林牧之对自然哲学研究院的坚定支持和对基础科学“无用之大用”的定调，如同给在风雨中飘摇的“基石计划”注入了一剂强心针。旨意下达后，研究院的经费得到了保障，年轻学者们备受鼓舞，重新投入到艰深的理论探索中。然而，皇帝的支持可以暂时压制朝堂上的非议，却无法消除现实世界中长远投资与短期效益之间那根深蒂固的矛盾。这种矛盾，如同潜藏的暗流，在帝国日常运行的各个层面，持续不断地制造着摩擦与张力，考验着决策者的智慧与定力。
矛盾最直接、最尖锐的体现，来自于财政资源的分配。尽管有皇帝的特旨，但当户部尚书王玄策面对着一张张亟待拨款的申请单时，依然感到左右为难，捉襟见肘。
这一日，王玄策的户部值房内，气氛凝重。他的桌案上，一边堆着来自工造总局的加急奏请：为加速“龙吟”级蒸汽铁甲舰首舰“镇海号”的建造，需紧急追加一笔巨款，用于采购特种钢材和支付高级工匠的额外津贴；另一边，则是来自水师的紧急军需申请：东南沿海了望哨所报告，发现不明身份的远洋船只频繁活动，需立即增拨经费，加固海防炮台和增建烽火台。这两项，都是关乎国防安全的“燃眉之急”。
而在这两份紧急奏请之下，压着的正是自然哲学研究院按季度申报的常规经费拨付清单。清单上列着购买精密天文仪器（用于验证林烁的观测）、进口特殊光学玻璃（用于改进显微镜和望远镜）、资助学者远赴西域进行学术交流等项目，数额虽不及前两者庞大，但加起来也颇为可观。
王玄策揉着发胀的太阳穴，对两位前来催款的侍郎叹道：“陛下明鉴万里，深知基础科学之重要。然，巧妇难为无米之炊啊！战舰、炮台，乃是立竿见影的防御，稍有延误，后果不堪设想。而研究院的款项……唉，非是老夫短视，那些玻璃片、星象仪，何时能变成退敌的利器？这‘长远’二字，说起来容易，做起来，每一步都踩着现实的荆棘啊！”
一位侍郎附和道：“大人所虑极是。下官听闻，研究院那帮书生，近日又申请一笔款子，说要建什么‘恒温实验室’，研究物质在不同温度下的特性。这……这与造舰修炮相比，孰轻孰重，一目了然。即便陛下有旨，我等在执行时，是否……也可酌情缓拨？”
王玄策沉吟良久，最终提笔在研究院的拨款单上批了“准拨，然需分季度支付，暂缓恒温实验室之议，优先保障观测设备”。这是一个典型的折中方案，既没有违背圣意，又在一定程度上向短期需求倾斜。
当研究院收到这笔被“打折”和“延期”的经费时，负责财务的陆明远忍不住对林烁抱怨：“林兄，你看！户部还是信不过我们！恒温实验室是研究材料性质的关键，如今一缓，不知拖到何时！我们何时才能做出能让王相、郑将军他们看得见的‘成绩’？”
林烁虽然也感到失望，但比半年前沉稳了许多。他拍了拍陆明远的肩膀：“明远，陛下能顶住压力支持我们，已属不易。户部亦有户部的难处。我们不能只知索取，也要想办法让外界，尤其是军方和工造司，看到我们的价值，哪怕是一点点。”
矛盾的第二个层面，体现在人才与资源的隐性竞争上。“基石计划”需要吸纳最顶尖的年轻人才，但工造司、水师、乃至新兴的海外贸易公司，同样以优厚的待遇和“立竿见影”的事业前景吸引着寒川最优秀的青年。
一日，格致学院一位在算学上极有天赋的应届优等生赵乾，同时收到了两份聘书：一份来自自然哲学研究院，邀请他加入林烁的数学理论组，研究“用于描述连续变化的数学工具”（微积分雏形）；另一份来自工造总局“神机坊”，聘请他担任新式火炮的弹道计算员，薪酬是研究院的两倍，并且明确告知，其工作将直接应用于新一代“火龙炮”的定型。
赵乾内心十分挣扎。他钦佩林烁的学识，对理论探索充满好奇；但另一方面，家庭贫寒的他需要尽快改善生计，而“神机坊”的职位不仅收入高，且社会地位似乎也更“实在”。他的父亲，一位老秀才，也劝他：“儿啊，研究院清苦，前途渺茫。去工造司，是为朝廷造利器，名正言顺，俸禄也厚，更能光耀门楣啊！”
