晚上9点47分，伊斯坦布尔地下水宫的入口处，空气又湿又臭，全是污水的腐味，在昏暗的灯光下，雾气一团团地飘着。11号躲在阴影里，熟练地把黄金核心放进漂着油花的污水中。突然，污水表面发出奇怪的荧光，像一条发光的路，朝着圣索菲亚大教堂的地下延伸过去。
这时，戴安娜发来的加密信息直接显示在11号的视网膜上，蓝色的文字一闪一闪，像是在警告：“小心声波共振，查士丁尼的幽灵还在徘徊。”11号心里一紧，他知道这次任务肯定特别危险。他把黄金核心收好，像个幽灵似的，顺着荧光的方向悄悄走了过去。
晚上10点13分，圣索菲亚大教堂的地下室里特别黑，只有11号战术头盔上的小灯亮着。他拿着激光切割机，正在切割一块有七百年历史的石板，火星噼里啪啦地四处飞溅。声呐探测仪“滴滴”响个不停，提示石板下面有个很大的金属空间，也不知道里面藏着什么秘密。
11号的靴子不小心碰到马赛克地砖上君士坦丁的画像，突然，整个空间响起一阵低沉的嗡嗡声，就像是从地底深处传出来的，听得人心慌。几乎同时，十二道激光“嗖”地从画像的眼睛里射出来，直直地朝着11号飞过去。
11号反应特别快，一下子跳起来，翻到头顶的吊灯上。吊灯被他压得晃来晃去，他赶紧观察周围，然后甩出一枚特制硬币。硬币飞快地飞出去，“当”的一声打中西南角的铜狮雕像。这下，声波的频率突然变了，原本乱飞的激光开始重新排列，最后居然组成了查士丁尼法典第47条的文字：“凡亵渎神之造物者，当受共鸣之刑。”
11号正琢磨这句话是什么意思，阴影里慢慢走出一个穿黑袍的人。黑袍人抬起手，把兜帽掀开，11号一看，这人长得和戴安娜一模一样！但他仔细一瞧，发现这人右耳后没有戴安娜那颗标志性的痣。黑袍人开口了，声音冷冰冰、机械地说：“你比我预计的早到了11分钟。我是d - 11，你的基因镜像体。”说完，d - 11脸上露出一个奇怪的笑容，眼神里全是挑衅。
晚上10点47分，拜占庭声波实验室里又臭又旧，墙壁上全是岁月留下的痕迹。d - 11站在一台锈迹斑斑的铜管风琴前，她的手指在琴键上轻轻滑过，接着用力按下。随着琴键的起落，墙壁里传来齿轮转动的“轰隆”声，感觉像是唤醒了什么沉睡的古老机器。
六具裹尸袋从天花板慢慢降下来，摩擦的声音听得人直起鸡皮疙瘩。腐烂的手指从裹尸袋里伸出来，手里还紧紧抓着中世纪的瘟疫诊断书。d - 11拿起手术刀，眼睛里闪着兴奋的光，说：“查士丁尼大瘟疫不是鼠疫，而是声波武器让人的心肺共振衰竭。”说着，她用手术刀划开一具尸体的胸腔，里面的声带都已经钙化了。她把扩音器对准尸体，按下开关。刺耳的声波一响，腐肉一下子变成了基因螺旋形状的粉末，在空中飘得到处都是。
11号一边躲着音波攻击，一边盯着d - 11，问：“你说话的时候喉结都不动，声带是人造的？”d - 11操控着音叉阵列，冷笑着说：“因为我们真正的声带...在奥斯维辛就被切掉了。”就在音波震碎玻璃的瞬间，11号清楚地看到她声带的位置闪过一道金属的光。
晚上11点17分，在地下水脉迷宫又暗又潮的通道里，11号和d - 11你追我赶。突然，d - 11停下来，脸上露出狡猾的笑，引爆了次声波炸弹。一瞬间，污水在声波的作用下立了起来，像一堵墙似的把11号困在里面，他怎么挣扎都动不了。
d - 11站在水幕另一边，专心操作着全息面板。拜占庭时期的星图和克隆体觉醒的位置在面板上完全重合，她的眼睛在数据流里一闪一闪的。d - 11兴奋地说：“慕尼黑的瘟疫菌株需要特定频率才能激活，就像这样——”说完，她播放出《古兰经》的诵经声，培养舱里的黑色菌株就开始有节奏地跳动起来。
11号知道不能坐以待毙，一咬牙，用匕首刺穿了自己的耳膜。鲜血顺着脸流下来，但这也改变了水幕的共振频率。他抓住机会，朝着d - 11冲过去。打斗的时候，他发现d - 11躲左边攻击时有点犹豫，这个反应让他想起戴安娜在开罗执行任务时受过的伤，心里顿时有了主意。
晚上11点47分，奥斯曼帝国基因库里特别阴冷，感觉时间都停止了。11号破解了声波锁，慢慢打开一个铅制棺材。棺材里有一台老旧的摄像机，记录着1943年一场可怕的实验：一个怀孕的犹太女人被绑在手术台上，满脸都是恐惧。迈耶博士戴着白手套，正在从胎儿的脑袋里提取组织液。镜头拉近，女人挣扎时露出的项链吊坠上刻着“d.b.”，11号看到这一幕，心里震惊极了。
就在这时，d - 11的枪口顶在了11号的后颈上，她说：“现在知道为什么选我们当容器了吧？”d - 11扯开衣领，锁骨下面的条形码清清楚楚——“db - 11”，正是戴安娜·伯恩伍德名字的缩写。
11号想都没想，用肘部猛地往后击打d - 11的肋部。d - 11没躲开，脸上的仿真皮肤裂开了，露出里面冷冰冰的金属骨骼。她气得不行，放出了瘟疫菌株。在声波的作用下，菌株聚在一起，变成了一个怪物，张牙舞爪地朝11号扑过来。11号赶紧举起黄金核心，利用光的反射，把这个怪物打散了。d - 11快死的时候，把数据芯片插进耳朵里，脸上露出解脱的笑容，说：“去南极...初始教廷的冰封教堂...”说完，就倒在地上不动了。
凌晨0点30分，在博斯普鲁斯海峡的走私船上，海风呼呼地吹，船在波浪里晃来晃去。11号正专心破解从d - 11那里拿到的芯片，屏幕上显示的内容让他一下子瞪大了眼睛：普罗维登斯在南极洲藏着“人类清除计划”的原始毒株。他拿起抑制剂，毫不犹豫地给自己打了一针。
突然，11号产生了幻觉：他看到戴安娜本人正在东京的摩天大楼顶上，用和他一样的姿势，盯着手里的胚胎培养舱。就在这时，船载电台突然自动播放起《安魂曲》，熟悉的旋律在夜里响起来。声纹分析显示，这个声音来自柏林的某个地堡。11号眼神一冷，一把捏碎了电台。金属碎片划破了他的手，鲜血滴下来，奇怪的是，血里竟然飘着金色的小颗粒，和查士丁尼瘟疫菌株一模一样。11号看着自己的手，心里暗暗发誓，不管前面有多少危险，他一定要把真相查清楚。