万历二十八年初夏，扬州盐漕御史林承弼府上张灯结彩，正是林家独子林慕白弱冠之喜。这林公子生得眉目如画，才名冠绝江淮，却有个古怪癖好——嗜砚成痴。冠礼之上，宾客献礼多为名砚，其中一方蕉叶白端石砚最得青睐。正当众人传观赏鉴时，门外忽来一破袍道士，手持罗盘直指砚台：“此物乃凶星坠世，三日内必生血光之灾！”
满座哗然间，林慕白拂袖而起：“何方道人在此妄言？”却见那道人口中念念有词，罗盘针飞转如轮。忽而狂风大作，案上砚台竟渗出朱红水珠，似血泪涟涟。道士大喝：“此砚前世为主人负心背誓，怨气凝结。公子若执意留之，必遭反噬！”言罢掷出符纸，那砚台骤然开裂，内中滚出一枚鸽卵大小的墨玉，其上天然生成鸳鸯纹路。
林御史怒令逐客，道士临行回首深望慕白：“公子眉间已现桃花煞，好自为之。”当夜，林慕白果然高烧不止，梦中总见一女子身影立于砚池墨波之中，声声泣诉：“君曾许三生约，奈何负妾百年期...”
三日后恰逢端阳，林慕白抱病往平山堂诗会。舟至瘦西湖心，忽见莲丛中荡出一叶小舟，船头立着素衣少女，正俯身采摘菱角。风过处舟楫相碰，少女篮中菱角尽倾湖中。慕白忙令家仆相助，抬眼时却怔在当场——这女子竟与梦中人一般无二！
少女敛衽为礼：“奴家姓苏，小字墨痕，随父经营墨庄。”其声如碎玉投盘。慕白见其腕间戴着的墨玉镯，纹路与自己所得砚心玉料如出一辙，心下骇然。分别时苏墨痕遗落一方素帕，慕白拾起视之，角上绣着半阕《踏莎行》：“墨研清露月痕微，菱歌散作星如雨。”
自此慕白魂牵梦萦，多方打听方知城西确有“松烟阁”苏家墨庄，然三年前已遭回禄之灾，苏父葬身火海，唯余孤女不知所踪。慕白持帕往寻，果见废墟中有少女正收拾残烬，正是墨痕。见她以瓦砾研磨残墨，慕白心生怜惜，取出家中藏墨相助。墨痕却摇头：“家父有训，苏墨必取平山堂前荷露、蜀冈中秋桐烟，辅以祖传和胶秘法，岂可假手他人？”
慕白连往三月，终得墨痕允准参与制墨。某夜熬焦时分，墨痕困倦伏案，袖中滑出半块焦木令牌，刻着“洪武二年敕造”字样。慕白想起家中古籍记载：太祖曾赐墨工苏氏“天下第一墨”金匾，后因贡墨遭诬掺毒，满门流放。正自惊疑，忽闻门外马蹄声急，盐运使衙役破门而入，指控苏家私贩官盐！
公堂之上，证物竟是慕白平日赠墨的锦盒——内中暗格藏满盐引。林御史为避嫌故，竟当堂革去儿子功名。慕白含冤入狱，方知近日扬州多起盐案皆指向自己赠墨之人。深夜枯坐牢中，忽见墨痕素衣蒙面而来，泣道：“累君蒙冤，实非我愿。君可见令牌上刻字？”慕白猛然醒悟：“可是‘洪武二年敕造’六字？”墨痕颔首：“此乃冤案关键，君需...”
