五月二十一日，接到皇帝谕旨：“此前因江西贼军窜入浙江，恐周天受资历尚浅难以统率各军，故再次命令和春前往督办。现据和春奏报，他目前患病未愈，短期内难以启程。东南战事关乎全局，必须派遣威望素着的重臣统率各军，方能妥善调度。”
曾国藩因守制离职回乡，即将服丧期满。目前江西的抚州、建昌两府都已收复，仅剩吉安一府尚未平定，有曾国荃、刘腾鹤等部兵力足以剿办。此前已命令耆龄调派萧启江、张运兰、王开化等部火速增援浙江。这些将领都是曾国藩的旧部，所率部队若由曾国藩指挥调度，必能发挥更大作用。今日已正式颁布谕旨，命曾国藩立即启程赶赴浙江办理军务。
命令骆秉章立即传达圣旨，令侍郎曾国藩火速赶赴江西，率领萧启江等部日夜兼程增援浙江，与周天受等各军合力剿灭敌军。该侍郎此前在守丧期间从军，不辞辛劳，朕深为了解。如今正值浙江军情紧急之际，相信他必能体察朕意，不负重托。启程日期也须立即上奏，以慰朕心。钦此。
二十五日，骆秉章上奏称：目前增援江西的各军将领，都是前任侍郎曾国藩所熟悉的人员，不是他的同乡，就是他的旧部。如果让他统率这些部队前往浙江，必能使将士同心协力，对大局大有裨益。况且江西、浙江本是水乡，适宜使用水军作战，杨载福、彭玉麟两支部队也都是曾国藩的旧部。
曾国藩率领陆军前往浙江，可考虑从常山新建战船顺流而下，或派遣船只经长江进入太湖后逆流而上。这样江南大军既能免除后顾之忧，增援浙江的陆军也能得到水军支援。关于军饷问题，计划由湖南每月拨解饷银二万两。请皇上下令湖北巡抚胡林翼每月筹拨银二万两，专供曾国藩部队使用。
六月，接到皇帝谕旨：“骆秉章奏请调拨湖南军队增援浙江，并请命曾国藩统率前往，与先前所降谕旨正相符合。每月筹拨饷银二万两作为援浙军费，确能统筹全局，不分地域界限，着即照此办理。该侍郎既拥有精兵，又得充足粮饷，必能迅速建立功勋。钦此。”
初三这天，曾国藩接到圣旨。初七这天，他整理行装从家中出发。初九这天，经过湘乡县城。十二这天，抵达长沙，与骆秉章、左宗棠会商军事事务。刻制木质官印，印文为：“钦命办理浙江军务前任兵部侍郎关防。”
曾国藩发出调令，派遣萧启江、张运兰、王开化等湘军从江西抚州、建昌一路出发，拔营进驻铅山县的河口镇。他计划由水路东下，经九江登陆，在河口与各军会合，统率部队前往浙江。骆秉章派遣主簿吴国佐率领一千二百名练勇，归曾国藩指挥。曾国藩下令吴国佐率部由陆路先行赶赴江西。
十七日，曾国藩上奏折报告启程日期，并陈述进兵援救浙江的路线。接到皇帝朱批：“你此次奉命立即启程，足见心系大局，忠勇可嘉。待抵达军营后，速将如何部署进剿事宜，通过驿站快速上奏即可。钦此。”同日又上奏萧启江请假两个月回乡的奏片。
十九日，曾国藩从长沙乘船出发。二十四日抵达武昌，与胡林翼商议进兵路线、军饷数额、大营粮草转运及军费报销等事宜。在武昌官署停留十余日。湖北省协拨的二万两军饷，也奉旨批准调拨。曾国藩向来称赞胡林翼才略过人且心思缜密，无论大小事务都虚心与其商讨。胡林翼也尽心竭力为他出谋划策，二人常常商议至深夜仍不休息。
