石头城的陷落，如同砸碎了建康城防最坚硬的外壳，也彻底击碎了桓玄残存的抵抗意志。北府军的旗帜在石头城残破的雉堞上升起，那玄黑色的“刘”字大纛，如同死神的宣告，清晰地映入每一个建康守军的眼中。恐慌如同决堤的洪水，瞬间淹没了整座城市。
建康城内
消息传开，建康守军土崩瓦解。许多地段的守军成建制地丢弃武器，脱掉号衣，四散逃入街巷，或直接跪地请降。负隅顽抗的桓玄死党，则被汹涌入城的北府军洪流瞬间吞没。巷战在局部爆发，但已无法扭转大局。北府军士兵如同挣脱牢笼的猛虎，呐喊着、咆哮着，沿着街道向中心的台城推进，沿途清剿残敌，也不可避免地夹杂着劫掠和复仇的混乱。
建康的百姓紧闭门户，在恐惧中瑟瑟发抖，却又隐隐夹杂着一丝对桓玄统治结束的期盼。一些对桓玄恨之入骨的士族，甚至悄悄打开府门，箪食壶浆以迎“王师”。
台城内，已是一片末日地狱般的景象。桓玄得知石头城失守，彻底陷入疯狂。他披头散发，手持利剑，在宫殿内嘶吼咆哮，斩杀了好几名他认为是“叛徒”的宦官和宫女。
“完了…全完了…”他时而癫狂，时而瘫软，涕泪交流，“天不助我！天不助我啊！”
他试图挟持皇帝司马德宗和司马德文作为最后的人质和筹码，但负责看守的宫廷侍卫中，早有被司马道子暗中联络之人。就在桓玄的亲兵冲向后宫之时，一场小规模的火并爆发了。忠于司马氏的侍卫拼死抵抗，挡住了桓玄的去路。
“陛下！王爷！快随奴婢走！”几名忠心的老宦官趁机护着吓得魂不附体的司马德宗和其弟司马德文，从一条隐秘的通道逃离了寝宫，直奔司马道子所在的宫殿区域。桓玄发现自己最后一张牌也丢失了，彻底绝望。
北府军入台城
刘裕并未亲身参与巷战。他留在覆舟山大营，冷静地指挥着全局。他的命令清晰而冷酷：
“何无忌率部直取台城，控制宫禁，搜捕桓玄及其死党，遇抵抗者，格杀勿论！”
“刘毅所部清剿城内残敌，维持秩序，张贴安民告示，敢有趁乱劫掠、奸淫、报复者，无论兵民，立斩不赦！”
“孟昶接管建康府库、武库、粮仓，清点盘查，任何人不得擅动！”
他的目标非常明确：以最快的速度恢复秩序，将这座城市的控制权牢牢抓在手中，同时完成对桓玄势力的彻底清算。
何无忌率先率军冲入台城。此时的台城，抵抗已基本停止。桓玄的部众或逃或降。何无忌很快找到了被侍卫保护起来的司马德宗兄弟，并将他们“请”回正殿。同时，在全城范围内展开了对桓玄及其核心党羽的大搜捕。
桓玄见大势已去，试图化妆成僧人，带着少数几名亲信从台城西侧门潜逃，准备流亡江陵方向。然而，他的行踪很快被北府军哨探发现。何无忌亲自带兵追击，在城南芜湖一带追上了这支狼狈的逃亡队伍。
一番短暂的交战后，桓玄的亲信被尽数斩杀。桓玄本人被何无忌生擒，捆得如同粽子一般，押回了建康。这位一度权倾朝野、睥睨江东的楚王，如今成了阶下之囚，面色灰败，眼神空洞，再无往日半分威风。
与台城的混乱和北府军的雷霆手段相比，司马道子的府邸却呈现出一种诡异的“平静”。他早已换上了朝服，摆出王爷的架式，焦急而期待地等待着“功臣”的迎接。他甚至在脑海中演练了无数次如何接受刘裕的“朝拜”，如何“训示”百官，如何“还政于朝”…
然而，他等来的不是刘裕的请安，而是何无忌派来的一队冰冷甲士。
“奉刘卫将军令，请王爷移驾台城偏殿歇息，暂避兵灾。城内未靖，为王爷安全计，暂不得随意出入。”带队军官语气恭敬，态度却不容置疑。