赵乾的犹豫，并非个例。它反映了在资源有限的情况下，代表“长远投资”的基础研究，在与代表“短期效益”的应用领域争夺人才时，往往处于不利地位。
矛盾的第三个层面，则更为微妙，关乎政策考核与舆论导向。地方官员的升迁，很大程度上取决于其在任内的政绩——税收是否增长、治安是否良好、工程是否完成。投资兴修水利、鼓励垦荒、整顿治安，这些都是看得见、摸得着的政绩。而投资兴办“实业学堂”、推广新式农具、甚至配合研究院进行一些地方性的地质或气候数据普查，则见效慢，难以量化，且容易因为触及旧有利益格局而引发纠纷。因此，除非有朝廷强力的推动和明确的考核指标，地方官员更倾向于将资源投向能快速产生“效益”的领域。
这些日常运行中不断积累的摩擦和隐性倾斜，虽然暂时没有引发朝堂上的公开争论，但却像慢性病一样，不断消耗着“基石计划”的元气，考验着林牧之战略定力的持久性。
转机，出现在一次看似偶然的事件中。
工造司在试制“镇海号”铁甲舰的传动轴时，遇到了一个棘手的问题：按照传统经验锻造的大型钢轴，在模拟高负荷运转时，屡屡出现细微裂纹，强度和韧性达不到设计要求。工匠们尝试了多种改良方法，均效果不佳，严重拖延了工期。大将军郑知远心急如焚，亲自到工造司督战。
一筹莫展之际，一位曾旁听过研究院材料学讲座的年轻工匠周毅，小心翼翼地向督工建议：“大人，可否……可否请研究院的林博士来看看？他们正在研究不同金属的‘晶格’结构和受力关系，或许……或许能帮我们分析出裂纹产生的原因？”
督工起初不以为然：“研究院？那帮书生能懂什么打铁？”但在郑知远的默许下，还是派人请来了林烁。
林烁带着研究院初步发展的金相学（微观组织观察）知识和一些简单的测量工具来到工坊。他没有指手画脚，而是仔细查看了断裂的轴件，取样带回研究院，利用改进的显微镜进行观察分析。经过数日废寝忘食的研究，他发现问题可能出在钢材冶炼过程中某个环节的冷却速度控制不当，导致内部晶体结构存在缺陷，从而降低了材料的疲劳强度。
他将分析结果和建议的改进方案反馈给工造司。工匠们将信将疑地按照他的建议调整了工艺。结果令人惊喜——新锻造的传动轴，裂纹问题得到了显着改善！
消息传到郑知远耳中，这位一向看重实效的老将军惊讶不已。他亲自召见林烁，拍着他的肩膀，难得地露出了笑容：“好小子！没想到你们这些摆弄镜片和算符的，还真能解决实际问题！这传动轴要是断了，老夫的铁甲舰可就成死鱼了！有功！当记一功！”
此事虽小，却具有象征意义。它第一次向朝中实务派官员证明，基础科学的“无用之学”，在关键时刻，能够转化为解决重大技术难题的“有用之力”。
王玄策得知此事后，沉思良久，对属下感叹：“看来，陛下坚持支持研究院，确有深意。这长远投资，或许不像我们想的那么遥不可及。下次拨款，对研究院那些与军工、民生关联紧密的项目，可以适当倾斜了。”
林牧之在听闻此事后，只是微微一笑，对近侍说：“可见，长远与短期，并非截然对立。关键在于如何找到连接点，让长远的根基，滋养短期的枝叶。 传话给陈烁和林烁，望他们再接再厉，让研究院的星火，照亮更多现实的道路。”
“长远投资与短期效益”的矛盾，并不会因此一件小事而彻底解决，但它提供了一个宝贵的范例，一种化解张力的可能。它表明，在坚定的战略方向指引下，通过具体的成果和有效的沟通，代表未来的“基石”能够逐渐赢得代表当下的“实务”的理解与支持。寒川帝国在这架平衡木上的行走，虽然依旧小心翼翼，却因此看到了前方更为稳健的道路。