东京樱花站变电室内，逆向旋转的齿轮装置迸溅出蓝紫色的火花，林小羽感觉机械表碎片与金色晶体融合时产生的能量正顺着血管奔涌。克隆体的机械表在剧烈共振中出现裂痕，他难以置信地看着眼前少女周身环绕的金色光晕：“不可能... 你怎么可能...”
“陈玉华在每个晶体里都藏了后手。” 林小羽的声音因能量冲击而颤抖，钢笔在掌心发烫，“那些记忆不仅是情感，更是对抗程序的密钥。” 她想起母亲影像中调试齿轮装置时专注的眼神，突然明白那些看似随意的公式批注，实则是精心设计的防火墙代码。
张晨在火山祭坛与机械守卫的缠斗已近尾声，他的扳手卡在 x-14 的关节处，拍立得拍下对方脖颈后浮现的三叶草纹身 —— 纹身中心竟嵌着一枚微型芯片。少年的瞳孔骤缩，扯下绷带缠住芯片用力一拽，随着线路断裂的声响，x-14 的动作明显迟缓。“原来这些守卫是生物与机械的结合体！” 他喘着粗气，机械表碎片突然将芯片吸入，开始自动解析数据。
纽约天文台内，银色面具人盯着全息投影中混乱的东京，手指无意识摩挲着面具边缘。当看到林小羽成功逆转能量流向时，他冷笑一声按下腕表按钮：“启动 b 计划，让伦敦的‘时间心脏’提前苏醒。” 画面切换至泰晤士河畔，古老的天文台穹顶缓缓打开，露出内部跳动着幽绿色光芒的晶体。
东京的地轴偏转警报仍在尖叫，林小羽的意识却在能量洪流中陷入奇妙的状态。她 “看见” 十二座城市的晶体彼此呼应，形成一张覆盖全球的能量网络；“听见” 零号的意识在数据海洋中呼唤；更感受到陈默的碎片意识在机械表深处挣扎。当金色光晕触及装置核心，整座铁塔突然发出钟鸣般的震颤。
“快逃！” 克隆体在装置崩塌前的瞬间，突然将林小羽推出变电室。他的机械表彻底炸裂，露出胸口与陈默相似的基因纹路，“告诉陈默... 我也曾是他的...” 话音被掩埋在钢筋混凝土的废墟下。林小羽在尘埃中抬起头，看见天空中紫色齿轮开始瓦解，取而代之的是十二道流星划过东京夜空。
张晨在火山祭坛的发现让他脊背发凉。解析后的芯片数据显示，三叶草组织在全球布设了超过三百个 “时间锚点”，而这些锚点的启动密钥，竟与陈默的 dNA 序列高度吻合。“他们想把陈默哥变成全球时间系统的开关！” 他的拍立得拍下祭坛深处浮现的巨型星图，星图中央标注着南极坐标，旁边用俄文写着：“诺亚方舟最后的停泊点”。
银色面具人站在北极熔炉的废墟上，十二把黑色密钥在他手中拼成完整的齿轮。他望着天空中逐渐消散的紫色光芒，冷笑：“陈玉华，你以为用情感数据就能阻止计划？” 他转动齿轮，地面突然裂开，露出冰层下的巨型装置 —— 那是由无数齿轮组成的地球模型，每个城市的位置都插着能量导管，“当伦敦晶体激活，真正的时间重置将开始。”
林小羽在东京街头与张晨会合时，两人的机械表碎片同时发出蜂鸣。全息地图上，伦敦的光点正在疯狂闪烁，而巴黎、柏林等城市的晶体也开始产生连锁反应。张晨将芯片数据导入地图，发现所有能量波动都指向南极：“三叶草组织的终极基地在南极冰层下，他们想用地轴与地心的能量，彻底改写时间规则。”
“但我们还有机会。” 林小羽握紧融合后的金色晶体，里面浮现出陈玉华最后的影像。母亲穿着厚重的防寒服，站在南极科考站门口，身后是巨大的冰雕齿轮，“小默，当你看到这段影像，说明熔炉计划已经失控。记住，时间的齿轮需要矛盾，更需要...” 影像突然被雪花干扰，只留下最后一句清晰的话语，“去找零号的本源代码。”
就在这时，全球通讯系统突然恢复，电视屏幕、电子广告牌同时播放着银色面具人的影像。他举起拼成的齿轮，身后的地球模型开始转动：“十二小时后，当十二座城市的晶体完成共振，人类将进入永恒的齿轮时代。任何试图阻止的人，都将被时间碾碎。” 画面切换至南极冰层下的基地，那里的巨型装置已经启动，无数齿轮开始咬合，发出震耳欲聋的轰鸣。
林小羽和张晨望着天空中逐渐成型的银色星轨，那是十二座城市晶体的能量连线。机械表碎片在两人掌心发烫，陈默与零号的意识同时传来波动。“南极... 基因库...” 碎片中传来断断续续的信息，“找到... 本源...”
而在南极冰层深处，银色面具人摘下冰晶面具，露出与陈玉华七分相似的面容。他抚摸着地球模型上东京的位置，冷笑道：“姐姐，当年你从我身边夺走陈默，现在，我要让他亲手启动毁灭一切的齿轮。” 他转动手中的齿轮，冰层开始崩裂，露出更深处的实验室 —— 那里的培养舱中，沉睡着十二个与陈默一模一样的克隆体，胸口的齿轮密钥泛着不祥的红光。