晋纪三十七
公元409年，春季，正月初一（庚寅朔），南燕君主慕容超举行朝会，会见文武百官，他感叹宫廷音乐机构“太乐”不够完备，便提议掳掠东晋百姓来补充乐工和舞伎。领军将军韩卓劝谏道：“先帝（慕容德）当年因旧都（长安、邺城）沦陷，才在三齐之地休养生息、积蓄力量。陛下如今不招揽贤才、让百姓休养生息，反而等待北魏出现可乘之机以恢复先祖基业，却要去侵犯掠夺南方邻国，增加仇敌，这怎么可行！”慕容超说：“我的计策已经定了，不必再和你争论。”
正月初二（辛卯），东晋实行大赦。
正月二十一（庚戌），东晋任命刘毅为卫将军、开府仪同三司（古代高级官衔，可开设府署、配备僚属，待遇同三公）。刘毅爱惜人才、喜好名士，当时的名流几乎都聚集到他门下，唯独扬州主簿、吴郡人张邵不去。有人问他原因，张邵说：“主公（指刘裕）是当今天下的豪杰，（我追随他就够了），何必再去依附别人！”
后秦王姚兴派遣他的弟弟、平北将军姚冲，以及征虏将军狄伯支等人，率领四万骑兵攻打夏王赫连勃勃。姚冲抵达岭北（今陕西礼泉以北）后，暗中谋划回军袭击长安，因狄伯支坚决反对才作罢；随后姚冲用毒酒杀死狄伯支以灭口。
后秦王姚兴派遣使者，册封谯纵为大都督、相国、蜀王，加授“九锡”（古代帝王赐给诸侯、大臣的九种礼器，象征特殊荣宠，常为篡权前奏），允许他按照帝王规格自行任命官员，礼仪制度完全参照君王。
二月，南燕将领慕容兴宗、斛谷提、公孙归等人率领骑兵侵犯东晋的宿豫（今江苏宿迁），攻陷城池后大肆劫掠，挑选两千五百名男女百姓交给太乐机构，教授他们音乐歌舞。公孙归是公孙五楼的兄长。当时，公孙五楼担任侍中、尚书，兼任左卫将军，独揽朝政大权，他的宗族亲信都身居要职，朝廷内外的王公大臣没有不畏惧他的。南燕君主慕容超论功行赏，将斛谷提等人封为郡公或县公。桂林王慕容镇劝谏说：“这几个人，使百姓劳苦、军队疲惫，又给国家结下仇敌，有什么功劳能受封爵位？”慕容超发怒，没有回应。尚书都令史王俨谄媚依附公孙五楼，近年来多次升迁，官至左丞。国民为此编了句谚语：“想封侯，找五楼。”慕容超又派遣公孙归等人侵犯济南，俘虏一千多名男女百姓后离去。从彭城（今江苏徐州）往南，东晋百姓都修筑堡垒聚集起来自卫。朝廷下诏，命并州刺史刘道怜镇守淮阴（今江苏淮安），防备南燕入侵。
西秦的乞伏炽磐前往上邽（今甘肃天水）拜见后秦的太原公姚懿，西秦的彭奚念趁机率军袭击乞伏炽磐的领地。乞伏炽磐得知消息后大怒，没向姚懿辞行就急忙返回，率军迎击彭奚念，并将其击败，随后包围了枹罕（今甘肃临夏）。乞伏炽磐的父亲乞伏乾归当时正跟随姚兴在平凉（今甘肃平凉）；乞伏炽磐攻克枹罕后，便立即派人通知乞伏乾归，乞伏乾归趁机逃回苑川（今甘肃榆中）。
冯翊（今陕西大荔）人刘厥聚集数千人，占据万年（今陕西西安）发动叛乱，后秦太子姚泓派遣镇军将军彭白狼率领东宫禁军讨伐，斩杀刘厥，赦免了他的残余党羽。将领们请求发布“露布”（古代捷报，不封口，让众人知晓），上奏表炫耀斩杀的敌兵首级数量。姚泓不同意，说：“主上（姚兴）把国家后事托付给我，我却不能阻止叛乱，本应自责请罪，怎敢夸耀功劳、妄自尊大！”
后秦王姚兴从平凉前往朝那（今宁夏彭阳），得知姚冲谋反的阴谋后，赐姚冲自杀。
三月，刘裕上奏朝廷，请求讨伐南燕，朝中大臣大多认为不可行，只有左仆射孟昶、车骑司马谢裕、参军臧熹认为一定能攻克，劝说刘裕出征。刘裕任命孟昶为监中军留府事（监管中军府留守事务），负责后方事务。谢裕是谢安的兄长谢奕的孙子。
当初，前秦苻氏政权灭亡时，王猛的孙子王镇恶前来投奔东晋，被任命为临澧（今湖南临澧）县令。王镇恶不擅长骑马射箭，拉弓力气很小，但富有谋略，处事果断，喜欢谈论军国大事。有人向刘裕推荐王镇恶，刘裕和他交谈后对他十分赏识，便留他过夜。第二天早晨，刘裕对部下参谋说：“我听说‘将门出将’，王镇恶确实是这样的人。”当即任命他为中军参军。
接着，恒山（今河北恒山）发生山崩。
夏季，四月，乞伏乾归前往枹罕，留下长子乞伏炽磐镇守，同时收拢部众，得到两万人，将都城迁到度坚山（今甘肃靖远）。
此时，雷电击中了北魏的天安殿东厢房。北魏君主拓跋珪对此十分厌恶，便命令左校署用冲车撞击东、西厢房，将它们全部毁坏。起初，拓跋珪服用“寒食散”（古代一种丹药，服用后身体发热，需寒食散热，长期服用会导致精神错乱），时间一长药性发作，性情变得暴躁不安，喜怒无常，到这时愈发严重了。加上当时灾异多次出现，占卜的人大多说会有身边的人发动紧急叛乱。拓跋珪忧虑烦闷，有时几天不吃饭，有时整夜不睡觉，反复回想自己一生的成败得失，常常自言自语不停。他怀疑大臣和身边侍从都不可信，每当文武百官上前奏事时，他总会记起对方过去的过错，随即下令将其处死；其他大臣有的因脸色变化、有的因呼吸不匀、有的因走路姿势不对、有的因言辞稍有差错，都被他认为是心怀恶意、从外表显露出来，往往亲手将他们击杀，死者的尸体都陈列在天安殿前。朝廷官员人人自危，只求能勉强免于一死，没人敢相互监督管理；盗贼公然横行，街巷之中行人稀少。拓跋珪也知道这种情况，却说道：“我故意放纵这种局面，等度过这个灾年，再重新整顿治理。”当时，大臣们都害怕获罪，大多不敢接近拓跋珪，只有着作郎崔浩恭敬勤勉、毫不懈怠，有时甚至整天不回家。崔浩是吏部尚书崔宏的儿子。崔宏从未违背过拓跋珪的旨意，也不刻意谄媚，因此崔宏父子唯独没有被治罪。
此时，夏王刘勃勃率领两万骑兵攻打后秦，掳掠平凉地区的七千多户少数民族百姓，进军屯驻在依力川（今甘肃平凉附近）。
