洪武二十九年（4093年）五月初一丁巳日。
戊午日，赐给锦衣等卫所的七千七百多名士兵一万五千五百多匹布绢。
接着设置吏部文官历任官职的贴黄簿两册，分为内外册，那些因为事情而被免去官职的人，就另外设置一册附录，用来准备查考。
庚申日，会川卫军民指挥使司指挥同知孙禧说：“武安等州县因为月鲁帖木儿叛乱，百姓四处逃散，洪武二十五年夏天的麦子、秋天的庄稼都没有耕种收获，拖欠的粮食有两千八百八十九石无法征收。”皇帝下令户部免除这笔税收。
命令中军都督府都督佥事徐凯暂代四川行都指挥使司的事务。
辛酉日，端午节，在奉天门宴请群臣。增设广西全州、柳蒲、建安两个巡检司。
壬戌日，后军都督府进言：开平这个地方应该设立五个屯卫。皇帝命令先设置中屯卫，调派官军屯田戍守。
甲子日，赐给国子监、云南、琉球的学生夏季的衣服。
乙丑日，皇帝诏令各都司退休的武臣都要在今年九月赶赴京城。
赐给琉球国使臣吴宜堪、弥结致等人衣服和钱钞，送他们回国。
贵州都匀卫平浪长官司洞水等寨的蛮贼狄把发动叛乱，杀害了当地的土官王应名。贵州都指挥使程暹率领军队讨伐平定了叛乱。应名的妻子吴氏带着九岁的儿子阿童来申诉，请求承袭父亲的职位。于是赵襄子就答应了。
丙寅日，火星侵犯诸王星西边的第一颗星。
庚午日，皇上认为湖广各郡适宜种植桑树，但是种植桑树的人很少，命令从淮安府和徐州取二十石桑种，派人送到辰、沅、靖、全、道、永、宝庆、衡州等地，每个地方分给一石，让那里的百姓种植。
四川威龙州的土官知州普习发动叛乱。普习是月鲁帖木儿妻子的哥哥，官军抓捕他的时候，普习被流箭射中而死。
辛未日，赐给旗手等卫所的二十一万七千七百多名士卒冬天的衣服和布帛六十四万零七百匹。
壬申日，月食发生在斗宿。
十五日，乙亥。苏州府奏报：这一年海运的粮米总共八十万四千四百二十二石有余。
四川松潘卫的纳卜薛卜、任昌等寨子里的番邦贼寇不时暗中出动，杀害朝廷的军队官兵。蜀王上奏朝廷，派遣都指挥佥事尹林等人率领五千步兵和骑兵前去讨伐并平定了叛乱。
丁丑这一天，播州宣慰使杨铿派遣他的弟弟杨恕祥等人前来朝见，进献马匹，朝廷赏赐给他们华丽的丝织品和银锭。
戊寅这天，分别赏赐湖广、广西、江西各卫所跟随出征南丹的将士数量不等的绮帛、钞锭。
当初，命令詹事府、翰林院、尚宝司、中书舍人、六科给事中、仪礼司在午门内出入的人员，各自发给牌子作为凭证。
庚辰日，有一颗青白色的流星，从天市垣东边的星区内出现，向西方运行，到云中这个星区后消失。
癸未日，设置了徐州石山驿、河间府任丘县新中驿、献县富庄驿。
甘州护卫的将士到供窝儿一带巡视边境，抓获胡人乃哈歹等人，经过询问得知，逃窜的贼寇祈者孙乞奴前往哈梅里，哈剌章前往速剌讨来川，伪王撒户失加前往朵工。事情上报朝廷，皇帝下诏命令陕西行都司和肃王府护卫，祈福者孙已经逃远了，不必追捕；哈剌章在讨来川，必须要逮捕。哈歹等二十人被发配到沿海的卫所戍守。
乙酉日，皇帝下诏分别调派驯象卫的军士五千人隶属于奉议卫。不久增设中左、中右、中前、中后四个千户所。
广东连山县盗贼兴起，焚烧劫掠县衙，朝廷命令广东都司调发军队捕捉他们。
这个月，修筑从峨眉到越巂的道路工程全部完工。在此之前，朝廷命令成都各卫军士与百姓一起合力修治，到这时大功告成。
六月初一，丁亥日。