七月初三日，曾国藩从武昌启程。初四日，船停泊在巴河。他的弟弟曾国华，以及李续宾、李续宜、彭玉麟等人先后到巴河拜见，共同商议陆营统领、营官、哨长的安排，以及随营委员的章程、士兵行军驻扎和作战的方法。李续宾调拨两营湘勇，由副将朱品隆、唐义训率领，归入曾国藩麾下，作为亲兵营。曾国藩与李续宾商议改建湘乡忠义祠，李续宾捐银二千两，曾国藩捐银一千两，作为倡导。
十一日，曾国藩抵达九江府，前往塔忠武公祠祭奠。杨载福前来拜见。
十二日，船停泊在湖口。彭玉麟在石钟山修建水师昭忠祠，祭祀楚军水师阵亡将士，包括萧捷三等将领及士兵、夫役共数千人。十五日，曾国藩到昭忠祠祭奠，并犒赏外江、内湖水勇，共发放钱二千二百余贯。同时发令调遣朱品隆、唐义训率所部士兵先行赶赴河口镇。
曾国藩最初出征时，以肃清长江水域为目标。他亲自驻扎在水军营寨，将粮台设在水边。至此，湖北、安徽一带江面已逐渐肃清。下游虽仍有敌军活动，但已难以形成威胁。太平军首领石达开从江西流窜侵扰浙江、福建边界，所攻陷的州县都不再长期占据，逐渐呈现流寇态势。曾国藩率军增援浙江，放弃水路改从陆路进军。军队调度和粮饷运输的方式，都改变了原先的规划。
在湖口设立报销总局，发令调派李瀚章来江西主持报销局事务，负责清理东征水陆各军粮饷收支数目，分项审核报销。设立陆路随营粮台，委派喻吉三、彭山屺带领数百士兵护卫。在武昌、九江、贵溪三地设立转运局，在南昌省城设立支应局。发令委任道员李元度、知府王勋总揽营务处事务，并委派十余名官员分别管理陆营银钱所、军械所、发审所及公文案卷等事务。
二十一日，曾国藩乘船抵达南昌，与江西巡抚耆龄会商军饷事宜。下令撤销前年江西省为楚军设立的支应炮位、子药三局，将剩余的硝磺、水器等物资转归陆军领取。同时裁撤李大雄、腾加洪两营部队，并对上年在江西任职的官员进行甄别，部分留用部分遣散。此时驻江西的楚军部队中，张运兰、萧启江所率两军已集结于河口镇，加上朱品隆等部，总兵力达万余人。
刘长佑所部一军，经江西巡抚调派，从抚州移防至杉关；李元度所部一军，也奉调从贵溪拔营增援浙江。太平军撤除对浙江衢州的包围后，从处州窜入福建，分兵由浦城出二度关，围攻广丰、玉山二县。广信府形势危急。李元度率军坚守两城，击退敌军。不久接到曾国藩的调令，命他办理营务处事务，其麾下平江勇暂由沈葆桢统领。
二十四日，曾国藩从南昌启程乘船，停泊于瑞洪。江西水师道员刘干浔前来拜见。途中接到皇帝谕旨：“此前因浙江军情紧急，命曾国藩赴浙剿匪。现衢州之围已解，处州等府县相继收复，境内残敌不难迅速肃清。唯福建省浦城、崇安、建阳、松溪、政和等地贼势蔓延，急需加紧剿灭。”
和春等人已命令总兵周天培从浙江兵勇中挑选三千余名精锐，由龙泉一带进剿；饶廷选率领漳州兵勇，也正赶往浦城。曾国藩已奏报启程，现命他率领援军从江西铅山直取崇安，视情况进剿。务必迅速扫清福建境内所有匪患，不得延误。钦此。“又接到谕旨：”总兵李定泰此前奉命协助和春办理军务，现周天受等部会剿窜入福建的匪军，着统一归曾国藩调度。钦此。
又接到圣旨：“署理福建漳州镇总兵周天受，特加恩赏还提督衔，命其立即赶赴福建，与周天培、饶廷选、张腾蛟等分路进剿。待前任侍郎曾国藩到任后，即归曾国藩统一指挥。钦此。”
这个月胡林翼因母亲去世辞官守孝，卸任返回原籍。朝廷命令官文暂时兼任巡抚职务。
八月初八日，曾国藩抵达河口军营。沈葆桢、李元度前来拜见。
