三日后，加古川中流，一座临时搭建的水上平台。
平台两侧，各停泊着数艘战船，船上甲士林立，弓弩齐备，气氛肃杀。平台之上，双方代表分坐东西两侧。
东侧，以大雍镇军大将军陈彦为首，后奈良天皇的特使三井忠信、以及大内义隆、尼子晴久等主要勤王联军大名的代表依次而坐。陈彦神色平静，不怒自威；三井忠信面色肃然，隐含悲愤；各大名代表则表情各异，或期待，或审慎。
西侧，以足利幕府重臣细川高国为首，赤松晴政、三好长庆等幕府一方的重要大名代表依次在座。细川高国脸色略显苍白，但眼神依旧锐利；赤松、三好等人则面色凝重。
和谈，正式开始。空气中弥漫着无形的硝烟，比战场更加紧张。
第一日，漫天要价，落地还钱。
三井忠信首先开口，声音带着压抑的愤怒，提出了天皇方的条件，堪称苛刻至极：
“足利义晴，窃据权柄，欺君罔上，另立伪帝，罪大恶极！若要议和，必须应允以下条款：
一，足利义晴必须即刻罢黜自封的征夷大将军之职，交出所有兵权、政权！
二，解散幕府，所有幕府官员、武士，必须向天皇陛下宣誓效忠！
三，足利义晴本人，需自缚至京都御所前，向陛下跪地请罪，听候发落！
四，所有参与叛乱的守护大名，需交还侵占的皇室领地、庄园，并缴纳巨额罚金！
此乃陛下天恩浩荡，给予尔等改过自新之唯一机会！若有不从，天兵所指，玉石俱焚！”
此言一出，幕府一方代表顿时哗然！细川高国气得脸色铁青，猛地一拍桌子，怒极反笑：“荒谬！无耻之尤！败军之将，安敢言勇？尔等勾结外寇，挟持圣意（指天皇），祸乱我国，才是真正的国贼！要谈可以，尔等需先应允我幕府条件：
一，大雍军队必须即刻退出倭国疆土，永不得干涉我国内政！
二，后奈良天皇需下诏罪己，承认受奸佞蛊惑，自愿退位，还政于幕府所立之新君！
三，参与叛乱之大名，需割让领地，交出人质，向幕府请罪！
四，赔偿幕府军费白银千万两，割让对马、壹岐等岛屿予幕府！
若不应允，我幕府十万雄师，必血战到底，踏平尔等乌合之众！”
双方条件差距如同天渊，根本是南辕北辙。三井忠信斥责幕府是乱臣贼子，细川高国反唇相讥对方是勾结外寇的国贼。双方代表也纷纷加入战团，互相指责，争吵不休。现场火药味十足，几乎要拔刀相向。第一天谈判，不欢而散，没有任何实质性进展。
第二日，互相试探，摸底底线。
经过一夜冷静（以及各自内部沟通），第二天的谈判气氛稍缓，但依旧紧张。双方不再提出那些明显不可能的条件，转而开始试探对方的真实底线和核心诉求。
三井忠信的口气有所软化，但立场依旧强硬：“天皇陛下乃万世一系之正统，重返京都，主持大政，此乃不可动摇之底线！幕府必须还政于天皇！”
细川高国则回应：“幕府统领天下武士，维护治安，此乃祖制。大将军之位可商榷，但幕府体制必须保留，否则天下必将大乱！”
双方就“天皇权威”与“幕府权力”的界限、战后领地划分、责任追究范围等具体问题进行了激烈的交锋。陈彦大部分时间保持沉默，冷眼旁观，只在关键时刻插言一二，引导话题。通过这一天的博弈，双方大致摸清了对方的底线：天皇方核心目标是天皇安全返回京都并获得至少名义上的最高权威；幕府方的核心目标是保住幕府体制的基本盘和主要大名的利益，避免被彻底清算。
第三日，务实博弈，敲定和约。
到了最关键的第二日，谈判进入了务实阶段。双方都清楚，继续战争对谁都没有好处，必须达成一个各方都能勉强接受的协议。
后奈良天皇（通过三井忠信）提出了相对现实的条件：“一、天皇陛下返回京都紫宸殿，重掌祭祀与封赏大权。二、废除足利义晴擅自拥立之伪帝，足利义晴可保留‘前大将军’名号，但需交还部分直辖领地，并迁出京都，其势力范围大致限定于东海道、东山道部分区域。三、承认当前各大名实际控制领地，但需向天皇重新宣誓效忠。四、严惩此次叛乱之首恶数人，余者不予追究。”
