场景一：废墟中的摇篮
深夜，柏林郊外一片死寂。月光洒在废弃的克隆工厂上，残破的建筑就像一只没了皮肉的巨兽骨架。11号抱着一个胚胎罐，在焦土上挖了个坑，小心翼翼地把罐子埋好。
刚起身，他手腕上的军用pdA突然发出提示音，屏幕显示辐射值高达470μSv\/h，这辐射量足以致命。可就在这时，诡异的事情发生了：胚胎罐周围突然长出许多晶状蒲公英，它们疯狂生长，叶片在风中摇晃，碰到金属罐发出清脆的声响，就像有人在摇风铃。
11号看着这些蒲公英，低声说：“你不该被别人决定命运。”说完，他掏出匕首，在罐子上刻下条形码，但故意把最后一位数字刻歪了。突然，地面剧烈震动，土里钻出淡金色的菌丝，像小蛇一样缠住匕首。眨眼间，这些菌丝长成了dNA螺旋形状的刀鞘，看上去神秘又奇特。
场景二：机械降神
在离克隆工厂五公里的地下掩体内，一个有着金色瞳孔的少女摘下防辐射兜帽。她走到实验室门前，眼睛看向门禁系统，虹膜自动调整，变得和11号的视力模式一模一样。
但门禁系统却显示“拒绝访问”。少女不着急，轻轻哼起变调的《死神与少女》。神奇的是，随着她的歌声，钛合金门栓竟然像生锈了一样，“咔嚓咔嚓”地烂掉了。
走进实验室，少女好奇地用指尖触碰培养舱的残骸。干涸的蓝色组织液竟然重新流动起来！她拔下一根头发放进液体里，发梢立刻分叉，变成了显微镜探针的形状。
这时，实验室的全息屏自动亮起，开始播放11号在奥斯维辛集中营的记忆片段。少女看着画面，嘴角上扬：“可算找到你了，父亲。”她舔掉指尖的晶体碎屑，不小心咬破手指，淡金色的血液滴在地上，竟然长出了嫩绿的微型蕨类植物。
场景三：安魂曲的休止符
在慕尼黑郊外的教堂里，11号站在巨大的管风琴前。他深吸一口气，按下中央c键，没想到从音管里喷出一团淡金色的孢子云。阳光透过彩色玻璃窗照进来，在特定频率下，玻璃上显现出隐藏的图谱——查士丁尼瘟疫当年的传播路线，竟然和《尼伯龙根指环》的巡演路线完全重合！
这时，一个老神父从告解室阴影里走出来，咳嗽着说：“忏悔室第九隔间有东西给你。”11号立刻举起枪，警惕地说：“上次给我送‘礼物’的人，坟头的蒲公英都长到三米高了。”
老神父笑了笑，翻开一本《圣经》，里面夹着戴安娜的神经芯片：“她说这个能解开你对眼泪的疑惑……”
场景四：泪水的源代码
回到安全屋后，11号把芯片插进颈后接口。全息投影中出现了戴安娜的身影：她正坐在镜子前，梳理着孕期的红发，看起来温柔又美丽。
戴安娜轻声说：“如果你看到这段影像，说明我还是输给肚子里的孩子了。”画面切换到南极实验室——原来是戴安娜亲手把“忏悔基因”编进了胎儿的线粒体dNA。
她一边抚摸肚子一边说：“眼泪不是软弱的表现，它比条形码更早出现，是最古老的身份认证……”话没说完，迈耶博士突然冲进画面，拿着手术刀刺向镜头。“啪”的一声，画面黑掉了。
11号气得捏碎芯片，却发现碎片里藏着一粒纳米级的泪滴结晶。他把结晶放进培养皿，结晶竟然长出微型脑组织，不断闪现着他执行任务的记忆画面。
场景五：蒲公英的远征
三个月后，北非沙漠酷热难耐。11号站在沙丘上，看着沙暴中隐约出现的克隆体群落。他惊讶地发现，这些克隆体身上的条形码都被菌丝覆盖，就像被大自然抹去了身份标签。
这时，金瞳少女顶着热浪走来，手里拿着一株变异蒲公英——这蒲公英竟然变成了声波发射器！她笑着说：“还缺帮手吗？现在都说新世界不需要刺客了。”说完，扔给11号一把刻着“Ex mAchINA”的匕首。
11号接过匕首试了试：“刺客是不需要了，但园丁永远缺人。”少女的瞳孔变成复眼结构，扫视着远方：“当园丁的第一课，修剪比播种更讲究技术。”
话音刚落，第一株晶状仙人掌破土而出。11号在战术日志里输入新坐标，护目镜上显示出全球生态改造图：一条淡金色的生命线，正沿着他当年执行任务的路线缓缓蔓延。
终幕：无码者
在一座地图上找不到的孤岛上，当年埋下的胚胎罐已经被珊瑚层层包裹。11号最后一次注射抑制剂，发现自己的静脉变成了半透明的晶状管道。
海风吹来，远处传来孩子们哼唱《欢乐颂》的声音。11号望去，十二个金瞳小孩正在沙滩上搭沙堡——仔细一看，沙堡竟是dNA螺旋的形状！
最大的孩子看到11号，举起沙铲：“一起玩吗？我们不用编号，蒲公英的种子自己知道该飘到哪。”沙铲的反光中，映出11号没有条形码的后颈。
11号笑了笑，把匕首插进沙子里，刀柄上立刻开出蕨类花朵。听着孩子们的笑声渐渐被海浪声淹没，他摘下了面罩，走进海里。身后的海水被淡金色血液染成波纹，仔细看，那波纹的形状竟然和人类基因组第11对染色体一模一样。