曾国藩向各营军官下达命令，规定士兵每日口粮标准为每人发银一钱四分，民夫口粮每人一钱，统一执行。当时驻扎江西的楚军士兵屡遭当地团练截杀，死亡多达数十上百人。为此曾国藩发布告示，严令士兵不得扰民；同时晓谕各地团练，禁止随意杀害士兵。他还派专员提审相关案件，查证属实后依法惩处。
十二日，曾国藩紧急上奏，表示遵旨援闽，拟即日由崇安进剿，并详细陈述当前敌情与军势。同时奏报闽地贼军进犯广丰、玉山两县，官军奋勇作战取得胜利，成功解除两城之围。奏折中特别提到：李元度自随军以来历尽艰险，百折不挠。在臣（曾国藩）丁忧回籍期间，该员独力支撑东路防务，屡次以少胜多。此次力保两城，对全局大有裨益。
请求朝廷赏赐李元度按察使衔，并授予勇号。为阵亡将士易金榜、李传纶、龚茂发、张应龙、龚拱纶、李家纯、黄查七人请恤。另附片奏请调派游击喻吉三随营听用。又奏：此次由江西进入福建，应在广信府城和铅山县城设立粮台，负责转运粮饷军火等物资，已委派驻防广信的九江道沈葆桢兼管此事。
曾国藩安排军中粮台事务，并委派在藩道员雷维翰负责铅山水陆转运事宜。同时调令李元度率领所部平江勇一营，随同自己前往福建办理营务处事务。其余平江勇则交由沈葆桢接管，留守广信防务。又调令王勋前来军营协助办理营务处事务。此外，还联合上奏请求在九江府城建立提督塔齐布祠堂，在湖口建立水师昭忠祠。
曾国藩在行军途中经过九江、湖口两地，见两处祠堂即将完工，便奏请朝廷敕令地方官员每年春秋两季举行祭祀。同时上奏湘乡县城捐建忠义祠以集中祭祀阵亡将士的折子。另附片奏称：湖南补用知府李瀚章长期在臣军粮台任职，现该员已回庐州原籍，应令其速来湖口水营办理军费报销事宜。以上所请均获朝廷批准。
曾国藩的弟弟曾国荃率各营攻克吉安府城，江西全省得以肃清。江西、湖南两省巡抚联名上奏，保举曾国荃以知府身份遇缺即选，并加授道员衔。此时贼军从福建邵武分兵窜出铁牛关，刘长佑率军迎击却作战失利。
泸溪、金豁相继失守，贼军攻陷安仁县。十五日，曾国藩率军移驻弋阳县，调派张运兰回师截击。十九日，官军收复安仁县，贼军逃往万年县并窜入饶州境内，屯驻景德镇。曾国藩又调吴国佐协同围剿安仁的贼军。
吴国佐率军在万年县追击贼军，遭遇小挫，帮办营官刘本杰阵亡。
二十四日，曾国藩紧急上奏闽贼窜入江西、官军收复安仁县的奏折。随折保举道员张运兰、知府王文瑞二人，并为阵亡千总周玉田请恤。另附片为阵亡知县刘本杰请恤。又附片奏请朝廷敕令四川总督每月筹拨银二万两，经湖北转运至军营。再附片奏报同知胡兼善在营中病故，请求抚恤。
二十七日，曾国藩率军开赴云际关。二十九日，部队抵达双港时接到警报，便就地驻扎。福建境内的贼军分兵大股回窜新城县，吉安残余匪军攻陷崇仁、宜黄两县，抚州、建昌两府形势紧张。曾国藩调派张运兰部进军围剿新城贼军，同时改变行军路线，向南急赴建昌。
九月初二日，李元度请假返回原籍。
刘长佑率军在新城迎击贼军，大获全胜。贼军败退回福建境内，盘踞崇仁、宜黄的贼匪也逃窜入闽。
初七日，曾国藩率军抵达金谿，听闻新城大捷的消息。初九日，部队到达建昌府，在城外驻扎。刘长佑前来拜见曾国藩。