足利义晴（通过细川高国）也提出了反建议：“一、可以迎奉后奈良天皇返回京都，但天皇需下诏承认幕府统治之合法性。二、足利义晴可辞去‘征夷大将军’之职，但需由足利氏嫡流继承‘幕府执政’之位，继续总管天下军政。三、以京都为界，畿内及西国由天皇名义管辖，但幕府保留在畿内关键要地驻军权；东海道、东山道、北陆道等东部广大区域为幕府直接管辖范围。四、参与勤王之大名，需让出部分新占领地。”
双方就势力划分的具体界线、名分问题、责任追究程度等细节展开了又一轮艰苦的拉锯战。便在此时，此前大多保持沉默的陈彦，缓缓开口，声音平和却带着不容置疑的份量：
“诸位，争来争去，皆为倭国内部事务。本官代表大雍皇帝陛下，倒有一个提议，或可打破僵局。”
所有人的目光瞬间聚焦到陈彦身上。
陈彦淡然道：“大雍乃天朝上国，向来以德服人，维护藩属安定为己任。此番应邀平乱，耗费钱粮兵马无数。为保障倭国今后长治久安，避免再生战乱，也为了补偿大雍此番出兵之损耗，本官提议，在和约中增加如下条款：
第一，倭国（即天皇与幕府两方）需共同奉大雍为宗主国，每年遣使朝贡。
第二，为便于保护航道、维护地区安宁，大雍有权在倭国指定之岛屿（如种子岛或五岛列岛一处）设立水师基地，派驻适量军士，倭国需提供便利。
第三，开放长崎、平户、博多三港为大雍特许通商口岸，大雍商船享有最惠待遇。
若此三条得以应允，大雍愿作为保证人，见证并担保此和约之执行。至于倭国内部如何划分权责，乃尔等自家之事，本官不予干涉，只要不再起大规模战端，危及海疆安宁即可。”
陈彦此言一出，双方代表先是愕然，随即陷入沉思。这三条，明显是将大雍的利益凌驾于倭国内争之上。朝贡是名义上的臣服，驻军是实质性的威慑，通商是经济上的渗透。然而，在当前的僵局下，这个“外部方案”反而提供了一个打破僵局的台阶和强制约束力。
对于天皇方而言，大雍的驻军和担保，某种程度上是对其安全的保障，防止幕府日后反扑。对于幕府方而言，承认大雍的宗主地位，虽然面子难看，但避免了立即被天皇方清算的危险，而且大雍的“不干涉内政”表态，等于变相承认了其割据东部的既成事实。更重要的是，谁都不愿再战，都需要一个体面的方式结束战争。
细川高国与三井忠信对视一眼，又各自与己方人员低声商议良久。最终，细川高国沉声道：“陈大将军所言，虽……颇为突然，但为倭国苍生免于战祸，我方可原则上接受大雍之提议。然，驻军岛屿需协商，驻军规模需限定，通商细则需详议。”
三井忠信也代表天皇方表态：“陛下为天下万民计，可接受大雍为宗主。然，朝贡额需合理，驻军不得干涉倭国内政，此乃底线。”
陈彦微微一笑：“具体细节，自然可以再议。只要原则同意，便有了和约之基础。”
接下来的谈判，重心部分转向了与大雍条款的细节磋商，而天皇与幕府之间的内部矛盾，反而在大雍这个“共同”的“上级”面前，显得不那么尖锐了。经过一整天的激烈争论和反复拉锯，一份名为 《加古川和约》 的初步文本终于艰难出炉。其主要内容包括：
一、后奈良天皇为倭国唯一正统天皇，返回京都主持大政。足利义晴辞去征夷大将军职，其子足利义辉继任“幕府执政”，辅佐天皇，但幕府实际控制东部广大区域。双方大致以京都 至敦贺 一线为势力分界（实际上承认了东西分治）。
二、倭国（天皇与幕府共同）奉大雍为宗主国，每年遣使朝贡。
三、大雍有权在种子岛 设立水师基地，驻军不超过三千，倭国提供便利。
四、开放长崎、平户、博多 为对雍特许通商口岸。
五、双方交换战俘，罢兵息战，各自撤军。
和约草案用中日两种文字誊写完毕，双方首席代表——陈彦与细川高国——分别用印。尽管三井忠信眼中仍有不甘，细川高国脸上亦有屈辱，但在现实利益和厌战情绪下，这份标志着倭国进入天皇与幕府东西对峙、且共同置于大雍影响之下的和约，终于尘埃落定。
消息传开，加古川两岸的士兵们发出了震天的欢呼，庆祝战争的结束。