戊子日，河南左布政使周荣说：“近年来宜阳县洛河泛滥，淹没了百姓的田地。请求修筑河防工程，让河水重新回到原来的河道，以便于耕种。”皇帝下诏书命令（当地官员）预先准备好砖头石块，等到农闲的时候，征发士兵和百姓齐心合力修筑（城墙等建筑）。
广西都指挥同知姜旺、童胜率领军队抵达庆远思恩县的镇宁等村洞，斩杀和俘获叛乱的蛮人三千多人，招降一千一百四十三户。送来他得到的原宋朝太平兴国六年的铜印一枚。
壬辰日，皇帝征调山西、北平、湖广、广东四都司中从军时间长的武官到京城，以备提拔任用。
癸巳日，莱州府知府饶孟文退休。孟文，是临川人。起初，饶孟文因是耆老被选为陕西布政使司事，后来调任莱州知府，到这时因为年老辞官退休。
甲午日，火星侵犯司怪星南部的第二颗星。任命辽东三万卫指挥佥事刘显为凤阳留守中卫指挥佥事，赏赐米一百石。
庚子日，木星侵犯了井宿??星。
辛丑日，在此之前，会同县上奏：所管辖的上下十八洞，总共十六里（的范围），只有洞口二里（的百姓）遵守法令，其余的蛮族百姓各自设立营寨栅栏，放置标枪、??（一种武器，具体形制不详）、刀、弩等武器抗拒命令，不缴纳赋税、服劳役，恐怕时间长了会发生变故，请求（朝廷准许）抓捕他们。于是命令湖广都司调派军队讨伐追捕。到这时，将所抓获的蛮民戴上刑具押送到京城，皇帝下诏宽宥他们，将他们发配到三万卫戍守。
癸卯日，有流星颜色为红色，从西南方的云层中升起，向南飞行，到云层里消失了。
任命五军都督府断事廖升为太常司左少卿，翰林院编修张显宗为太常司丞，左佥都御史辛彦德为詹事府詹事，每人赏赐一套衣服。
甲辰日，设置五军都督府照磨所。当初，五军都督府的文书都放在仓库里，没有官员专门掌管，大多导致混乱，所以特别设立照磨所来掌管这些文书。
命令吏部选拔三十岁以上的国子监学生，分别派到各个部门，练习处理政事，每月供给一石米，三个月后考核他们的勤勉与怠惰，能力强的提拔任用。
乙巳日，朝廷任命监察御史李文敏为四川按察使，张定为陕西按察使，王平为陕西按察副使，郑金保为广东按察使，耿贤为广东按察副使，张明为河南按察使，胡琏为山东按察使，丘野为山东按察副使，王冀为广西按察司副使，王仲和为福建按察使，齐鲁和刑部郎中曹瑾为福建按察副使。
戊申日。命令工部左侍郎孙显代理本部尚书的事务。
户部尚书郁新说：“海北的盐，过去是召商人到桂林交纳二石米、三贯钞，然后给他们一张盐引。当时米价低而盐价高，商人觉得有利可图，所以缴纳粮食换取盐引（凭证）的人很多。近来米价贵而盐价贱，即使多次张榜招募商人，他们也不来。现在应该降低盐价，每引盐一石，钞五贯。”听从了他的建议。
太子少保、兵部尚书退休官员唐铎进言说：前些日子运送广东的盐已经到达广西，应该召集商人到南丹、奉议、庆远卫的仓库，按照惯例缴纳粮食，用梧州所储存的盐给予补偿。原来规定桂林府交售的盐粮，应该暂时停止征收。皇帝听从了他的建议。
赐予辽东三万等卫负责监督查看屯田事务的指挥、千百户共八十二人八百二十锭钞币。
壬子日，月亮与火星在井宿合。
癸丑日，命令湖广布政使陈惟春重新任职。惟春，是山西人。起初因为才识谋略被推荐授予知府，后来改任试观察使，接着代理通政使司事务，升为湖广布政使。到现在任期已满，前往京城，皇帝命令他留任。
这个月，思明府知府黄广成派他的弟弟黄威佑向朝廷进献表章、贡马和地方特产。皇帝下诏赏赐威佑等人数量不等的钱钞。
