当江南的“三王之乱”随着杭州城的兵不血刃而迅速平定之后，崇祯皇帝并未如众人所料那般，立刻班师回朝。
他依旧坐镇于南都金陵，并在此地，颁下了一道道足以让整个大明王朝的政治版图，都为之彻底改变的、石破天惊的圣旨！
——自即日起，永久废除自永乐朝以来，已实施了长达二百余年的“两京并制”！
——南京六部及其下属所有衙门，以及南京都察院、国子监、大理寺、翰林院、通政司等所有与京师重复设置的部院，尽数……裁撤！永不再设！
伴随着这道废黜圣旨而来的，一场更大规模、血腥的政治大清洗由此彻底拉开！
由西厂提督曹化淳、神武军指挥使周经武、以及南京守备兵马联合组成的“清剿”大军，如同梳子一般，将整个南直隶地区，来来回回，梳理了数遍！
短短三日之内，仅在南京一地，便有数百名五品以上的、与之前“三王之乱”或“钱谦益谋逆案”有所牵连的旧官僚，被从家中逮捕！罪重者，或被抄家灭门，或被充军发配，甚至……有数十人，在未经任何审讯的情况下，便被以“负隅顽抗、意图不轨”的罪名，直接处决于街头！
一时间，整个南京城，再次陷入了一片血色的恐怖之中！那些曾经高高在上、作威作福的旧官僚阶层，几乎……被连根拔除！
在将旧有的官僚体系，以一种近乎于“推倒重建”的方式，彻底砸碎之后，崇祯皇帝（朱铭）又立刻着手，建立起了一套全新的、也更为高效的南京政体！
他下旨，在原先的南京镇守太监府邸，成立一个新的机构——“南都留守司”！用以取代旧六部的所有职能！
这“南都留守司”，下设三个最为核心的分部，分别管理：
军政（负责整个南直隶地区的城防、治安、以及军务协调）；
民政（负责地方行政、民生、教育、以及司法等所有社会事务）；
税收（负责整个江南地区的财政、赋役、商税、盐务等所有经济事宜）。
同时，又根据实际需要，增设了各类更为细化的、也更为务实的功能性衙门，如：负责为军民提供免费医疗的“惠民药局”、负责赈济灾民的“施粥厂”、以及隶属于京师工仗局的“工事分局”和“火器分局”等等。这些新的机构，其目的只有一个——服务于民生与军工！
对于这些新机构的官员提拔，崇祯皇帝也制定了全新的机制：优先录用那些在之前的动乱之中，表现尚可、且有实绩的旧官僚；若有不足，则一律由京师吏部，统一从北方各省，调派那些经过了严格考核、且忠诚度更高的官员，前来补缺！
而这新设立的“南都留守司”，其管辖范围，也被严格限定于南京城之内！绝不得干涉应天府之外，其余州县的任何政务！
紧接着，崇祯皇帝又下达了一道更为激进、也更为彻底的旨意——撤销“南直隶”这一沿袭了二百余年的行政建制！
他将原南直隶下属的十四个府，尽数拆分、降格！
曾作为“建武”伪朝首都的杭州府，直接降为散州，并入京师顺天府，由北京朝廷直接管辖！
位于江北的徐州府和淮安府，则被降为直隶州，统一划入山东布政使司！
位于长江西岸的庐州府和安庆府，同样被降为直隶州，划入湖广布政使司！
而那曾作为太祖龙兴之地的凤阳府，则被改为“中都府”，其“中都”的特殊建制，亦被彻底撤销！
在兵权方面，南京城及其周边的所有防务，则被尽数交由神武军负责！周经武，不仅担任神武军指挥使，更兼任了“南都留守司”军务分部的最高主事！
在这场大刀阔斧的、近乎于“外科手术”般的政治与行政改革之中，西厂的权势，也得到了空前的膨胀！
曹化淳借着此次“清剿江南”的大好时机，在皇帝的默许之下，于江南各处重要的州府，皆设立了西厂的分署和秘密据点！
他更是建立起了一套名为“天令”的、由信鸽和快马组成的、高效的独立情报系统！无数身着青衣的西厂番子，如同幽灵般，行走于江南的各个角落，监视着所有官员的言行举止。他们所到之处，地方官员无不闻风丧胆，人人自危！
然而，就在所有人都以为，这位铁血帝王，将要用这股肃杀之气，将整个江南彻底“净化”之时，他却又……做出了一个让所有人都意想不到的举动。
他竟在行宫之内，亲自接见了那位因着《国榷》一书而名满天下的布衣史学家——谈迁。
崇祯皇帝在见到这位因战乱流离而显得有些清瘦、但眼神却异常明亮的老者之时，竟没有半分帝王的架子，言辞温和，礼遇有加，表现出了与其平日里酷烈形象截然不同的、“文治皇帝”的一面。
他先是温言安慰了谈迁，对其那部呕心沥血数十年写成、却因躲避战乱而被盗贼丢失的《国榷》原稿，表示了深切的惋含。他笑着说道：“谈先生不必过于伤心。所谓‘旧的不去，新的不来’。朕以为，先生之才，足以……写出一部比之前那部，更为详尽、也更为……真实可信的信史！”
随即，他当即便下达了一道让谈迁本人都感到难以置信的旨意：
他不仅要以皇帝的名义，亲自为谈迁重修《国榷》之事“正名”，更要赐予他“主修官”的身份！
他甚至还给予了谈迁可以随意调阅宫中所有典籍档案、包括那些最为机密的内阁、司礼监、乃至厂卫密档的无上特权！并下旨，命钦天监监正李天经，在历局之中，为谈迁安排一处专门的官署，用以着书立说！
最后，他更是郑重承诺：待《国榷》修成之后，将由皇家报社，亲自为其刊印！发行天下！并全额资助其所有开销！务必……要让先生之名，与此信史一道，青史留名，永垂不朽！