话音未落，狱卒巡哨声近，墨痕匆匆塞入一物遁去。慕白就着铁窗月光细看，竟是半块墨锭，上有针刻小字：“平山堂下第三株银杏。”
次日慕白诈病求医，买通狱卒往平山堂。果见银杏树下埋着铁函，内藏洪武年间刑部旧档。原来当年诬陷苏家者，竟是林家先祖！彼时林氏为盐运司书吏，窃改盐引数额栽赃苏家，夺其御赐墨坊改作盐仓。档案末页血书斑驳：“冤魂不散，誓报此仇！”
慕白踉跄归家质询，林御史勃然变色：“竖子安信妖女惑众之词！”竟取出家谱力证清白。当夜慕白复梦砚中女子，此番容貌清晰，竟与墨痕别无二致。女子泣诉：“妾乃苏氏婉娘，洪武三年被负心人毒杀砚中。君前世即林书吏，发愿百世偿债...”骤雨惊雷中慕白惊醒，见案头砚台又渗血珠，渐聚成“明月寺”三字。
明月寺乃扬州城外荒刹，慕白夤夜往寻。但见断壁残垣间，墨痕正跪坐焚香，面前黄土垄中新立一碑：“先考苏公忍冬之墓”。见慕白至，墨痕泪如雨下：“三年前那场大火，实为灭口。家父查得盐引旧案，欲揭林家阴私...”突然箭雨破空，十数蒙面人围住荒寺。为首者冷笑：“苏娘子好手段，可惜林公子今日需与你同作亡命鸳鸯！”
危急时刻，墨痕掷出墨锭，顿起浓烟障目。二人避入枯井，摸得井下秘道直通盐运河岸。方喘得口气，忽见水面浮尸数具，皆着盐运司号衣。慕白惊觉：“莫非有人栽赃？”墨痕指远处漕船：“君可见船头鸱吻衔珠？此乃私盐标记，妾追踪已久。”
原来苏墨痕竟是锦衣卫暗桩！三年前奉旨查察两淮盐案，假借墨商身份潜伏。其父实为北镇抚司千户，被害前已取得关键账册。慕白恍然：“那道士...”墨痕颔首：“乃家师清虚真人，以罗盘术测出怨气溯源。”说着取出墨玉镯与砚心玉料相拼，严丝合缝：“此玉名唤‘三生石’，可照前世今生。”
二人循秘道潜入盐帮巢穴，正见盐运使与林家心腹密谈。原来林御史早卷入私盐巨网，慕白平日赠墨对象皆是清流官员，故设局构陷。激战间账册落火，慕白奋身扑救，后背中箭。墨痕怒掷墨匣，爆出毒烟迷倒众贼。血泊中慕白气息奄奄，墨痕以墨玉相贴，泪落成珠：“君若身死，妾岂独活？”
恍惚间又见婉娘现身，叹道：“痴儿！可知扬州城隍乃妾旧识？”但见墨玉光华大盛，慕白伤口竟渐愈合。此时官军破门而入，首辅叶向高手持尚方宝剑：“奉旨查盐！”始知墨痕真实身份竟是叶阁老义女。
公堂对质时，林御史突发癫狂，状若婉娘附体，自供十世罪孽。盐运使见事败，咬毒自尽。案结后慕白虽洗冤屈，却因父子人伦，辞官避居蜀冈。临别那日，墨痕码头相送，递来锦盒：“此乃新制松烟墨。”开匣却见官凭印信——慕白竟被特授两淮巡盐御史！
新婚之夜，二人往明月寺超度亡魂。烛火摇曳中，婉娘现身稽首：“冤债已偿，妾当往生。”慕白墨痕双双拜谢。忽闻钟磬清音，道士踏月而来，笑执拂尘：“贫道来讨杯喜酒。”席间取出罗盘，指针终定鸳鸯位。真人曰：“三世情劫圆满，七世姻缘始成。”
此后十年，夫妇携手整顿盐政。慕白以墨玉辨忠奸，墨痕以丹青绘盐路，江淮盐课大增。某年黄河决堤，慕白督运赈粮，见灾民中有幼女鬻身葬父，赎身后问其名，答曰：“婉娘。”夫妻相视愕然，收为义女。
万历驾崩那年，慕白无疾而终。殁时怀中松烟墨化作青烟，空中现出“玉京重逢”四字。墨痕安葬丈夫后，于平山堂下建“砚缘庵”，终日守着三方古砚：一为蕉白端石，一为洪武御赐，一乃慕白生前所用。每逢雨夜，庵中常闻研磨声，有香客窥见双影对坐，男子握女子手共书：“墨痕深浅处，犹见月来时。”
泰昌元年秋，七十五岁的苏墨痕端坐而逝。临终前令婉娘开棺，见三砚皆化作玉浆，凝成鸳鸯交颈形状。次年有徽商过蜀冈，夜宿庵中梦二人乘鸾而来，男子云：“烦告世人，盐政之要在于通塞。”商人醒后禀报官府，依梦中所指开挖河道，果得前朝藏盐百万斤，解边关饥馑之急。世人方知林苏二人虽逝，犹在冥冥中护佑苍生。
这正是：
砚底血泪三世债，墨中姻缘百劫身。
盐舟暗度千重浪，玉鸾明照万里尘。
明月寺前冤魂雪，平山堂下古道新。
莫道丹青终误国，犹有铁骨撑乾坤。