秋七月初一，举行祭祀太庙的典礼。夜里，木星进入井宿。
戊午日，广西镇安府的土官岑志纲派遣他的堂兄岑武进献马匹和地方特产。在此之前，向武州的知州黄世铁侵占抢夺镇安、高寨等地，杀害掳掠那里的百姓和牛马。朝廷派兵平定了叛乱，把那个地方隶属于镇安，所以岑志纲进献表章入朝进贡谢恩。
己未日，广东惠州卫指挥丁振、王虎，潮州卫千户彭德兴，镇海卫千户吕仁下海巡寇，遇到贼寇时胆小怯懦，不立即进兵围剿捕捉，致使贼寇杀伤官军。事情被朝廷知道后，皇帝下令将他们全部诛杀。
庚申日。皇帝对身边的大臣说：“人之常情，对待自己优厚而对待别人刻薄，自己的行为有不善的地方，即使再大也会忍耐而不表露出来；别人的行为有过失，即使再小也不能容忍，也有过错在自己身上而埋怨别人的。像这样，这都是不明白事理所导致的。
只有明智的人对自己要求严格而对别人要求宽松，对自己要求严格，所以能够成就德行；对别人要求宽松，所以能减少怨恨。愚昧的人对自己要求低而对别人要求高，对自己要求低，所以德行就无法修养；对别人要求高，所以别人大多会怨恨他。”
癸亥日，监察御史蔡民玉巡视陕西后返回，说：‘各府州县的百姓因为要向边郡运输物资，路途遥远而苦于物资匮乏，应当在驿站附近有军民的地方设置仓库，命令各地民夫按照就近的路程依次传递运输，运到边卫后给军队使用，这样会更加方便。’听从了他（的话、建议等）。
丙寅日，皇上阅读《唐书》，读到宦官鱼朝恩依仗功劳玩忽职守，毫无忌惮之处时，对侍从的大臣说：“当时就是因为不应当让这类人掌管军事政务，所以（他们）才肆意残暴专横。”然在那个时候李辅国、程元振以及鱼朝恩这几个人，权势都极其盛大，唐代宗一下子就除掉了他们，就像孤单的幼鸟和腐烂的老鼠（那样容易）。
大体上，小人窃取权柄，如果君主能够下定决心除掉他们，又有什么困难的呢，只是在于果决还是不果决罢了。又说：‘东汉末年的时候，宦官虽然号称骄横放纵，但是还没有掌握兵权，所以凡是他们所做的事情，不过是假借君主的名义，来扰乱天下。’到了唐代，朝廷把兵权交给宦官，逐渐造成他们权势的强盛，以至于劫持天子，朝廷的废立掌握在他们手中。
大致说来这些宦官只配供人驱使，怎么能让他们担任重要官职，掌握权力，独断专行，作威作福呢？我深深地以过去的失误为鉴，身边的侍从除了让他们服侍我以外，重用的人也不过是让他们传递命令罢了。他们既然没有可以打动人的威福，怎么能造成祸患呢？但遇有罪，必罚无赦，彼自不敢骄纵也。
戊辰日这天夜里，太白星（金星）进入角宿（星官名）所在的天区。
己巳日，设置泰安卫指挥使司。当时监察御史裴承祖进言说：‘山东泰安州东边与泰山相接，西边连着五道岭，山脉连绵深远，逃亡的人大多聚集在那里，时常出来抢劫掠夺。应该在本州设置卫所，在五道岭设立巡检司来镇守这里。’皇帝下诏书听从了他的建议，于是下令在泰安州设立卫所。
朝廷派宦官到桂林等府购买耕牛，分发给南丹、奉议等卫所的屯田士兵。
丙子日，皇帝诏令在外未入流的官员陪祭时，都要穿祭服。在此之前，淮安盐城县儒学教谕王孟上书说：‘上朝时穿朝服，祭祀时穿祭服。’如今在外地，凡是祭祀山川等各路神灵，九品以上的流内官要穿上祭服，未入流的官员要穿上公服。然公服既于朝贺迎接诸礼用之，而又服以祀神，礼有未宜。且未入流官公服制之，自八品以下皆同，则祭服亦宜与之同。
