成都保卫战的胜利，如同一道璀璨的曙光划破了战争的阴霾，但这并未让朱燮元有丝毫的懈怠与放松。他深知，战斗的结束仅仅只是一个新征程的开始。于是，在短暂地让疲惫不堪的大军进行休整之后，朱燮元便迅速下达命令，派遣出三支劲旅：第一师杜文焕部、第二师秦佐明部以及第三师秦拱明部，三部统一交由经验丰富且智勇双全的杜文焕统领，以雷霆万钧之势火速展开收复失地的行动。
这其中，由四万守军精心编练而成的第一师和第二师更是犹如浴火重生的凤凰一般，早已褪去昔日的青涩与稚嫩，完成了一次华丽的蜕变。如今的他们装备精良，士气高昂，每个人的身上都背着足够数日食用的干粮，手中紧紧握着锋利无比的兵器，脚下则踩着轻便耐用的草鞋。只见他们步伐整齐，纪律严明，宛如一条钢铁巨龙般从成都东门有序地鱼贯而出，义无反顾地向着那些逃窜的叛军追击而去。
除了这勇往直前的三万精锐部队之外，仍有三万援川官兵坚守在成都城内，不敢有丝毫的大意。毕竟，城外尚有三万刚刚投降的叛军亟待处置。
尽管这些叛军此刻已然放下了武器，而且其中的大部分人都身负轻重不一的伤势，但他们身上所散发出的那股子精锐之气却依旧令人不可小觑。
因此，朱燮元不得不慎重对待此事，绝不容许任何意外情况的发生。一旦兵力过少导致叛军降而复叛，那么之前所有的努力都将前功尽弃，一切都可能会陷入万劫不复之地。所以，留下这三万援川官兵镇守成都城就显得尤为重要。
成都城内大部分士绅纷纷要求朱燮元将这三万叛军活埋，绞杀，以泄他们心头之恨。可是，却被朱燮元否决了。他通过罗象乾，向这投降的三万叛军传达了皇帝朱由校的新政。
不管你是苗民，还是彝民，在大明新皇朱由校的眼中，通通都是他的子民。俗话说冤有头债有主，发动叛乱的是土司奢崇明及其党羽，而非普通的彝民。
所以，皇帝下了特旨，准许总督朱燮元不杀投降的叛军，并将他们安置到其他省份。
听到自己不会死，所有的叛军士兵无不是松了一口气，可又听说要被安置到远离家乡的地方，三万叛军又开始骚动不安起来。在这个出村就是远行的时代，被安置到离家数千公里，那叫流放。而自古以来，四川各土司管辖的地区都是重要朝廷流放罪臣之地，那些被流放之人，十有七八都会死在路上。对此，投降的叛军首领罗象乾恳请朱燮元从轻发落他们这些罪人。
见自己的意思被误解，朱燮元继续大声的宣读起朱由校的旨意。他说道：“皇帝陛下此时不会杀尔等，就更不会让尔等客死他乡。如今国朝正是用兵之时，你们也算是经历过战事，皇帝陛下更不会舍得杀了你们。所以，尔等有两个选择。其一，本都督会将尔等安置到山西省、陕西省，同时会给尔等应有的工具供你们种地所用。到了那边，你们从此再也不是土民，而是地地道道的大明子民，因此，你们每人将获得十亩田地，陛下还有恩旨，头两年免除你们的一切赋税。其二，编入新军，一年饷银十八两。当兵满十年后，归家分田十亩。”
三万叛军大惊，朝廷从来都是对叛乱之人毫不手软的，如今不光不杀，居然还分田免税，还有这等好事？如果不是实在活不下去，谁愿意拿起刀枪与大明朝对抗啊。
经过许久的思索之后，三万叛军分成了两拨，两万人愿意参军，一万人愿意务农。不过这时候罗象乾再次代表叛军发声道：“总督大人，弟兄们想知道，我等的家眷是否跟随务农的弟兄前往其他省份？”
朱燮元点了点头，表示肯定，虽然这点圣旨上并没有说明，可事急从权的道理他还是懂得。只有一家子一起落户到一个地方，这些人才能安分守己的做一个良民。
成都这边的局势总算稳定了下来，后续只需要些许时日对这些俘虏的叛军进行消化即可。
......
重庆这边，秦良玉接手了四万大军的指挥权，与围困重庆的樊龙、张彤二人的两万精兵在重庆城外杀的是昏天暗地。
原本从军的土兵是没有什么军饷可言的，所以他们士气低落，而大明本地官军因为久疏战阵，同样是毫无战力可言。使得刚开始接手大军的秦良玉始终无法击破兵力只有自己一半的叛军。
随着沿长江而来的运输粮饷的船队抵达，秦良玉大手一挥，不管土兵还是官兵，一人二十两银子。同时，又斩杀了贪墨军饷的参将三人，四万明军士气大震，如出山的猛虎般朝着叛军冲去，用时两日就攻破了叛军大营，逼得叛军万余人跑回了佛图关。
不是他们不想跑，而是他们的后路已经被四川总兵李维新、监军副使李品仙、佥事监军刘可训率领的川军八千余人堵住了退路。
经过一番苦战，天启二年元月，四万多名明军终于攻破了佛图关的城墙，叛军首领樊龙、张彤以下四千余人战死，五千余人投降。不待休整的明军，沿长江快速进军。
元月末，明军光复了泸州城，彻底堵住了从成都逃难而来的奢崇明父子及其三万余残兵的归路。
当二月中旬，逃难而来的奢崇明父子发现泸州城已经被明军攻占，已经是惊弓之鸟的父子二人二话不说，带着大军往西边的叙州府逃去。
而此时的泸州城内只有秦良玉率领的五千酉阳土司兵驻守，其余的数万大军早已经分兵多路光复其他州府去了，所以她并没有第一时间派兵追击奢崇明父子。
二月末，杜文焕率领着三万川军精锐抵达泸州，在稍作休整，补充了粮草之后，大军往叙州府赶去，沿途继续光复被叛军攻占的城池。
得到捷报的朱燮元刚想松口气，没成想，西南局势变得更加糜烂了。
被奢崇明蛊惑的贵州水西土司同知安邦彦在天启二年二月份起兵犯黔，随后的数月间，与之交好的数个宣慰司、宣抚司纷纷起兵造反。
刚消灭了将近十万叛军的朱燮元发现，如今的叛军兵力直达二十万余。兵势更强于之前，呈越剿越多的趋势了。