四月十一（己巳），刘裕从建康（今江苏南京）出发，率领水军从淮河进入泗水。五月，抵达下邳（今江苏邳州），留下船只和军用物资，率领军队步行前进到琅邪（今山东临沂）。所经过的地方都修筑城池，留下士兵守卫。有人对刘裕说：“燕人如果封锁大岘山（今山东临朐西南，为险要关口）的险要地势，或者加固壁垒、清空田野（转移物资、销毁粮食，让敌军无补给），我军深入敌后，不仅无法建功，还可能无法返回，该怎么办？”刘裕说：“我已经考虑得很周全了。鲜卑人生性贪婪，没有长远打算，前进时只想着掳掠财物，后退时又舍不得田里的庄稼，他们认为我军孤军深入，不能持久作战，最多只会前进占据临朐（今山东临朐），后退坚守广固（今山东青州，南燕都城），一定不会据守险要、清空田野，我敢向各位保证这一点。”
南燕君主慕容超得知东晋军队前来，便召集大臣商议对策。征虏将军公孙五楼说：“吴军（指东晋军队，因东晋定都江南，古代常称江南为吴地）轻便果断，擅长速战速决，不能和他们正面交锋。上策是据守大岘山，阻止他们进入境内，拖延时间，消磨他们的锐气，然后再挑选两千精锐骑兵，沿着海边南下，切断他们的粮道；另外命令段晖率领兖州的军队，沿着山地向东进军，前后夹击敌军。中策是命令各地守将凭借险要地势各自坚守，除了留下必要的物资储备，其余全部烧毁，铲除田间的庄稼，让敌军没有物资可掠夺，他们孤军深入、没有粮食，想作战又找不到对手，一个月之内就能坐等他们被制服。下策是放纵敌军进入大岘山，然后出城迎战。”慕容超说：“今年岁星（木星）位于齐地（南燕疆域主要在古齐地），从天道推算，我们不用作战就能战胜敌军。从双方形势来看，他们远道而来，士兵疲惫，势必不能长久作战。我们占据五州之地（南燕自称拥有青、徐、兖、幽、并五州），拥有富庶的百姓，数万精锐骑兵，田野里到处都是成熟的麦子，为什么要铲除庄稼、迁徙百姓，削弱自己的力量呢！不如放纵他们进入大岘山，再用精锐骑兵冲击他们，还怕不能战胜吗！”辅国将军、广宁王贺赖卢苦苦劝谏，慕容超不听，贺赖卢退下后对公孙五楼说：“如果一定要这样做，亡国就没几天了！”太尉、桂林王慕容镇说：“陛下如果认为骑兵适合在平原作战，就应该出兵大岘山迎战，就算战败，还能退守；不应该放纵敌军进入大岘山，自己放弃险要地势。”慕容超还是不听。慕容镇退出后，对韩卓说：“主上既不能迎击敌军、击退敌人，又不肯迁徙百姓、清空田野，反而让敌军深入腹地，坐等被包围攻打，太像当年的刘璋（东汉末年益州牧，因懦弱无能，最终投降刘备）了。今年国家灭亡，我一定会死。你是中原人士，到时又要像百越人那样在身上刺花纹（指被迫接受异族统治）了。”慕容超得知后大怒，立即下令将慕容镇逮捕入狱。随后，慕容超调集莒城（今山东莒县）、梁父（今山东泰安）的守军，修缮城池、训练士兵战马，等待东晋军队。
刘裕率军通过大岘山，南燕军队果然没有出兵阻拦。刘裕举起手指着天空，脸上露出喜悦的神情。身边的人问：“您还没见到敌军就先高兴，这是为什么呢？”刘裕说：“军队已经通过险要关口，士兵们就有了必死的决心；田野里还有未收割的庄稼，我们没有粮草匮乏的担忧。敌人已经落入我的手掌心了。”六月十二（己巳），刘裕率军抵达东莞（今山东沂水，非今广东东莞）。慕容超此前已派遣公孙五楼、贺赖卢以及左将军段晖等人，率领五万步兵骑兵屯驻在临朐；得知东晋军队进入大岘山后，慕容超亲自率领四万步兵骑兵前往临朐与他们会合，同时让公孙五楼率领骑兵进军占据巨蔑水（今山东弥河）。东晋前锋将领孟龙符率军与公孙五楼交战，将其击败，公孙五楼逃走。刘裕命令士兵用四千辆战车组成左右两翼，并排缓慢前进，与南燕军队在临朐以南展开激战，一直打到傍晚（日向昃），胜负还未分晓。参军胡籓对刘裕说：“燕军把全部兵力都投入战场，临朐城中的守军一定很少，我请求率领一支奇兵从小路夺取临朐城，这就像当年韩信击败赵国的‘背水一战’之计（韩信率军出井陉口，先派兵袭取赵军大营，前后夹击获胜）。”刘裕派遣胡籓以及谘议参军檀韶、建威将军河内人向弥，暗中率领军队绕到燕军后方，进攻临朐，同时故意宣称是从海路赶来的轻装部队。向弥身穿铠甲，率先登上城墙，最终攻克临朐。慕容超大惊失色，独自骑马逃到城南，投奔段晖。刘裕趁机指挥大军奋勇进攻，燕军大败，斩杀段晖等十多名大将，慕容超逃回广固，东晋军队缴获了南燕的玉玺、皇帝车驾以及象征皇权的豹尾。刘裕乘胜追击，抵达广固，六月十九（丙子），攻克广固外城，慕容超收拢残余部众退守内城。刘裕下令修筑长墙包围内城，墙高三丈，挖掘三道壕沟；同时安抚接纳投降的燕人，选拔任用有才能的人，汉族人和少数民族人都十分高兴。于是，东晋军队依靠齐地的粮食储备，停止了从长江、淮河一带的漕运。
慕容超派遣尚书郎张纲前往后秦请求援军，同时赦免桂林王慕容镇，任命他为录尚书、都督中外诸军事，召见他并向他道歉，还询问对策。慕容镇说：“百姓的心意，都寄托在陛下一人身上。如今陛下亲自率领大军，却战败逃回，大臣们离心离德，士兵百姓士气低落。听说后秦自身也有内患（指赫连勃勃的威胁），恐怕没有空闲分兵救援我们。现在逃回来的散兵还有几万人，应该拿出全部金银布帛来犒赏他们，再和东晋军队决一死战。如果上天保佑我们，就一定能击败敌军；如果不能，战死也是件壮烈的事，比关起城门坐等灭亡要强得多！”司徒、乐浪王慕容惠说：“不对。晋军乘胜而来，气势百倍，我们用战败的士兵去抵挡他们，不是太难了吗！后秦虽然和赫连勃勃相持不下，但还不足以成为大患；而且后秦和我们分别占据中原，形势如同唇齿相依，他们怎么会不来救援呢！只是不派遣大臣去请求，就得不到重兵支援，尚书令韩范深受后秦和我国的重视，应该派他去请求援军。”慕容超听从了他的建议。
秋季，七月，东晋朝廷加授刘裕北青、冀二州刺史职务。
南燕尚书、略阳人垣尊，以及他的弟弟、京兆太守垣苗，翻越城墙前来投降刘裕，刘裕任命他们为行参军。垣尊、垣苗都是慕容超信任重用的核心亲信。
