在之前的旅程中，小智、艾莉丝、天桐以及星海等人一同在伊苏地区展开了充满惊喜与挑战的冒险。他们见识了各种各样的宝可梦，也经历了无数次精彩的对战和有趣的故事。星海作为一名博士，虽然不参加联盟赛事战斗，但她凭借着自己强大的宝可梦和丰富的知识，在旅途中发挥着独特的作用，她的红色暴鲤龙、裂空座、喷火龙等宝可梦都有着令人惊叹的实力 ，也和小智等人结下了深厚的友谊。
而在杰可罗拉群岛的一系列冒险中，他们先是遇到了小椿。小椿来到这里是为了收服颜色不同的赤面龙。在寻找赤面龙的过程中，火箭队搞出了不少乱子，他们用能发出音波的工具逼迫洞窟里的宝可梦出来，成功引出了赤面龙，却也激怒了它。赤面龙触发逆鳞后不分敌我地攻击，火箭队被轻易打飞。关键时刻，小椿凭借着和小智相处学到的“莽式收服法”，成功感化了赤面龙并将其收服，这也让艾莉丝回忆起自己与龙系宝可梦的缘分起源。
结束了与小椿的相遇后，小智一行人来到了杰可罗拉群岛中某一个岛，准备观察“乌地多彗星”。据说彗星出现的时候，宝可梦会聚集在山上，并会有不可思议的行动。他们和三色堇一起前往山顶，到达山顶之后，发现了勇者乌地多曾经在此展开无数战斗的对战区遗迹。他们在阴暗的通道前进，而火箭队早已在前面埋伏。只见武藏得意地笑着说：“嘿嘿，这次你们可跑不掉了，皮卡丘马上就是我们的了！”小次郎也在一旁附和：“没错没错，今天就是你们的倒霉日。”喵喵则在一旁摩拳擦掌。
小智见状，立刻站出来，一脸坚定地说：“火箭队，你们又来捣乱，我是绝对不会让你们得逞的！”说着，他派出了皮卡丘，皮卡丘也斗志昂扬地叫了一声，身上闪烁着电光。艾莉丝和天桐也纷纷派出自己的宝可梦，准备战斗。星海虽然不参与直接战斗，但她在一旁认真观察着火箭队的动向和周围的环境，思考着应对之策。
战斗一触即发，皮卡丘率先发动攻击，使出了十万伏特，强大的电流向着火箭队冲去。武藏连忙指挥滚滚蝙蝠使用空气斩抵挡，空气斩与十万伏特碰撞在一起，发出了剧烈的声响，产生了一阵烟雾。在烟雾中，小次郎派出了哭哭面具，哭哭面具飘向皮卡丘，想要用奇异之光干扰它。小智连忙喊道：“皮卡丘，快躲开，然后使用电光一闪！”皮卡丘灵活地避开了奇异之光，以极快的速度冲向哭哭面具，一下子撞了上去，哭哭面具被撞得摇晃了几下。
这时，武藏让滚滚蝙蝠朝着皮卡丘俯冲而下，准备发动突袭。星海在一旁看到后，急忙对小智喊道：“小智，注意滚滚蝙蝠的动向，它的速度很快，皮卡丘可以利用周围的地形来躲避！”小智听后，眼睛一亮，对皮卡丘喊道：“皮卡丘，跳到旁边的石头上！”皮卡丘依言跳上石头，滚滚蝙蝠扑了个空。
接着，天桐派出了花椰猴，花椰猴使用飞叶快刀攻击火箭队的宝可梦。艾莉丝的龙头地鼠也从地下钻了出来，使用挖洞技能，突然出现在哭哭面具下方，将它顶到了空中。小智抓住机会，让皮卡丘使用伏特攻击，直接命中了哭哭面具，哭哭面具失去了战斗能力。小次郎心疼地收回了哭哭面具，喊道：“可恶，还没完呢！”
然而，火箭队毕竟不是小智一行人的对手，在激烈的战斗后，他们再次被打飞，只留下一句“我们还会回来的”。解决了火箭队后，小智一行人继续前进，终于到达了山顶，等待着乌地多彗星的出现。当彗星划过夜空的那一刻，周围的宝可梦们果然开始有了奇妙的反应，一些宝可梦兴奋地跳跃着，还有一些宝可梦身上似乎闪烁着特殊的光芒，这神奇的一幕让大家都惊叹不已。
