此前，谭嗣同已致信唐才常，要他带会党人马秘密入京，目的就是伪装成掘金工人，入园起事杀死慈禧。
1898年9月5日，光绪帝任命内阁候补侍读杨锐、刑部候补主事刘光第、内阁候补中书林旭和江苏候补知府谭嗣同等四人为在军机章京上行走。
随任命下旨规定：所有奏章，由以上4人圈阅；所有上谕，均由以上4人拟定。原来的王公大臣和军机处之军机大臣，被搁置一边。
这样处理问题的方式虽然表示了光绪帝的变法决心，但明显暴露出光绪在处理事务上的草率和鲁莽。毕竟，名不正而言不顺，以区区四品，怎么指挥那些一品二品大臣呢？朝廷老臣顿时不满，他们纷纷跑到颐和园向太后哭诉。
一时间，慈禧太后居住的颐和园门庭若市，更有不少朝廷大员在慈禧太后住所外面长跪不起，使得慈禧太后异常恼火。
而此时，光绪帝已全然不顾这些情况，9月11日，光绪帝召直隶按察使袁世凯来京陛见，准备为政变推翻慈禧太后做准备。同日，由于连日清廷内部打乱，使得清廷内外人心浮动，此时湖南举人曾廉因为保守倾向上书请杀康有为。
9月13日，光绪帝拟开懋勤殿，设顾问官，向慈禧太后请示，但是慈禧太后不允。
被慈禧太后拒绝之后，光绪帝手谕杨锐，告知如今变法的困境，命他联络康有为等人详细筹议下一步变法行动，并进一步筹划反对慈禧的政变行动。
9月14日，直隶按察使袁世凯抵北京，并秘密会见了在京师贤良寺借宿的李鸿章。
两人这次会面选在了京师一家偏僻的小茶馆，是李鸿章提前几天让人安排的地方。
袁世凯一进里间便撤去佯装之物，上前拜见李鸿章。
李鸿章待袁世凯入座之后，才从怀中掏出了一封密信。
袁世凯接过来一看，虽然心里早有准备，但是看到信中内容不由得脸上冒汗。
原来这封信是岳天之前让赵映康送给李鸿章的第二封密信。信里约定，等慈禧太后发动政变之后，中华人民复兴党借清君侧，进京勤王为名入关。
而袁世凯借机运作派新军铁良部、毅军、武卫前军等部队前往山海关布防，借中华人民革命军之手消灭异己。
之后再佯装战败，携慈禧太后、光绪帝西逃西安，以军力控制清廷中央。
作为酬劳，中华人民革命军此次入关只占山东、河北、热河、河南、内蒙古、外蒙古等地，而将陕西、山西、宁夏、青海、新疆、甘肃、四川作为李鸿章、袁世凯的势力范围，至于广大南方地区，就看大家本事各自取之。
袁世凯看了完了信件之后，便拿出火种将信件焚毁于火盆之中。入座了一会儿才道：“中堂大人，如此可行否？”
李鸿章反问道：“慰亭的新军能挡人民革命军许久？”
袁世凯也没有正面回答，而是答道：“如此，我们只能按信上要求来做了！”
李鸿章点了点头：“我此番再任北洋大臣，负责与西方诸国交涉，可事先与诸国协调，引西方诸国为借力，牵制人民复兴党西进和南下。若能顺利的话，慰亭之兵占据这些省份之后，再以朝廷名义，挟天子以命诸侯，向张之洞的湖广地区、以及两广地区进军，将来慰亭未必不能裂土封侯。”
李鸿章这番话，听得袁世凯激情澎湃，之后再与李鸿章详细规划了一些行动细节，才告辞返回京师法华寺。
在袁世凯进京的那天，前日本首相伊藤博文受维新派邀请，经天津抵京。伊藤博文的到来，引起了很多人的关注，这其中包括慈禧太后的亲信。
很快皇帝要召见袁世凯和伊藤博文的事情，便传到了慈禧太后的耳边。这两件事情让颐和园的慈禧觉得非常震惊。外界已传闻光绪帝和维新派拟聘伊藤博文为清国维新顾问，同时拟邀担任清国顾问的，还有美国人李提摩太。
这样的传闻让慈禧很生气，毕竟，伊藤博文在任期间，策划和发动了甲午战争，他和日本是清国的仇人，旧恨未消，皇上却私下有这样的打算，实在有伤体统！慈禧一直是一个爱面子的人，在她看来，面子是做人最根本的，更让慈禧感到危险的是，有人报告，光绪召见了驻扎在天津小站的新军首领袁世凯！
皇帝把手伸向了军队了。慈禧凭着丰富的政治经验，感到维新局面的渐渐失控，感到了威胁的阴影。
1898年9月16日，光绪帝在颐和园召见统率新建陆军的直隶按察使袁世凯。两人见面之后，光绪帝肯定了袁世凯这几年小站练兵取得的成绩，并勉励他要再接再厉。
袁世凯自然也回答了很官样，说为报答朝廷的栽培，定将尽心尽力，鞠躬尽瘁死而后已。
这次会见，让光绪帝感到很满意，随后便下旨升任他为侍郎候补。
袁世凯自然是要谢主隆恩了。不过，他刚回到法华寺，便接到顶头上司直隶总督荣禄的电报。荣禄是得到慈禧太后的密电之后，在电报中以英德为争夺山东的势力范围可能会开战，催袁世凯急回天津做好准备，以便关键时间，率兵南下山东。
同一天，来自湖南的民间草莽毕永年与谭嗣同秘密会面，商议实施“围园杀后”计划。
翌日，感觉到慈禧太后的态度明显变化，光绪帝担心与日俱增，于是再次召见袁世凯。这次，袁世凯以荣禄来电要其尽快回天津主持局面为由，向光绪帝辞行。
光绪帝顿感不妙，于是命袁世凯与直隶总督荣禄各办各事。
袁世凯虽然知道光绪帝的用意，但是此事事关重大，他也只是揣着明白装糊涂，口中称是。
接见荣禄急招袁世凯回天津，光绪帝深感情况不妙，当即命康有为即离京赴上海督办官报局，并通过杨锐带给康有为密诏“迅速前往上海，毋得迁延观望”，让康有为先逃出去，将来为自己觅得一线生机。
康有为接到密诏之后，深感震惊，未曾想到慈禧太后等顽固势力反应如此之快。催促之间，维新党人决定派谭嗣同前往法华寺会见寄宿在那里的袁世凯。
1898年9月18日，御史杨崇伊秘密上书慈禧太后：“风闻东洋故相伊藤博文，将专政柄。伊藤果用，则祖宗所传之天下，不啻拱手让人。”
这种激烈的言论，促使慈禧太后决定翌日由颐和园回到紫禁城，意欲了解光绪皇帝对伊藤有何看法。
谭嗣同去法华寺夜访袁世凯，透露慈禧联同荣禄，要废除光绪；并说皇上希望袁世凯可以起兵勤王，诛杀荣禄及包围慈禧住的颐和园。