救出佐藤亚美后的几天，米花町看似恢复了平静，但林羽和柯南都明白，这只是暴风雨前的宁静。黑衣组织既然在研究新毒药，就绝不会半途而废，他们肯定在暗中策划着更大的动作。
这天上午，毛利侦探事务所接到了一个新委托。委托人是一位中年妇女，神色慌张地说自己的丈夫失踪了。“我丈夫叫山本浩，是一家制药公司的研究员，三天前说去公司加班，就再也没回来，电话也打不通。”
毛利小五郎拍着胸脯保证：“放心吧，交给我名侦探毛利小五郎，保证三天内找到人。”林羽和柯南对视一眼，都觉得这事不简单，制药公司的研究员失踪，很可能和黑衣组织的新毒药有关。
“山本先生最近有没有什么异常？”柯南装作天真地问。
妇女想了想：“他最近总是很晚回家，说在研究一个重要项目，还说这个项目很危险，让我不要问太多。”
林羽追问：“他在哪个制药公司工作？”
“米花制药，就在市中心那栋白色大楼里。”
送走委托人后，毛利小五郎立刻带着柯南和林羽赶往米花制药。公司的保安拦住了他们：“你们有预约吗？”
毛利小五郎亮出侦探证：“我们是来调查山本浩失踪案的，麻烦配合一下。”保安只好放行。
进入公司后，他们找到了山本浩的同事。一个戴眼镜的男人说：“山本最近确实很奇怪，总是一个人待在实验室，还锁着门，我们都不知道他在研究什么。”
“他的实验室在哪里？”林羽问。
男人指向走廊尽头：“就在那里，不过他失踪后，实验室就被公司封锁了。”
三人来到实验室门口，果然看到门上挂着封锁线。毛利小五郎想都没想就扯掉封锁线，推门进去。实验室里很整洁，桌子上放着各种仪器和试管，还有一份没写完的研究报告。
柯南拿起研究报告，上面写着一些复杂的化学公式，最后几行字被划掉了，隐约能看到“新型化合物”“毒性测试”等字样。林羽注意到墙角的垃圾桶里有一个破碎的试管，残留着一点紫色液体，散发着淡淡的异味。
“这是什么？”林羽用镊子夹起一块试管碎片，星之力量接触到碎片的瞬间，突然剧烈波动起来，一股强烈的危险感涌上心头。
“小心，这液体可能有毒。”林羽提醒道。柯南立刻拿出随身携带的试纸，蘸了一点液体，试纸瞬间变成了黑色。“是剧毒！”柯南脸色一变。
就在这时，一个穿着白大褂的男人走了进来，看到他们，厉声呵斥：“你们是谁？谁让你们进来的？”
“我们是侦探，来调查山本浩的失踪案。”毛利小五郎亮出证件。男人的脸色瞬间变得不自然：“山本失踪和公司无关，你们赶紧出去。”
林羽盯着他：“你是这里的负责人？”
“我是实验室主任，田中健。”男人的眼神有些闪烁。
“山本失踪前，有没有和人发生过争执？”柯南问。
田中健摇头：“没有，他性格很孤僻，很少和人交流。”
林羽注意到他口袋里露出一张纸条，上面似乎写着地址。“田中主任，你口袋里的纸条是什么？”林羽突然问道。
田中健慌忙捂住口袋：“没什么，就是一张购物清单。”他的反应更加可疑了。
毛利小五郎不耐烦地说：“好了，我们问完了，先走了。”说完，带着林羽和柯南离开了实验室。
走出公司后，柯南说：“那个田中健肯定有问题，他在撒谎。”
林羽点头：“我看到他纸条上的地址，好像是郊区的一个仓库，和上次发现黑衣组织的仓库很像。”
“我们去看看。”柯南提议。
三人立刻赶往郊区的仓库。仓库大门紧闭，林羽用星之力量感应了一下，里面有人。他和柯南绕到仓库后面，发现有一个小窗户没关紧。
柯南爬上窗户，朝里看了看，脸色骤变：“里面有很多实验设备，还有几个人穿着白大褂，像是在做实验。山本浩好像也在里面，被绑在椅子上。”
