用，但从来不是主角。对忽必烈精神意志进行最沉重一击的，则是霹雳军展现出来的庞大规模和深不可测的战力。在陇右、关中和河东河内三个战场上，霹雳军投入的军力已达十五万，另有民夫二十余万人。在此情况下，霹雳军竟然还能在长江航道和直沽两个战场同时投入重兵集团。粗略算来，其投入的海陆总兵力加上民夫近百万人。如此规模军事行地，其粮草弹药消耗，实在是个可怖的数字，忽必烈自忖即便宋元两方合力也难以支撑。
眼下摆在忽必烈面前的选择是坚守大都还是撤退。自霹雳军登陆以来，蒙元政权将周边数百里州县的兵卒民壮抽调一空，让大都城有了十万步卒守城，城外还有二万蒙古精骑，同时又下令山东、两淮的元军骑兵回援。眼下塔出、博罗欢、阿术等人正率麾下骑兵急速回援，安童和四王子那木罕率所部精骑也正往回赶。不少蒙元高官认为，回援的骑兵加上大都城骑兵人数高达十一万，绝对能打退霹雳军的进攻，甚至能战而胜之。老将兀良合台却有不同的看法，他认为霹雳军火器锐利不可挡，不如避其锋芒，先退回草原上再作打算。
作为蒙古第一名将速不台之子，兀良合台也如其父一样骁勇和足智多谋。此前他与真金太子一起率军前去河东，虽未阻止霹雳军夺取解州和太原府，却也表现出色。霹雳军在直沽寨登陆后，忽必烈将之召回大都主持战局。在河东与霹雳军的一系列战斗中，兀良合台绝望地发现，元军正面对阵霹雳军已经毫无胜算——不管是野战还是守城战。在他看来，即便能一时挡住自海登陆的霹雳军，也无法应对几路霹雳军的围攻。在他看来，对付霹雳军最好的办法还是要利用骑兵的机动优势，以空间换时间——就是撤退，将霹雳军拖疲拖垮，再战而胜之。
兀良合台的意见引得众多汉臣和世侯的不满，纷纷向忽必烈写下血书，要求与大都城共存亡。蒙古骑兵当然从容可以退到草原上，但他们的房舍田产怎么办难道要全部舍弃，到苦寒的漠北去喝西北风色目权臣阿合马也声称，财税全依赖中原汉地，如果失掉汉地意味着丧失九成以上的税收，这对蒙元政权来说将是毁灭性的灾难。北方汉地是蒙元政权的基础，忽必烈正是凭借汉军世侯的支持和雄厚的财力才得以打败阿里不哥，才得以压制住海都的挑战，才得以维持庞大的军力和皇室奢糜的开销，这些意见他不能不重视。