五万明军抵达并会师于昌都，以及青海明军抵达孙波如也就是后世的玉树地区。
自此，朵干都司数十万平方公里土地被大明收复。
王三善并未等待青海军的到来，便起五万大军朝着拉萨进军。因为他要赶在藏巴汗反应过来之前，直接神兵天降，出现在他的面前。
随后的三个月时间里，明军遇水搭桥，逢山开路，其中的艰险自然是无法与外人道也。即便是有熟悉路况的向导在军前引路，光行军的路上，明军就丢了三百余士兵的性命，牲畜更是不计其数。
天启十四年（1634年）正月，四万多明军抵达了乌斯藏的工布，也就是后世的林芝地区。
月底，青海明军两万骑兵终于抵达此地，六万多明军正式合体。这股明军以钦差王三善为主，顾肇迹为辅，开始了明军在藏区的征伐战。
此时，明军进入乌斯藏的消息才被人传回日喀则的藏巴汗处。
随后，明军沿着雅鲁藏布江沿岸攻下了藏巴汗的一个又一个宗城。
于四月，抵达拉萨城。此时，藏巴汗的三万大军已经在此集结。
养精蓄锐已久的藏巴汗大军，对劳师远征的明军发动了猛烈的进攻。
令藏巴汗丹津旺布没想到的是，明军居然带来了两万骑着蒙古马的骑兵，加上火器犀利的明步兵根本就不是藏巴汗军能够抵抗的，刚一交手，藏巴汗军便被打的溃不成军。
藏巴汗丹津旺布被打得大败，直接一路败退回了日喀则。
明军也没有惯着他，两万骑军跟着丹津旺布的屁股后面一路追杀到了日喀则，并将日喀则团团包围。
丧城失地的丹津旺布此时才后悔没有积极和盟友们配合，如今敌人兵临城下，取胜的希望已经微乎其微。只不过他预料不到的是，作为他的盟友，白利土司顿月多尔济自己都不知道，明军的突然来犯，又如何谈得上给他报警呢？
为了能苟延残喘，丹津旺布向扎什伦布寺的法台崔吉坚赞等高僧求告，希望他们从中斡旋，使明军罢兵。
崔吉坚赞本着不忍生灵涂炭的慈悲心亲赴明军大营进行调解。顾肇迹虽对崔吉坚赞极为尊重，同意讲和，但提出，藏巴汗必须交出政权和军队，明廷可以给他保留一个庄园让他安度晚年。至于划疆而治之类的条件，明廷根本不予考虑。
开什么玩笑，明军劳师远征，历经千辛万苦好不容易就要彻底铲除你了，还会和你划疆而治？想屁吃呢！
毕竟也是一方之雄，面对这样苛刻的条件，藏巴汗丹津旺布愤而再战。双方在日喀则城下激战数场，藏巴汗军仍然连连失利。没有了强硬的本钱，藏巴汗只得答应了顾肇迹的条件，宣布无条件投降。
天启十四年（1634年）六月末，藏巴汗丹津旺布交出都城日喀则以及茶叶、酥油、糌粑、金银珠宝一千余驮，在顾肇迹面前认罪，噶玛政权灭亡。从彭措南杰称“第悉藏巴”到丹津旺布亡国，其国祚仅持续了两代，十六年。
自此，乌斯藏回归中原王朝怀抱。
八月，大明钦差大臣王三善在拉萨布达拉宫，广场上，宣读了大明皇帝的圣旨。
正式确立了格鲁派（黄教）为朝廷唯一承认的正宗藏传佛教教派。
敕封阿旺罗桑嘉措为藏传佛教格鲁派大活佛，为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”。
敕封罗桑曲结为“班禅”。
两人共同成为为藏区最高宗教领袖。
明朝的这一举措，对时局的影响极其深远。两位活佛的确立，得到了内外蒙古部落的极度认可，使得蒙古人首次在内心中将朱由校尊称为“天启汗”，也更加认可了大明王朝的统治，蒙古人的忠诚度直线上升。
除此之外，明廷废除了乌斯藏都司和朵干都司的世俗政权，宣布在拉萨成立西藏自治领。首任总督为镇远侯顾肇迹，正式开启了汉人政权统治西藏的历史。
在占领日喀则地区之后，明军并未停下脚步，直到天启十六年（1636年）六月，明军占领阿里地区，这才使得西藏二百多万土地全部归入了自治领的管辖之下。
随后，明廷正式开启了在自治领的统治。
首先，将金沙河以东的康区划归了四川省。两省以金沙江为界。随后，以唐古拉山脉为界，以北的划归青海，以南的归属西藏。最后，将原有的十三个万户府，变更为十三个府，并分别任命了各级官员。
在解决了领土问题以及建设地方官府之后，自治领衙门在西藏确立了无上的威望，毕竟七万驻军可不是吃素的。
为了在佛教信徒心目中种下大明王朝为尊的目的，得到朱由校密信的顾肇迹开始在自治领进行了改革。
首先，自然是废除了数千来年的农奴制度，解放了自治领的生产力，此举一出，获得了自治领无数农奴的热烈欢迎，也极大的加强了中央在自治领的声威。
其次，对土地进行了有限改革。
此时的自治领，大约有着三百万亩耕地。其中灭亡的藏巴汗家族占30．9％，贵族占29．6％，寺庙和上层僧侣占39．5％。
也就是说，人口仅占不到20%的上层人士占据了自治领100%的土地，而余下的80%均为农奴身份。
天启十七年（1637年）正月，为了明廷在自治领的统治能够稳固，政令能够得到有效的执行。总督顾肇迹召见了阿旺罗桑嘉措和罗桑曲结两位活佛，并向两人宣读了明廷的旨意。
两位活佛深明大义，自然无有不肯。
自治领土改正式开启。
首先，自治领将收缴自藏巴汗家族的九十多万亩耕地均无偿分给了所有的藏民，也就是原先的农奴，并给予了三年免税的优惠政策。
其次，按照寺庙规模大小，严格限制他们的庙产，废除并收回所有上层僧侣的私产，还产于民。
最后，按照贵族家族人口的多寡，同样严格限制了他们的耕地所有数量。
一番连削带打之下，有将近二百四十万亩耕地被自治领分配给了藏民手中。
当然，任何时期的改革都不可能一帆风顺，直至天启二十年（1640年）土改结束，数万贵族、僧侣不服王化，拒不执行中央指令，被自治领政府处以极刑。
至此，自治领彻底归心，成为大明王朝不可分割的一部分。