丰缘联盟白银大会的硝烟尚未散尽，小智的喷火龙在决赛中与对手的巨金怪鏖战至最后一刻，虽以微弱劣势落败，却让全场观众记住了这个永不言弃的少年。离场时，小遥望着公告栏上新出炉的“开拓区挑战指南”，指尖无意识地划过“对战工厂”的字样：“听说关都地区的开拓之脑都很厉害呢……”
小胜抱着怀里的吼爆弹图鉴，突然指着远处天空中掠过的三道异色气流：“哥！你们看那个！” 话音未落，三道气流骤然俯冲，在众人面前炸开——竟是三只身披暗紫色能量铠甲的宝可梦：盔甲鸟、巨钳螳螂与赫拉克罗斯。它们的眼睛泛着诡异的红光，翅膀扇动时带起的气流中，漂浮着细碎的黑色晶体。
“这是……” 小智正要派出皮卡丘，却被身旁的星海按住手腕。星海的目光紧锁着那些黑色晶体，指尖在便携终端上飞速滑动，调出最近三个月来关都、丰缘两地的异常事件报告：“三个月内，已有十七起野生宝可梦暴走事件，现场都发现了类似的晶体残留。能量特征显示，它们都来自同一个源头——” 她顿了顿，终端屏幕上弹出一张模糊的卫星照片，照片中央是一座被浓雾笼罩的孤岛，“位于橘子群岛以西的‘暗晶岛’。”
赫拉克罗斯突然发出一声刺耳的鸣叫，挥舞着巨角朝星海猛冲过来。星海迅速侧身避开，同时抛出精灵球：“沙奈朵，精神强念！” 沙奈朵的瞳孔泛着蓝光，无形的念力瞬间将赫拉克罗斯禁锢在半空。但就在这时，赫拉克罗斯身上的暗紫色铠甲突然裂开，黑色晶体如鳞片般竖起，挣脱念力束缚的瞬间，它的巨角竟暴涨了近一倍！
“能量在短时间内过载了。” 星海的语速依旧平稳，却在沙奈朵耳边低语，“瞄准它铠甲的接缝处，用幻象光线。” 沙奈朵心领神会，两道扭曲的光线精准命中赫拉克罗斯的关节，铠甲应声碎裂，黑色晶体失去光泽，赫拉克罗斯晃了晃脑袋，眼中的红光渐渐褪去，倒在地上昏了过去。
解决完三只失控的宝可梦，小智挠了挠头：“这些家伙到底怎么了？” 星海收起终端，望向暗晶岛的方向：“有人在利用暗晶能量强化宝可梦，而且手法越来越成熟。如果不阻止他们，下一个目标可能就是联盟总部。” 她的目光转向小智，语气中带着少见的严肃，“开拓区的挑战可以延后，现在我们有更重要的事要做——去暗晶岛。”
船只接近暗晶岛时，海面突然掀起巨浪。星海站在船头，看着船舷边不断碰撞的暗紫色水母（毒刺水母的变异体），眉头微蹙：“它们的触手分泌出的毒液里，暗晶能量浓度是普通毒刺水母的3倍。” 她转身对小智说：“需要引开它们，否则船会被腐蚀穿。”
小智立刻派出大王燕：“大王燕，用空气斩！” 大王燕在空中划出几道锐利的风刃，精准地劈在毒刺水母群的间隙中，却没伤到任何一只。“不是攻击它们，是制造混乱。” 星海补充道，“它们的群体行动依赖水流振动传递信号，打乱这个节奏。” 小智恍然大悟：“原来如此！大王燕，再来一次空气斩，朝水面打！” 风刃击中海面，激起的水花打乱了水流，毒刺水母群果然出现了短暂的混乱，船只趁机加速，冲过了水母的包围圈。