在接下来的旅程中，小智遇到了骑着坐骑山羊的训练家，看到坐骑山羊那独特的能力，小智十分感兴趣，他和这位训练家交流了许久，还让皮卡丘和坐骑山羊进行了一场小小的切磋。皮卡丘凭借着速度和电力，与坐骑山羊打得难解难分，最终虽然没有分出胜负，但这场切磋让小智对宝可梦之间的对战有了新的认识。
而星海在研究宝可梦的过程中，发现了一些关于伊苏地区宝可梦进化的特殊线索。她带着自己的耿鬼和路卡利欧，深入到一片神秘的森林中进行探索。在森林里，她们遇到了各种奇特的宝可梦，耿鬼凭借着它的幽灵属性能力，帮助星海避开了一些危险。路卡利欧则利用波导之力，感知周围的环境，寻找着线索。经过一番努力，星海终于找到了她想要的资料，这些资料对于她研究宝可梦进化有着极大的帮助。
与此同时，电飞鼠的出现引起了一阵小波澜。这只可爱的电属性宝可梦一开始对火箭队产生了兴趣，甚至加入了他们。火箭队本以为得到了一个强大的助力，十分得意。但电飞鼠在和火箭队相处的过程中，渐渐发现他们的行为并不正当。在一次火箭队企图抢夺其他训练家宝可梦的行动中，电飞鼠终于意识到自己的错误，它决定离开火箭队，回到真正热爱宝可梦的人们身边。
小智在得知电飞鼠的遭遇后，十分欢迎它的加入。电飞鼠也被小智和他的宝可梦们的热情所感染，成为了小智队伍中的一员。在之后的战斗中，电飞鼠和皮卡丘配合默契，它们一个速度极快，一个电力强大，让对手防不胜防。
天桐也迎来了自己的挑战，一位冰之挑战者来到了三曜道馆。这位挑战者实力不凡，他的冰属性宝可梦有着出色的防御和强大的攻击力。天桐派出了自己的花椰猴、冷水猴和炒炒猴，三只属性不同的猴宝可梦各展神通。花椰猴使用飞叶快刀干扰对手，冷水猴则用泡沫光线降低对方的速度，炒炒猴凭借火焰拳进行强攻。
冰之挑战者也不示弱，他的冰宝可梦不断使用冰系技能，制造出冰墙抵挡攻击，还使用暴风雪试图冰冻天桐的宝可梦。天桐冷静地指挥着，他观察到冰宝可梦在使用暴风雪后会有短暂的硬直，于是抓住这个时机，让炒炒猴使用火焰旋涡，将冰宝可梦困在其中。冰宝可梦在火焰旋涡中挣扎着，最终体力不支，失去了战斗能力。冰之挑战者虽然战败，但他对天桐的战术和宝可梦的配合十分佩服，他表示会回去继续训练，下次再来挑战。
随着旅程的推进，艾莉丝为了成为龙之大师，不断地努力着。她遇到了小椿之后，更加坚定了自己的信念。在一次偶然的机会中，艾莉丝得知了一场龙系宝可梦的特殊对战即将举行，这场对战的胜利者将有机会得到一位龙系大师的指导。艾莉丝毫不犹豫地报名参加了。
比赛中，艾莉丝遇到了许多强大的对手，他们的龙系宝可梦都有着独特的技能和战术。但艾莉丝毫不畏惧，她派出自己的快龙、龙头地鼠等宝可梦，凭借着对龙系宝可梦的热爱和深入了解，一路过关斩将。在决赛中，艾莉丝的对手是一位经验丰富的龙系训练家，他的暴飞龙实力强大，速度和攻击力都十分惊人。
战斗开始，暴飞龙率先发动攻击，使用龙爪朝着艾莉丝的快龙抓去。艾莉丝冷静地指挥快龙躲避，然后让快龙使用龙之波动进行反击。龙之波动与龙爪碰撞在一起，产生了巨大的冲击力。接着，暴飞龙又使用了喷射火焰，快龙急忙飞到空中躲避，火焰喷射在地面上，扬起了一片尘土。
