11号一行人搭乘深度改装的远洋渔船“信天翁号”，从北极撤离点出发前往纽约。船体夹层藏着从冰巢实验室回收的声波干扰器和电磁脉冲装置，孩子们分工协作，马克斯和艾拉搭建临时加密通讯基站，确保航行中的信息安全；伊桑与阿雅则专注于调试从纽约下水道获取的地形数据，为后续潜入做准备。
当航行至加拿大纽芬兰海域时，危机突然降临。阮文雄雇佣的武装快艇气势汹汹地追击而来，企图拦截他们的去路。凯伦操作着由破冰斧改装的简易炮台，果断向敌船发起攻击；11号则使用冷冻枪，精准地冻结对方螺旋桨，使敌船失去动力。莱昂和泰隆在了望时发现敌方快艇配备了声呐探测设备，莉娅和露娜立即启动声波干扰器，制造出虚假的海底地形回波，成功干扰了敌人的探测，让“信天翁号”得以摆脱追击，继续向目的地前进。
渔船在新泽西州的废弃码头停靠后，众人决定通过城市排水系统潜入纽约。玛雅制作的假检修口标识发挥了关键作用，帮助团队避开了市政监控。迪伦携带的蜂蜜燃烧弹，在狭窄昏暗的管道中充当起应急光源。11号伪装成市政检修工，借助阿雅研发的面部模拟联络器，顺利通过了三个安检岗哨。然而，在错综复杂的下水道中，他们遭遇了受病毒改造的巨型老鼠群。这些老鼠体型庞大，眼睛闪烁着诡异的红光。佐伊和伊桑默契配合，用改良后的麻醉弩和由蜂蜜燃烧弹改造的火焰喷射器驱赶鼠群；塞西莉亚则趁机采集样本，经分析发现这些老鼠体内残留着冰巢病毒的基因片段，证实了阮文雄的邪恶实验早已渗透到城市地下。
为了锁定目标，孩子们展开了情报收集工作。马克斯和艾拉黑入市政系统，发现中央公园人工湖每周二凌晨存在异常电力输送，这一线索指向了地下隐藏的秘密。莱昂伪装成街头艺人，在洛克菲勒大厦附近一边作画，一边绘制建筑结构图；泰隆则混入建筑工人队伍，成功获取到地下三十层的施工图纸。他们还得知，表面光鲜的知名生物科技公司cEo威廉·卡特，实则是阮文雄的纽约代理人，曾是中情局生化武器专家；而实验室安保主管莎拉·金，曾是摩萨德特工，她的机械义眼具备热成像与穿墙透视功能，给行动带来巨大威胁。
11号带领凯伦、塞西莉亚通过中央公园湖底的秘密通道，展开精密潜入。冷冻枪清理沿途的激光警报，玛雅的假蜂巢伪装成通风管道装饰物，迷惑监控系统。露娜远程指导塞西莉亚破解门禁系统，却发现需要同时验证三枚密钥。进入核心实验室后，威廉启动基因库自毁程序，释放出携带失忆病毒的机械蜂群。这些蜂群一旦攻击成功，将使人失去记忆。11号急中生智，利用纽约地铁隧道的金属结构，引导伊桑改装的无人机释放电磁脉冲，成功瘫痪蜂群。与此同时，凯伦与莎拉展开激烈的近身搏斗，凭借顽强的斗志和高超的格斗技巧，用破冰斧斩断对方机械义眼线路。塞西莉亚破解实验室电脑，阿雅和莉娅在纽约各大新闻媒体植入虚假监控画面，为团队制造不在场证明，并将伪造的邮件记录与阮文雄的犯罪证据一起发送给FbI，成功洗脱嫌疑。
撤离时，11号在威廉的保险柜发现一张马尔代夫海文岛的地图，标注着“Final hive”。戴安娜的全息投影证实，阮文雄亲自坐镇该岛，那里储存着融合所有变异病毒的“神级毒株”。孩子们将实验室伪装成天然气爆炸事故现场，通过地铁隧道分散撤离，在唐人街的中餐馆会合。马克斯展示伪造的登机记录，确保众人拥有完美的不在场证明。11号握紧海文岛地图，望着曼哈顿璀璨的夜景，远处港口一艘挂着马尔代夫国旗的游轮上，阮文雄派出的最后杀手小队正虎视眈眈，新的挑战即将在马尔代夫海文岛展开 。