有人对刘裕说：“张纲有精巧的构思，如果能让他制造攻城器械，广固一定能攻克。”恰逢张纲从长安（后秦都城）返回南燕，太山太守申宣抓获张纲，将他送到刘裕军中。刘裕让张纲登上楼车（古代观察敌情或攻城的高台战车），命令他绕着广固城呼喊：“赫连勃勃大败后秦军，后秦没有兵力来救援你们了！”城中南燕军民听闻后，无不惊慌失色。每当江南（东晋）派兵或派遣使者抵达广固前线，刘裕总会暗中派兵在夜间迎接，第二天再让军队举着旗帜、敲着战鼓浩浩荡荡而来；北方地区的百姓拿着武器、背着粮食归附刘裕的，每天有上千人。东晋对广固的包围愈发严密，南燕大臣张华、封恺都被刘裕俘获，慕容超请求割让大岘山以南的土地，向东晋称臣，刘裕没有同意。
后秦王姚兴派遣使者对刘裕说：“慕容氏与我们是相邻的友好国家，如今晋军攻打他们紧急，秦国已派遣十万精锐骑兵屯驻洛阳；如果晋军不撤军，我们就长驱直入进攻晋军。”刘裕叫来后秦使者，对他说：“回去告诉姚兴：我攻克南燕之后，会休整军队三年，然后进军夺取关中、洛阳。现在他要是敢自己送上门来，就尽管放马过来！”刘穆之听说后秦使者来访，便急忙骑马赶来见刘裕，但使者已经离开。刘裕把自己对使者说的话告诉刘穆之，刘穆之责备他说：“平时无论大事小事，你都会和我商量，这件事本该仔细谋划，怎么能仓促回答！这番话不仅不足以威慑敌人，反而会激怒他们。如果广固还没攻克，羌人（指后秦）的军队突然赶到，不知道你该如何应对？”刘裕笑着说：“这是军事机密，不是你能理解的，所以没和你商量。用兵贵在神速，如果姚兴真的能赶来救援，肯定会害怕我们知道，怎么会先派使者来，故意说这种话！这不过是他虚张声势的言辞罢了。晋军很久没有大规模出兵了，姚兴看到我们讨伐南燕，心里已经开始畏惧，自保都来不及，怎么还能救援别人呢！”
西秦的乞伏乾归重新登上秦王之位，实行大赦，改年号为“更始”，文武百官从公卿以下，都恢复原来的职位。
慕容氏家族在北魏境内的有一百多家，他们谋划逃离北魏，北魏君主拓跋珪将他们全部处死。
当初，北魏太尉穆崇和卫王拓跋仪曾埋伏士兵，谋划刺杀拓跋珪，最终没有成功；拓跋珪爱惜穆崇、拓跋仪的功劳，便将此事隐瞒下来，没有追究他们的责任。等到拓跋珪患病后，诛杀了很多大臣，拓跋仪因担心自己被治罪而逃奔，最终被追兵抓获。八月，拓跋珪赐拓跋仪自杀。
接着，南燕的封融前往刘裕军中投降。
九月，东晋朝廷加授刘裕太尉官职，刘裕坚决推辞。
后秦王姚兴亲自率领军队攻打夏王刘勃勃，抵达贰城（今陕西黄陵西北），派遣安远将军姚详等人分别监督粮草运输。刘勃勃趁后秦军后方空虚，突然率军来袭，姚兴十分畏惧，想轻装骑马前往姚详的军营。右仆射韦华说：“如果陛下的车驾一动，军心就会恐慌，军队必定不战自溃，而且不一定能赶到姚详的军营。”姚兴率军与刘勃勃交战，后秦军大败，将军姚榆生被刘勃勃擒获；左将军姚文宗等人奋力作战，刘勃勃才率军撤退，姚兴返回长安。随后，刘勃勃又攻打后秦的敕奇堡、黄石固、我罗城，全部攻克，将七千多户百姓迁徙到大城（今内蒙古杭锦旗东南），任命他的丞相右地代兼任幽州牧，镇守大城。
起初，姚兴派遣卫将军姚强率领一万步兵骑兵，跟随韩范前往洛阳与姚绍会合，联合兵力救援南燕；等到姚兴被刘勃勃击败后，就追回姚强的军队，让他们返回长安。韩范叹息说：“上天要灭亡燕国了！”南燕尚书张俊从长安返回，投降刘裕，趁机对刘裕说：“燕人所倚仗的，是认为韩范一定能请来后秦援军，现在如果能让韩范现身，让燕人看到他，南燕必定会投降。”刘裕于是上奏朝廷，推荐韩范为散骑常侍，同时写信招降韩范。南燕长水校尉王蒲劝说韩范逃往后秦，韩范说：“刘裕从平民起家，消灭桓玄，恢复晋朝宗室的统治；如今他出兵讨伐南燕，所到之处南燕军队崩溃，这恐怕是上天授予他的使命，不是人力能阻挡的。南燕灭亡后，后秦就是下一个目标，我不能再遭受亡国的屈辱。”于是韩范投降刘裕。刘裕带着韩范绕着广固城巡视，城中南燕军民的人心愈发离散沮丧。有人劝说慕容超诛杀韩范的家人，慕容超因韩范的弟弟韩卓对自己忠心不二，就赦免了韩范的全家。
冬季，十月，南燕的段宏从北魏逃奔到刘裕军中。
张纲为刘裕制造攻城器械，用尽各种精巧的设计。慕容超大怒，将张纲的母亲悬挂在城墙上，把她肢解处死。
这时，西秦王乞伏乾归立夫人边氏为王后，立世子乞伏炽磐为太子，同时任命乞伏炽磐都督中外诸军事、录尚书事。任命屋引破光为河州刺史，镇守枹罕；任命南安人焦遗为太子太师，让他参与谋划军国大事。乞伏乾归说：“焦先生不只是有名的儒生，更是能辅佐帝王的人才。”他对乞伏炽磐说：“你对待焦先生，应当像对待我一样恭敬。”乞伏炽磐在焦遗的床前下拜行礼。焦遗的儿子焦华极其孝顺，乞伏乾归想把女儿嫁给他，焦华推辞说：“凡是娶妻的人，都是想和妻子一起侍奉父母。如今大王的女儿身份尊贵，下嫁给我这样的平民，实在不是合适的匹配，我担心自己无法承担家务，这不是我所愿的。”乞伏乾归说：“你的品行，是古人才能有的，我的女儿配不上你，不能勉强你。”于是任命焦华为尚书民部郎。
北燕王高云（后燕慕容宝养子，后改高姓）因自己没有功劳德行却身居高位，内心怀有不安和恐惧，常常豢养壮士作为自己的心腹亲信。他的宠臣离班、桃仁专门掌管宫廷禁军，高云赏赐给他们的财物数以万计，衣食起居都和他们在一起，但离班、桃仁的欲望始终没有满足，仍然心怀怨恨。十月戊辰日，高云在东堂上朝，离班、桃仁怀里藏着剑、手里拿着文书进入东堂，声称有事情启奏。离班突然抽出剑袭击高云，高云用案几抵挡；桃仁从旁边夹击高云，将他杀死。