登岛后，浓雾中传来若隐若现的机械运转声。星海让沙奈朵释放出微弱的念力场，感知周围的能量流动：“西南方三百米处有强烈的能量反应，而且……不止一个。” 众人循声走去，只见一座巨大的钢铁建筑矗立在雾中，建筑外墙上布满了暗晶能量管道，管道中流淌着粘稠的黑色液体。
突然，建筑的闸门打开，一个穿着白色研究员制服的男人走了出来，他的肩上站着一只同样披着暗晶铠甲的耿鬼。“没想到会有客人主动送上门。” 男人推了推眼镜，嘴角勾起一抹冷笑，“我是暗晶研究室的首席研究员，佐尔。”
佐尔打了个响指，耿鬼瞬间消失在原地。“小心！” 星海话音刚落，耿鬼的影子就在沙奈朵脚下浮现，暗影拳带着黑色能量直扑沙奈朵的后背。“瞬间移动避开，然后用预知未来！” 星海的指令精准而迅速，沙奈朵瞬移到耿鬼身后，蓝光在掌心凝聚。耿鬼转身想用舌头舔舐沙奈朵，却被突然从虚空中降下的念力重击狠狠砸在地上。
“暗晶能量虽然能强化力量，但会让宝可梦失去判断力。” 星海看着挣扎起身的耿鬼，“它们的行动模式会变得单一，只懂得强攻。” 她对沙奈朵点点头，“精神强念，持续施压。” 沙奈朵的念力如潮水般涌来，耿鬼的铠甲在念力挤压下寸寸碎裂，最终瘫倒在地，黑色晶体从它身上剥落，化作粉末。
佐尔见状，脸色铁青地按下手中的遥控器，建筑内传来刺耳的警报声：“你们破坏了我的实验品……那就留下来当新的实验材料吧！” 随着他的话音，建筑深处传来无数宝可梦的嘶吼，浓雾中，一双双红光闪烁的眼睛正在逼近。
建筑内部是一座由金属通道组成的迷宫，墙壁上布满了暗晶能量感应装置。每走几步，通道两侧就会弹出嵌满黑色晶体的机械臂，射出暗紫色的能量射线。
“这些射线会刺激宝可梦的攻击性。” 星海蹲下身，用指尖沾了一点落在地上的能量残留，终端屏幕上立刻显示出警告：“高浓度暗晶能量，持续接触会导致情绪失控。” 她从背包里拿出几枚特制的能量屏蔽徽章，分给众人：“别让射线直接打到身上。”
转过一个拐角，通道突然开阔起来，形成一个圆形的斗技场。斗技场中央，一个身材魁梧的男人正背对着他们，他的脚下趴着一只体型异常庞大的班基拉斯——它的背甲上镶嵌着数十块黑色晶体，每块晶体都在微微发光。
“我是暗晶守卫队的队长，洛克。” 男人转过身，露出手臂上的暗晶徽章，“想通过这里，就得先打败我的‘晶化班基拉斯’。” 班基拉斯咆哮着跺了跺脚，地面裂开的缝隙中竟冒出暗晶能量形成的尖刺。
小智立刻派出蜥蜴王：“蜥蜴王，用叶刃！” 蜥蜴王纵身跃起，绿色的叶片之刃劈向班基拉斯的背甲，却被晶体表面弹出的能量护盾挡开，反震的力道让它踉跄着后退了几步。
“护盾的强度和晶体的发光频率同步。” 星海盯着班基拉斯背上的晶体，“注意看，最中间那块最大的晶体，每发光三次，周围的小晶体会暗下去一秒——那是护盾的间隙。” 她对小智喊道：“等它第三次发光时，让蜥蜴王用种子机关枪掩护，真正的攻击瞄准中间的大晶体！”
小智立刻会意：“蜥蜴王，种子机关枪！” 无数种子如子弹般射向班基拉斯，却在接触护盾的瞬间被弹开。就在这时，班基拉斯背上的大晶体第三次亮起，周围的小晶体果然暗了下去。“就是现在！叶刃！” 蜥蜴王的叶片之刃凝聚起更强的力量，精准地劈在大晶体上，晶体应声碎裂，能量护盾瞬间消失。