曾国藩登上麻姑山，全面考察建昌的地形地势，研究高低远近的攻守路线。他下令深挖壕沟、加固营垒，派军官和士兵严密把守营门，并每晚亲自巡查。专门委派人员负责打更报时，确保晨昏时刻准确无误。又派员巡查营垒周围数里范围，严厉禁止赌博和吸食鸦片的场所。发布告示晓谕官兵，严禁强行征用民夫或压价强买货物。每天传见三名哨长，考察他们的才能和表现，暗中记录在册。
十三日，曾国藩紧急上奏，报告移师建昌及筹划抚州、建昌各府防剿事宜，计划从杉关进入福建剿灭贼军。随奏附片请求颁发捐生纪以凤等人执照。
萧启江休假期满返回江西，抵达建昌大营。曾国藩调派张运兰部从杉关进军剿贼，萧启江部由广昌进剿，并派遣吴国佐部作为后路策应。当时福建境内贼军气焰正盛，当地官员和士绅接连发来书信，催促曾国藩火速增援。然而山路崎岖难行，又逢连日阴雨，军中疫病流行，部队无法快速推进。
曾国藩的弟弟曾国荃攻克吉安后，将所部兵勇遣散回湖南。其统领的湖南援军各营也陆续撤回湖南境内。曾国荃亲自率领一千名兵勇前往建昌投奔曾国藩，于二十六日抵达大营。曾国藩将其兵勇编为亲兵，称为护卫军。对营官、哨长，每日也传见数人，考察其才能，择优奖励提拔。曾国荃在营中停留十余日。李鸿章从庐州应调前来大营。曾国藩核定在营委员、夫役等人的薪水口粮章程，并核查火器规格，包括火炮、抬枪、鸟枪等武器的弹药消耗数量及重量，制成表格记录。
十月十一日，曾国藩的弟弟曾国荃启程返回湖南，曾国藩亲自送行，并嘱咐他在家督促子弟读书。
十六日，曾国藩上奏折保举在玉山、广丰守城战役中表现突出的文武官员，并附名单请求嘉奖。同时紧急奏报调派官军分路进入福建的情况，陈述当前军事部署进展。另在附片中奏报：军中疫病肆虐，前所未见。张运兰、萧启江、吴国佐等部上报病员多则千余人，少则数百人，臣实不忍心催促他们继续进军。刘长佑部因长期劳累过度，染病者尤其众多，请求调往抚州休整治疗。
接到皇帝谕旨：“曾国藩所奏办理军务情形，朕亦不遥加干预。该侍郎应督率将士，审时度势进剿。探明何处有贼，即从何处进兵，务求迅速歼灭逆匪。至于建昌等地疫病流行，各营兵勇现多染病，着该侍郎妥善安抚，使其尽快康复调治，不得延误军事行动。钦此。”
李续宾与曾国藩的弟弟曾国华在巴河会面后，分别率军进入安徽。八月，攻克太湖、潜山两县。九月，又攻占桐城、舒城，兵锋锐不可当。此时庐州再次失陷，太平军聚集在三河镇。李续宾率军进攻三河镇太平军营垒。当月，太平军将领陈玉成调集大批援军，将官军团团包围。官军全军覆没，李续宾战死沙场，曾国藩的弟弟曾国华及军中将士共六千人壮烈殉国。
湘军精锐在此战中全军覆没！驻扎在舒城、桐城的后续部队相继溃败撤退，湖北、安徽一带大为震动。都兴阿原本从宿松、太湖进攻安庆的部队，也退守至湖北境内。李续宜收拢整顿溃散的士兵，驻扎在黄州。湖广总督官文上奏请求曾国藩移师救援安徽。朝廷回复谕旨称：江西派往福建的援军正逢疫病流行，难以长途跋涉。于是下诏重新起用胡林翼代理湖北巡抚，督办军务，以救援皖北地区。
这个月，曾国藩开始系统记录江苏、浙江、安徽、福建各省府州县的地理形势，特别是山川险要之处，每日详细标注，作为日常功课。同时发布告示，安抚被太平军占领地区的流亡百姓，招抚他们回乡恢复生产。
十一月，曾国藩得知三河镇惨败的消息，悲痛万分，数日饮食锐减，写下《母弟温甫哀词》悼念亡弟。他专门派遣亲兵，秘密进入皖北地区，寻找收殓阵亡将士的遗骸。