随后，冯跋登上洪光门观察局势变化，帐下督张泰、李桑对冯跋说：“这两个小子能有什么作为，请让我们为您斩杀他们！”于是二人拔剑冲下城门，李桑在西门斩杀离班，张泰在庭院中杀死桃仁。大臣们推举冯跋为主君，冯跋把位置让给弟弟范阳公冯素弗，冯素弗不同意。冯跋于是在昌黎（今辽宁义县）登上天王之位，实行大赦，下诏书说：“陈氏取代姜氏（指战国时田氏代齐，田氏先祖为陈氏），没有改变‘齐’的国号。我们应当沿用‘燕’的国号。”改年号为“太平”，追谥高云为惠懿皇帝。冯跋尊奉母亲张氏为太后，立妻子孙氏为王后，立儿子冯永为太子；任命范阳公冯素弗为车骑大将军、录尚书事，孙护为尚书令，张兴为左仆射，汲郡公冯弘为右仆射，广川公冯万泥为幽、平二州牧，上谷公冯乳陈为并、青二州牧。冯素弗年轻时豪爽侠义、行为放荡，曾向尚书左丞韩业求婚，韩业拒绝了他。等到冯素弗成为宰相后，对待韩业却更加优厚。他喜欢提拔出身名门旧族的人才，自身谦恭节俭，以身作则，文武百官都敬畏他，议论朝政的人都称赞他有宰相的气度。
北魏君主拓跋珪准备立齐王拓跋嗣为太子。按照北魏旧例，凡是立继承人，总要先杀死继承人的母亲，于是拓跋珪赐拓跋嗣的母亲刘贵人自杀。拓跋珪召见拓跋嗣，对他说：“汉武帝杀死钩弋夫人，是为了防止太后干预朝政、外戚作乱。你将要继承皇位，我特意效仿古人，这是为国家长远考虑。”拓跋嗣生性孝顺，悲痛哭泣不止。拓跋珪对他发怒。拓跋嗣返回住处后，日夜痛哭，拓跋珪知道后，便再次召见他。身边的人对拓跋嗣说：“皇上非常愤怒，你要是进去，后果难以预料，不如暂时躲避一下，等皇上怒气平息后再进去。”拓跋嗣于是逃到外面躲藏起来，只有帐下侍从代人车路头、京兆人王洛儿两人跟随他。
当初，拓跋珪前往贺兰部时，看到献明贺太后的妹妹容貌美丽，就对贺太后说，想娶她为妻。贺太后说：“不行。她太美丽了，一定会带来不好的结果，而且她已经有丈夫，不能强夺。”拓跋珪听后，便在暗中派人杀死她的丈夫，然后娶她为妻，生下清河王拓跋绍。拓跋绍凶狠残暴、品行无赖，喜欢在街巷里闲逛，抢劫行人取乐。拓跋珪曾愤怒地把他倒悬在井中，直到他快要死去时，才把他拉上来。齐王拓跋嗣多次教导责备拓跋绍，拓跋绍因此与拓跋嗣关系不和。
紧接着，拓跋珪斥责贺夫人，将她囚禁起来，准备杀死她。恰逢天色已晚，未能处决。贺夫人暗中派人告诉拓跋绍说：“你怎么救我？”拓跋珪平时残忍暴虐，身边的人都心怀恐惧。当时拓跋绍十六岁，深夜，他与帐下侍从以及宫中宦官、宫女几人合谋，翻墙进入皇宫，抵达天安殿。身边的侍从呼喊：“有贼寇！”拓跋珪惊慌起身，想找弓箭刀剑却没找到，最终被拓跋绍杀死。
十月己巳日，皇宫的大门直到中午还没打开。拓跋绍假传诏书，召集文武百官到端门前，让他们面向北方站立。拓跋绍从宫门的门缝中对百官说：“我有叔父，也有兄长，你们想跟随谁？”众人惊愕失色，没有人敢回答。过了很久，南平公长孙嵩说：“我们跟随大王（指拓跋绍）。”众人这才知道拓跋珪已经去世，但不知道其中的缘故，都不敢出声，只有阴平公拓跋烈大哭着离开。拓跋烈是拓跋仪的弟弟。于是朝廷内外人心惶惶，人人都有不同的想法。肥如侯贺护在安阳城（今河北阳原东南）北点燃烽火，贺兰部的人都前往投奔他，其他各部也各自聚集兵马。拓跋绍听说人心不安，便拿出大量布帛赏赐王公以下官员，只有崔宏不肯接受。
齐王拓跋嗣听说皇宫发生变故，就从外面返回，白天躲藏在山中，晚上住在王洛儿家。王洛儿的邻居李道暗中供给拓跋嗣饮食，民间渐渐有人知道拓跋嗣的下落，都高兴地相互转告；拓跋绍听说后，便下令抓获李道，将他处死。拓跋绍招募人寻找拓跋嗣，想杀死他。猎郎叔孙俊和北魏宗室旁支拓跋磨浑，自称知道拓跋嗣的藏身之处，拓跋绍派帐下两名侍从跟随他们前去寻找；叔孙俊、拓跋磨浑出门后，立即抓住这两名侍从，前往拜见拓跋嗣，并将他们斩杀。叔孙俊是叔孙建的儿子。王洛儿为拓跋嗣往返平城（北魏都城，今山西大同），与大臣们联系，深夜，他把情况告诉安远将军安同等人。大臣们听说后，纷纷响应，争相出城迎接拓跋嗣。拓跋嗣抵达平城城西，卫士们抓住拓跋绍，把他送到拓跋嗣面前。拓跋嗣杀死拓跋绍和他的母亲贺氏，同时诛杀拓跋绍的帐下侍从以及宫中为他做内应的宦官、宫女十多人。其中最先动手杀害拓跋珪的人，大臣们把他切成肉块吃掉。
十月壬申日，拓跋嗣登上皇帝位，实行大赦，改年号为“永兴”。追尊刘贵人为宣穆皇后，凡是此前被罢免回家、不参与朝政的公卿大臣，都被召回任用。拓跋嗣下诏，命长孙嵩与北新侯安同、山阳侯奚斤、白马侯崔宏、元城侯拓跋屈等八人，坐在止车门右侧，共同处理朝政，当时的人称之为“八公”。拓跋屈是拓跋磨浑的父亲。拓跋嗣因尚书燕凤曾侍奉过代国君主拓跋什翼犍（拓跋珪祖父），就让他和都坐大官封懿等人入宫，陪伴自己讲论经书，出宫参与商议朝政。任命王洛儿、车路头为散骑常侍，叔孙俊为卫将军，拓跋磨浑为尚书，都赐予郡公或县公的爵位。拓跋嗣询问旧臣中哪些人是先帝拓跋珪的亲信，王洛儿提到李先。拓跋嗣召见李先，问他：“你凭借什么才能、什么功劳，被先帝看重？”李先回答：“我没有才能，也没有功劳，只是因为忠诚正直，才被先帝看重。”拓跋嗣下诏任命李先为安东将军，让他经常住在宫中，随时准备回答自己的询问。朱提王拓跋悦是拓跋虔的儿子，他犯了罪，内心既自责又恐惧。闰十一月丁亥日，拓跋悦怀揣匕首入宫侍奉拓跋嗣，准备发动叛乱。叔孙俊察觉他的举止异常，伸手拉住他，搜查他的怀中，找到匕首，于是杀死拓跋悦。
十二月乙巳日，太白星（金星）侵犯虚宿、危宿（古代天文术语，认为是天象异常，可能预示灾祸）。南燕灵台令（掌管天文历法的官员）张光劝说慕容超出城投降，慕容超亲手杀死张光。
接着，柔然（古代北方游牧民族）侵犯北魏。
