很快，张维贤就将此事报告给了朱由校，当时的朱由校仅仅是笑了笑，不以为然的说了句：“天主教和基督教都声称自己是天使，好比咱们佛教教义，宣扬自己是佛主的信徒是一个道理，不必在意这些，只要他们不真的危及皇朝统治就好了。咱们泱泱中华，要有海纳百川之心嘛！”万万没想到，很快朱由校就被打脸了！
朱由校浑不在意，可作为正在调查福建官绅通敌案的魏忠贤，却对此上了心。皇帝给他一个救赎的机会，他正苦于毫无头绪呢，既然荷兰人能与地方士绅勾结，那这些同样来自欧罗巴的传教士，同样也有可能与大明士绅相互勾结了。
于是他派人乔装打扮，打入了教徒队伍，很快这些别有用心的密探就发现了一些蛛丝马迹。
在京的六名传教士中就有荷兰人，而这荷兰人正火急火燎的与其他传教士密谋联络朝中官员，为荷兰侵略澎湖洗地，拯救并设法释放那些被俘的士兵。这让魏忠贤大喜过望，但是他又害怕万一抓错了，惹怒了皇帝，于是他就将此事与吴彤、骆思恭二人做了沟通，这才有了三方共同发力，出动人马抓捕了这些传教士以及一批大明教徒。
那名被捕的荷兰人便是金尼阁，魏忠贤三人对此人非常重视。所以他们三人亲临诏狱，对其进行了残酷的严刑拷打。不重视不行，朝中徐光启、李之藻、孙元化，包括首辅叶向高都是天主教信徒，如果不尽快破案，到时候恐怕就算是他们三人都未必能挡住汹涌而来的压力。
可他们并不清楚，能来异教徒世界传教的传教士岂能是等闲之辈？他们的灵魂早已经卖给了他们的上帝，这点皮肉之苦，怎么可能让他们屈服？
不过，他们的嘴硬并没能坚持多久。随着三大厂卫在教堂挖地三尺，终于在地底一间密室中找到了关键证据。
那就是耶稣会传教士的冷血誓言。
誓言的内容是：我声明我没有自己的意见和意愿，但是我会毫不犹豫的遵从来自教皇和耶稣基督军事团上级的指令，我承认并声明当机会到来时，我将秘密地或公开地对整个地球上的异教徒、新教徒和自由主义者进行一场无情的战争，正如我被指导的那样，来消灭和摧毁他们，我不会在意他们的性别年龄阶级，我将吊死烧死煮烂这些可耻的异教徒，扯掉他们妻子的胃和子宫，把他们孩子的脑袋在墙上撞烂，摧毁这些可耻的种族，直到永远。
当朱由校看到这份翻译过后的证据，心中是又惊又怒。也就是这个时候，在他心中埋下了彻底铲除异教的种子。
当这份誓言扔到六名传教士面前时，金尼阁、汤若望彻底沉默了。这份汉文版的誓言是专门为明朝人入会而准备的，只有通过了他们这些耶稣会的老成员的考核，这份誓言才会被拿出来给新入会的成员签字画押。没想到如今却成了他们的催命符。
随着这份核心证据的出现，使得还存有良知的杨廷筠良心发现，率先交代了所知之详情，他可是与徐光启、李之藻共同被欧罗巴传教士尊称为“圣教三柱石”的存在，原本也是最有希望通过欧洲传教士考核的人。
杨廷筠交代确实是欧罗巴传教士出面联络了荷兰在爪哇的总督府，让其派出强大的舰队来征讨明朝。根据传教士的送达欧罗巴人的情报显示，明朝舰队空有数量，但质量上与欧洲主力坚挺还是存在着明显的差距，最大吨位船只仅有五百吨，以荷兰‘海上马车夫’的实力，足矣轻松荡平。
只可惜，这些传教士高估了荷兰人的战斗力，又低估了明朝海军的战斗意志。他们没想到的是，明朝舰队会如此争气，打出了大明的威风，将他们的一系列阴谋彻底按死在了胎中。
事败之后，是杨廷筠出面联系了福建、浙江一带的士绅，将全部责任推给了叶向高等人的家眷，毕竟他们既是朝廷要员，又有教徒身份的人。最为关键的是，这些人自从得到朱由校毫无保留的重用，他们心中伟大的抱负是彻底将大明改造成世界一流强国，恢复他们天朝上国的威仪为己任，彻底与耶稣会的阴谋背道而驰。
于是这伙人计划要将叶、徐等人彻底打倒。推致仕的朱国桢等人登上内阁宝座，来继续执行他们灭亡明朝的阴谋。
杨廷筠的交代，彻底击垮了金尼阁、汤若望二人的心理防线。于是他们将耶稣会几十年前谋划的征服大明的计划都一五一十的交代了出来。
原来，庞迪我、熊三拔
公元一五八八年，经过十二年的研究、争论之后，西班牙高层终于统一了意见，他们计划出动两万五千人人左右，计划征服大明朝。具体安排是用一万五千人左右的西班牙士兵，五千左右的菲律宾士兵，加上五千左右的日本士兵，合计两万五千人左右。
为什么会有日本兵的存在呢？那是因为西班牙人通过传教士、海盗现身说法得知，日本倭兵在大明朝横冲直撞，战斗力相当强大的缘故，所以他们计划先占领日本，再从日本出发征服大明的计划。
这份鸿大的计划中，在大明的传教士处于一个非常关键的位置，这些人就成了他们征服大明的间谍，明朝军力情况都可以通过他们的通风报信，以及由他们作为向导，一口气打入北京城活捉明朝皇帝。
可为什么后来并没有发生这场侵略战争呢？关键就是欧洲人自己打了起来。拥有一百三十艘军舰的超级强国西班牙与英国爆发了战争，这支号称无敌舰队的西班牙舰队被英国人打的只剩下不到三分之一，彻底失去了征服明朝的可能。
贼心不死的西班牙人改变了策略，通过在日本的传教士，他们搭上了丰臣秀吉的线路，通过贸易，给秀吉送上了无数先进的火绳枪，助他短暂的统一了日本。
在传教士的怂恿下，作死的秀吉最终答应了先征服朝鲜，再征服大明的计划。这才有了万历年间日明在朝鲜爆发的大战。
可惜的是，丰臣秀吉没能看到胜利的曙光就病死了，他的王国也在十几年后被德川家康给彻底消灭。而德川家康建立德川幕府之后，驱逐、并杀死了那些曾经助力丰臣秀吉统一日本的传教士，致使耶稣会颠覆日本政权的努力化为一滩黄水。
于是，耶稣会的目光再次投向了大明本土。