皇帝认可了他的建议，下诏从今以后凡是没有进入流品的官员祭祀时都穿祭服，与九品官相同。
辰州麻阳县奏报，荒田四十四顷六十余亩，每年的租税五百七十余石无法征收。皇帝下令免去租税，把这些田地交给沅州、平溪两个卫所的士兵屯田耕种。
丁丑日，皇帝下令用钞币偿还水西、金筑、乌蒙马匹的价格。当初，朝廷的大军征讨云南，命令水西、金筑、乌蒙贡献马匹，用来供给军队使用。水西地区的马有一千多匹，金筑安抚司和乌蒙军民府的马各有五百匹。到这时朝廷命令给钱钞补偿他们，每匹马二十锭钞，总共给钞四万多锭。
在此之前，有朝鲜使者回国，到了辽东，辽东都司派百户夏质护送他们，约定只送到鸭绿江。使者于是引诱夏质渡过鸭绿江，到达义州，把他留在万户府好几天，然后才让他返回，还命令船夫将他沉入江中。到这时皇上听说了这件事，下敕令告知左军都督杨文，让他询问朝鲜，逮捕义州万户，审讯这件事的实际情况。
己卯日，赐给旗手等卫所的十九万九千一百多士兵三十九万八千二百匹棉布，八百四十斤明矾。
十八日。晋王朱?进献山西阳曲等县所产的嘉禾，一根茎上长着五个穗的有一棵，长着四个穗的有两棵，长着三个穗的有十二棵，长着两个穗的有二十一棵。
这个月，朝廷提升贵州都指挥同知顾成为右军都督府都督佥事。顾成，扬州江都人，从丙申年开始跟随皇帝渡江，多次升官，最后担任贵州都指挥同知，后来又征伐康佐西堡、狮子孔、白石崖等寨有功，所以升了现在的官职。
向天下颁布表笺的文式。在此之前，天下各官署进献的表章，大多追求奇特巧妙，文辞骈俪，皇帝非常厌恶，于是命令翰林院学士刘三吾、右春坊右赞善王俊华撰写庆贺谢恩表章的格式，颁布给天下各官署，命令他们遇到庆贺谢恩的事情，就按照格式抄录进献。
卫卒甲在江北牧马，遇到乙，两人发生了争执，乙用砖头将甲砸倒在地。甲的儿子当时年纪还小，拿着农具站在一旁，就用农具把乙打死了。乙家向官府告状，甲的儿子被逮捕，刑部尚书夏时上奏应该判处绞刑。皇帝说：“这就错了。当他父亲被打伤时，他只知道去照顾父亲，怎么会知道有法律呢？况其幼无识，情可矜，宜减死论。
八月丙戌初一。
丁亥日，派遣官员到先师孔子庙举行释奠之礼。兰州卫指挥佥事徐遵等人因为父亲和祖母都因病去世，上奏请求将他们的灵柩送回老家埋葬。朝廷商议认为徐遵等人在边境地区任职守边，按照惯例不能够归葬故乡。皇帝说：“这是做人儿子的大事，不能因为公义而废弃他的私恩。”皇帝批准了他的奏章。
戊子日，祭祀大社大稷。钦天监上奏说：“近年来井宿东边偏北第二颗星黯淡细小，并且聚集在一起，不整齐排列。”
庚寅日，朝廷派遣官员祭祀历代帝王。设置开平左卫、右卫、前卫、后卫四个屯卫指挥使司。当初，朝廷下诏设立开平中屯卫，到这时，北平都指挥使司上奏说：‘已经在沙峪设立了中屯卫，现在商议在七合营设立左屯卫，在军台设立右屯卫，在偏岭设立前屯卫，在石塔设立后屯卫。’都听从了他的建议。
辛卯日。祭祀太岁、风云、雷雨、五岳、五镇、四海、四渎、山川、月将、城隍诸神。
派遣官员祭祀旗纛神。
广西庆远府思恩县的山贼发动叛乱，攻打劫掠县城，朝廷命令广西都司调发军队讨伐平定他们。
二十六日，夜间，月亮侵犯了罗堰下星。
丁酉日，命令大理寺右寺丞夏恕代理刑部尚书的事务。
辛丑日，贵州宣慰使安的进献马匹谢恩。因为安的母亲去世，朝廷派使者来祭奠的缘故。