公元410年，春季，正月初一（甲寅朔），南燕君主慕容超登上广固城的天门，在城墙上朝见文武百官。正月初二（乙卯），慕容超和宠妃魏夫人登上城墙，看到东晋军队兵力强盛，两人握手相对而哭。韩卓劝谏说：“陛下正遭遇危难，应当努力自强，来鼓舞士兵和百姓的斗志，怎么反而像小儿女一样哭泣呢！”慕容超擦去眼泪，向韩卓道歉。尚书令董铣劝说慕容超出降，慕容超发怒，将他囚禁起来。
接着，北魏长孙嵩率领军队讨伐柔然。
北魏君主拓跋嗣因郡县中的豪强地主大多成为百姓的祸患，便用优待的诏书征召他们入朝。百姓留恋故土，不愿迁往京城，地方官吏强迫他们迁徙，于是一些无赖少年逃亡聚集，各地盗贼纷纷兴起。拓跋嗣召集“八公”商议此事，说：“我想为百姓铲除祸害，可地方官吏却不能安抚，反而让局势混乱。现在犯法的人已经很多，不能全部诛杀，我想实行大赦来安定他们，怎么样？”元城侯拓跋屈说：“百姓逃亡做盗贼，不惩处却赦免他们，这是君主反过来向臣下妥协，不如诛杀首恶，赦免其余党羽。”崔宏说：“圣明的君主治理百姓，只以安定为要务，不会和百姓争胜负。大赦虽然不是常规做法，但可以灵活变通。拓跋屈想先诛杀再赦免，关键是这两种做法都无法消除隐患，不如一次大赦就平定局势！如果赦免后还有人不服从，再诛杀也不晚。”拓跋嗣听从了崔宏的建议。二月初一（癸未朔），拓跋嗣派遣将军于栗磾率领一万骑兵讨伐不服从命令的人，所到之处都被平定。
南燕的贺赖卢、公孙五楼挖地道出击东晋军队，但没能击退晋军。广固城长期关闭，城中男女百姓有一大半患上脚病，身体虚弱，出城投降的人接连不断。慕容超乘坐辇车登上城墙，尚书悦寿劝说慕容超：“如今上天帮助敌军作恶，战士疲惫憔悴，我们独自坚守这座孤城，又没有外援的希望，天时人事已经很清楚了。如果国运已尽，即便是尧、舜也会退位，陛下难道不考虑变通的办法吗！”慕容超叹息说：“国家的兴亡是天命。我宁愿拔剑战死，也不会双手反绑投降求生！”
二月初五（丁亥），刘裕率领全部兵力攻城。有人说：“今天是‘往亡日’（古代认为不吉利的日子），不利于出兵。”刘裕说：“我们前往，他们灭亡，有什么不吉利的！”晋军从四面猛攻广固城。悦寿打开城门，迎接晋军入城，慕容超和身边数十名骑兵翻越城墙突围逃跑，被晋军追上抓获。刘裕列举慕容超拒不投降的罪状，慕容超神色镇定，一言不发，只把母亲托付给刘敬宣。刘裕因广固城久攻不下而发怒，想把城中军民全部活埋，把他们的妻子女儿赏赐给将士。韩范劝谏说：“晋朝皇室南迁后，中原混乱动荡，百姓没有依靠，谁强大就归附谁，既然成为君臣，就必须为君主尽力。这些人都是世家大族的后代，是先帝的遗民；如今朝廷的军队讨伐叛逆，却要把他们全部活埋，让百姓归附哪里呢！我担心西北的百姓再也没有盼望朝廷拯救的念头了。”刘裕脸色变得温和，赶忙向韩范道歉，但还是斩杀了南燕王公以下官员三千人，没收一万多户家属为奴婢，拆毁广固城的城墙，把慕容超押送到建康处死。
对此，司马光说：晋朝自从渡过长江以来，国威衰弱，戎狄横行，像猛虎一样吞噬中原。刘裕开始率领朝廷军队平定东方的敌国，却不在此时表彰贤才、礼遇俊杰，安抚疲惫的百姓，宣扬仁爱的风气，清除残暴的政令，让士人向往朝廷，遗民翘首期盼，反而肆意屠杀来发泄愤怒。看他的所作所为，连苻氏、姚氏（前秦、后秦）都比不上，难怪他不能统一天下、成就伟大的功业，这难道不是因为他虽有智慧和勇气，却没有仁义之心才导致的吗！
起初，徐道覆听说刘裕北伐南燕，便劝说卢循趁东晋后方空虚袭击建康，卢循没有听从。徐道覆亲自到番禺劝说卢循：“我们本来住在五岭以南，难道要在这里终老，把地盘传给子孙吗？只是因为刘裕难以对抗才这样。如今刘裕把军队驻扎在坚固的城池下，没有返回的日期，我们用这些渴望回归故土的敢死士兵袭击何无忌、刘毅等人，易如反掌。不抓住这个机会，反而苟且追求一时的安定，朝廷一直把您视为心腹大患；如果刘裕平定南燕后，休整军队一年多，用诏书征召您，他亲自率军驻守豫章，派遣将领率领精锐部队越过五岭，即使您有神武之才，恐怕也难以抵挡。现在的机会，千万不能错过。如果先攻克建康，摧毁朝廷的根基，刘裕即使南返，也无能为力了。您如果不同意，我就率领始兴的军队直接进攻寻阳。”卢循很不乐意采取这一行动，但又无法反驳徐道覆的计划，于是听从了他。
起初，徐道覆派人在南康山中砍伐造船的木材，运到始兴后低价出售，当地人争相购买，木材大量堆积，却没人怀疑他的意图；到这时，徐道覆把木材全部取回建造战船，十天就完成了。卢循从始兴出发侵犯长沙，徐道覆侵犯南康、庐陵、豫章，各地的守将和地方官都弃城逃跑。徐道覆顺江而下，战船和武器装备十分精良。
当时攻克南燕的消息还没传到建康，朝廷紧急征召刘裕回师。刘裕正商议留在下邳镇守，谋划夺取司州、雍州，恰逢收到诏书，于是任命韩范为都督八郡军事、燕郡太守，封融为勃海太守，檀韶为琅邪太守；二月二十六（戊申），率领军队返回。檀韶是檀祗的兄长。过了很久，刘穆之诬告韩范、封融谋反，把他们都杀了。
安成忠肃公何无忌从寻阳率领军队抵御卢循。长史邓潜之劝谏说：“国家的安危，就在这一战。听说卢循的战船众多，势力处于上游，应当挖开南塘的堤坝，坚守豫章、寻阳两座城池等待他们，他们一定不敢绕过我们远道东下。我们养精蓄锐，等他们疲惫不堪后再出击，这是万无一失的计策。现在把成败寄托在一战上，万一失利，后悔就来不及了！”参军殷阐说：“卢循率领的部众都是三吴地区的旧贼，身经百战仍有勇气，始兴的溪族士兵，身手敏捷、善于战斗，不能轻视。将军应当留驻豫章，向所属城池征兵，等兵力集中后再交战，还不算晚。如果用现在的兵力轻率进军，恐怕一定会后悔。”何无忌不听。三月二十（壬申），何无忌与徐道覆在豫章相遇，叛军命令数百名强弩手登上西岸的小山拦击晋军。恰逢西风猛烈，把何无忌乘坐的小船吹向东岸，叛军趁机用大战船逼近，晋军随即溃散。何无忌厉声喊道：“拿我的苏武节来！”符节送到后，他手持符节督战。叛军士兵云集，何无忌言辞神色毫无屈服，最终握着符节战死。于是朝廷内外震惊恐惧，大臣们商议想护送皇帝向北逃跑，投靠刘裕；不久得知叛军还没到建康，才停止这一计划。
