17年前的始源星废墟，年幼的夜影蜷缩在初代守护者破碎的战甲旁。银河议会的雷泽小队突然出现，为首的银发指挥官举起粒子枪对准孩子，却在扣动扳机前被神秘力量震飞。记忆画面剧烈扭曲，知夏看到夜影脖颈后的深渊印记与宇宙之心产生共鸣——原来初代守护者临终前将宇宙之心的封印密钥，以基因编码的形式注入了亲生孩子体内。
现实中，夜影在剧痛中苏醒，发现自己能感知深渊能量的流动轨迹。更可怕的是，机械神灵的核心碎片竟在世界树根部重组，进化出能吸收深渊之力的新形态。知夏的戒指与碎片产生量子纠缠，在她视网膜上投射出倒计时：72小时后，重组完成的机械生命体将吞噬整个星域。
为寻找对抗机械生命体的方法，两人重返旋律星域。曾被解救的天籁之魂们聚集在星云裂隙处，用歌声构建出通往「音波维度」的通道。知夏在维度深处发现初代守护者遗留的星幻法典，其中记载着能将深渊能量转化为净化之力的「逆熵咏叹调」。
但法典需要特定音轨激活，线索指向暗影城堡的禁音室。当他们再次潜入城堡时，发现被摧毁的音波吞噬者残骸正在变异，无数细小的声波触手将整个城堡改造成活体乐器。夜影主动与变异体建立共鸣，在意识海洋中与吞噬者的残留意识对话，得知其核心藏着能干扰机械生命体的「混沌频率」。
决战在城堡尖塔爆发，知夏吟唱逆熵咏叹调，夜影操控混沌频率扰乱机械生命体的重组程序。但深渊戒指突然失控，将知夏拽入量子态的「深渊中转站」。在那里，她遇见了暗蚀知夏的残影——原来每一枚深渊戒指都是平行宇宙的锚点，而此刻所有锚点正在同步坍缩。
银河议会的星际要塞突然出现在始源星轨道，雷泽站在指挥舰的全息投影中冷笑。他展示出捕获的世界树幼苗，要挟知夏交出宇宙之心：初代守护者背叛议会的证据就在这株幼苗里，他们早就知道深渊与宇宙之心同源！
夜影的记忆彻底解封，想起父亲临终前的嘱托：宇宙之心本质是维持多元宇宙平衡的「熵增控制器」，而深渊是其失控产生的副作用。此刻机械生命体已进化成跨维度存在，开始吞噬时空本身。知夏的戒指与宇宙之心产生排斥反应，浮现出血色警示：融合两者将重启宇宙，分离则导致所有平行宇宙湮灭。
在时空裂缝即将吞没始源星的瞬间，知夏做出惊人决定——将自己作为容器，强行融合宇宙之心与深渊之力。夜影发动深渊共鸣体能力，用声波构建稳定场域。两人的意识在能量风暴中交融，看到了所有平行宇宙的命运线：雷泽其实是初代守护者安排的棋子，他的背叛也是计划的一部分；而机械神灵的苏醒，竟是为了筛选出能承受终极力量的「宇宙调和者」。