就在陈玉成、韦昌辉于北线广济大破杨霈，横扫鄂东，兵锋直指黄州，严重威胁湘军侧后之际，被困于九江城下、水师新遭重创的曾国藩，却因长江水道被扰、驿路不畅，消息传递迟滞了数日。更因对北线战局的误判——他原以为杨霈至少能倚仗兵力优势固守待援——使得这位湘军统帅尚未完全意识到，一张致命的战略包围网正悄然收紧。他仍将主要精力集中于对九江孤城的围困，秦日纲部的顽强抵抗如同骨鲠在喉，让他寝食难安。曾国藩迫切需要在陆上取得一次决定性的突破，哪怕只是攻破一道外垒，也好稍稍挽回此前水师惨败所丢失的颜面，稳定因接连受挫而开始浮动的军心。
然而，他的对手林阳，并未打算给他任何喘息或挽回颓势的机会。
就在这个关键时刻，来自武昌的好消息如同及时雨，送到了林阳案头。依托林阳此前提供的部分经过“简化处理”的现代船舶图纸与基础冶金、铸造技术指导，武昌造船厂在充分吸收、消化太平军此前俘获的湘军战船以及零星西方船只技术的基础上，经过日夜赶工，成功建造并下水了首批共计六艘改良型炮舰。这批被正式命名为“武昌级”的战舰，虽然仍以蒸汽明轮为主要动力，未能突破时代的技术局限，但其船体线型更为流畅，内部结构经过力学优化，适航性与稳定性显着提升。更重要的是，它们统一采用了仿制改进的前装线膛炮，并借鉴了现代舰炮布局理念，优化了射界与装甲防护，使得整舰的火力投射效率和生存能力均非旧式战船可比。
这支由新锐“武昌级”为骨干，辅以经过修复、加固并换装部分火炮的原有大型战船，以及那支始终神出鬼没、屡建奇功的“海鹰”快艇部队，共同组成了一支焕然一新的太平天国西征水师主力。舰队旌旗鲜明，蒸汽轰鸣，士气高昂。
林阳深知“兵贵神速”与“乘胜追击”之理，决意不给曾国藩任何调整部署、重整水师的机会。他立即签署命令，这支新生舰队由经验丰富、久经战阵的水师将领统率，自武昌启航，浩浩荡荡，顺流东下，直扑九江江面。其战略目标明确无比：寻求与湘军残余水师力量进行决战，一举肃清江面之敌，彻底掌握长江中游这条生命线的绝对制江权！
当太平军新锐水师大举东下的消息终于传到曾国藩耳中时，他心中虽惊雷炸响，但尚存一丝侥幸。他严令刚刚从鄱阳湖内水网艰难脱身、收拢了部分残兵的彭玉麟，与李孟群率领的伤痕累累的旧部进行整合，依托九江沿岸尚未被完全摧毁的几处岸防炮台，在九江段江面组织起一道看似坚固的水陆协同防线。曾国藩期望能凭借地利与哀兵之势，阻挡住太平军水师的锐利攻势，为陆师攻城的“最后一搏”争取时间。
决战之日，江上晨雾初散，视野渐开。宽阔的九江江面上，两支代表着不同阵营的水师舰队再次相遇。一方是船坚炮利、涂装崭新、蒸汽黑烟滚滚冲天、士卒斗志昂扬的太平军新锐舰队，他们会阵列严整，如同移动的钢铁城堡；另一方则是惊魂未定、舰船遍体鳞伤、帆樯不整、士气低迷的湘军残余水师，它们瑟缩在岸边炮台有限射程之内，阵型松散，勉力支撑着最后的尊严。
战斗刚一爆发，太平军新式炮舰便毫无保留地展现了其碾压性的火力优势。统一的指挥旗语与信号系统，使得各舰齐射节奏分明，弹着点集中而精准。隆隆炮声震彻江面，密集的弹雨如同死神挥舞的镰刀，在湘军战船阵列中掀起无数冲天水柱，木制船体在巨大的爆炸声中碎裂、解体，燃起熊熊大火。湘军水师本就舰船性能参差不齐，经前次湖口、江心惨败后，骨干损失严重，新补入的兵员训练不足，在这般猛烈而精准的打击下，防御阵型迅速土崩瓦解。
与此同时，“海鹰”快艇部队再次展现出其恐怖的战场收割能力。它们如幽灵般从主力舰队侧翼高速窜出，利用其矮小的船身和灵活的机动性，悍不畏死地切入已陷入混乱的湘军船队之中。短距发射的鱼雷与密集的火箭、霰弹，在近距离内给予了湘军大型战船致命一击。一艘接一艘的湘军战船在爆炸与火光中倾斜、沉没，江面上满是挣扎求生的落水士卒。
彭玉麟站在自己那艘已是弹痕累累的旗舰甲板上，目眦欲裂地望着周遭如同地狱般的景象。他曾引以为傲、倾注无数心血的湘军水师，在对手这完全超越时代理解范畴的新式武器与战术面前，显得如此陈旧、笨拙和不堪一击。岸上的湘军陆师营垒，因北线广济惨败的消息终于无法掩盖而军心浮动，加之九江城内秦日纲部瞅准时机发动的猛烈反击，根本无法对江面战斗给予有效的炮火支援，只能眼睁睁看着水师走向覆灭。
战斗呈现出一边倒的屠杀态势。不到两个时辰，湘军水师主力舰船几乎损失殆尽，江面上漂浮着残骸与旗帜。彭玉麟、李孟群等将领在亲兵拼死护卫下，仅率少数轻快舢板，狼狈不堪地冲出火网，向上游宜昌方向溃逃，自此，湘军再也无力与太平军争夺九江乃至整个长江中游的制江权。
这场毫无悬念的失败，如同压垮骆驼的最后一根稻草。曾国藩在陆师大营中，几乎同时接到了北线杨霈全军溃败、后路告急与水师近乎全军覆没的噩耗。他终于从全力攻城的执念中彻底惊醒，意识到整个西征战场的大势已去。九江已成孤城，湘军陆师侧翼完全洞开，后勤粮道岌岌可危，若再迟疑不决，恐怕连麾下这支陆师主力都要被迅速回师的陈玉成、韦昌辉以及九江守军内外夹击，围歼于九江城下！
万般无奈，悲愤交加之下，曾国藩只得仰天长叹，又跳入长江想自杀，幸好又一次被部下救上岸。
他痛心疾首地下达了全面撤围九江，陆师主力舍弃部分重装备，火速撤退，向西收拢溃兵、重整防线的命令。
历时数月的九江会战，至此以太平军一场酣畅淋漓、意义深远的大获全胜而告终。林阳成功挫败了老对手曾国藩倾尽全力的猛烈攻势。经此一役，湘军水陆皆遭重创，元气大伤，短期内再也无力组织起任何有效的东进行动。而太平天国的国威与军威，则借此大胜，攀升至一个新的高峰，震慑四方。