这时，西秦王乞伏乾归攻打后秦的金城郡，攻克了该城。
夏王刘勃勃派遣尚书金纂攻打平凉。后秦王姚兴率军救援平凉，进攻金纂，将他杀死。刘勃勃又派遣侄子、左将军罗提攻克定阳，活埋后秦将士四千多人。后秦将领曹炽、曹云、王肆佛等人各自率领数千人逃往内地，姚兴把他们安置在湟山和陈仓。刘勃勃侵犯陇右，攻破白崖堡，随后进逼清水，略阳太守姚寿都弃城逃跑，刘勃勃把清水的一万六千户百姓迁徙到大城。姚兴从安定出发追击刘勃勃，追到寿渠川，没能追上，只好返回。
起初，南凉王秃发傉檀派遣左将军枯木等人讨伐沮渠蒙逊，劫掠临松一千多户百姓后返回。沮渠蒙逊讨伐南凉，抵达显美，迁徙数千户百姓后离去。南凉太尉俱延再次讨伐沮渠蒙逊，结果大败而回。这个月，秃发傉檀亲自率领五万骑兵讨伐沮渠蒙逊，双方在穷泉交战，秃发傉檀大败，独自骑马逃回。沮渠蒙逊乘胜进军包围姑臧，姑臧百姓因王钟被诛杀的事（此前王钟等人谋降后秦，被秃发傉檀处死），都惊慌溃散，一万多户夷族、汉族百姓投降沮渠蒙逊。秃发傉檀恐惧，连忙派遣司隶校尉敬归和儿子秃发佗到沮渠蒙逊那里做人质，请求讲和，沮渠蒙逊同意了。敬归走到胡坑时，趁机逃回，秃发佗被追兵抓获，沮渠蒙逊迁徙南凉八千多户百姓后离去。南凉右卫将军折掘奇镇占据石驴山反叛。秃发傉檀既害怕沮渠蒙逊的逼迫，又担心岭南被折掘奇镇占据，于是迁都到乐都，留下大司农成公绪镇守姑臧。秃发傉檀刚出城，魏安人侯谌等人就关闭城门作乱，聚集三千多家百姓，占据姑臧南城，推举焦朗为大都督、龙骧大将军，侯谌自称凉州刺史，向沮渠蒙逊投降。
此时，刘裕抵达下邳，用船装载军用物资，亲自率领精锐部队步行返回。到达山阳时，听说何无忌战败身亡，担心京城失守，便脱下铠甲，加速行军，与数十人赶到淮河岸边，向路人询问朝廷的消息，路人说：“叛军还没到，刘公如果回来，就没什么可担心的了。”刘裕大喜。准备渡江时，风势猛烈，众人都认为难以渡江。刘裕说：“如果上天帮助国家，风就会自行停止；如果不是这样，淹死又有什么可怕的！”当即下令上船，船刚开动，风就停了。渡过长江后，抵达京口，众人这才安心。夏季，四月初二（癸未），刘裕到达建康。他因江州失陷，便上奏表请求交回印绶，朝廷下诏不同意。
青州刺史诸葛长民、兖州刺史刘籓、并州刺史刘道怜各自率领军队入京保卫建康。刘籓是兖州刺史刘毅的堂弟。刘毅听说卢循侵犯，准备率军抵御，却突然生病；病愈后，准备出发。刘裕给刘毅写信说：“我过去多次攻打妖贼，熟悉他们的战术变化。叛军刚获得胜利，势头不可轻视。现在我修整战船即将完成，准备和你一同进军。平定叛军后，上游地区的重任，都交给你。”又派遣刘籓前去劝止他。刘毅发怒，对刘籓说：“过去只是因为一时的功劳推举他，你就真的认为我比不上刘裕吗！”说着，就把信扔在地上，率领两万水军从姑孰出发。
卢循刚开始入侵时，派徐道覆进攻寻阳，自己率军攻打湘中各郡。荆州刺史刘道规派遣军队迎战，在长沙战败。卢循进军到巴陵，准备攻打江陵。徐道覆听说刘毅即将到来，便派人火速告诉卢循：“刘毅的军队兵力强盛，成败的关键就在这一战，应当集中兵力摧毁他。如果这一战胜利，江陵就不值得担心了。”卢循当天从巴陵出发，与徐道覆合兵东下。五月初七（戊午），刘毅与卢循在桑落洲交战，刘毅的军队大败，他放弃战船，率领数百人步行逃跑，其余部众都被卢循俘虏，丢弃的军用物资堆积如山。
起初，卢循抵达寻阳时，听说刘裕已经返回建康，还不相信；攻克刘毅的军队后，才确认这一消息，他和党羽们相视失色。卢循想退回寻阳，攻取江陵，占据江州、荆州来对抗朝廷。徐道覆认为应当乘胜直接进军建康，坚决争论。卢循犹豫了几天，最终听从了徐道覆的建议。
五月初八（己未），东晋实行大赦。刘裕招募百姓当兵，赏赐标准和当年京口起兵讨伐桓玄时相同。征发百姓修建石头城。有人建议分兵驻守各渡口要道，刘裕说：“叛军人数多，我们人数少，如果分兵驻守，就会让敌人摸清我们的虚实；而且一处失利，就会动摇三军的士气。现在把兵力集中在石头城，根据情况灵活应对，既让敌人无法猜测我们的兵力多少，又能集中力量。如果后续兵力逐渐集结，再慢慢商议其他策略。”
朝廷听闻刘毅战败，人心惶惶。当时北伐南燕的军队刚返回，将士大多受伤患病，建康的守军不足数千人。卢循攻克江州、豫州后，拥有十几万士兵，战船车马绵延百里不断，楼船高达十二丈，战败逃回的人争相诉说叛军的强盛。孟昶、诸葛长民想护送皇帝渡过长江北上，刘裕不同意。起初，何无忌、刘毅南下讨伐卢循时，孟昶就预料他们必定失败，后来果然如此。到这时，他又认为刘裕一定无法对抗卢循，不少人都相信他的判断。只有龙骧将军、东海人虞丘进在朝堂上反驳孟昶等人，认为并非如此。中兵参军王仲德对刘裕说：“明公您是辅佐当世的栋梁，刚建立大功，威震天下，妖贼趁虚入侵，如今听说您凯旋归来，必定会溃逃。如果您先自行逃跑，就会和普通百姓没区别，普通百姓的号令，怎么能威慑众人！如果这个计划被采纳，我请求从此告辞。”刘裕十分高兴。孟昶却坚持请求不已，刘裕说：“现在外地重镇沦陷，强敌逼近京城，人心惶恐，没有坚定的意志；如果一旦迁都，国家就会土崩瓦解，江北又岂能到达！即便能到达，也不过是拖延时日罢了。现在士兵虽少，但足够一战。如果能战胜，君臣就能共享太平；如果厄运必定降临，我会战死在皇宫门前，实现我向来以身报国的志向，不会逃窜到草野间苟且求生。我的计策已经定了，你别再多说！”孟昶因自己的建议不被采纳而愤怒，又认为必定失败，于是请求赐死。刘裕发怒说：“你暂且再参与一战，死又何必急于现在！”孟昶知道刘裕最终不会采纳他的建议，就上奏表自我陈述：“臣当初赞同刘裕北伐，众人都不同意，只有臣支持他的计划，导致强贼趁机入侵，国家危急，这是臣的罪过。谨此承担罪责，向天下人谢罪！”封好奏表后，孟昶服毒自杀。