贵州都指挥使司说：“近来发兵讨伐清水江作乱的蛮民，只有贼首金牌黄还没有抓到。现在查明匿土官藏在宣慰使宋诚家里，宋诚没有将他逮捕送官，请求将宋诚一同治罪。”
皇上说：“蛮夷之人，像鸱鸮一样张狂，像老鼠一样蛰伏，这是他们的常态。现在既然他害怕获罪，藏起来不敢露面，就不要再追究了。”
于是搁置了他的奏疏。
丙午日，乌蒙军民府知府实哲进献马匹和毡衫。
夜里，有颗流星像鸡蛋般大小，呈青白色，从羽林军那开始向南飞行，到接近地面时消失。
月亮进入井宿。
丁未日，朝廷免除太平等五府的田租。诏书说：‘朕平定天下之初，军队和国家的需求，都从太平、宁国、应天、广德、镇江这五个府的州县取得供给。朕既然富有天下，就想与你们百姓共享安康，然而朕还是担心朕的恩泽还没有普及，百姓的压力还没有缓解，所以朕决定减免今年官田和民田的租税，以表达朕对你们的慰劳。’
己酉日，礼部尚书门克新去世。门克新，是巩昌秦州人。为人宽厚平和，容易相处。开始担任本州儒学的训导（官职），洪武二十六年，任期届满来到朝廷（述职）。当时天下入京朝见君主的学官，都被命令陪侍朝堂，（皇上）有时考较（他们的）文章辞赋，询问经史（知识）以及民间政事的得失，在列的人大多回答不符合皇上旨意，只有门克新陈述奏对明快耿直，皇上非常器重他。
当时绍兴府儒学教授王俊华也因为擅长写文章而符合皇帝的旨意，于是被提拔为右春坊右赞善，克新被提拔为左春坊左赞善，后来又被提拔为现在的官职。不久，（他）因为生病请求休假，（皇帝）命令太医供给他药物，不停止他的俸禄。不久病重，于是去世。皇上悲叹悼念，派遣官员去祭奠他，命令有关部门护送灵柩回乡安葬。
庚戌日。把六部的各个属部改设为清吏司。皇上认为六部所属的各司都称为部，混淆不清，所以想给它们改个名字，同时也有告诫勉励的意思。
凡是各所属部门都叫做清吏司，更改名称的有十三个：吏部下属的选部改为文选清吏司，司封部改为验封清吏司，司勋部改为稽勋清吏司；礼部下属的仪部改为仪制清吏司，祠部改为祠祭清吏司，膳部改为精膳清吏司；兵部下属的司马部改为武选清吏司，驾部改为车驾清吏司，库部改为武库清吏司；工部下属的营部改为营缮清吏司，屯部改为屯田清吏司，水部改为都水清吏司，虞部改为虞衡清吏司。
户部、刑部的十二个清吏司，吏部的考功司、礼部的主客司、兵部的职方司，名称都没有改变，只是将部改为清吏司。
皇帝下诏让朝中大臣重新商议诸王拜谒东宫的礼仪，礼官建议：诸王前来朝见，身穿冕服拜谒天子完毕，然后再去拜谒东宫，已经有了固定的礼仪，其家人相见之礼，诸王与太子都身穿常服。
引导礼仪的官员请襄王从文华殿东门进入，到后殿，襄王面向西坐，太子面向东坐。赞礼官唱赞行四拜礼，亲王坐下，接受相见的礼仪完毕后，按位次就座，太子坐在正中间面向南，各亲王排列在东西两侧。奏章呈上后，皇帝听从了他的建议。当时各位藩王都是太子的叔父，所以才会有这样的议论。
壬子日，桂阳县知县周德甫说：“桂阳山口是各蛮族的要害之地，应该派兵戍守。”于是朝廷命令茶陵、郴州、桂阳三卫各自调遣一千名士兵，修建城堡来镇守此地。
癸丑这一天，太白星（金星）侵犯心宿（天蝎座）中的星。贵州都指挥使程暹等人前来朝廷恭贺皇帝寿辰，并献上马匹。
这个月，将右都御史来恭降职为刑部右侍郎。
又赐给旗手等卫军士二十一万七千七百多人，六十四万一千七百多匹布绢。
《大明太祖圣神文武钦明启运俊德成功统天大孝高皇帝实录》卷二百四十六。