司马道子愣住了，随即勃然变色：“放肆！本王乃朝廷宰辅，刘裕何在？让他来见本王！若非本王暗中…”
“王爷！”军官猛地提高声音，打断了他的话，眼神锐利，“刘将军正在处理军务，肃清桓玄余孽。请您即刻移驾！”他的手按在了刀柄上，身后的甲士也向前一步。
司马道子看着眼前明晃晃的刀剑，一腔怒火和幻想瞬间被冰冷的恐惧浇灭。他明白了，自己根本不是棋手，从头到尾，都只是刘裕棋盘上的一颗棋子，而且是一颗用完后随时可以丢弃的棋子。他脸色惨白，浑身颤抖，最终像被抽掉了骨头一样，瘫软下来，被甲士们“护送”着离开了王府，实则为软禁。
建康街头
随着桓玄被擒，主要抵抗被肃清，建康的秩序在北府军铁腕手段下迅速恢复。刘裕的安民告示贴满全城，宣布只诛桓玄首恶，胁从不问，并开仓放粮，赈济在战乱中受损的百姓。一系列措施很快稳定了人心。
然而，暗流依旧汹涌。北府军士兵与建康原有的官僚体系、士族门阀之间，存在着天然的隔阂与不信任。一些北府军将士居功自傲，与士族子弟发生冲突的事件时有发生。而如何处置桓玄庞大的党羽，如何平衡北府新贵与江东旧族的关系，如何对待被软禁的司马皇室（尤其是司马道子），都是摆在刘裕面前极其棘手的问题。
更重要的是，江北的威胁依旧存在。苻朗的大军仍虎视眈眈地隔江相望。刘裕入主建康后的第一时间，就加强了沿江防务，重新部署水师，警惕着江北的任何异动。
江北，寿春：
苻朗全程冷眼旁观了建康陷落的整个过程。速度之快，甚至略超他的预期。
“刘裕…果然枭雄。乱中取静，迅雷不及掩耳。”他评价道，“如今其已据建康，整合江东需时日，且内部矛盾重重。此时我军若大举南渡，与其决战，胜负犹未可知。”
幕僚跃跃欲试：“都督，机不可失！”
苻朗却缓缓摇头：“陛下圣意，乃待其内耗。今刘裕新胜，势头正盛，且已警惕我江北。此时强渡，必遭遇顽强抵抗，即便胜，亦是惨胜，恐为他人（指北方北魏）所乘。”
他沉吟片刻，下令道：“向建康派出使者，以陛下之名，恭贺刘裕将军‘平定逆乱’，重申大秦只讨桓玄，愿与江东新主‘永结盟好’。”
这是赤裸裸的麻痹和稳住刘裕的策略。同时，他再次给苻坚上书：“刘裕已据建康，然其根基未稳，内忧外患。臣以为，当以此为契机，行‘祸水东引’之策。可暂缓南征 ，甚至示之以‘和’，诱使其腾出手来，先行整顿内部，清算异己。待其与江东士族矛盾激化，或与司马皇室决裂，人心离散之时，我再以雷霆万钧之势南渡，则可事半功倍。当前，可令水师继续袭扰其粮道，令其不得安宁，疲于奔命。”
洛阳，紫宸殿：
苻坚接到了建康易主的全面信息。他对刘裕的效率感到惊讶，也对苻朗的做法很赞同。
“朗侄愈发老练了。此言甚善。让刘裕去头疼江东那一堆烂摊子吧。传旨，准苻朗所奏。使者可派，言辞要恳切，‘诚意’要足。另，告诉李威，北方的‘诱敌’可以稍微加强一点，给刘裕看看，朕的注意力，‘似乎’被北魏吸引过去了。”
他决定给刘裕制造一个短暂的、虚假的战略窗口期，让刘裕敢于放心地去处理内部问题，从而更快地激化矛盾。
建康城迎来了新的主人，但战争的阴云并未散去。刘裕坐在昔日桓玄的楚王府中，面前是堆积如山的政务和无数虎视眈眈的目光。他平定了桓玄，却陷入了更复杂的政治漩涡。北方的巨秦依旧强大，江东的内部整合步履维艰。他知道，真正的考验，现在才刚刚开始。而那个来自江北的“恭贺”使者，已经踏上了南下的路程。