在尘土中，艾莉丝的龙头地鼠从地下钻了出来，使用地震技能。地面剧烈震动，暴飞龙在空中也受到了影响，飞行变得不稳。艾莉丝抓住机会，让快龙使用神速，快龙如闪电般冲向暴飞龙，给了它重重的一击。暴飞龙虽然受到了攻击，但它并没有放弃，它调整状态，再次发动攻击。
双方的战斗进入了白热化阶段，宝可梦们都已经十分疲惫，但依然在坚持着。这时，艾莉丝想起了自己与龙系宝可梦的点点滴滴，她大声地为自己的宝可梦加油鼓劲。快龙和龙头地鼠感受到了艾莉丝的信念，它们的眼中闪过一丝坚定的光芒，爆发出了最后的力量。快龙和龙头地鼠同时发动技能，快龙的龙之波动和龙头地鼠的尖石攻击一起命中了暴飞龙，暴飞龙终于支撑不住，倒在了地上。
艾莉丝赢得了比赛，她成功地得到了龙系大师的指导机会。在龙系大师的指导下，艾莉丝对龙系宝可梦的理解更加深入，她的宝可梦们也在训练中不断进步。
而小智，他始终怀揣着成为宝可梦大师的梦想，在旅途中不断挑战自己。他参加了各种小型的宝可梦对战比赛，遇到了各种各样的对手。在一场比赛中，小智遇到了一位擅长使用飞行系宝可梦的训练家。这位训练家的大比鸟、七夕青鸟等宝可梦在天空中翱翔，十分威风。
小智派出了自己的喷火龙，喷火龙展开巨大的翅膀，飞向天空，与对手的飞行系宝可梦对峙。训练家率先发动攻击，大比鸟使用勇鸟猛攻，朝着喷火龙冲去。小智喊道：“喷火龙，使用龙爪抵挡！”喷火龙挥动着锋利的爪子，与大比鸟碰撞在一起，强大的力量让周围的空气都震动起来。
接着，七夕青鸟使用了精神强念，试图干扰喷火龙的行动。喷火龙感受到了精神力的压迫，但它凭借着顽强的意志，努力保持着平衡。小智见状，对喷火龙喊道：“喷火龙，不要被干扰，使用火焰放射！”喷火龙张开嘴巴，喷出一道炽热的火焰，朝着七夕青鸟射去。七夕青鸟急忙躲避，但还是被火焰的边缘擦到，羽毛被烧焦了一些。
在激烈的空战中，小智不断地思考着战术。他观察到对手的宝可梦在连续使用技能后，体力消耗比较大，而且飞行的速度也有所下降。于是，小智让喷火龙使用地球上投，喷火龙抓住大比鸟，将它狠狠地摔向地面。大比鸟重重地摔在地上，失去了战斗能力。
最终，小智凭借着喷火龙和其他宝可梦的出色表现，赢得了这场比赛。这场胜利让小智更加坚信，只要自己不断努力，总有一天能够实现自己的梦想。
星海在完成了对伊苏地区宝可梦进化的研究后，决定回到自己的实验室，将这些珍贵的资料进行整理和分析。在离开之前，她和小智、艾莉丝、天桐等人一一告别。大家都十分不舍，但也知道星海有着自己的使命。星海表示，她会在实验室里继续关注着大家的冒险，期待着下次再见面时，能听到更多精彩的故事。
小智、艾莉丝和天桐则继续他们的旅程，他们朝着新的目标前进，一路上充满了期待和憧憬。在这个充满神奇和冒险的宝可梦世界里，他们的故事还在继续，新的挑战和机遇正等待着他们。无论是强大的对手，还是神秘的宝可梦，都无法阻挡他们前进的脚步，因为他们心中有着对宝可梦的热爱和对梦想的执着追求 。而未来的某一天，当他们再次相遇时，又会发生怎样有趣的故事呢，让我们拭目以待。