“好机会！” 小智紧接着下令，“阳光烈焰！” 蜥蜴王吸收阳光的能量，一道耀眼的光束直射班基拉斯。洛克急忙喊道：“班基拉斯，用岩石封锁！” 但失去暗晶能量加持的班基拉斯动作慢了半拍，被阳光烈焰正面击中，轰然倒地。
洛克看着昏迷的班基拉斯，咬了咬牙，按下了腰间的紧急按钮：“你们赢了这一局，但下一个守卫者，可没那么好对付。” 通道尽头的闸门缓缓打开，露出更深邃的黑暗。星海看着洛克逃走的背影，终端上的能量探测器突然发出急促的警报：“检测到超强暗晶能量反应，源头就在前方——强度相当于十只晶化宝可梦的总和。”
穿过闸门，众人来到一间巨大的实验室内。实验室的中央，一个悬浮在半空的透明培养舱里，浸泡着一只蜷缩的宝可梦——竟是一只从未见过的、通体雪白的龙形宝可梦，它的鳞片上布满了暗晶能量形成的脉络。培养舱外，一个穿着黑色风衣的女人正用针管抽取舱内的液体，注入旁边的能量容器中。
“这是……” 小遥捂住嘴，“那只宝可梦好可怜。” 女人转过身，露出一张冷峻的脸，她的身后，站着一只同样披着暗晶铠甲的美纳斯。“我是暗晶计划的负责人，伊芙。” 女人的声音没有丝毫温度，“这只‘白化快龙’是我最完美的作品，它的体内流淌着最纯净的暗晶能量。”
就在伊芙准备下令攻击时，实验室的天花板突然被撞开一个大洞，一道金色的身影俯冲而下，落在众人面前——竟是一只闪光的比雕。比雕的背上，跳下一个戴着红色披风的男人，他摘下墨镜，露出锐利的眼神：“伊芙博士，你的研究该结束了。”
“是四天王的渡先生！” 小胜激动地喊道。渡点点头，目光落在培养舱里的快龙身上：“暗晶能量本质上是被污染的龙脉之力，强行注入宝可梦体内，只会让它们痛苦不堪。” 他抛出精灵球：“快龙，用龙爪打破培养舱！” 渡的快龙发出一声龙吟，金色的爪子带着破空声劈向培养舱，却被伊芙的美纳斯用水流尾挡开。
“美纳斯，用水炮！” 伊芙的美纳斯喷出高压水柱，水柱中夹杂着黑色晶体。渡迅速下令：“快龙，用龙卷风把晶体卷起来！” 龙卷风将水炮与晶体一同卷入高空，炸开的水花落在地上，留下滋滋作响的黑色痕迹。
星海注意到伊芙的美纳斯每次使用技能后，鳃边的晶体都会闪烁一下：“渡先生，它的能量循环依赖鳃边的晶体！攻击那里！” 渡立刻会意：“快龙，龙之波动，瞄准它的鳃部！” 紫色的波动精准命中，美纳斯鳃边的晶体碎裂，它痛苦地扭动着身体，身上的铠甲渐渐褪去光泽。
与此同时，小智的蜥蜴王用叶刃劈开了培养舱的锁扣，白化快龙缓缓睁开眼睛，眼中却没有红光，只有迷茫与虚弱。星海让沙奈朵释放出治愈波动，柔和的蓝光包裹住快龙，它身上的暗晶脉络以肉眼可见的速度淡化。
伊芙看着失去战斗力的美纳斯和被解救的快龙，突然按下手中的引爆器：“就算你们赢了，整个暗晶岛的能量核心也会在十分钟后爆炸！” 话音刚落，实验室开始剧烈摇晃，墙壁上的暗晶管道纷纷炸裂。
“我去阻止核心爆炸！” 星海转身冲向实验室深处，“小智，渡先生，拜托你们掩护其他人撤离！” 沙奈朵的念力撑起一道防护屏障，挡住坠落的碎石，星海的身影很快消失在浓烟中。
