启元十一年夏至启元十二年初，东瀛四岛在帝国铁腕治理下，表面激烈的战火已然平息，但零星的抵抗与肃清行动，仍如同潮湿森林里的余烬，不时在暗处复燃，喷吐出危险的火星。帝国军队与锦衣卫的主要任务，已从大规模野战，转为更为繁琐却也至关重要的治安肃靖与秩序重建。
在九州筑紫国的阿苏山区，一股约三百人的残兵与落魄武士，依托着险峻的火山地貌和当地部分山民的暗中接济，建立了抵抗寨垒，不时下山袭击帝国巡逻队、移民村落或是向“宣化堂”输送物资的车队。他们打着早已不复存在的“菊水纹”破旗，誓言“尊皇讨奸”，进行着绝望的战斗。
负责九州防务的第五军第一旅旅长蔡锷，立即调集了麾下最擅长山地作战的精锐营，并配属了工兵与刚刚组建、由归顺日人组成的“侦缉队”，对阿苏山区进行了拉网式清剿。战斗规模不大，却异常残酷。帝国军利用绝对的火力优势，用迫击炮和机枪压制对方简陋的弓箭与火铳，然后以小股部队攀岩迂回，逐一拔除据点。投降者被当场审讯，甄别出首领与骨干后立即处决，余者则打上重犯烙印，押送往北海道的矿场。接济抵抗者的山民村落，一旦被查出，整村被强制迁移至库页岛。马啸川以雷霆手段，在月余时间内，便将这股最大的成建制抵抗力量彻底碾碎，其首领的首级被悬挂在熊本城外示众。
在本州纪伊国的茂密山林中，抵抗则以更隐蔽的形式存在。那里是忍者与山伏（修验道行者）的传统活跃区。小股的精锐抵抗者利用对地形的熟悉，进行偷袭、破坏道路、刺杀落单的帝国官吏或亲帝国的日人“合作者”。他们行踪诡秘，来去如风，给帝国的基层治理带来了不小的困扰。
负责此地治安的第五军第二旅旅长蓝天蔚，组成以排、班为单位的猎杀小队，携带精良的装备和军犬，长期驻守在山口要道，或是伪装成樵夫、行商进行反向渗透。同时利用高额赏金和赦免承诺，招募熟悉内情的日人作为向导和眼线，从内部瓦解抵抗组织。经过数月反复的梳剿、设伏与反暗杀，纪伊山区的抵抗活动被逐渐压制下去，虽未能完全根除，但其活动范围和频率已大为缩减，再也无法形成实质性威胁。
而在四国伊予国，成年就国的裕王世子柏以盛，则面临着更为复杂的局面。他名义上亲政，试图展现仁德，安抚地方，却因此被一些潜伏的敌对势力视为软弱可欺。一股伪装成商队的武士，策划在柏以盛巡视地方时发动行刺。幸得帝国派任的国相老成持重，提前通过锦衣卫的线报获悉了阴谋，布下天罗地网，将刺客一网打尽。此事给柏以盛上了深刻的一课，让他彻底明白，在这片新附之地上，所谓的“仁政”必须建立在绝对的控制力与无情的手段之上。此后，他不得不更加倚重国相与帝国驻军，对辖境内的任何不稳定苗头都采取了更为严厉的镇压措施。
在整个肃清过程中，何三的锦衣卫扮演了无处不在的阴影角色。他们不仅提供情报，更负责对抓获的抵抗分子进行审讯，顺藤摸瓜，摧毁其背后的支持网络。北镇抚司的诏狱在东瀛府及各主要城市设立，里面日夜不停地传出凄厉的惨叫。恐怖的氛围有效地遏制了大规模抵抗的滋生，但也使得表面的顺从之下，潜藏着更深的仇恨与麻木。
随着有组织的抵抗被基本荡平，帝国东瀛都督府开始将更多精力投入到 “王化” 建设上来。在军事高压的保障下，社会秩序逐步趋于稳定——一种在刺刀监视下的稳定。
工部主导的基础建设开始展开，但目的性极其明确：修复连接主要城镇、港口与资源产地的道路，便于军队调动与物资运输；疏浚港口，增强帝国海军的存在与贸易（主要是将本土物资源源不断运来，并将搜刮的原料运回）能力；在一些战略要地修建永久性的兵营、炮台和都督府下属的各类官署。至于民生的恢复，则被放在次要位置，仅限于维持最基本的秩序，避免大规模饥荒引发新的动乱。
移民村落经过初期的混乱与冲突，在帝国官吏和驻军的强力干预下，逐渐站稳了脚跟。来自帝国各地的方言开始在这片土地上混杂，汉式的农耕技术、生活方式，伴随着赤龙旗和官话，缓慢地渗透进乡村。而原有的日本村落，则在精英被清除、青壮被迁移、文化被压制后，变得凋敝而沉寂，只能在帝国的框架下艰难求存。
“宣化堂”和“蒙学堂”里，第一批强制入学的日本孩童，在经过一年多的训导后，已能磕磕绊绊地背诵一些汉文经典，认写数百个汉字。虽然离“归心”尚远，但至少表面上，他们已经习惯了这种新的语言和环境。帝国教育体系在张謇的规划下，开始向更高层级延伸，准备选拔其中“表现优异”者，进入即将设立的“东瀛中学堂”继续深造，以期培养出第一批完全接受帝国认同的新一代。
至启元十二年春，柏凌宇在呈送给新京的年度述职奏折中，可以略带自豪地宣称：“…东瀛四岛，大规模战事已息，零星匪患渐次肃清。道路通衢，赤旗遍插；蒙学宣化，汉音初闻。移民安堵，倭人慑服。虽间有冥顽阴蓄异志，然皆如爝火之光，难成气候。东瀛之地，已渐次步入帝国王化之正轨…”
征服的硝烟已然散去，但融合的阵痛远未结束。帝国用铁与血为东瀛带来了新的秩序，而这秩序下的代价与未来，唯有时间才能给出最终的答案。帝国的目光，在基本稳定东瀛局势后，开始再次投向更广阔的海洋与大陆，新的挑战与征程，已在酝酿之中。