曾国藩制定了大营定期检阅操练的制度：每月逢三的日子检阅步兵弓箭、刀矛等冷兵器训练，逢八的日子检阅骑兵射箭、火器等训练。当时江西地方团练仍有截杀湖南勇丁的事件发生，曾国藩特作《爱民歌》一篇，命全军学习传唱。
张运兰率军进抵福建邵武府时，太平军已全部向南流窜，经汀州侵扰江西赣州、南安地区。萧启江部队抵达石城县时，正遇广东潮州勇丁作乱骚扰地方，萧启江立即出兵平定。
皖北战败后，盘踞景德镇的太平军势力趁机扩张，江西官军进剿失利。曾国藩随即调整部署：调萧启江部清剿江西南路太平军，命张运兰部回师建昌，转攻景德镇，与刘于浔率领的水师协同作战。
二十六日，曾国藩紧急上奏，呈报分派官军追击剿灭福建流窜贼军、转攻景德镇太平军主力的奏折，并附片奏报萧启江部途经石城平定潮州匪患一事。另附奏片陈述探明敌军动向的概况。
胡林翼刚办完丧葬事宜，便火速赶赴湖北接掌军务，进驻黄州安抚士卒，使军心稍定。刘长佑因军中疫病流行，从抚州撤军并遣返湖南籍士兵回乡休整。
骆秉章上奏陈述军情缓急，请求曾国藩从江西移师救援安徽。朝廷下达谕旨：“皖北贼军气焰嚣张，湖北边防形势紧张，想必曾国藩也已收到相关军报。目前福建的贼军已向南逃往漳州、泉州，距离江西渐远。若按骆秉章所请，命曾国藩移师安徽，而留萧启江所部四千余人驻守江西，也不失为权衡轻重之举。只是曾国藩所率各部军中疫病流行，此前奏报仍须休整。”
况且景德镇仍有大批贼军盘踞，即便边战边进，也难以在短期内抵达安徽。着令曾国藩预先筹划。若福建现有兵力足以剿办贼军，且江西边境防务有人接替，自然应以救援安徽最为紧要。此举不仅可使庐州省城形成南北夹击之势，更能阻断贼军北窜湖北之路。倘若汀州等地仍需兵力驻守，一时难以移师，或需等待景德镇贼军剿灭后再回师湖北，也着令曾国藩审时度势，据实奏报。钦此。
十二月十一日，曾国藩上奏折回复：近日贼军势力以皖江南北两岸最为猖獗。皖南地区山脉连绵，自山脉以北长期是太平军活动区域；山脉以南目前仅有婺源县、景德镇两处有贼军盘踞。皖北贼军势力庞大，实际远超皖南。从大局轻重来看，应当集中兵力于江北，以图肃清中原；就当前形势缓急而言，则应先攻景德镇，确保湖口安全。臣已令张运兰率军急赴景德镇剿匪。至于福建境内贼军数量不多，其回窜江西者，已命萧启江部迅速追击剿灭。皇上朱批：“所拟方案尚属妥当。钦此。”曾国藩又附片奏报因眼疾请求休假一月，在军营调养治疗。
李鸿章来到建昌拜见曾国藩，于是被留在幕府任职。
十五日，李元度结束休假返回军营，王勋请假回乡。
十七日，张运兰等部抵达景德镇，吴国佐遭遇贼军战败，曾国藩发文严厉斥责，命其撤营返回湖南。
贼军攻陷南安府城，萧启江率军进攻。张运兰在景德镇与贼军交战，取得胜利。
这一年二月，和春与张国梁攻克秣陵关，继而进攻金陵。朝廷下诏任命何桂清为两江总督。前任江西巡抚张芾督办皖南军务，驻守徽州。七月，江南大营在金陵修筑长围以围困贼军。九月，德兴阿部在浦口遭遇大败，贼军再次攻陷扬州府城及仪征、天长、六合等县，温绍原在六合战死。张国梁率军渡江，收复扬州。十月，捻军首领李兆受献天长归降，改名李世忠。十二月，戴文英与邓绍良在宁国府的黄池湾沚剿贼，先后阵亡。