核心控制室里，巨大的暗晶能量核心正发出嗡鸣，表面的晶体以越来越快的频率闪烁着，屏幕上的倒计时显示“08:47”。控制室的中央，站着一个身披黑色斗篷的男人，他的身边，趴着一只双眼紧闭的超梦。
“你终于来了，星海。” 男人摘下斗篷，露出一张与大木博士有几分相似的脸，“我是‘暗晶计划’的创始人，阿尔瓦。” 他抚摸着超梦的头，语气中带着病态的狂热，“超梦的基因里蕴含着无限可能，只要注入足够的暗晶能量，它就能成为最强的宝可梦，统治所有生物……”
“你所谓的‘统治’，不过是用痛苦换取的服从。” 星海的声音冷静得像冰，“暗晶能量会侵蚀宝可梦的意识，超梦现在很痛苦。” 她的终端屏幕上，正实时显示着超梦的脑电波图谱——波动混乱而剧烈，显然处于极度的精神折磨中。
阿尔瓦冷笑一声：“那就让你见识一下它的力量。” 他按下控制台的按钮，超梦猛地睁开眼睛，眼中燃烧着暗紫色的火焰，周身爆发出的能量让整个控制室剧烈震动。“超梦，精神破坏！” 阿尔瓦嘶吼着下令。
无形的精神冲击波朝星海袭来，沙奈朵立刻张开念力屏障，却被冲击波撞得连连后退，嘴角溢出一丝蓝光。“沙奈朵，没事吧？” 星海扶住它，目光落在超梦脚边——那里散落着几块从它身上脱落的黑色晶体，晶体上残留着微弱的治愈波动。
“原来如此……” 星海突然笑了，“你在抗拒阿尔瓦的控制，对吗？” 她对沙奈朵说：“用最大的治愈波动，不是攻击，是传递善意。” 沙奈朵虽然不解，但还是照做了——柔和的蓝光如潮水般涌向超梦，与它身上的暗紫色能量碰撞时，竟激起了一圈圈金色的涟漪。
超梦的身体剧烈颤抖起来，眼中的暗紫色火焰忽明忽暗。阿尔瓦见状，疯狂地按下更多按钮：“加大能量输出！我命令你，杀了她们！” 超梦发出一声痛苦的咆哮，精神破坏再次爆发，但这一次，它的攻击目标不是星海，而是控制台！
“不！” 阿尔瓦惊恐地看着控制台被精神力量撕碎，倒计时的屏幕瞬间黑屏。超梦身上的暗晶能量如潮水般褪去，它虚弱地倒在地上，眼中的火焰熄灭了，恢复了原本的清澈。
阿尔瓦瘫倒在地，看着恢复意识的超梦，突然疯狂地大笑起来：“失败了……又失败了……” 这时，小智和渡带着其他人冲进控制室，看到眼前的景象，都松了一口气。
超梦缓缓站起身，走到星海面前，用念力在她掌心放下一块纯净的白色晶体——那是暗晶能量失去污染后的形态。星海握紧晶体，对超梦点了点头：“谢谢你。”
离开暗晶岛时，小遥看着渐渐远去的岛屿，突然问道：“那些被暗晶能量影响的宝可梦，都能恢复吗？” 星海望着手中的白色晶体，将它对着阳光——晶体折射出七彩的光芒：“只要还有治愈的可能，就值得我们去努力。”
小智拍了拍她的肩膀：“接下来，要不要一起去挑战开拓区？听说那里的开拓之脑，比联盟的天王还难对付呢！” 星海收起晶体，嘴角扬起一抹浅浅的笑：“好啊，正好可以测试一下，沙奈朵的新技能练得怎么样了。”
远处的海面上，暗晶岛的轮廓渐渐被晨雾笼罩，只有几只恢复正常的野生宝可梦，在天空中自由地飞翔。