至于剩下的一百多万两白银资金，流求公司则全部投入海军建设。对孤悬海外的流求岛来说，建设一支强大的海军说成事关生死存亡的关键并不为过。作为极度依赖装备的技术军种，将海军说成是吞金兽并不为过。海上风浪大，所用的船只结构复杂，技术要求也高，价格自然也昂贵。对流求公司来说，所建的海军船只肯定要以火器装备为主。火器威力强大，但价格也自然不菲，就拿战船的主战装备火炮来说，不仅造价昂贵，其后续的保养维护和弹药消耗也是一笔巨大的开支。
只不过海军建设再贵也得花钱。除了保护流求岛之外，海军还要承担保护贸易航线和开拓海外的重任。前者是流求发展的关键，后者则是欧阳轩特别强调的。从现实的需求来看，当下流求周边的海域之中，南宋沿海制置司的水军实力十分强大，虽然当下双方关系尚可，甚至还为运送流民和货物的流求船只提供护航。但“匹夫无罪，怀壁其罪”，流求现在发展蒸蒸日上，仅蔗糖便是一笔巨大的收入，更别说还有大量的良田矿山，这对极度窘迫的朝廷财政来说实在是巨大诱惑。以朝中那些腐败高官的德性，一旦政局有变或断了“孝敬”，他们翻脸绝对比翻书快，保不那天一觉醒来，便会让官军水军攻打流求，以搏取开疆拓土的功名。
其次的威胁来自蒲寿庚等大海商。俗话说“同行是仇人”，霹雳军在流求发展必然挤占他们垄断的海上贸易份额，而他们显然不会容忍流求公司从利润丰厚的海上贸易分一杯羹。流求公司的蔗糖热卖已经让他们分外眼红，蒲寿庚等人现在也开始试着在福建路和广南路种植甘蔗，以后为争夺销售市场必然会发生冲突，甚至不排除他们用武力夺取流求。这此海商实力强大，仅蒲寿庚就有数万人马和数千艘船只，他还是朝廷任命的泉州市舶司长官员。这些还仅是蒲寿庚浮在表面的实力，实际上蒲寿庚等大海商不仅与朝廷大佬利益绑定，也与海盗有千丝万缕的联系。
高丽、倭国及北方汉军世侯的水军当下并无攻打流求的实力，但正因为这三地水军实力孱弱，其沿海周边遍布着大大小小的海盗。这些海盗之中不少人是穷凶极恶的亡命之徒，也有许多是迫于生计铤而走险的沿海百姓，还有少数捕鱼经商为主，一有机会便抢劫的海上讨生活的机会主义分子。这些海盗之前大都是贸易航线附近出没，并未出现在流求周边。随着霹雳军开拓事业的发展，流求日益繁盛，这此海盗也如嗅到血腥的鲨鱼一样，频频袭击流求公司的渔船和商船，甚至想偷袭台中城港口的蔗糖仓库，只不过都无一例外地火炮一顿胖揍。主管军务的廖泥鳅并不担心这些散兵游勇，而是担心他们背后影影绰绰的势力。
一百万多万两白银看似数目巨大，但对海军建设其实并不多。廖泥鳅之前提出了要将海军扩充为二万人，大小火炮战船要达到两百艘，但一算成本帐却焉了头。实际上不管购买还是自建，战船本身并不贵，中型战船不过数千两银子，大型战船也不过值万余两，最大型的三重楼船也不会超出五万两白银。真正昂贵的是战船上的火炮。就拿一艘装备二十门炮的中型战船来说，一门炮便需要铜料三百斤价值三十两白银，制造成本是铜料三倍左右，故一门炮加上必要的弹药便一百五十两白银，二十门炮便是三千两，再加上船体造价两千两，一艘中型火炮战船便要五千两白银。由于大型战船的所用的火炮更大数量也更多，故造价更是中型火炮战船的三至四倍。实际上，这还是因为流求岛上有丰富的铜矿，也不缺优质木材和铁，如果材料外购，成本还会翻上几倍。
反复核算之后，流求公司决定成立一支主力舰队和二支分舰队，分别驻守在台北、台南和小流求。主力舰队有十艘大型战舰、二十艘中型战舰和四十艘小型战舰，分舰队战船数量减半。按大型战舰一万五千两白银一艘，二十艘计三十万白银；中型战舰五千两一艘，六十艘计三十万白银；小型战舰二千两一艘，一百二十艘计二十四万白银，仅主力战船便要花费八十四万两。如果再加上火战船、侦察船、爆破船、运输船等船只，这一百多万两白银不仅不算多，反倒显得略有不足。在人数方面，每艘大型战舰一百五十人，中型战舰八十人，小型战舰三十人，总兵力达到了一万零二百人，如果加上辅助船只的水手人数，兵力达一万二千人。
当下流求海军实力仅堪堪达到上述规模的四分之一，虽然有了资金保障，但要建设一支上万人的海军绝非易事，仍需要较长时间才能实现。海军舰队建设需要“船只、船员、火炮”这三大要件。与川西霹雳军扩军中主要缺火炮不同，流求海军当下最缺的并不是火炮，而是战船和有经验的水手。余柱从川西带来的技术人员早就掌握了铜炮制造技术，流求的铜矿开采出来之后，他们又根据本地铜料的情况进行了配比调整和生产工艺优化。由于铜优良延展性和导热性，流求生产火炮只需要采用工艺简单的铸造法，而不需要川西霹雳军铁炮所采用的镗铣法工艺，生产出来的铜炮不仅重量轻而且性能也够用，更重要的是所花费工时短了许多。眼下流求铜料足够，只需进行精炼之后，便可大批量生产出舰用火炮。
海军的主战武器是船只，而船只的建造并非一朝一夕之事。一艘战船从选材、伐木、晾晒再到建造舾装、试航短则一年至两年，长则三至四年。如果有了已晾晒好的木料，也需要半年到一年的时间才能造出来。流求不管是当前的现实需要还是远期的威胁，都等不起这么长的时间，故余柱决定一方面派人收购造船木料，加大自行造船的力度，与此同时又派人多方重金购买船只进行改装，甚至还通过贿赂手段购买了沿海制置司水军的战船。“重赏之下必有勇夫”，只要价格给得足够高，水军那些官员敢冒着杀头的风险卖战船。这些买回来的战船在船坞进行改装之后，没有人会认出曾是官军战船。经过一番努力，流求购买改装了十余艘大中型船只和数十只小型船只，虽然仍未达廖泥鳅的预期，却也解决了当下的燃眉之急。