林羽心里一沉：“果然和他们有关。田中健很可能是黑衣组织的人，把山本抓起来逼他研究毒药。”
毛利小五郎想冲进去，被林羽拉住：“现在进去太危险，他们人多，还有武器。我们先报警，让警察来处理。”
柯南也点头：“对，我们在这里盯着，等警察来了再行动。”
毛利小五郎只好作罢，躲在仓库旁边的草丛里。没过多久，目暮警官带着警察赶到了。“毛利老弟，里面情况怎么样？”
“里面有至少五个人，还把山本浩绑起来了，像是在逼他做什么实验。”毛利小五郎低声说。
目暮警官挥手示意：“大家准备，听我命令行动。”
警察们悄悄包围了仓库，目暮警官大喊一声：“不许动，警察！”仓库里的人听到喊声，立刻慌乱起来。
林羽和柯南趁机从窗户爬进去，看到田中健正拿着一把刀，架在山本浩的脖子上。“别过来，否则我杀了他！”田中健嘶吼着。
“放下刀！”目暮警官举着枪，一步步逼近。田中健见状，突然把刀扔在地上，从口袋里掏出一个瓶子，想要吞下什么东西。
林羽眼疾手快，星之力量化作一道光绳，缠住了他的手腕。瓶子掉在地上，摔碎了，里面的白色粉末撒了一地。“是毒药，他想自杀！”柯南大喊。
警察立刻冲上去，把田中健和其他几个人制服了。山本浩看到警察，激动得说不出话来，眼泪直流。
“山本先生，他们为什么抓你？”林羽解开绑在他身上的绳子。
山本浩缓了口气，说：“他们逼我研究一种新毒药，比Aptx4869更强，能让人在短时间内死亡，还查不出中毒迹象。我不愿意，他们就把我抓起来了。”
柯南追问：“你知道他们的头目是谁吗？”
山本浩摇头：“不知道，他们很神秘，每次都是田中健和我联系，从没见过其他人。”
虽然没抓到黑衣组织的核心成员，但至少阻止了新毒药的研发，也算有收获。警察把田中健等人带走后，目暮警官拍着林羽的肩膀：“林羽，这次多亏了你，不然田中健就自杀了。”
林羽笑了笑：“只是运气好而已。”他心里清楚，这只是暂时的胜利，黑衣组织肯定还会有其他动作。
回到毛利侦探事务所，山本浩的妻子已经在等了。看到丈夫平安回来，她激动地哭了起来，不停地向毛利小五郎道谢，还塞了一个厚厚的红包。毛利小五郎笑得合不拢嘴，把红包揣进兜里。
山本浩感激地说：“谢谢你们救了我，我知道一些黑衣组织的事，或许能帮上忙。”
林羽和柯南立刻竖起耳朵。山本浩说：“他们一直在寻找一种叫‘冥火草’的植物，这种草只在雪山深处有，据说能增强毒药的毒性。他们还说，过几天会有一个代号‘毒蝎’的人来米花町，负责监督毒药研发。”
“毒蝎？”柯南皱眉，“这个代号没听过，应该是新加入的成员。”
林羽问：“他们什么时候来？”
“大概三天后，会在米花酒店和田中健接头。”山本浩说。
“太好了，我们可以提前埋伏，抓住这个毒蝎。”毛利小五郎兴奋地说。
林羽却有些担心：“黑衣组织很狡猾，说不定这是个陷阱。”
柯南点头：“我觉得也是，我们不能大意。可以让警察在酒店周围埋伏，但不要轻易行动，先观察情况。”
接下来的三天，林羽和柯南一直在准备。阿笠博士给柯南发明了新的追踪器，能远距离感应目标位置。林羽也在练习控制星之力量，确保能在关键时刻发挥作用。
三天后晚上，米花酒店周围埋伏了很多便衣警察。林羽、柯南和毛利小五郎坐在酒店对面的咖啡馆里，盯着酒店门口。
“怎么还没来？”毛利小五郎有些不耐烦。
柯南看着手表：“时间还没到，再等等。”
晚上九点，一个穿着黑色西装，戴着墨镜的男人走进了酒店。他身材高大，走路带风，眼神锐利，一看就不好惹。“是他吗？”林羽问。