五月十四（乙丑），卢循抵达淮口（秦淮河入长江处），朝廷内外实行戒严。琅邪王司马德文担任都督宫城诸军事，驻守中堂皇；刘裕驻守石头城，众将领各自领兵驻守要地。刘裕的儿子刘义隆才四岁，刘裕派咨议参军刘粹辅佐他，镇守京口。刘粹是刘毅的同族弟弟。
刘裕看到百姓在江边眺望叛军，感到奇怪，便询问参军张劭，张劭说：“如果您还没返回，百姓逃命都来不及，哪里还会眺望！现在他们应该不再恐惧了。叛军如果从新亭直接进军，势头不可阻挡，我们应当暂且回避，胜负难以预料；如果他们回师停泊在西岸，就一定会被擒获。”
徐道覆请求从新亭到白石一带烧毁战船，登陆进军，分几路攻打刘裕。卢循想求万全之策，对徐道覆说：“大军还没到，孟昶就已闻风自杀；从大势来看，京城理应不久就会溃乱。现在要在一天内决出胜负，靠冒险求利，既不是必定取胜的办法，还会损伤士兵，不如按兵不动等待时机。”徐道覆因卢循多疑少决，叹息说：“我最终会被卢公耽误，事情必定无法成功；如果能让我为真正的英雄效力，平定天下都不在话下。”
刘裕登上石头城眺望卢循的军队，起初看到叛军向新亭进军，他回头看向身边的人，脸色骤变；不久叛军回师停泊在蔡洲，他才面露喜色。这时，各路军队逐渐集结。刘裕担心叛军突袭，便采纳虞丘进的计策，砍伐树木在石头城和淮口设置栅栏，修缮越城，修筑查浦、药园、廷尉三座营垒，都派兵驻守。
刘毅历经蛮族和汉族地区，仅能独自逃脱，随从士兵又饥又累，死亡的有十分之七八。五月十五（丙寅），刘毅抵达建康，等待治罪。刘裕安慰勉励他，让他负责朝廷内外的留守事务。刘毅请求自我贬官，朝廷下诏将他降为后将军。
这时，北魏长孙嵩率军抵达漠北后返回，柔然军队追击并将他围困在牛川。五月二十一（壬申），北魏君主拓跋嗣率军北上攻打柔然。柔然可汗郁久闾社仑听说后，逃走途中去世；他的儿子郁久闾度拔还年幼，部众拥立社仑的弟弟郁久闾斛律，号称蔼苦盖可汗。拓跋嗣率军返回参合陂。
卢循在南岸埋伏军队，派老弱士兵乘船向白石进军，声称全军将从白石登陆。刘裕留下参军沈林子、徐赤特驻守南岸，封锁查浦，命令他们坚守不动；自己和刘毅、诸葛长民率军北上抵御。沈林子说：“妖贼说的这番话，未必属实，应当严加防备。”刘裕说：“石头城地势险要，而且淮河栅栏十分坚固，留下你在后驻守，足够守住。”沈林子是沈穆夫的儿子。
五月二十九（庚辰），卢循焚烧查浦，进军到张侯桥。徐赤特准备出击，沈林子说：“叛军声称前往白石，却多次前来挑战，他们的意图很明显。我们兵力寡不敌众，不如坚守险要等待大军回援。”徐赤特不听，于是出兵交战，叛军伏兵四起，徐赤特大败，独自乘船逃往淮北。沈林子和将军刘钟据守栅栏奋力作战，朱龄石率军救援，叛军才撤退。随后，卢循率领精锐士兵大规模登陆，抵达丹阳郡。刘裕率领各路军队火速返回石头城，斩杀徐赤特，让士兵脱下铠甲休整。过了很久，才出兵在南塘列阵。
六月，朝廷任命刘裕为太尉、中书监，加授黄钺（古代帝王授予大臣的仪仗，象征专断权力）；刘裕接受黄钺，推辞了其他官职。任命车骑中军司马庾悦为江州刺史。庾悦是庾准的儿子。
这时，司马国璠和弟弟司马叔璠、司马叔道逃往后秦。后秦王姚兴说：“刘裕正在诛杀桓玄、辅佐晋朝皇室，你们为什么来投奔我？”他们回答说：“刘裕削弱皇室权力，我们宗族中有自行建功立业的人，都被刘裕铲除。他正是国家的祸患，比桓玄更严重。”姚兴任命司马国璠为扬州刺史，司马叔道为交州刺史。
卢循在各县城劫掠却没有收获，对徐道覆说：“军队已经疲惫，不如返回寻阳，集中兵力攻取荆州，占据天下三分之二的土地，再慢慢和建康对抗。”秋季，七月初十（庚申），卢循从蔡洲南下返回寻阳，留下党羽范崇民率领五千人据守南陵。七月十四（甲子），刘裕派辅国将军王仲德、广川太守刘钟、河间内史兰陵人蒯恩、中军咨议参军孟怀玉等人率领军队追击卢循。
七月十五（乙丑），北魏君主拓跋嗣返回平城。
西秦王乞伏乾归讨伐越质屈机等十多个部落，降服两万五千人，将他们迁徙到苑川。八月，乞伏乾归再次把都城迁回苑川。
沮渠蒙逊讨伐西凉，在马庙击败西凉世子李歆，擒获西凉将领朱元虎后返回。西凉公李暠用两千斤白银、两千两黄金赎回朱元虎；沮渠蒙逊归还朱元虎，于是和李暠结盟后返回。
这时，刘裕返回东府，大规模整治水军，派遣建威将军、会稽人孙处，振武将军沈田子率领三千士兵从海路袭击番禺。沈田子是沈林子的兄长。众人都认为“海路艰难遥远，必定难以到达，而且分散现有兵力，不是当前急需的事”。刘裕不听，告诫孙处说：“大军在十二月初必定能击败妖虏，你到那时要先摧毁他们的巢穴，让他们逃跑后无处可归。”
谯纵派遣侍中谯良等人前往后秦朝见，请求派兵讨伐东晋。谯纵任命桓谦为荆州刺史，谯道福为梁州刺史，率领两万士兵侵犯荆州；后秦王姚兴派遣前将军苟林率领骑兵与他们会合。
江陵自从卢循东下后，就没有收到建康的消息，盗贼四起。荆州刺史刘道规派遣司马王镇之率领天门太守檀道济、广武将军彭城人到彦之率军入京救援建康。檀道济是檀祗的弟弟。
王镇之抵达寻阳时，被苟林击败。卢循听说后，任命苟林为南蛮校尉，分派兵员给他，让他乘胜攻打江陵，声称徐道覆已经攻克建康。桓谦在途中招募旧部和义士，百姓投奔他的有两万人。桓谦驻守枝江，苟林驻守江津，两路叛军逼近江陵，江陵的官员百姓大多怀有二心。刘道规于是召集将士，对他们说：“桓谦现在就在附近，听说各位中有不少人有离开的打算，我从东边带来的文武官员足够应对事务，如果有人想离开，我绝不禁止。”于是在夜间打开城门，直到天亮都不关闭。众人都敬畏服从，没有一人离开。
