总部在济州岛的海军陆战军也与陆军野战军一样，扩编为五万三千人，也下辖的四个师和军部直属旅。其中，骑兵师与军部直属旅驻扎在济州岛，重型师驻扎在流求岛，轻型师驻扎在琼州岛，机动师驻扎在小流求。由于作战任务的特殊性，海军陆战军的大型装备数量甚至还要超过陆军野战军，并配备了大量的运输船，战时还可以征调民商船帮助运输。就训练强度而言，海军陆战军士兵的甚至更大，他们不仅要进行与陆战训练，还要进行抢滩登陆、武装泅渡等专项训练。
按照《海军发展纲要》的造舰计划，霹雳军的每支舰队应装备五艘崇庆府级、二十艘邛州级和四十艘大邑级火炮战舰，共计六十五艘主力战舰。除火炮战舰之外，还应配备大量的侦察船、护卫船、爆破船、火战船等他战船，以及工程船、医疗船、维修船、粮水补给船、弹药补给船、兵马运输船等辅助船只，数量总计四百艘左右。按照《纲要》，霹雳军的每支舰队船只数量为五百艘左右，水兵配备二万人，六支舰队应有四百艘主力战舰，其它各型船只三千艘以上。
截止到霹雳十五年春，霹雳军海军共只有二百二十艘主力战舰，完成了《纲要》进度的百分之四十四，其它各型船只二千余艘，完成进度为三分之二。从各支舰队的进度来看，南洋舰队船只数量最多，其中主力战舰有五十五艘，辅助船只三百余艘，水兵达到了一万五千人。次之的是西洋舰队，有主力战船四十八艘，其它船只二百余艘，有水兵一万二千人。实际上，西洋舰队的战舰曾一度达到了《纲要》规定的九成，但在频繁的征战与风暴中损失不少，最终维持在了当前规模。西洋舰队辖区面积广大，东至锡兰，西至黑人大陆西海岸的财富群岛，该片海域风高浪急，加上有不少敌对势力和海盗，需要不断出动战船进行巡逻、清剿和威慑，出现损失实属正常。
由于牢牢掌握了制海权，加之将精力投到了海情复杂，又能带来大量利润和战略物资的南洋、西洋方向，霹雳军一度对北海、东海、南海三支近海舰队的建设投入不足。眼下这三支舰队的规模则刚过《纲要》的五成，虽然辅助船只则达到了八成以上，水兵数量也达到了七成，但主力战舰都不超过三十艘，总战舰满编率也在四成上下，这还是霹雳十三年时，欧阳轩眼见苗头不对，当即下达措词严厉的命令，要求优先保障这三支舰队建设的结果。在欧阳轩看来，霹雳军高层内部存在一种错误思想，即偏爱能带来财富的西洋、南洋舰队，而忽视了近海舰队建设，忘记了抗蒙才是霹雳军最重要的任务。在欧阳轩的计划中，这三支近海舰队将发挥至关重要的作用。
至于霹雳军在新大陆西岸、新大陆东岸的两支远洋舰队，离《纲要》要求的差距离更大。西岸舰队目前主要战舰只有十七艘，其它船只一百余艘。由于地峡所阻，东岸舰队的建设属于白手起家，实力更为孱弱，实力尚不及西洋舰队的一支分舰队，目前只有一艘邛州级战舰、一艘大邑级战舰、三艘轻护船，这些船只还是从新蜀州南下，不远万里绕过羊驼大陆最南端的风暴海峡，到达地峡另一端的东岸舰队海军基地的。目前余福主政的地峡省已修通了从新蜀州通往东岸的道路，并在东岸修建了造船厂，但囿于原材料和技术人员不足，目前只造出了十余艘辅助船只。东、西两岸海军建设进度缓慢，归根到底还是因为新大陆并无海上威胁，当下霹雳军在当地的海上力量，已是无敌的存在，并无建设的紧迫性，故并没有大规模投入资源。
相对于陆军的扩军备战来说，海上力量的建设并不令欧阳轩满意，只不过他也无可奈何，心知这事急不得。大规模建设陆军相对容易，只要有兵员与资金，几年便能迅速成军。海军不同于陆军，是资金与技术密集性的兵种，不仅非常烧钱，也极度依赖有经验的水手和航海人才，更依赖性能优良的船只。建造船只不仅需要技术人员，更重要的是要有造船的良木。霹雳军治下不缺乏木材，流求、济州、琼州这三个造船基地也有大片的森林，还可以从鲜卑利亚和南洋诸国运回诸多良木，理论上不缺造船的木材。可当下制约海军建设的最大问题，却正是木材。
造船所用的木材有着严格的质量要求，对树种、长度、高度、生长年限都有要求，制造大型军舰的要求更为严格。实际上，如果仅仅是以上要求，对霹雳军并不是问题，毕竟霹雳军治下并不缺乏优良的木材，也有充足的资金购买。真正的问题在于，砍伐下来的良木需要经过长时间的晾晒干燥，才能用于造船，否则容易船体开裂，也极易生虫腐烂，最终酿成海难事故。流求科学院当下已经研究出新方法，大大缩短了晾晒干燥造船木材的新方法，但仍需二年以上。无奈之下，余柱只得下令各商贸公司，全力收购可以立即用于造船的良木，只不过效果不佳。不管是蒙古人还是临安方面，也在大力发展水军，已将造船的良木作为了管制物资。
制约舰队建设的另一个因素是人才，包括造船工匠和经验丰富的水手。霹雳军海军扩张过快，造成这两类人员的严重短缺。为此霹雳军同时推出了三个措施。第一是扩大流求航海学校的规模，并在济州和琼州岛建立航海分校，加速这两类人员的培养。第二是提升这两类人员的待遇，以吸引人才流入，同时从临安治下、北方汉地、高丽、倭国、南洋甚至西洋的天竺、大食、波斯招募造船技师。第三是从俘虏中挑选有一技之长的工匠和水手。霹雳军舰队在打击敌对势力和海盗过程中，抓获了不少海盗。这些俘虏为了不服苦役或被流放，倒是十分踊跃为霹雳军效力。
相比较于木材和水手，作为主战武器的火炮对舰队的影响便比较小了，如果全速生产，其产能跟得上战舰建造的速度。得益于冶炼、火药和车床技术的不断改进，霹雳军的舰用火炮不断改进，不仅威力变大，后座力和重量也减轻不少，目前已形成了弹重5斤、10斤、20斤、40斤、80斤的火炮系列，弹种包括破甲弹、***、霰弹、链球弹、***等弹种。以发射40斤炮弹的重型舰炮为例，该型火炮配置在崇庆府、邛州和大邑这三级主力战舰上，其最大射程能达十里，能对敌人的大型战船一发入魂。如果使用实心炮弹，能对敌人的城门、箭楼等重要设施造成严重的破坏。