嘉眉雅及成彭汉的工业建设虽然非常重要，但排序仍在军事和屯垦建设之后。为了加快这两项事业的开展，也为了与崇州邛等原辖区的融合发展，经军政联席会议决定，霹雳军向新纳入治下的地区派出了大量基层管理人才，广泛又张贴布告招募青年才俊进入县学、州学进行学习。当下霹雳军的县学和州学统一改名为“孔子学院”，只不过在前面加了前缀，如大邑县学改名为叫“大邑孔子学院”，邛州州学改名为“邛州孔子学院”。孔子学院并不只是教授文学，而是除了军事之外的学科都会教授，政治、物理、化学、医学......。
霹雳军实行分级教育体系，每进入上一级教育体系都需要进行考试遴选。最基层的村屯学堂实行义务教育，主要是识字和基本常识的教育，主要是开启民智；乡一级的学堂则开设初级政治、数学、历史、地理、生物课程，这主要是为培养基层实用人才；在县级孔子学院学习的内容则较为高深，并增设了物理、化学等课程，主要是培养工农商各业人才；州级孔子学院教授内容不仅高深，内容更包罗万象，主要是培养中级技术人才和管理人才。至于设在崇庆府的师范学院、医学院、政治学院、工业学院等专业学院，则是培养高级技术人才的专门学校。军事学院由教导旅改组而来，不属于孔子学院序列，而是由参谋部直管，由参谋长兼任院长。
工业对霹雳军的重要性毋庸置疑，为了保证工业建设进度，霹雳军准备在秋收后全力进行推动，为此也做了许多前期准备，如提前开始厂房规划设计，修建工人住宿等，甚至还趁水枯之前将部分机器设备和生产原料运到了彭州和汉州。嘉定府地处岷江干流，受冬日水枯的影响并不大。只不过秋收之后，又有两个新威胁影响了开垦荒地和工业点建设，让屯垦区的民众人心惶惶，甚至不敢单独走出屯垦点。这意料之外的变数，让欧阳轩等一众霹雳军高层十分恼火，就连一向好脾气的鲁德之也连声大喊必须彻底剿灭之。
第一个威胁是兽患。霹雳军刚成军时，鸡冠山中也是野兽众多，对村民构成了严重的威胁，也曾伤及霹雳军人员。一方面为了防止野兽毁坏庄稼，另一面也是吃肉并贩卖兽皮获得资金，欧阳轩当时组织了声势浩大的打猎运动，也借此来练兵。下山之后，霹雳军也继续开展大规模的捕猎行动，野兽那里顶得住围捕，纷纷死在火器之下，要么就逃窜得远远的，不再存在兽患。但辖区外其余地方便是另一回事了，嘉定眉州城旁的情况要稍好些，但山林间特别是偏僻地方常有成群的野猪出没，甚至有狼豺虎豹等凶兽频频伤人。成都府、彭、汉两州的情况则更为严重，这里沼泽密布山林也多，地形颇为复杂，就连喜好游猎的蒙古骑兵也没有意愿大规模猎杀。在他们看来，抢劫比猎杀野兽更划算。那些被蒙古人杀死的百姓尸体，则将野兽们喂得更加膘肥体壮。
第二个威胁则是匪乱。虽然刘黑马负责川西政务，可他根本管不住蒙古骑兵的劫掠行为。作为蒙古人中的相对开明的忽必烈听取了廉希宪的建议，下诏禁止屠城屠村等滥杀行为，但这个诏令根本没有得到执行。川西蒙军的暴虐让不少百姓落草为匪，也有不少地痞流氓摇身一变成为新附军，做着亦兵亦匪的勾当。彭州新附军守将秦麻子兵败身死之后，其手下又重新回到了离州城百余里的九峰山为匪。他们不仅占据山中的铜矿，频频四处烧杀劫掠，甚至将霹雳军一支三十人护卫小队全部杀死，还焚毁了一个屯垦点，死伤了七十余个屯民。
嘉定雅州方向的匪患比成都府和彭汉两州有过之而无不及。除了走投无路落草为匪百姓外，也有不少刘大耳手下的溃兵，只不过这些土匪只是小打小闹。与从西边罗罗斯地区——也就是凉山地区出来的夷民土匪相比，这些都是些疥癣之痒。霹雳军下山之后，出台了不少优惠政策吸引流民，又用民族平等的政策吸引了夷蕃部族之民前来定居，其中有不少从罗罗斯地区逃跑的奴隶，这引起了奴隶主的不满。只不过川西平原距离遥远，他们便将目光投向了毗邻的嘉定、眉州和雅州，甚至有次深入到嘉定附近拟建的工业点附近。这些奴隶主残暴程度与蒙军不相上下，他们在攻破村落之后，实行烧光杀光抢光，所到之处鸡犬不留。
时值九月下旬，气温和河道水位下降不少，这也是蒙军入侵的高发时节。按往年惯例，霹雳军正规军大部分将调往与蒙军接壤的要塞和据点，民众则要么在兴修水利开垦荒地，或者兴建工厂修路筑堡，一片热火朝天的建设景象。今年为了彻底解决这两个影响发展的内部隐患，霹雳军抽调了部分正规军和大批民兵对付这两项威胁。按照欧阳轩的命令，除了应对蒙军可能的突袭行动之外，霹雳军上下都要全力配合好这两件事，必要除恶务尽。
对付山林中的野兽倒是不难。虎、豹虽然凶悍却大部份单独活动，配了火器的五十人小队可以轻松对付，也可以用陷坑、诱饵等方式诱捕。狼、豺是成群活动也十分狡猾，有的种群甚至上百只，须得大规模配合才能猎杀。黄大根等人先是利用猎人探得野兽巢穴所在，又调集人手进行合围并焚烧山林，不少野兽被火烧火，有冒死冲出来的也被猎杀。这些猛兽在进化过程中，基因里已刻下了对人类的恐惧，如今又在火和爆炸声中苏醒，未被消灭的纷纷往更深的山里逃窜。
稍难对付的是野猪，它们智商比狼豺和老虎都高，战斗力也强，而且成群结队。面对霹雳军的剿杀，它们便窜往沼泽深处，这可算是它们的主场，“潴”这个字便是由它们生活的水泽地带而来。川西平原水沼众多，不少面积在方圆数里。时值秋季，沼泽之中不少野生的莲藕、芋头和结了籽实的水草，也有不少河蚌、鱼虾和泥鳅、鳝鱼等小动物，加之野猪膘肥体壮身上脂肪肥厚，十分抗饿。它们躲在沼泽之中不出来，这让霹雳军花了不少功夫才将其清除干净。