雍州刺史鲁宗之率领数千人从襄阳赶赴江陵。有人说鲁宗之的意图难以预测，刘道规独自骑马迎接他，鲁宗之感动喜悦。刘道规让鲁宗之留守江陵，把他当作心腹托付，自己率领各路军队攻打桓谦。众将佐都说：“现在远道出兵讨伐桓谦，取胜难以保证。苟林近在江津，窥探我们的动静，如果他来攻城，鲁宗之未必能坚守；万一有差错，大事就完了。”刘道规说：“苟林愚昧懦弱，没有奇计，他认为我离城不远，必定不敢攻城。我现在攻打桓谦，一到就能攻克；在他犹豫不决的时候，我已经返回了。桓谦失败后，苟林就会吓破胆，哪里有时间来攻城！况且鲁宗之独自坚守，怎么会支撑不了几天！”于是率军火速攻打桓谦，水陆并进。桓谦等人大规模部署水军，加上步兵骑兵，在枝江交战。檀道济率先冲锋攻破敌阵，桓谦等人大败。桓谦独自乘船逃往苟林处，刘道规追击并斩杀了他。返回江陵途中，抵达涌口时，讨伐苟林，苟林逃走，刘道规派遣咨议参军、临淮人刘遵率领军队追击。起初，桓谦抵达枝江时，江陵的官员百姓都给桓谦写信，告知城内虚实，想做内应；到这时，刘道规查获了这些信件，却全部烧毁不看，众人于是安定下来。
江州刺史庾悦任命鄱阳太守虞丘进为先锋，多次击败卢循的军队，进军占据豫章，切断卢循的粮道。九月，刘遵在巴陵斩杀苟林。
桓石绥趁卢循入侵之机，在洛口起兵，自称荆州刺史；征阳县令王天恩自称梁州刺史，袭击并占据西城。梁州刺史傅韶派遣儿子、魏兴太守傅弘之讨伐桓石绥等人，将他们全部斩杀，桓氏家族就此灭亡。傅韶是傅畅的孙子。
西秦王乞伏乾归攻打后秦的略阳、南安、陇西等郡，全部攻克，将两万五千户百姓迁徙到苑川和枹罕。
九月甲寅日，北魏将拓跋珪安葬在盛乐金陵，谥号为宣武，庙号为烈祖。
刘毅坚决请求追击卢循，长史王诞暗中对刘裕说：“刘毅已经战败，不宜再让他立功。”刘裕听从了他的建议。冬季，十月，刘裕率领兖州刺史刘籓、宁朔将军檀韶、冠军将军刘敬宣等人南下攻打卢循，任命刘毅为监太尉留府，后方事务都托付给他。十月癸巳日，刘裕从建康出发。
徐道覆率领三万士兵进军江陵，突然抵达破冢。当时鲁宗之已经返回襄阳，来不及追召，人心大为震动。有人传言卢循已经平定京城，派遣徐道覆来担任荆州刺史，江汉地区的官员百姓因感激刘道规烧毁信件的恩德，没有再怀二心。刘道规派刘遵另外率领游击军队，自己在豫章口抵御徐道覆，先锋部队失利；刘遵从外围横向袭击，大败叛军，斩杀一万多人，叛军跳水淹死的几乎殆尽。徐道覆独自乘船逃回湓口。起初，刘道规让刘遵率领游击军队，众人都认为“强敌当前，只担心兵力不足，不应分割现有兵力，把军队放在无用的地方”。等到击败徐道覆，最终靠的是游击军队的力量，众人才心服。
鲜卑族仆浑部落、羌族句岂部落、输报部落、邓若部落等，率领两万多户百姓向西秦投降。
王仲德等人听说刘裕大军即将到达，在南陵进攻范崇民，范崇民的战船分别停泊在长江两岸。十一月，刘钟亲自去侦察叛军，天降大雾，叛军用钩子钩住他的战船。刘钟于是率领身边士兵攻打叛军战船的舱门，叛军急忙关闭舱门抵抗。刘钟从容返回，与王仲德一起攻打范崇民，范崇民逃走。
十一月癸丑日，益州刺史鲍陋去世。谯道福攻陷巴东，杀死守将温祚、时延祖。
卢循驻守广州的士兵没有防备海路，十一月庚戌日，孙处从海路突然抵达，恰逢大雾，从四面攻城，当天就攻克广州城。孙处安抚当地旧民，诛杀卢循的亲党，整顿军队严密防守，分别派遣沈田子等人攻打岭南各郡。
刘裕的军队驻扎在雷池，卢循扬言不攻打雷池，要顺江直下。刘裕知道他想交战，十二月初二（己卯），进军到大雷。十二月初三（庚辰），卢循、徐道覆率领几万士兵沿江而下，前后的战船一眼望不到头。刘裕出动全部轻捷战船，率领各路军队合力攻击；又分派步兵骑兵驻扎在西岸，岸上的军队投掷火把焚烧叛军战船，一时间烟火冲天。卢循的军队大败，逃回寻阳；准备前往豫章，于是全力用栅栏阻断左里。十二月十九（丙申），刘裕的军队抵达左里，无法前进。刘裕指挥士兵准备交战，手中的指挥旗旗杆突然折断，旗帜沉入水中，众人都感到奇怪和恐惧。刘裕笑着说：“往年在覆舟之战中，旗杆也折断过，现在又这样，叛军必定会被击败。”随即下令攻打栅栏，向前推进。卢循的军队虽然拼死作战，却无法阻挡。卢循独自乘船逃走，被杀死和跳水淹死的叛军共一万多人。刘裕接纳叛军的投降者，赦免了被逼迫跟随叛军的人，派遣刘籓、孟怀玉率领轻装军队追击卢循。卢循收拢逃散的士兵，还有几千人，径直返回番禺；徐道覆逃走，据守始兴。刘裕任命建威将军褚裕之为广州刺史。褚裕之是褚裒的曾孙。刘裕返回建康。刘毅厌恶刘穆之，常常在和刘裕闲谈时说刘穆之权力太大，刘裕却更加亲近信任刘穆之。
北燕广川公冯万泥、上谷公冯乳陈，自认为是皇室宗室，有大功，认为应当入朝担任辅政大臣。北燕王冯跋因他们镇守外地重任在身，长期不征召他们入朝，两人都心怀怨恨。这一年，冯乳陈暗中派人告诉冯万泥说：“我有重要的计划，希望和叔父一起谋划。”冯万泥于是逃到白狼，与冯乳陈一起反叛，冯跋派遣汲郡公冯弘和张兴率领两万步兵骑兵讨伐他们。冯弘先派人向他们说明祸福；冯万泥想投降，冯乳陈不同意。张兴对冯弘说：“叛军明天会出战，今晚必定会来偷袭我们的军营，应当做好防备。”冯弘于是暗中命令士兵每人准备十束草，储存火种，埋伏士兵等待叛军。当天夜里，冯乳陈果然派遣一千多名壮士前来劫营，各处火种同时点燃，伏兵趁机拦击，将叛军全部俘获斩杀。冯万泥、冯乳陈恐惧，出城投降，冯弘将他们全部斩杀。冯跋任命范阳公冯素弗为大司马，改封辽西公；任命冯弘为骠骑大将军，改封中山公。