柯南拿出望远镜：“不好说，再看看。”
没过多久，男人又走了出来，手里多了一个黑色的箱子。他上了一辆出租车，离开了酒店。
“跟上他！”毛利小五郎立刻站起来。三人也打了一辆车，跟在后面。
出租车一路开到郊区的一栋别墅前，男人下了车，走进别墅。林羽感应了一下，别墅里有至少十个人，都带着武器。
“这里肯定是他们的据点。”林羽低声说。
柯南拿出追踪器，放在地上：“我已经把追踪器贴在他的箱子上了，我们先回去，明天联系警察一起来。”
三人悄悄离开，回到了侦探事务所。
第二天一早，目暮警官带着大量警察包围了别墅。别墅里的人听到动静，立刻开枪反抗。一场激烈的枪战开始了。
林羽和柯南躲在警车后面，看着里面的人一个个被制服。那个代号“毒蝎”的男人想要从后门逃跑，被林羽拦住了。
“你的对手是我。”林羽调动星之力量，形成一道光墙，挡住了他的去路。毒蝎掏出枪，朝着林羽射击。子弹打在光墙上，弹了回去。
“这是什么？”毒蝎一脸惊恐。林羽没给他反应的机会，星之力量化作一道光束，击中了他的手腕。枪掉在地上，毒蝎惨叫一声。警察冲上来，把他制服了。
别墅里的人都被抓了，警察在里面搜出了大量的毒药和实验设备，还有一份名单，上面写着很多人的名字，都是和黑衣组织有联系的。
“太好了，这次收获太大了！”目暮警官激动地说。
毒蝎被带回警局后，一开始还不肯开口，但在证据面前，终于交代了。他说自己只是个小喽啰，负责运送毒药，真正的幕后黑手是一个代号“琴酒”的人，但他也没见过琴酒本人，都是通过电话联系。
“琴酒！”柯南的眼神变得冰冷，“又是他。”林羽知道，琴酒是黑衣组织的核心成员，也是把工藤新一变成柯南的人。
虽然没抓到琴酒，但这次行动摧毁了黑衣组织的一个重要据点，缴获了大量毒药，也算重大胜利。毛利小五郎因为这次功劳，又出名了，整天被记者围着采访。
林羽和柯南却高兴不起来。他们知道，琴酒还在逍遥法外，黑衣组织的根基还在，只要琴酒还在，他们就不会停止作恶。
这天晚上，林羽坐在窗边，看着天上的月亮，心里思绪万千。他来到这个世界后，经历了这么多案件，和黑衣组织多次交锋，虽然有胜有负，但始终没能彻底打垮他们。
“什么时候才能结束这一切？”林羽喃喃自语。星之力量在体内轻轻波动，像是在回应他。
柯南走了过来，递给林羽一杯果汁：“别想太多了，我们已经做得很好了。”
林羽接过果汁：“我只是觉得，我们做得还不够。还有很多人在受苦，还有很多秘密没揭开。”
“会揭开的，”柯南的眼神很坚定，“总有一天，我会把他们全部绳之以法，让所有受害者得到公正。”
林羽看着柯南，突然觉得这个小男孩身上有着超乎年龄的成熟和勇气。“你说得对，我们不能放弃。”
就在这时，柯南的手机响了。是阿笠博士打来的，声音很急促：“柯南，不好了，我刚才收到消息，琴酒出现在东京塔，好像要做什么事！”
柯南和林羽脸色同时一变。“东京塔？”林羽站起身，“我们快去看看。”
两人立刻赶到东京塔。东京塔上灯火通明，游人很多。他们四处寻找，终于在塔顶看到了一个熟悉的身影——琴酒，他正站在栏杆边，看着远处的城市。
琴酒也看到了他们，嘴角勾起一抹冷笑：“好久不见，小鬼。还有这位新朋友，你的力量很有趣。”
林羽握紧拳头，星之力量开始运转。“琴酒，你的末日到了。”
琴酒拿出枪，指着他们：“是吗？那就看看谁先死。”
一场新的战斗，在东京塔的顶端，一触即发。